Comparative genomic analysis of two novel plasmids from Acidithiobacillus ferrivorans strain PQ33

Robert Ccorahua; Eca, Anika; Pablo Ramírez; Abanto, Michel; Ruth Garcia-de-la-Guarda; Tito Sánchez; Jaime Sánchez-Venegas

Keywords: replication, plasmid, conjugation, Acidithiobacillus ferrivorans, genomic comparative

Abstract

Acidithiobacillus ferrivorans es un acidófilo psicrotolerante capaz de hacer crecer y oxidar sustratos ferrosos y sulfurosos a bajas temperaturas. Hasta la fecha se han caracterizado seis genomas de este organismo; sin embargo, la evidencia de un plásmido en esta especie ha sido informado solo una vez, por lo que no hay un rol concluyente de los plásmidos en la especie. Aquí, dos plásmidos novedosos de A. ferrivorans PQ33 se caracterizaron molecularmente y se compararon a escala genómica. Se secuenciaron y anotaron los genomas de dos plásmidos (12 kpb y 10 kpb) de A. ferrivorans PQ33 (NZ_LVZL01000000). Los plásmidos, denominados pAfPQ33-1 (NZ_CP021414.1) y pAfPQ33-2 (NZ_CP021415.1), presentaron 9 CDS y 13 CDS, respectivamente. El análisis in silico mostró proteínas involucradas en la conjugación (TraD, MobA, Eep y XerD), sistemas de toxina-antitoxina (HicA y HicB), replicación (RepA y proteína de unión al ADN), regulación de la transcripción (CopG), chaperona DnaJ y un gen de virulencia (vapD). Además, los plásmidos contienen secuencias similares a las porinas selectivas de fosfato O y P y una proteína diguanilato ciclasa-fosfodiesterasa. La presencia de estos genes sugiere la posibilidad de transferencia horizontal, un sistema regulador de mantenimiento de plásmidos y adhesión a sustratos para especies de A. ferrivorans y PQ33. Este es el primer informe de plásmidos en esta cepa.

Más información

Título de la Revista: Revista Peruana de Biología
Volumen: 28
Editorial: Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Facultad de Ciencias Biológicas
Fecha de publicación: 2021
Página de inicio: 1
Página final: 10
Idioma: English
URL: http://www.scielo.org.pe/scielo.php?pid=S1727-99332021000100003&script=sci_abstract