Abstract

Esta invención está relacionada y divulga una metodología para la identificación y/o detección de agentes biológicos microscópicos, en particular (pero no limitado a) agentes virales (virus y viroides), basado en secuenciación masiva de ácidos nucleicos y criterios de funcionalidad biológica presentes en dichos agentes biológicos. Esta metodología comprende la obtención de los datos de secuenciación masiva provenientes de una o más muestras utilizando (pero no limitado a) tecnologías NGS o HTS. Los datos obtenidos (ej. las lecturas de material genético de ADN o ARN), son procesados, filtrados y depurados, para luego someterlos a clasificación o asignación taxonómica. Los datos así clasificados luego son utilizados para el ensamblaje total o parcial de genomas para la obtención de contigs. Estos contigs son comparados contra los genomas de referencia, con lo cual se obtienen secuencias consenso utilizadas para el cálculo de completitud y también para el hallazgo de evidencia funcional viral (ej. codificación de proteínas esenciales para la funcionalidad de un agente biológico, como polimerasa o replicasa). Alternativamente, la asignación taxonómica puede llevarse a cabo posterior al ensamblaje para la clasificación de los contigs ya ensamblados, los que luego son comparados contra los genomas de referencia. El método de identificación se completa con la detección por presencia/ausencia de elementos funcionales que dan cuenta de la actividad del agente biológico (ej., replicasas en el caso de los virus). Finalmente, la combinación de completitud de genomas y la presencia de un elemento funcional se utilizan para identificar con 99% de eficiencia y acorde a los umbrales de corte.