Abstract

Los datos de secuenciación genómica del SARS-CoV-2 (Síndrome agudo respiratorio severo por coronavirus 2) han proporcionado información importante sobre la aparición de variantes de interés. Algunas investigaciones se han centrado en determinar la variabilidad y evolución intra-hospedador, y otras en la variabilidad genética viral en distintos tejidos. Sin embargo, aún no se ha explicado la variabilidad inter-hospedador (inter-host) del SARS-CoV-2 en compartimentos respiratorios, ni sus implicaciones. El objetivo de este estudio es determinar un posible patrón de variabilidad inter-host específico de tejido a diferentes niveles del sistema respiratorio, asociando esta información con características clínicas importantes. Se analizó la variabilidad inter-host del SARS-CoV-2 utilizando el método de entropía de Shannon con datos genómicos de individuos positivos a COVID-19 (Enfermedad por Coronavirus) de Chile y Brasil, en tres tipos de muestras respiratorias. Se incluyeron un total de 398 muestras con COVID-19 positivo, de las cuales 369 muestras oronasofaríngeas, 20 de aspirado traqueal, 9 de esputo y se analizaron mediante métodos bioinformáticos para determinar variabilidad. Se observaron diferentes patrones de variabilidad del SARS-CoV-2 en muestras respiratorias, lo que puede indicar fenómenos de compartimentación tisular. Los cambios genéticos encontrados en el gen N y ORF1ab podrían afectar a la detección y propagación del virus. Además la diversidad viral encontrada en las diferentes muestras fué elevada y se distribuyó uniformemente por todo el genoma. El seguimiento de las variaciones inter-host en SARS-CoV-2 podría ayudar a comprender los efectos de la evolución viral y proporcionar información para el diagnóstico y el diseño de fármacos y vacunas.