Abstract

Introducción: La diseminación de Enterobacterales reistentes a carbapenémicos productores de carbapenemasas (ERC-PC) continúa en aumento a nivel mundial. En Chile, el 2012 se reportó el primer caso de KPC y en 2014 el de NDM, pero no fue hasta el 2017 cuando el incremento paulatino tuvo un punto de inflexión, sobrepasando en frecuencia a las ERC no productoras de carbapenemasa. Incluso más preocupante, es el incipiente aumento de ERC portadores de más de una carbapenemasa, usualmente llamados co-portadores de carbapenemasas (ERC-CPC). La identificación y caracterización de ERC-CPC es fundamental para comprender la epidemiología local y tomar medidas de control oportunas y efectivas. Objetivo: Identificar aislados de ERC-CPC causantes de infecciones invasivas en pacientes adultos, caracterizando su perfil fenotípico y genómico. Materiales y métodos: Se evaluó un total de 1335 ERC recuperados desde infecciones invasivas en pacientes adultos en 11 hospitales chilenos entre enero 2019 y diciembre 2022. La especie bacteriana se determinó por MALDI-TOF y el perfil de resistencia por Kirby Bauer. Se realizó concentración mínima inhibitoria (MIC) para cefiderocol (FDC). Todas las técnicas de susceptibilidad se realizaron según indicaciones del CLSI (2023). La presencia de los genes blaKPC, blaVIM, y blaNDM se evaluó por PCR convencional. Adicionalmente, en los aislados identificados como ERC-CPC la producción enzimática se realizó por inmunocromatografía. Todos los aislados de ERC-CPC fueron secuenciados por Illumina y Oxford Nanopore con ensamblaje híbrido para caracterización genómica. Resultados: De los 1335 ERC, 428 (32%) fueron ERC-PC. De éstos, 11 aislados se identificaron como ERC-CPC, todos fueron portadores de blaKPC y blaNDM: 6 Escherichia coli (ST295 y ST361), 2 Klebsiella pneumoniae (ST24 y ST45), 2 Klebsiella oxytoca (ST242) y un Citrobacter freundii. Todas las ERC-CPC exhibieron resistencia a cefalosporinas de tercera y cuarta generación, carbapenémicos, aminoglucósidos, quinolonas y las combinaciones disponibles de β-lactámicos con inhibidores de β-lactamasas. FDC demostró actividad en 10/11 aislados (MIC=1–4µg/mL), excepto en C. freundii, que presentó susceptibilidad intermedia (MIC=8µg/mL). El análisis genómico confirmó la presencia simultánea de blaKPC-2 y blaNDM-7 en 10/11 aislados. Solo un aislado de K. pneumoniae portaba blaKPC-3 y blaNDM-7. Dicho análisis determinó que todos los ERC-CPC presentaban genes de resistencia a aminoglucósidos (aac(6´)-Ib, aadAI6), sulfonamidas (sulI) y trimetropim (dfrA27). Además los aislados de K. pneumoniae, K. oxytoca y C. freudii portaban otros genes de β-lactamasas (e.g. blaCTX-M-15, blaTEM-1). El ensamblaje híbrido permitió demostrar que blaKPC-2 y blaNDM-7 estaban contenidos en plásmidos independientes de 57Kb y 46 Kb, respectivamente. Conclusiones: Reportamos la emergencia de múltiples especies de ERC-CPC en hospitales de Chile. Ambos genes estaban ubicados en elementos genéticos móviles, sugiriendo una diseminación horizontal de estos genes entre especies mediada por plásmidos. Así mismo, confirmamos la presencia de otros genes de resistencia en estas ERC CPC. FDC mantuvo actividad in vitro contra la mayoría de estos aislados, sugiriendo que podría ser una alternativa para tratar estas infecciones.