Abstract

Introducción. Los Enterobacterales resistentes a carbapenémicos (ERC) son considerados patógenos de alta prioridad por la OMS. En Chile, la cepa predominante es Klebsiella pneumoniae resistente a carbapenémicos (Kpn-RC), con una prevalencia aproximada de 35-40%. La pandemia de COVID-19 se tradujo en un aumento significativo en el uso de antimicrobianos, pero el impacto en la emergencia de nuevos linajes genómicos en ERC no ha sido evaluado suficientemente. Objetivo. Caracterizar la emergencia de linajes genéticos de Kpn-RC productoras de carbapenemasas antes y después de la pandemia en un hospital chileno. Métodos. Se analizaron aislados invasores de Kpn-RC recuperados en un hospital terciario de Santiago entre 2018 y 2022, divididos en tres periodos: prepandemia (T0: 3/2018–2/2020), pandemia temprana (T1: 3/2020–2/2021) y pandemia tardía (T2: 3/2021–7/2022). Se recolectaron prospectivamente aislados clínicos de Kpn-RC no susceptibles a ≥1 carbapenémico de infecciones invasoras (sangre, fluidos estériles o tejidos). Todos los aislados se enviaron a un laboratorio central para reconfirmar especie por MALDI-TOF y perfil de susceptibilidad antibiótica mediante el método de difusión en disco (CLSI 2023). Se detectaron genes de carbapenemasas (blaKPC, blaNDM y blaVIM) por PCR y se realizó secuenciación del genoma completo (WGS) en plataforma Illumina. Resultados. Se recopilaron 152 aislados de Kpn-RC (T0: 61, T1: 33, T2: 58). La sangre fue la fuente principal (n = 93), seguida de tejidos (n = 48) y otros líquidos estériles (n = 11). La resistencia a ertapenem se mantuvo constante durante el periodo de estudio (97–98%), pero la resistencia a meropenem e imipenem aumentó significativamente. La resistencia a meropenem subió del 53% en T0 al 79% y 95% en T1 y T2, respectivamente. La resistencia a imipenem aumentó del 5% y 9% en T0 y T1 al 83% en T2. En T0, solo el 3% de los aislados portaban una carbapenemasa (2/61; 2 blaKPC). En T1, fue el 6% (2/33; 2 blaNDM) y en T2, el 76% de los aislados portaban carbapenemasas (46/58; 19 blaKPC, 25 blaNDM, 2 blaVIM). En cuanto a la prevalencia de linajes genéticos, en T0 dominó ST25 (54%), seguido de ST11 (11%). En T1, ST25 aumentó al 85%, ST11 disminuyó al 6% y emergió ST45 (3%). En T2, se estableció ST45 (41%), emergió ST1161 (21%) y se observaron otros linajes. Todos los aislados de los linajes ST1161 y ST45 portaban blaKPC y blaNDM, respectivamente. Conclusiones. Tras el inicio de la pandemia de COVID-19, se observó un aumento en la resistencia a meropenem e imipenem en Kpn-RC, asociado a la aparición de carbapenemasas blaKPC y blaNDM. También se evidenció un cambio en los linajes genéticos de Kpn-RC productoras de carbapenemasas, con predominio de ST45 y ST1161, sugiriendo un establecimiento de nuevos linajes productores de carbapenemasas.