Abstract

Antecedentes. Las infecciones causadas por Enterococcus faecium resistente a vancomicina (VREfm) son una grave amenaza para la salud pública. La resistencia a vancomicina se debe a la adquisición de los genes van, que sintetizan monómeros de peptidoglicano de baja afinidad por los glicopéptidos. Si bien hay varios tipos de genes van, los más reportados son vanA o vanB. VREfm presenta una gran versatilidad genética para adquirir y transferir elementos genéticos, lo que complica las estrategias convencionales de epidemiología molecular como MLST o PFGE y demanda análisis genómicos más complejos. Pese a ser un patógeno de importancia clínica, la epidemiología molecular de VREfm en Chile ha sido poco explorada. Objetivo. Caracterizar la epidemiología genómica de VREfm en Chile. Métodos. A partir de una colección de 762 aislados de VREfm obtenidos por la Red de Laboratorios MICROB-R de forma prospectiva entre diciembre de 2018 y mayo de 2023, seleccionamos 261 aislados representativos para realizar caracterización genómica y análisis filogenómicos. Todos los aislados fueron confirmados como E. faecium por MALDI-TOF. Se determinó la susceptibilidad antimicrobiana por Kirby-Bauer (CLSI 2023) y se confirmó la presencia de los genes van por PCR. Se realizó secuenciación del genoma completo por Illumina de los 261 aislados, determinando el secuenciotipo (ST) por MLST in silico. La presencia de genes de resistencia se evaluó con AMRFinder. Se realizaron reconstrucciones filogenómicas con los 261 genomas chilenos y 98 genomas de E. faecium de diferentes fechas y áreas geográficas. Se evaluó el efecto de la pandemia de COVID-19 agrupando las fechas de aislamiento en: pre-pandemia COVID-19 (T1), primer año de pandemia (T2) y post-pandemia (T3). Finalmente, realizamos secuenciación de lecturas largas (Oxford Nanopore) en 5 aislados para comprender el contexto genético de los clusters de genes van. Resultados. Los 261 aislados fueron confirmados como resistentes a vancomicina. Se observó una alta diversidad de linajes, siendo los más frecuentes el ST656 (n=70, 27%), un nuevo linaje designado como ST2446 (n=58, 22%) y el ST17 (n=55, 21%). El análisis temporal reveló una disminución gradual del ST656 (T1=47%, T2=31%, T3=15%), siendo reemplazado por ST2446 (T1=8%, T2=11%, T3=38%). Al evaluar los genes van observamos que el 81% (n=211) de los aislados portaban vanB y sólo un 7% (n=18) vanA. Sorprendentemente, el 12% (n=32) de los aislados portaban simultáneamente los clusters de genes vanA y vanB (vanAB). De las 32 cepas vanAB, el 53% (n=17) pertenecían a ST2137, el 34% (n=11) al ST233 y los 4 restantes al ST17 (n=2) y ST2446 (n=2). El análisis temporal sugirió un aumento en la frecuencia de aislados vanAB, pasando de 0.3% (n=1) en T1, a 5% (n=13) y 7% (n=18) en T2 y T3, respectivamente. La reconstrucción filogenómica mostró que los genomas chilenos pertenecían al denominado clado A1, agrupándose de forma independiente de los linajes de referencia circulantes a nivel mundial. El ensamblaje híbrido reveló que el cluster vanB se encontraba alojado en el cromosoma y el cluster vanA era portado en un plásmido de aproximadamente 45,000 pb, junto a otros genes de resistencia a antimicrobianos. Conclusiones. La epidemiología genómica de VREfm en Chile es única, con emergencia de linajes endémicos y una alta frecuencia del genotipo vanAB. Se necesitan más estudios para comprender el impacto clínico de la presencia de vanAB. Nuestros datos resaltan la importancia de mantener una vigilancia genómica en el país para adaptar las medidas de salud pública a la realidad local.