Direction of Thesis completed
1) Bachelor level
- Martha Rocha Munive. Bióloga. "Estructura genética de poblaciones naturales de Escherichia coli en mamíferos silvestres". Facultad de Ciencias. Abril, 1996.
- Valérie Béatrice Bouchet López. Bióloga. “Estructura genética de Rhizobium etli, durante un ciclo de siembra (1994), en Calpan, Puebla.” Mención honorífica, Facultad de Ciencias. Enero, 1997.
- Aldo Valera Vázquez “Influencia de las actividades agrícolas sobre la estructura genética de Rhizobium etli en simbiosis con Phaseolus vulgaris y P. coccineus”. Facultad de Biología de la Universidad Autónoma de Michoacán. Agosto, 1997.
- René Cerritos Flores. “Análisis jerárquico en la estructura genética de Escherichia coli asociada a murciélagos de la república Mexicana. Facultad de Ciencias. Enero, 1998.
- Antonio Cruz. "Diversidad genética de E. coli en ambientes secundarios en la república mexicana". Licenciatura en Biología, Facultad de Ciencias, UNAM. Enero, 2002.
- Jaime Gasca. "Genética de poblaciones de dos variedades de Rhizobium etli asociado a frijol en Michoacán". Noviembre 2004.
- Lucianna Raggii. "Diversidad microbiana en la chapopotera de Campeche". Licenciatura en Ciencias Biomédicas Básica. Septiembre 2005.
- María Rebolledo. "Evolución experimental en Pseudomonas de Cuatro Ciénegas. Se puede cambiar el nicho?" Facultad de Ciencias, UNAM. Julio 2011.
- Víctor Manuel Sosa Jiménez. "Diversidad de linajes de bacterias cultivables en dos comunidades contrastantes en Cuatro Ciénegas Coahuila". Noviembre 2011.
- Pedro Márquez Zacarias. "Parámetros de crecimiento de Bacillus aislados del sistema oligotrófico de Cuatro Ciénegas". Lic. en investigación Biomédica Básica. Octubre 2016.
- Paola Angélica Vázquez. "Diversidad en fototrofas anaerobicas cultivables de Cuatro ciénegas Coahuila". Agosto, 2017.
- Liliana Rodríguez García. "Diversidad de Vibrio en Churince Cuatro Ciénegas". UAM Xochimilco. Agosto, 2017.
- Jhoselinne Teresa Buen Rostro Muñoz, "Metaboómica de tapetes microbianos de Cuatro Cienegas". Facultad de Estudios Superiores Iztacala. Enero 2020

2) Master level
- Claudia Verónica Silva Romero. "Estructura genética de Rhizobium etli en San Miguel Acuexcomac, Puebla, México". Maestría en Ciencias (Ecología y Ciencias ambientales), Facultad de Ciencias. Septiembre 1998.
- Marta Graciela Rocha Munive. "Plásmidos en Escherichia coli y su importancia en la evolución de la patogénesis". Maestría de la Facultad de Ciencias (Ecología y Ciencias ambientales), UNAM. Febrero 1999.
- Luisa Sandner. "Evolución del locus LEE en Escherichia coli asociada a humanos y mamíferos silvestres". Maestría de la Facultad de Ciencias (Ecología y Ciencias ambientales), UNAM. Septiembre 2001.
- Laura Espinosa. "Estructura de las comunidades de clonas ambientales en Cuatro Ciénegas Coahuila". Maestría en Ciencias Biomédicas. Enero 2005.
- Antonio Cruz. "Biogeografía de islas en la microbiota cultivable de Cuatro Ciénegas, Coahuila". Maestría de Ciencias Biológicas. Marzo 2009.
- Carlos Moreno Montalva. "Ecología de las interacciones entre bacterias en Cuatro Ciénegas Coahuila, México". Maestría bi nacional Universidad de Sevilla-Ciencias Biológicas. Abril 2017.
- Alan Heres Rojas. "Diversidad de las comunidades bacterianas asociadas a los estanques de cultivo de camarón blanco; Litopenaeus vannamei del Pacífico Noroeste Mexicano y su relación con la identificación de enterotoxinas". Noviembre 2019.

3) Doctorate level
- Claudia Verónica Silva Romero. "Genética de poblaciones y evolución molecular de Rhizobium etli y Rhizobium galicum". Doctorado en Biomédicas. Julio 2003.
- Amanda Castillo. "Evolución molecular del Locus LEE en E. coli". Doctorado en Ciencias Biomédicas. Noviembre 2005.
- Ana Escalante. "¿Por qué hay tantas especies microbianas en el agua de Cuatro Ciénegas Coahuila, análisis multi-escalar de Pseudomona spp.". Agosto 2008.
- René Cerritos. "Por una definición de especie microbiana: el caso de Bacillus en Cuatro Ciénegas Coahuila". Julio 2008.
- Eria Rebollar Caudillo. "Exiguobacterium como modelo para entender la relación del ambiente con los procesos evolutivos en bacterias en el valle de Cuatro Ciénegas, Coahuila". Agosto 2012.
- German Bonilla Rosso. "Diversidad y función en metagenomas". Doctorado en Biomédicas. Octubre 2012.
- Ngyugen Esmeralda López-Lozano. "Efecto de la perturbación en la resiliencia de la microbiota del suelo del Churince, Cuatro ciénegas Coahuila". Doctorado en Biomédicas. Enero 2013.
- Andrea González. "Estructura poblacional de Escherichia coli en México". Posgrado en Biomédicas. Mayo 2013.
- Gabriela Delgado. "Citrobacter un genoma dinámico". Noviembre 2014.
- Morena Avitia Cao. "Estructura genética de Bacillus coahuilensis y especies cercanas en el Valle de Cuatro Ciénegas, Coahuila". Doctorado en Biomédicas. Abril 2015.
- Laura Espinosa Asuar. "Ecología molecular microbiana: estudios de comunidades y biogeografía en sistemas acuáticos". Mayo, 2015.
- Jorge Antonio Valdivia. "Respuesta evolutiva del grupo Bacillus a la escasez de fósforo. ¿Tiene razón la teoría estequiométrica de optimización de la tasa de crecimiento?". Doctorado en Biomédicas. Noviembre 2016.
- Gabriel Yaxal Ponce Soto. "Carrera armamentista o cooperación en Pseudomonas de Cuatro Cienegas". Ciencias Biológicas. Abril 2017.
- Mirna Vázquez Rosas. "Procesos de diversificación y adaptación de la familia Vibrionaceae. El caso de Cuatro Ciénegas". Ciencias Biomédicas. Diciembre 2017.
- Valerie Yselle de Anda Torres. "Ciclo del azufre. Metagenomica de la conservación en cuatro cienegas Coahuila". Ciencias Biomédicas. Junio 2018.

Co-Direction of Thesis completed
Master level
- Gloria Solís. "Análisis del gen regulador de la respuesta a estres por calor rpoH en cepas de Escherichia coli aisladas de diferentes hospederos". Maestría de la Facultad de Ciencias (Ecología y Ciencias ambientales), UNAM. Enero 2002.

Doctorate level
- Hector Arocha Garza. "Diversidad y Bioprospección de Actinobacterias de Cuatro Ciénegas, Coahuila con potencial farmaceútico". Codirectora externa. Universidad Autónoma de nuevo Léon. Diciembre 2018.

Thesis in development
Doctorate level
- Manuel García Ulloa-Gamis. "Evolución in situ de Pseudomona a lo largo de 13 años de cambios en el humedal del Churince". Ciencias Biomédicas.
- Mariette Viladomat Jasso. "Caracterización de la poza de genes fotosintéticos en Cuatro Ciénegas". Ciencias Biomédicas.
- Jazmín Sánchez Pérez. "Influencia de la fluctuación ambiental en la diversidad de tapetes microbianos en Cuatro Ciénegas". Ciencias Biomedicas.