Man

Marcelo Alejandro Rivas Astroza

Postdoctoral Researcheer

UNIVERSITY OF CALIFORNIA, SAN DIEGO

San Diego, Estados Unidos

Líneas de Investigación


Genetic and epigenetic regulation of cellular phenotype; Mathematical modelling of bioprocesses

Educación

  •  Magíster en Ciencias de la Ingeniería con Mención en Ingeniería Bioquímica, PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE VALPARAISO. Chile, 2009
  •  Bioengineering, UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA-CHAMPAIGN. Estados Unidos, 2015
  •  Licenciatura en Ciencias de la Ingeniería con mención en Ingeniería Bioquímica, PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE VALPARAISO. Chile, 2005
  •  Ingeniero Civil Bioquímico, PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE VALPARAISO. Chile, 2006

Experiencia Académica

  •   Postodoctoral Researcher Full Time

    PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE VALPARAISO

    Valparaíso, Chile

    2017 - 2019

  •   Postodoctoral Researcher Full Time

    University of California, San Diego

    San Diego, Estados Unidos

    2016 - 2016

  •   Assistant Professor Full Time

    Universidad Tecnológica Metropolitana

    Assistant Professor

    Santiago, Chile

    2020 - A la fecha

Experiencia Profesional

  •   Profesor de la clase: Computación Aplicada

    Pontificia Universidad Católica de Valparaíso

    Chile

    2009 - 2009

  •   Profesor de la clase: Termódinamica

    Pontificia Universidad Católica de Valparaíso

    Chile

    2009 - 2009

  •   Guest Lecturer: Applied Genomic Technologies

    University of California San Diego

    Estados Unidos

    2015 - 2015


 

Article (9)

Phenotype-specific estimation of metabolic fluxes using gene expression data

Gonzalez-Arrue, Nicolas; Inostroza, Isidora; Conejeros, Raul; Rivas-Astroza, Marcelo

Article ISI
ISCIENCE  (2023)

Kinetic model of Clostridium beijerinckii's Acetone-Butanol-Ethanol fermentation considering metabolically diverse cell types

Rivas-Astroza, Marcelo; Paredes, Ivan; Guerrero, Karlo; Mau, Silvia; Quintero, Julian; Gentina, Juan Carlos; Conejeros, Raul; Aroca, German

Article ISI
JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY  (2021)

Metabolic flux configuration determination using information entropy

Rivas-Astroza, Marcelo; Conejeros, Raul

Article ISI
PLOS ONE  (2020)

SMARCAD1 Contributes to the Regulation of Naive Pluripotency by Interacting with Histone Citrullination

Xiao, Shu; Lu, Jia; Sridhar, Bharat; Cao, Xiaoyi; Yu, Pengfei; Zhao, Tianyi; Chen, Chieh-Chun; McDee, Darina; Sloofman, Laura; Wang, Yang; Rivas-Astroza, Marcelo; Telugu, Bhanu Prakash V. L.; Levasseur, Dana; Zhang, Kang; Liang, Han; Zhao, Jing Crystal; Tanaka, Tetsuya S.; Stormo, Gary; Zhong, Sheng

Article ISI
CELL REPORTS  (2017)

Systematic Mapping of RNA-Chromatin Interactions In Vivo

Sridhar, Bharat; Rivas-Astroza, Marcelo; Nguyen, Tri C.; Chen, Weizhong; Yan, Zhangming; Cao, Xiaoyi; Hebert, Lucie; Zhong, Sheng

Article ISI
CURRENT BIOLOGY  (2017)

Transcriptomic insights into the genetic basis of mammalian limb diversity

Maier, Jennifer A.; Rivas-Astroza, Marcelo; Deng, Jenny; Dowling, Anna; Oboikovitz, Paige; Cao, Xiaoyi; Behringer, Richard R.; Cretekos, Chris J.; Rasweiler, John J.; Zhong, Sheng; Sears, Karen E.

Article ISI
BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY  (2017)

The Relationship between Gene Network Structure and Expression Variation among Individuals and Species

Sears, Karen E.; Maier, Jennifer A.; Rivas-Astroza, Marcelo; Poe, Rachel; Zhong, Sheng; Kosog, Kari; Marcot, Jonathan D.; Behringer, Richard R.; Cretekos, Chris J.; Rasweiler, John J.; Rapti, Zoi

Article ISI
PLoS Genetics  (2015)

Genomic analysis of hepatic farnesoid X receptor binding sites reveals altered binding in obesity and direct gene repression by farnesoid X receptor in mice

Lee, Jiyoung; Seok, Sunmi; Yu, Pengfei; Kim, Kyungsu; Smith, Zachary; Rivas-Astroza, Marcelo; Zhong, Sheng; Kemper, Jongsook Kim

Article ISI
HEPATOLOGY  (2012)

Mapping personal functional data to personal genomes

Rivas-Astroza, Marcelo; Xie, Dan; Cao, Xiaoyi; Zhong, Sheng

Article ISI
BIOINFORMATICS  (2011)

BookSection (1)

Metabolic diversity in cell populations: probability densities over the flux polytope

De Martino, A; Rivas-Astroza, Marcelo; De Martino, A; Rivas-Astroza, Marcelo

BookSection
 (2023)

ConferencePoster (7)

Phenotype-Specific Estimation of Metabolic Fluxes Using the Principle of Maximum Entropy

Rivas-Astroza, Marcelo; Gonzalez-Arrue, Nicolás; Inostroza, Isidora; Conejeros R.

ConferencePoster
 (2022)

“Estimación del estado metabólico utilizando entropía de la información”.

Rivas-Astroza, Marcelo; Conejeros R.

ConferencePoster
 (2021)

“Narrowing Flux Balance Analysis Predictions Down to a Single Flux Configuration Using the Principle of Maximum Entropy

Rivas-Astroza, Marcelo; Gonzalez-Arrue, Nicolás; Inostroza, Isidora; Conejeros R.

ConferencePoster
 (2021)

“Metabolic flux configuration determination using information entropy”

Rivas-Astroza, Marcelo; Conejeros R.

ConferencePoster
 (2020)

“Kinetic model of Clostridium beijerinckii based on superposition of its phenotypic states”

Rivas-Astroza, Marcelo; Conejeros R.; Paredes, Ivan; Aroca, German

ConferencePoster
 (2018)

“Mining of RNA-seq libraries to compute cellular metabolic state”

Rivas-Astroza, Marcelo; Conejeros R.

ConferencePoster
 (2018)

“Genome-wide mapping of histone marks at single-nucleosome resolution"

Rivas-Astroza, Marcelo; Zhong, Sheng

ConferencePoster
 (2015)

Proyecto (4)

Modelo de optimización estrictamente convexo para estimar el metabolismo celular de manera fenotipo-específica y termodinámicamente consistente

Rivas-Astroza, Marcelo

Proyecto
 (2023)

Modelo en base a restricciones para predecir el efecto del estado metabólico en el perfil de modificaciones epigenéticas

Rivas-Astroza, Marcelo

Proyecto
 (2021)

Constraint-based model of metabolism integrating cellular metabolic cycles and metabolic-epigenetic interactions

Rivas-Astroza, Marcelo; Rivas-Astroza, Marcelo; Conejeros R.

Proyecto
 (2017)

4D Nucleome

National Institutes of Health, USA (1)

Proyecto
2016-2017
Postdoctorado

20
Marcelo Rivas

Postdoctoral Researcheer

UNIVERSITY OF CALIFORNIA, SAN DIEGO

San Diego, Estados Unidos

1
Karlo Guerrero

Investigador posdoctoral

Escuela de Ingeniería Bioquímica

Pontificia Universidad Católica de Valparaíso

Valparaíso, Chile

1
Raul Conejeros

Profesor Titular

ESCUELA DE INGENIERIA BIOQUIMICA, PONTIFCIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE VALPARAISO

Valparaiso, Chile