Migration ecology, with particular interest on partial migration of fishes. Trophic ecology of aquatic vertebrates including fishes, birds and mammals. Population ecology of exploited fish populations.

Desde 2005 he participado activamente en el apoyo y formación de estudiantes de pre y postgrado en distintas materias y áreas como:
- Trabajo en terreno:
* manejo y recopilación de data hidroacústica
* uso de cámara videoacústica DIDSON
* como jefa de crucero, encargada de organizar la toma de datos acústicos, biológicos y ambientales y lances de redes de pesca, zooplancton, fitoplancton, CTDO, etc.
* identificación de especies a bordo de cruceros y toma de muestras biológicas
* identificación y conteo de aves, etc.

- Trabajo en laboratorio:
* lectura de edad en otolitos y escamas de peces
* análisis calorimétrico,
* extracción de DNA
* análisis de partes duras en fecas de lobos marinos y en egagrópilas de aves marinas
* preparación de muestras para análisis de isótopos estables

- Manejo de software:
* Echowiew Sonardata (para data hidroacustica)
* Microsoft Access y Database para procesamiento y manejo de base de datos
* R para análisis estadístico
* Zotero para manejo de base de datos bibliográficas
* QGIS para manejo de información geográfica

Asistencia a Congresos y presentaciones:
* Niklitschek, E. J., Toledo, P., Leiva, F. P., Garcés, C., and Barra, F. 2019. Paisajes isotópicos, variabilidad ambiental y estructura de poblaciones de peces en Sudamérica y Antártica: aprendizajes desde la química de otolitos. In XII Reunión de la Asociación Chilena de Ictiología. Asociación Chilena de Ictiología, Puerto Montt, Chile.
* Toledo, P., Darnaude, A., Niklitschek, E. J., Ojeda, V., Voué, R., Leiva, F. P., Labonne, M., et al. 2019. Migración parcial y crecimiento temprano de merluza austral Merluccius australis: un viaje entre ambientes estuarinos y oceánicos en la Patagonia norte. In XII Reunión de la Asociación Chilena de Ictiología. Asociación Chilena de Ictiología, Puerto Montt, Chile.
* Garcés, C., Leiva, F., Toledo, P., Neira, S., and Niklitschek, E. J. 2017, Mayo 23. Ecología trófica de peces depredadores nativos y salmón Chinook en el Mar Interior de Chiloé. Valparaíso, Chile.
* Niklitschek, E., Toledo, P., Garcés, C., Neira, S., and Leiva, F. 2016a, Mayo 26. Roles tróficos de peces de importancia comercial del Mar Interior de Chiloé, revelado por análisis de isótopos estables. Concepción, Chile.
* Niklitschek, E. J., Toledo, P., Dagneau de Richecour, D., Ferraton, F., Petit, C., Leiva, F., and Darnaude, A. 2016b, Mayo 25. Identificando las principales áreas de crianza de merluza del sur Merluccius australis en el sistema de fiordos nor-patagónicos y áreas oceánicas adyacentes. Concepción, Chile.
* Robles, Y., Niklitschek, E. J., and Toledo, P. 2014, May 28. Descripción de patrones migratorios de merluza de cola, Macruronus magellanicus, en el sistema estuarino de Chiloé y en el océano costero, en base a la composición isotópica de sus otolitos. Osorno, Chile.
*Garcés, C., Niklitschek, E. J., and Toledo, P. 2013, Noviembre 4. Geo-localización de hábitats de crianza Macruronus magellanicus en el Océano Pacífico Sur-Oriental. Puerto Varas, Chile.
* Robles, Y., Niklitschek, E. J., and Toledo, P. 2013, Noviembre 6. Descripción de patrones migratorios de Macruronus magellanicus en el mar interior de Chiloé y en el océano costero, en base a microquímica de otolitos. Puerto Varas, Chile.
* Niklitschek, E. J., Secor, D. H., Toledo, P., Valenzuela, X., Zuleta, A., Cubillos, L. A., and Rubilar, P. 2012b, November 13. Relative contribution of Pacific nursery areas to adults stocks of Patagonian grenadier Macruronus magellanicus around South America. Mar del Plata, Argentina.
* Niklitschek, E. J. 2012, October 24. Origen natal y conectividad de Sprattus fuegensis en el Mar Interior de Chiloé y Fiordos Patagónicos. Punta Arenas, Chile.
* Niklitschek, E. J., Ernst, B., Toledo, P., Oyarzún, C., and Hernández, E. 2012a, Junio 5. Trophic impacts from introduced salmonids upon native fishes in the Northern Patagonian Fjords System. Venice, Italy.
* Niklitschek, E. J., Secor, D. H., Toledo, P., Lafon, A., and George-Nascimento, M. 2010, Octubre 21. Segregación de stocks de merluza de tres aletas en aguas sur-australes: evidencia complementaria de microquímica de otolitos y parasitología. Concepción, Chile.
* Niklitschek, E. J., Secor, D. H., George-Nascimento, M., Toledo, P., and Lafon, A. 2009. Segregation of SE Pacific and SW Atlantic blue whiting stocks: evidence from complementary otolith and parasite natural tags. Monterrey, California (USA).
* Toledo, P., Niklitschek, E. J., Cornejo-Donoso, J., Hernádez, E., and Lafon, A. 2007, Mayo 29. Composición, distribución y abundancia de pequeños pelágicos en el Mar Interior de Chiloé: inesperada dominancia de sardina austral. Iquique, Chile.

Asistencia a Workshops (2014-2019) :
* 2020 ifop valparaiso
* 2017 Workshop “ABNJ (Areas Beyond National Jurisdiction) Deep Seas Project: meeting travel: orange roughy acoustics workshop”. 30 January to 3 February, Roma, Italia. Invitada por FAO
* 2017 Workshop Latinoamericano: “Microquímica de otólitos: Processos e protocolos em Peixes Neotropicals”. 15 -17 de noviembre, Maceió, Alagoas, Brasil.

Participación en Proyecto EXPLORA (Coyhaique y Puerto Montt)
2005-2018 Participación en charlas científicas realizadas en escuelas en la semana de la ciencia y tecnología "Mil científicos, mil aulas"