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Patricio Alejandro Oyarzún Cayo

Profesor Asociado

Universidad San Sebastián

Concepción, Chile

Mis intereses se centran en los campos de la nanobiotecnología y la bioinformática, abordando la interfase entre ambas áreas desde el punto de vista del desarrollo de aplicaciones tecnológicas en genosensores, medio ambiente y salud.

Bioquímico, PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE VALPARAISO. Chile, 1996
Magister Ciencias de la Ingeniería m/Ingeniería Bioquímica, PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE VALPARAISO. Chile, 2001
Bioinformatics, UNIVERSITY OF QUEENSLAND. Australia, 2012

Profesor Asociado Full Time

Universidad San Sebastián

Ingeniería y Tecnología

Concepción, Chile

2002 - At present
Director carrera Full Time

Universidad San Sebastián

Ingeniería y Tecnología

Concepción, Chile

2002 - 2007
Director General de Investigación Full Time

Universidad San Sebastián

Ingeniería y Tecnología

Santiago, Chile

2013 - 2014
Coordinador de Investigación Sede Concepción Full Time

Universidad San Sebastián

Ingeniería y Tecnología

Concepción, Chile

2015 - 2017
Director de Investigación Full Time

Universidad San Sebastián

Ingeniería y Tecnología

Concepción, Chile

2017 - At present

Presidente Interino Part Time

Asociación Regional de Empresas Biotecnológicas Región del Biobío

Concepción, Chile

2007 - 2008
Representante USS Part Time

Red de Centros Tecnológicos de la Región del Biobío (REDCET BIOBIO)

Concepción, Chile

2016 - 2017
Representante Part Time

Nodo Agroalimentario de la Región del Biobío

Concepción, Chile

2016 - 2017

Tesis de Pregrado Ingeniería Civil en Biotecnología (últimos 3 años):

Año 2017 (en curso):
Tesis: Desarrollo de un nano-biosensor fluorescente a base de puntos cuánticos para detección genómica de Mycobacterium bovis / Estudiante: Ligia Inostroza
Tesis: Comparación de un nano-biosensor y una técnica instrumental confirmativa para la detección de residuos de antibióticos en leche cruda de bovinos / Estudiante: Camila Rodríguez.

Año 2016:
Tesis: Caracterización del contenido de aminoácidos tipo micosporinas en extractos del alga chilena Porphyra columbina ("Luche") / Estudiante: Felipe Silva.
Tesis: Evaluación de la producción de celulosa bacteriana (CB) a partir de la cepa Gluconacetobacter xylinus como base para una matriz biopolimérica con aplicación en el tratamiento de metales pesados / Estudiante: Rodrigo Cáceres.
Tesis: Evaluación de la remoción de amoníaco mediante un biofiltro de lecho escurrido inoculado con un consorcio microbiano / Estudiante: Lisette Alarcón.

Año 2015:
Tesis: Caracterización de la dinámica poblacional de un consorcio microbiano sulfooxidante durante aclimatación a una mezcla gaseosa azufrada / Estudiante: Nicolás Martínez.
Tesis: Caracterización analítica de un biosensor basado en nanopartículas de oro para detección espectrofotométrica del antibiótico ampicilina / Estudiante: Javiera Aguilar.
Tesis: Evaluación in vitro de nanopartículas biopoliméricas para vehiculización de vacunas plasmidiales / Estudiante: Stephanie Durán.

Patentes:
* Kriman L, Reyes M, Oyarzun P, Villegas R & Ñancucheo I. EWOS S.A., assignee. Process and Formulation for Immunizing Fish in Aquaculture Systems. United State Patent US 8,753,878 B2. 2014 Jun 17.
* Kriman L, Reyes M, Oyarzun P, Villegas R & Ñancucheo I. EWOS S.A. and Bioinnovation, assignee. Vacuna de ADN útil para inducir inmunidad y tratar infecciones en peces, composición farmacéutica y alimenticia que comprende dicha vacuna y proceso para producir dicha composición. Chilean Patent CL 50844. 2015 Apr 20.
* Kriman L, Reyes M, Oyarzun P, Villegas R & Ñancucheo I. DNA immunization for Fish. New Zeland Patent NZ 578541. 2012 Aug 06.
* Kriman L, Reyes M, Oyarzun P, Villegas R & Ñancucheo I. EWOS S.A., assignee. Process and Formulation for Immunizing Fish in Aquaculture Systems. Canadian Patent CA 2687208. 2016.

Premio 1er lugar presentación poster en congreso internacional

International Society of Vaccines (ISV)

China, 2012

Premio 1er lugar presentación poster "PREDIVAC: A bioinformatics tool for multi-epitope peptide vaccine design that effectively accounts for human ethnic diversity" en 6th Vaccine and ISV Congress", Shanghai, China, 14-16 Octubre 2012.


A Proteome-Wide Immunoinformatics Tool to Accelerate T-Cell Epitope Discovery and Vaccine Design in the Context of Emerging Infectious Diseases: An Ethnicity-Oriented Approach Oyarzun, Patricio; Kashyap, Manju; Fica, Victor; Salas-Burgos, Alexis; Gonzalez-Galarza, Faviel F.; McCabe, Antony; Jones, Andrew R.; Middleton, Derek; Kobe, Bostjan Article ISI FRONTIERS IN IMMUNOLOGY (2021)
An ecofriendly nanocomposite of bacterial cellulose and hydroxyapatite efficiently removes lead from water Nunez, Dariela; Caceres, Rodrigo; Ide, Walther; Varaprasad, Kokkarachedu; Oyarzun, Patricio Article ISI INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES (2020)
Antibiotic copper oxide-curcumin nanomaterials for antibacterial applications Varaprasad, Kokkarachedu; Lopez, Matias; Nunez, Dariela; Jayaramudu, Tippabattini; Sadiku, Emmanuel Rotimi; Karthikeyan, Chandrasekaran; Oyarzunc, Patricio Article ISI SCOPUS JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS (2020)
Improved Antibiotic Detection in Raw Milk Using Machine Learning Tools over the Absorption Spectra of a Problem-Specific Nanobiosensor Gutierrez , Pablo; Godoy, Sebastian E.; Torres, Sergio; Oyarzun, Patricio; Sanhueza, Ignacio; Diaz-Garcia, Victor; Contreras-Trigo, Braulio; Coelho, Pablo Article ISI SENSORS (2020)
Generation of engineered core-shell antibiotic nanoparticles Varaprasad, K; Yallapu, MM; Nunez, D; Oyarzun, P; Lopez, M; Jayaramudu, T; Karthikeyan, C Article ISI SCOPUS RSC ADVANCES (2019)
Heavy metal removal from aqueous systems using hydroxyapatite nanocrystals derived from clam shells Nunez, Dariela; Ander Serrano, Jon; Mancisidor, Aritz; Elgueta, Elizabeth; Varaprasad, Kokkarachedu; Oyarzun, Patricio; Caceres, Rodrigo; Ide, Walther; Rivas, Bernabe L. Article ISI SCOPUS RSC ADVANCES (2019)
Presence and characterization of microplastics in fish of commercial importance from the Biobio region in central Chile Pozo, K; Gomez, V; Torres, M; Vera, L; Nunez, D; Oyarzun, P; Mendoza, G; Clark, B; Fossi, MC; Baini, M; Pribylova, P.; Klanova, J Article ISI SCOPUS MARINE POLLUTION BULLETIN (2019)
Trickling filter technology for biotreatment of nitrogenous compounds emitted in exhaust gases from fishmeal plants Oyarzun, P; Alarcon, L; Calabriano, G; Bejarano J.; Nunez, D; Ruiz-Tagle, N; Urrutia, H Article ISI SCOPUS JOURNAL OF ENVIRONMENTAL MANAGEMENT (2019)
Hydroxyapatite nanocrystals synthesized from calcium rich bio-wastes Núñez, Dariela; Elgueta, Elizabeth; Varaprasad, Kokkarachedu; Oyarzún, Patricio Article ISI SCOPUS MATERIALS LETTERS (2018)
Nano-hydroxyapatite polymeric hydrogels for dye removal Varaprasad, Kokkarachedu; Nunez, Dariela; Yallapu, Murali Mohan; Jayaramudu, Tippabattini; Elgueta, Elizabeth; Oyarzun, Patricio Article ISI SCOPUS RSC ADVANCES (2018)
Slight pH Fluctuations in the Gold Nanoparticle Synthesis Process Influence the Performance of the Citrate Reduction Method Contreras-Trigo, Braulio; Díaz-García, Víctor; Guzmán-Gutierrez, Enrique; Sanhueza, Ignacio; Coelho, Pablo; Godoy, Sebastián; Torres, Sergio; Oyarzún, Patricio Article ISI SCOPUS SENSORS (2018)
Synthesis of Copper Sulfide Nanoparticles Using Biogenic H2S Produced by a Low-pH Sulfidogenic Bioreactor Colipai, Camila; Southam, Gordon; Oyarzún, Patricio; González, Daniella; Díaz, Víctor; Contreras, Braulio; Nancucheo, Ivan Article ISI SCOPUS Minerals (2018)
A novel "in-feed" delivery platform applied for oral DNA vaccination against IPNV enables high protection in Atlantic salmon (Salmon salar) Reyes, Miguel ; Ramírez, Cesar; Ñancucheo, Ivan; Villegas, Ricardo; Schaffeld, Guillermo; Kriman, Luis; Gonzalez, Javier; Oyarzun, Patricio Article ISI SCOPUS VACCINE (2017)
Recombinant and epitope-based vaccines on the road to the market and implications for vaccine design and production Oyarzún P.; Kobe B. Article ISI SCOPUS HUMAN VACCINES & IMMUNOTHERAPEUTICS (2016)
A bioinformatics tool for epitope-based vaccine design that accounts for human ethnic diversity: Application to emerging infectious diseases Oyarzún P.; Ellis J.J.; Gonzalez-Galarza F.F.; Jones, A. R.; Middleton D.; Boden M.; Kobe B. Article ISI SCOPUS VACCINE (2015)
PREDIVAC: CD4+T-cell epitope prediction for vaccine design that covers 95% of HLA class II DR protein diversity Oyarzn, P.; Ellis, JJ; Boden M.; Kobe B. Article ISI SCOPUS BMC Bioinformatics (2013)
Comparison on the removal of hydrogen sulfide in biotrickling filters inoculated with Thiobacillus thioparus and Acidithiobacillus thiooxidans Aroca G.; Urrutia, H; Nuñez D.; Oyarzún P.; Arancibia A.; Guerrero K. Article ISI SCIELO SCOPUS ELECTRONIC JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY (2007)
Biofiltration of high concentration of hydrogen sulphide using Thiobacillus thioparus Oyarzún P.; Arancibia F.; Canales, C; Aroca, GE Article ISI SCOPUS PROCESS BIOCHEMISTRY (2003)


Algas marinas=> masificación de una estrategia tecnológica sustentable para la formulación de ingredientes activos utilizados en alimentos funcionales con propiedades anti-obesidad CORFO Biobío (18IIP-93644) Proyecto 2018-2021 Director(a)
Desarrollo de Biosensores Optoelectrónicos y Algoritmos de correlación para cuantificar el espectro emitido por nanopartículas de oro que detectan la presencia de residuos de antibióticos en leche cruda (ID16I10221) FONDEF (ID16I10221) Proyecto 2017-2019 Investigador(a)
Toward a proteome-wide immunoinformatics tool for rational design of multi-epitope chimeric vaccines=> an ethnicity-oriented approach FONDECYT (11170638) Proyecto 2017-2020 Inv. Responsable
Desarrollo de un probiótico que fortalezca la producción y calidad frutícola de la industria del arándano FIA - Línea de Estudios y Proyectos de Innovación en Agricultura Sustentable (PYT-2016-0066) Proyecto 2016-2017 Subdirector(a)
Producto antitumoral derivado de un probiótico con impacto en la patología de colon CORFO Línea de Innovación en Productos y Procesos Basados en I+D (Prototipo) (15IPPID-45792) Proyecto 2016-2016 Subdirector(a)
Desarrollo de un modelo de vinculación científica con el sector empresarial ganadero-lechero del Biobío para abordar la problemática sanitaria ganadera mediante la implementación de innovaciones y soluciones biotecnológicas (VCE40000005) REGIONAL (40000005) Proyecto 2014-2015 Director(a)
Diplomado en Gestión de la Innovación y Comercialización de Tecnologías (DIP130007) REGIONAL (DIP130007) Proyecto 2014-2015 Director(a)
Optimización a Escala Piloto de la Tecnología de Biofiltración para el Control de Olores Generados en Plantas de Tratamiento de Aguas Servidas INNOVA BIO BIO (07-PC S1-183) Proyecto 2008-2012 Director(a)
Centro Tecnológico de Control Biológico de Plagas INNOVA CHILE Proyecto 2007-2009 Coinvestigador(a)
Bioplaguicidas para una Agricultura Sustentable=> Producción masiva en bioreactores del nemátodo N12 para el control de la babosa gris, Deroceras reticulatum INNOVA BIO BIO-FIA (03-B1-207) Proyecto 2005-2007 Director(a)
Desarrollo de una formulación alimenticia que permita la inmunización vía oral de salmones contra el virus de la necrosis pancreática infecciosa (IPN) mediante una vacuna de ADN INNOVA BIO BIO (02-A1-115) Proyecto 2003-2005 Director(a)
TRATAMIENTO DE AIRE CONTAMINADO CON ACIDO SULFIDRICO EN BIOFILTROS INOCULADOS CON THIOBACILLUS THIOPARUS FONDECYT (1000302) Proyecto 2000-2002 Tesista


Computer-aided design of T-cell epitope-based vaccines: addressing population coverage Oyarzún P.; Kobe B. Review ISI SCOPUS International Journal of Immunogenetics (2015)