Man

Luis Alfonso Valenzuela Villa

Investigador Postdoctoral

Universidad de Chile

Santiago, Chile

Líneas de Investigación


Mi interés principal se ubica en la interfaz entre la Biología, Matemática y Ciencias de la Computación. Especialmente el modelamiento e integración de datos Ómicos mediante técnicas de Machine y Deep Learning.

Educación

  •  Doctor en Biotecnología Molecular, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2020
  •  Ingenieria en Biotecnología Molecular, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2013
  •  Inteligencia Artificial, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2020
  •  Desarrollo de Software, INSTITUTO PROFESIONAL DUOC. Chile, 2019

Experiencia Académica

  •   Profesor Bioestadistica Avanzada Other

    Universidad San Sebastián

    Facultad de Medicina y Ciencia

    Santiago, Chile

    2018 - 2020

  •   Profesor Curso Análisis Estadístico y funcional de Datos Omicos Other

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Facultad de Ciencias

    Santiago, Chile

    2017 - 2017

  •   Profesor Curso Machine Learning Other

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Facultad de Ciencias

    Santiago, Chile

    2021 - At present

Experiencia Profesional

  •   Asesoría de estudios en investigación en implementación de técnicas de Aprendizaje Automático. Convenio N°12182/2020, FONDAP 15150012. Full Time

    Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    2020 - 2020

  •   Investigador Postdoctoral Full Time

    Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    2021 - At present

Formación de Capital Humano


Dirección de Tesis de Magister:
2020-2021: Magister en Genética, Facultad de Medicina, Universidad de Chile:
1) Srta. Mariana Barreto Yassir: "Dinámica de las modificaciones de histonas en los sitios de crossover durante la meiosis de ratón". (Co-Director).

Dirección Seminario de Título:
2020: Bioquímica, Facultad de Medicina y Ciencias, Universidad San Sebastian.
1) Sr. Pacheco Sebastian: "Comparación transcriptómica intestinal entre peces cebra de alto y bajo crecimiento en respuesta a una dieta basada en harina de soja suplementada con saponina." Terminada en el marco del proyecto Fondecyt de Iniciación 11170847. (Co-director)

Dirección Práctica Profesional de Título:
2019-2020: Bioquímica, Facultad de Medicina y Ciencias, Universidad San Sebastian.
1) Sr. Pacheco Sebastian: "Comparación transcriptómica intestinal entre peces cebra de alto y bajo crecimiento en respuesta a una dieta basada en harina de soja suplementada con saponina.". (Co-director).
2) Srta. Nicole Díaz Valdivia: "Evaluación transcriptómica y microbiómica en el intestino de Pez Cebra (Danio rerio) en respuesta a una dieta basada en
harina de soya suplementada con saponina.". (Co-director).

2020: Bioquímica, Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas, Universidad de Chile.
3) Sr. Wilson Elias Castillo Inaipil: "Análisis de Transcriptóma y Microbioma empleando R." (Director).


Difusión y Transferencia


2021 Profesor en curso "Biostadistica para la Investigación", organizado por la Sociedad Estudiantil de Investigación Científica. (Online)
2019 Profesor a cargo del "Workshop en Bioinformática", Facultad de Ciencias Agrarias y Alimentarias, Universidad Austral de Chile.

Congress Presentations
2021 1st Chilean Symposium of the Student Council of the International Society of Computational Biology, Chile
Oral presentation: "Machine Learning approaches for diagnosis of Phenylketonuria and biomarkers discovery"
Valenzuela Luis1,2, Acevedo Alejandro1,2, Alvarez Rodrigo1,2, Zuñiga Critobal1,2, Chavez Ignacio1,2, Pulgar Rodrigo1,2.
1 Laboratorio de Genómica y Genética de Interacciones Biológicas (LG2IB). Instituto de Nutrición y Tecnología de los Alimento, Universidad de Chile. El Líbano 5524, Macul, Santiago, Chile.
2 Center for Research and Innovation in Aquaculture (CRIA), Universidad de Chile, Santiago, Chile.

2021 1st Chilean Symposium of the Student Council of the International Society of Computational Biology, Chile
Poster: "Newborn metabolic characterization for phenylketonuria (PKU), in chilean patients."
Zuñiga Critobal1,2, Alvarez Rodrigo1,2, Chavez Ignacio1,2, Valenzuela Luis1,2, Acevedo Alejandro1,2, Pulgar Rodrigo1,2.
1 Laboratorio de Genómica y Genética de Interacciones Biológicas (LG2IB). Instituto de Nutrición y Tecnología de los Alimento, Universidad de Chile. El Líbano 5524, Macul, Santiago, Chile.
2 Center for Research and Innovation in Aquaculture (CRIA), Universidad de Chile, Santiago, Chile.

2021 XVIII Congreso Latinoamericano de Genética - ALAG 2021
Poster: "Intestinal transcriptome analysis reveals enrichment of genes associated with immune and lipid mechanisms, favoring soybean meal tolerance in high-growth Zebrafish".
Ulloa P.E1,4, L. Valenzuela2, , S. Pacheco3, G. Rincón6, L. Pavez1, N. Lam4, A.J. Hernández5, P. Dantagnan5, F. Gonzalez1, F. Jilberto4, C. Araneda4.
1 Facultad de Medicina Veterinaria y Agronomía, Núcleo de Investigaciones Aplicadas en Ciencias Veterinarias y Agronómicas, Universidad de Las Américas, Chile.
2 Omics Lab, Villavicencio 378, Oficina 32, Santiago 8320164, Chile.
3 Programa de Doctorado en Inmunología y Microbiología, Universidad San Sebastian, Chile.
4 Facultad de Ciencias Agronómicas, Departamento de Producción Animal, Universidad de Chile, Chile.
5 Facultad de Recursos Naturales, Departamento de Ciencias Agropecuarias y Acuícolas, Universidad Católica de Temuco, Chile.
6 333 Portage Street, Kalamazoo, MI 49007, Zoetis Genetics, Estados Unidos.

2021 XXV Congreso Latinoamericano de Microbiología – ALAM 2021
Poster: Pharmacological induction (U18666A) of Niemann-Pick disease increases the resistance of salmon Atlantic macrophages to Piscirickettsia salmonis infection.
Andrea Talamilla-Espinoza 1, 2, Madelaine Mejías 1, 2, Liliana Montt 1, 2, Javiera Pérez-Valenzuela 1, 2, Francisca Vera-Tamargo 1, 2, Luis Valenzuela 1, 2, Ignacio Chávez-Báez 1, 2, Dinka Mandakovic 1, 2, 3, Graciela Argüello G 4., Christian Hödar5., Rodrigo Pulgar 1, 2.
1 Laboratorio de Genómica y Genética de Interacciones Biológicas (LG2IB). Instituto de Nutrición y Tecnología de los Alimento, Universidad de Chile. El Líbano 5524, Macul, Santiago, Chile.
2 Center for Research and Innovation in Aquaculture (CRIA), Universidad de Chile, Santiago, Chile.
3 GEMA Center for Genomics, Ecology and Environment, Universidad Mayor, Camino La Pirámide 5750, Huechuraba, Santiago, Chile.
4 School of Health Sciences, Universidad Católica del Maule, Talca 3466706, Chile.
5 Laboratorio de Bioinformática y Expresión Génica (LBEG). Instituto de Nutrición y Tecnología de los Alimento, Universidad de Chile. El Líbano 5524, Macul, Santiago, Chile.

2019 Latin American Meeting in Artificial Intelligence, Uruguay.
Poster: “Bayesian clustering to rank biomarkers within gene regulatory networks”. Luis Valenzuela Villa. Universidad de Chile.

2019 XLII annual meeting of the Society of Biochemistry and Molecular Biology of Chile, Chile.
Poster: “Transcriptome characterization of intestines of adult zebrafish males fed soybean and fish meal protein-based diets.”
Luis Valenzuela Villa3, Sebastián Pacheco2,3, Nicole Díaz2,3, Natalia Lam2, Cristian Araneda2, Pilar Ulloa1,2.
1 Faculty of Veterinary Medicine and Agronomy, University of Las Américas,
2 Laboratory of Genetics and Biotechnology, Faculty Agronomical Sciences, University of Chile;
3 Faculty of Medicine and Sciences, San Sebastian University.

2019 XLII annual meeting of the Society of Biochemistry and Molecular Biology of Chile, Chile.
Poster: “Transcriptome characterization of intestines of adult zebrafish males of high and low growth after fed with a soybean meal-based diet.”
Sebastián Pacheco2,3, Luis Valenzuela Villa3, Nicole Díaz2,3, Natalia Lam2, Cristian Araneda2, Pilar Ulloa1,2.
1 Faculty of Veterinary Medicine and Agronomy, University of Las Américas.
2 Laboratory of Genetics and Biotechnology, Faculty Agronomical Sciences, University of Chile.
3 Faculty of Medicine and Sciences, San Sebastian University.

2019 II Molecular Biosystems Conference. Eukaryotic Gene Regulation and Functional Genomics, Chile.
Poster: "Gene Regulatory network of the transcription factor Mig1 in the context of glucose repression in X. Dendrorhous".
Luis Valenzuela Villa, Sepúlveda Dionisia, Baeza Marcelo, Alcaíno Jennifer, Cifuentes Victor. Genetics Laboratory, Department of Ecological Sciences, Faculty of Sciences, University of Chile.

2018 LI Annual Meeting of the Society of Genetics of Chile, Chile.
Oral presentation: “Genomic scale identification of target genes of the transcription factor Mig1 in the context of glucose repression”.
Luis Valenzuela Villa, Sepúlveda Dionisia, Baeza Marcelo, Alcaíno Jennifer, Cifuentes Victor. Genetics Laboratory, Department of Ecological Sciences, Faculty of Sciences, University of Chile.

2017 LX Annual Meeting of the Society of Biology of Chile, Chile.
Poster: “Generation of a strain of Xanthophyllomyces dendrorhous carrying the MIG1 protein fused to FLAG3x epitope to identification of target genes in glucose repression context”.
Luis Valenzuela Villa, Sepúlveda Dionisia, Baeza Marcelo, Alcaíno Jennifer, Cifuentes Victor. Genetics Laboratory, Department of Ecological Sciences, Faculty of Sciences, University of Chile.

2017 Molecular Biosystems Conference, Eukaryotic gene regulation and Functional Genomics, Chile.
Poster: “Integrative bioinformatic approach to find biomarkers and/or therapeutic target genes in breast cancer: the example Cyclin-dependent kinase 2”.
Luis Valenzuela Villa1, Rodrigo Assar1,2.
1 Biomathematics and Integrative Biology Lab, Institute of Biomedical Sciences, Faculty of Medicine, University of Chile.
2 Geroscience Center for Brain Health and Metabolism (GERO), Santiago, Chile.

2017 International Conference on Mathematical Methods and Models in Biosciences, BIOMATH, South Africa.
Oral presentation: Using network and functional enrichment clustering analysis to find therapeutic targets for breast cancer: the role of Cyclin-dependent kinase 2. Valenzuela Villa L., Assar R. Biomathematics and Integrative Biology Lab, Institute of Biomedical Sciences, Faculty of Medicine, University of Chile.

2015 10th European Congress on Menopause and andropause, Spain.
Oral presentation: “Finding new breast cancer bio-markers to improve classification and therapeutic targets: application in Chilean women”. Luis Valenzuela Villa, Rodrigo Assar. Biomathematics and Integrative Biology Lab, Institute of Biomedical Sciences, Faculty of Medicine, University of Chile.


Premios y Distinciones

  •   Beca Doctoral Facultad de Ciencias

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Chile, 2014

    Beca Doctoral de Arancel y Mantención entregada por la Facultad de Ciencias.

  •   INTA-Nestle 2020 Dr. Abraham Stekel

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Chile, 2021

    Financiamiento que cada año otorga el INTA a investigadores jóvenes.


 

Article (5)

Identification of Single-Nucleotide Polymorphisms in Differentially Expressed Genes Favoring Soybean Meal Tolerance in Higher-Growth Zebrafish (<i>Danio rerio</i>)
Intestinal Transcriptome Analysis Reveals Enrichment of Genes Associated with Immune and Lipid Mechanisms, Favoring Soybean Meal Tolerance in High-Growth Zebrafish (Danio Rerio)
Intestinal Transcriptome Analysis Reveals Enrichment of Genes Associated with Immune and Lipid Mechanisms, Favoring Soybean Meal Tolerance in High-Growth Zebrafish (Danio Rerio)
"Using network and biological enrichment clustering analysis to find estrogen-associated breast cancer biomarkers"
Finding new breast cancer bio-markers to improve classification and therapeutic targets=> application in Chilean women.

ConferencePaper (1)

Using network and functional enrichment clustering analyses to find therapeutic targets for breast cancer: The role of cyclin-dependent kinase 2
4
Luis Valenzuela

Investigador Postdoctoral

INTA

Universidad de Chile

Santiago, Chile

1
Pilar Ulloa

Director of Agronomy School

Faculty of Veterinary Medicine and Agronomy

Universidad de Las Américas

Santiago , Chile

1
Felipe Jilberto

Investigador

Universidad de Chile

Santiago, Chile

1
Cristian Araneda

Associate Professor

Produccion Animal

UNIVERSIDAD DE CHILE, FACULTAD DE CIENCIAS AGRONÓMICAS

Santiago, Chile

1
Leonardo Pavez

Profesor Asociado

Instituto de Ciencias Naturales

Universidad de Las Américas

Santiago, Chile

1
ADRIÁN HERNÁNDEZ

Profesor Titular

Departamento de Ciencias Agropecuarias y Acuícolas

UNIVERSIDAD CATÓLICA DE TEMUCO, FACULTAD DE RECURSOS NATURALES

Temuco, Chile