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Felipe Aguilera Muñoz

Assistant Professor

Universidad de Concepción

Concepción, Chile

Líneas de Investigación


Genomics, transcriptomics, epigenomics, evolution, evolutionary biology, evo-devo, bioinformatics, biomineralization, microbiology

Educación

  •  Bachelor in Marine Sciences, UNIVERSIDAD DE VALPARAISO. Chile, 2007
  •  Marine Biologist, UNIVERSIDAD DE VALPARAISO. Chile, 2008
  •  Evolutionary Biology and Bioinformatics, UNIVERSITY OF QUEENSLAND. Australia, 2015

Experiencia Académica

  •   Assistant Professor Full Time

    UNIVERSIDAD DE CONCEPCION

    Faculty of Biological Sciences

    Concepción, Chile

    2018 - A la fecha

Experiencia Profesional

  •   Undergraduate Student Other

    Universidad de Concepcion

    Concepcion, Chile

    2007 - 2008

  •   Research Assistant Full Time

    Universidad de Concepcion

    Concepcion, Chile

    2007 - 2009

  •   Laboratory Manager Full Time

    Universidad de Concepcion

    Concepcion, Chile

    2007 - 2009

  •   PhD student Other

    University of Queensland

    Brisbane, Australia

    2010 - 2014

  •   Research Assistant Full Time

    University of Queensland

    Brisbane, Australia

    2014 - 2015

  •   Postdoctoral Researcher Full Time

    University of Queensland

    Brisbane, Australia

    2015 - 2015

  •   Postdoctoral Researcher Full Time

    Sars International Centre for Marine Molecular Biology

    Bergen, Noruega

    2016 - 2018

  •   Assistant Professor Full Time

    Universidad de Concepción

    Concepción, Chile

    2018 - A la fecha

Formación de Capital Humano


PARTICIPACIÓN EN PROGRAMAS DE POSTGRADO

Magíster

• Magíster en Bioquímica y Bioinformática, Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad de Concepción, Chile.
• Magíster en Ciencias con Mención en Microbiología, Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad de Concepción, Chile.

Doctorado

• Doctorado en Ciencias Biológicas Área Biología Celular y Molecular, Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad de Concepción, Chile.

ENSEÑANZA Y MENTORÍA

Enseñanza Postgrado

2020-Presente Profesor Participante: Asignatura de Unidad de Investigación I (4115.026) para el Magíster de Bioquímica y Bioinformática de la Universidad de Concepción, Chile.
2020-Presente Profesor Participante: Asignatura de Seminario Bibliográfico I (4235.023) para el Doctorado en Ciencias Biológicas Área Biología Celular y Molecular de la Universidad de Concepción, Chile.
2020-Presente Profesor Responsable: Asignatura Unidad de Investigación (4235.026) para el Doctorado en Ciencias Biológicas Área Biología Celular y Molecular de la Universidad de Concepción, Chile.
2019-Presente Profesor Participante: Asignatura de Procesos en Biología del Desarrollo: Desde el Mecanismo al Desarrollo y Función (4235.042) para el Doctorado en Ciencias Biológicas Área Biología Celular y Molecular de la Universidad de Concepción, Chile.
2019-Presente Profesor Participante: Asignatura de Bacteriología Sistemática (4020.020) para el Magíster en Ciencias con Mención en Microbiología de la Universidad de Concepción, Chile.
2019-Presente Profesor Responsable: Asignatura de Seminario Bibliográfico II (4235.024) para el Doctorado en Ciencias Biológicas Área Biología Celular y Molecular de la Universidad de Concepción, Chile.
2019-Presente Profesor Participante: Asignatura de Seminario Bibliográfico I (4115.027) para el Magíster de Bioquímica y Bioinformática de la Universidad de Concepción, Chile.
2018-Presente Profesor Participante: Asignatura de Genómica y Bioinformática Avanzada (4115.030) para el Magíster de Bioquímica y Bioinformática de la Universidad de Concepción, Chile.
2018-Presente Profesor Participante: Asignatura de Unidad de Investigación II (4115.029) para el Magíster en Bioquímica y Bioinformática de la Universidad de Concepción, Chile.

Enseñanza Pregrado

2021-Presente Profesor Colaborador: Asignatura de Bioquímica (251.122) para la carrera de Medicina Veterinaria de la Universidad de Concepción, Chile.
2021-Presente Profesor Colaborador: Asignatura de Bioquímica (251.317) para la carrera de Licenciatura en Química de la Universidad de Concepción, Chile.
2020-Presente Profesor Colaborador: Asignatura de Embiología Celular y Molecular (241.721) para las carreras de Biología, Bioquímica, Bioingeniería, y Pedagogía en Biología de la Universidad de Concepción, Chile.
2020-Presente Profesor Colaborador: Asignatura de Taller I: Introducción a la Biotecnología (250.101) para la carrera de Bioingeniería de la Universidad de Concepción, Chile.
2020-2021 Profesor Responsable: Asignatura de Bioquímica (251.304) para la carrera de Química y Farmacia de la Universidad de Concepción, Chile.
2019-Presente Profesor Colaborador: Asignatura Formulación de Proyecto (250.402) para la carrera de Bioingeniería de la Universidad de Concepción, Chile.
2019-Presente Profesor Colaborador: Asignatura Formulación de Proyecto (212.600) para la carrera de Bioquímica de la Universidad de Concepción, Chile.
2019-Presente Profesor Colaborador: Asignatura de Unidad de Investigación (240.512) para la carrera de Biología de la Universidad de Concepción, Chile.
2019-Presente Proesor Colaborador: Asignatura de Introducción a la Experimentación en Bioquímica y Biología Molecular (251.313) para la Carrera de Bioingeniería de la Universidad de Concepción, Chile.
2019-Presente Profesor Responsable: Asignatura de Biología Celular y Molecular (257.106) para la carrera de Kinesiología de la Universidad de Concepción, Chile.
2019-Presente Profesor Colaborador: Asignatura de Biología Molecular e Ingeniería Genética (251.411) para la carrera de Pedagogía en Biología de la Unviersidad de Concepción, Chile.
2019-Presente Profesor Colaborador: Asignatura de Bioquímica (251.311) para la Carrera de Bioingeniería de la Universidad de Concepción, Chile.
2018-Presente Profesor Colaborador: Asignatura de Bioinformática, Genómica y Evolución Molecular (251.314) para la carrera de Bioingeniería de la Universidiad de Concepción, Chile.
2018-Presente Profesor Colaborador: Asignatura de Bioquímica Especial (251.501) para la carrera de Bioquímica de la Universidad de Concepción, Chile.
2018-Presente Profesor Colaborador: Asignatura de Genética Molecular e Ingeniería Genética (251.312) para la carrera de Bioingeniería de la Universidad de Concepción, Chile.

Mentoría Estudiantil

2020- Melany Vildosola, Estudiante de Bioingeniería, Universidad de Concepción, Chile. (Tutor)
2020- Cristian Muñoz, Estudiante de Bioingeniería, Universidad de Concepción, Chile. (Tutor)
2020- Cristóbal Benavente, Estudiante de Bioingeniería, Universidad de Concepción, Chile. (Tutor)
2022- Japhet Rojas, Estudiante de Doctorado en Ciencias Biológicas Área Biología Celular y Molecular, Universidad de Concepción, Chile. (Tutor)
2022- Sebastián Fuller Vargas, Estudiante de Magister en Bioquímica y Bioinformática, Universidad de Concepción, Chile. (Tutor)
2022- Yeruti Cid Cartagena, Estudiante de Magister en Bioquímica y Bioinformática, Universidad de Concepción, Chile. (Tutor)
2022- Daniel Antivero Saavedra, Estudiante de Magister en Bioquímica y Bioinformática, Universidad de Concepción, Chile. (Tutor
2021-2022 Claudio Quevedo Gallardo, Estudiante de Ingeniería Civil en Bioinformática, Universidad de Talca, Talca, Chile. (Tutor)
2021- María José Ruiz Norambuena, Estudiante de Magister en Bioquímica y Bioinformática, Universidad de Concepción, Chile. (Co-tutor)
2021- Ingrid Pinto Borguero, Estudiante de Doctorado en Ciencias Biológicas Área Biología Celular y Molecular, Universidad de Concepción, Chile. (Co-tutor)
2021- Nicolás Zúñiga Soto, Estudiante de Doctorado en Ciencias Biológicas Área Biología Celular y Molecular, Universidad de Concepción, Chile. (Tutor)
2020- Carla Rámirez Rámirez, Estudiante de Magister en Ciencias, mención Microbiología, Universidad de Concepción, Chile. (Co-tutor)
2020- Sandrinés Bruzual Vásquez, Estudiante de Doctorado en Ciencias Biológicas Área Biología Celular y Molecular, Universidad de Concepción, Chile. (Tutor)
2020- Sebastián Fuller Vargas, Estudiante de Bioingeniería, Universidad de Concepción, Chile. (Tutor)
2020- Yeruti Cid Cartagena, Estudiante de Bioingeniería, Universidad de Concepción, Chile. (Tutor)
2020- Carlos Pérez Yánez, Estudiante de Magister en Bioquímica y Bioinformática, Universidad de Concepción, Chile. (Co-tutor)
2019- Carlos Muñoz Montecinos, Estudiante de Magister en Bioquímica y Bioinfórmatica, Universidad de Concepción, Chile. (Co-tutor)
2019- Ignacio Torres Avello, Estudiante de Bioingeniería, Unviersidad de Concepción, Chile. (Tutor)
2019-2021 Nicolás Gárate Guerrero, Estudiante de Biología, Universidad de Concepción, Chile. (Co-tutor)
2019-2021 Nicolás Zúñiga Soto, Estudiante de Magister en Bioquímica y Bioinformática, Universidad de Concepción, Chile. (Co-tutor)
2019-2022 Camilo Muñoz Schuler, Estudiante de Bioquímica, Universidad de Concepción, Chile. (Tutor)
2018- Valentina Troncoso Sepúlveda, Estudiante de Magister en Ciencias, mención Microbiología, Universidad de Concepción, Chile. (Co-tutor)
2018-2018 Nazeefa Fatima, Estudiante de Magister en Ciencias de la Universidad de Lund (Suecia). Intercambio ERASMUS Mundus, Universidad de Bergen, Noruega. (Co-tutor)
2013-2013 Mónica Espinosa, Estudiante de Bachillerato en Ciencias, Universidad de Queensland, Australia. (Co-tutor)

Evaluador Comité de Tesis

2021- Jorge Fraga Pérez, Estudiante de Bioquímica, Universidad de Concepción, Chile.
2021- Carlos Carrasco Pérez, Estudiante de Bioquímica, Universidad de Concepción, Chile.
2021-2021 Macarena Hinrichs Varas, Estudiante de Bioingeniería, Universidad de Concepción, Chile.
2020- María Esperanza Martínez Campos, Estudiante de Magíster en Neubiología, Universidad de Concepción, Chile.
2020-2022 Mauren Chávez Yánez, Estudiante de Bioquímica, Universidad de Concepción, Chile.
2020-2020 Inés González Castellano, Estudiante de Doctorado en Biología Celular y Molecular, Universidad de la Coruña, España.
2019- Héctor Castillo Cordova, Estudiante del Doctorado en Ciencias Biológicas Area Biología Celular y Molecular, Universidad de Concepción, Chile.
2018- María José Ruiz Norambuena, Estudiante de Bioquímica, Universidad de Concepción, Chile.


Difusión y Transferencia


CONFERENCIAS Y SEMINARIOS

Seminarios y presentaciones orales (autor presentador)

1. Evolution of biomineralization in animals: Insights from mollusks and brachiopods. The 16th International Symposium on Biomineralization BIOMIN XVI, Zhejiang University, Hangzhou, China (2021) – Keynote Lecture Talk.
2. ¿Cómo los moluscos construyen conchas y perlas? Perspectivas desde la transcriptómica comparativa. Ciclo de Seminarios Centro de Genómica y Bioinformática de la Universidad Mayor, Santiago, Chile (2021) – Invited Talk.
3. Biodiversidad Genómica: ¿Cómo la bioinformática y la genómica ayudan a mantener la vida de nuestro planeta cambiante? I Simposio en Bioinformática: Bioinformática en una mirada multidisclipinaria, Universidad Católica del Maule, Talca, Chile (2020) – Invited Talk.
4. ¿Cómo los moluscos construyen conchas y perlas? Perspectivas desde la transcriptómica comparativa e influencia del cambio climático. Ciclo Conversatorio Web Sociedad Chilena de Evolución, Santiago, Chile (2020) – Invited Talk.
5. Investigación científica más allá de los animales modelos clásicos: Introducción de nuevos sistemas modelos emergentes en biología celular y del desarrollo. Sci Talks CIENCIA CONECTA, Concepción, Chile (2020) – Invited Talk.
6. Tetrapygus niger: primer invertebrado marino que habita aguas chilenas con su genoma secuenciado. Eco2020 Workshop Emergent Contaminants in the Ocean: Present Research for Future Solutions. Centro de Investigación Oceanográfica COPAS Sur-Austral, Universidad de Concepción, Concepción, Chile (2020) – Invited Talk.
7. Utilización de aproximaciones ómicas para el estudio de la evolución, biología del desarrollo y adaptación en animales. Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad de Concepción, Concepción, Chile. (2019) – Invited Talk.
8. The importance of studying poorly known taxa to understand animal evolution. Functional Genomics Workshop, Universidad de Concepción, Concepción, Chile. (2018) – Invited Talk.
9. The genome of Lepidodermella squamata (Dujardin 1841) and the evolution of developmental gene pathways in Spiralia. Third Global Invertebrate Genomics Alliance Research Conference and Workshop (GIGA III), Willemstad, Curaçao. (2018) – Conference Talk.
10. Using transcriptomics and genomics to study biomineralisation and tissue evolution in non-model organisms. Institut de Genomique Fonctionelle de Lyon, Lyon, France. (2017) – Invited Talk.
11. How do molluscs make their shells? Insights from comparative transcriptomics. Sars International Centre for Marine Molecular Biology, Bergen, Norway. (2015) – Invited Talk.
12. The evolutionary origin of molluscan shell matrix genes: comparative analysis of ten molluscan mantle transcriptomes. 10th International Marine Biotechnology Conference, Brisbane, Australia. (2013) – Conference Talk.
13. Evolution of molluscan shell matrix proteins: insights from comparative transcriptomic analysis of bivalves and gastropods. 12th International Symposium on Biomineralization, Freiberg, Germany. (2013) – Conference Talk.
14. Rapid evolution of mantle transcriptome in pearl oysters. Malacological Society of Australasia Triennial Conference, Melbourne, Australia. (2012) – Conference Talk.
15. Molecular phylogeny of the Mytilidae family in Chile based on mtDNA (16S rDNA and COI) and internal transcribed spacers (ITS). XLI Annual Meeting of Genetic Society of Chile, Pucon, Chile. (2008) – Conference Talk.
16. Utilization of partial sequences of 16S rDNA, COI genes and ITS1-5.8SrDNA-ITS2 ribosomal region for genetic traceability of economically important gastropod species in Chile. XXVII Congress of Marine Sciences, Viña del Mar, Chile. (2008) – Conference Talk.

Presentaciones en modalidad poster

1. Galindo-Sánchez CE, Juárez OE, Enciso-Contreras S, Aguilera F, López-Landavery E, Lazo JP, Lafarga-De la Cruz F. Transcriptomic and physiological effects of dietary prebiotics chitosan, inulin, and ß-glucan on juveline Totoaba macdonaldii. Aquaculture America, San Diego, United States (2022)
2. Quevedo C, Aguilera F. Global analysis of cis-regulatory elements controlling larval spicule formation in Strongylocentrotus purpuratus. First Latin-American Congress of Evolution (1 CLEVOL), Bogota, Colombia (2021) – Best Poster Award.
3. Torres I, Aguilera F. Evolutionary history of the mesenchyme-specific-protein 130 kD (MSP130) and spicule matrix (SM) involved in the formation of mineralized structures in sea urchins. First Latin-American Congress of Evolution (1 CLEVOL), Bogota, Colombia (2021).
4. Muñoz-Schuler C, Torres V, Aguilera F. Evaluating the putative role of exosomal pathways in the process of shell formation in Crassostrea gigas. 9th European Congress of Malacological Studies (EUROMAL), Prague, Czech Republic (2021)
5. Heller R, Aguilera F, Fuentes R. Spotty/Kif2c: a new regulator of the elimination of centrosome during vertebrate oogenesis. Poster Day, Universidad de Concepción, Concepción, Chile (2021)
6. Fraga J, Castillo H, Godoy F, Aguilera F, Spicuglia S, Marcellini S. “Guardians of the valley”: a new role of DNA transposons in delimiting the open chromatin region of transcriptional enhancers. Poster Day, Universidad de Concepción, Concepción, Chile (2021)
7. Zuñiga N, Castro P, Aguilera F. Vesicular glutamate transporter (VGLUT) genes: origin, evolution and molecular signatures underpinning glutamate transport in animals. Poster Day, Universidad de Concepción, Concepción, Chile (2021)
8. Castillo H, Godoy F, Fraga J, Aguilera F, Spicuglia S, Marcellini S. Identification of novel cis¬-regulatory elements involved in intramembranous bone regeneration. Poster Day, Universidad de Concepción, Concepción, Chile (2021).
9. Aguilera F. The first chromosome-scale genome assembly of a sea urchin inhabiting Chilean waters: Tetrapygus niger (Molina, 1872) as an emerging model system for Evo-Devo studies in South America. Biodiversity Genomics, Hinxton, United Kingdom (2020)
10. Zuñiga N, Castro P, Aguilera F. Vesicular glutamate transporter (VGLUT) genes: origin, evolution and molecular signatures underpinning glutamate transport in animals. ISCB-Latin America, SioBio and BioNetMX International Conference on Bioinformatics, Mexico (2020)
11. Bayona-Vásquez NJ, Glenn TC, Bobier KE, Hyde JR, del Río-Portilla MA, Galindo-Sánchez CE, Martínez-Matuz E, Farfán C, Vargas-Peralta CE, Aguilera F, Araneda-Tolosa C, Knibb W, Muñiz-Salazar R, Sepúlveda FE, González MT, Lafarga-De La Cruz F. Global population genomics of the Yellowtail Kingfish, Seriola lalandi. Third Seriola Workshop, La Jolla, California, USA (2020)
12. Quiroga E, Aguilera F, Figueroa M. Insights on the protein complex Ric8A and G?i. X International Conference on Bioinformatics, Montevideo, Uruguay (2019)
13. Aguilera F. A chromosome-scale genome assembly and the re-emergence of Tetrapygus niger as a sea urchin model system for Evo-Devo studies. Xth Meeting of the Latin American Society for Developmental Biology. Buenos Aires, Argentina. (2019)
14. Aguilera F. A chromosome-scale genome assembly for the Chilean sea urchin Tetrapygus niger (Molina 1782) provides new insights into echinoderm evolution. II Molecular Biosystems Conference on Eukaryotic Gene Regulation and Functional Genomics. Puerto Varas, Chile. (2019)
15. Montes Orozco V, Juárez Valdez O, Aguilera F, López Landavery E, del Río Portilla MÁ, Galindo Sanchez CE, Lafarga de la Cruz F. Differentially expressed genes in hybrids between red and green abalone (Haliotis rufescens x Haliotis fulgens) with low and high growth under commercial conditions. 1er Simposio Internacional de Maricultura. Ensenada, Baja California, Mexico. (2018)
16. Aguilera F, Andrikou C, Fatima N, Hejnol A. Bulk and single-cell transcriptomics allow the characterization and identification of blood cell types in Halicryptus spinulosus and Priapulus caudatus (Ecdysozoa: Scalidophora). ISCB-LA SOIBIO EMBnet Conference, Viña del Mar, Chile. (2018)
17. Thiel D, Franz-Wachtel M, Aguilera F, Hejnol A. Changes in the neuropeptide complement of xenacoelomorphs correlate with the evolution of nervous system architectures. 7th Meeting of the European Society for Evolutionary Developmental Biology (EuroEvoDevo), Galway, Ireland. (2018)
18. Galindo-Sanchez CE, Juárez-Valdez O, Aguilera F, López-Landavery E, Montes-Orozco V Lafarga-De la Cruz F. Transcriptomic profiling of juveniles from RG hybrid abalones (Haliotis rufescens x Haliotis fulgens) and its parental line RR (Haliotis rufescens x Haliotis rufescens). 10th International Abalone Symposium, Xiamen, China. (2018)
19. Lafarga-De la Cruz F, Panuagua-Chavez C, Del Río-Portilla MÁ, Galindo-Sanchez CE, Juárez-Valdez O, López-Landavery E, Aguilera F, Araneda-Tolosa C & Hyde J. Breeding strategies for hybrid abalone production of North Pacific Haliotis species. 10th International Abalone Symposium, Xiamen, China. (2018)
20. Aguilera F, Andrikou C & Hejnol A. Comparative tissue-specific transcriptomics of priapulids allows the characterization of blood and nephridia cell types and provides insights into their evolution. 6th Meeting European Society for Evolutionary Developmental Biology (EuroEvoDevo), Uppsala, Sweden. (2016)
21. Delgadillo-Anguiano C, Vargas-Peralta C, Vazquez-Vera L, Schramm-Urrutia Y, Aguilera F, del Rio-Portilla, MA & Lafarga-de la Cruz F. Molecular tools for the identification of abalone species (Haliotis sp.). Third Congress Meredith Gould, Ensenada, Mexico. (2015)
22. Aguilera F, Gonzalez G, Valenzuela M & Garcia R. Identification of differentially expressed genes in raspberry (Rubus idaeus var. Amira) in response to tomato ringspot virus (torsv). X Plant Biology Meeting, Valdivia, Chile. (2015)
23. English C, McDougall C, Aguilera F & Degnan BM. The evolution of pearlin gene in pearl oysters. 11th International Symposium on Biomineralization, Noosa, Australia. (2011)
24. Aguilera F, McDougall C & Degnan BM. Tyrosinase gene family in pearl oysters. 11th International Symposium on Biomineralization, Noosa, Australia. (2011)
25. Prieto-Araya P, Aguilera F, Valenzuela-Bustamante M & Gallardo-Escárate C. DNA barcoding: A potential tool for traceability in aquaculture? COLACMAR, La Habana, Cuba. (2009)
26. Lafarga-De la Cruz F, Aguilera F & Gallardo-Escárate C. Genetic variability of cultured populations of Red abalone Haliotis rufescens in Chile: An approach based on heterologous microsatellites. COLACMAR, La Habana, Cuba. (2009)
27. Lafarga-De la Cruz F, Aguilera F & Gallardo-Escárate C. Genetic analysis of an artificially produced hybrid abalone (Haliotis rufescens x Haliotis discus hannai) in Chile. COLACMAR, La Habana, Cuba. (2009)
28. Aguilera F, Prieto-Araya P, Haye P & Gallardo-Escárate C. Isolation and characterization of microsatellite loci in the Northern scallop Argopecten purpuratus (Bivalvia: Pectinidae). COLACMAR, La Habana, Cuba. (2009)
29. Mendoza-Porras O, Aguilera F, Prieto-Araya P, Gallado-Escárate C & del Rio-Portilla MA. Genetic traceability: A feasible tool for Mexican abalone. 42 Annual Meeting of the Western Society of Malacologists, California, United States. (2009)
30. Mendoza-Porras O, Aguilera F, Prieto-Araya P, Gallado-Escárate C & del Rio-Portilla MA. Genetic polymorphism in Mexican haliotidae using Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) as a tool in traceability assays. 7th International Abalone Symposium, Pattaya, Thailand. (2009)
31. Aguilera F, Mendoza-Porras O, del Rio-Portilla MA, Prieto-Araya P & Gallado-Escárate C. Molecular tools for genetic traceability in abalone species. 7th International Abalone Symposium, Pattaya, Thailand. (2009)
32. Lafarga-De la Cruz F, Aguilera F & Gallado-Escárate C. Genetic variability of cultured populations of Red abalone Haliotis rufescens in Chile: An approach based on heterologous microsatellites. 7th International Abalone Symposium, Pattaya, Thailand. (2009)
33. Lafarga-De la Cruz F, Aguilera F & Gallado-Escárate C. Genetic analysis of an artificially produced hybrid abalone (Haliotis rufescens x Haliotis discus hannai) in Chile. 7th International Abalone Symposium, Pattaya, Thailand. (2009)
34. Lafarga-De la Cruz F, Aguilera F & Gallardo-Escárate C. Genetic analysis of an artificially produced hybrid abalone (Haliotis rufescens x Haliotis discus hannai) in Chile. XXIX Congress of Marine Sciences, Concepción, Chile. (2009)
35. Lafarga-De la Cruz F, Aguilera F & Gallardo-Escárate C. Genetic variability of cultured populations of Red abalone Haliotis rufescens in Chile. XXIX Congress of Marine Sciences, Concepción, Chile. (2009)
36. Prieto-Araya P, Aguilera F & Gallardo-Escárate C. Phylogenetic relationships of the keyhole limpet Fissurella genus (Mollusca: Vetigastropoda) in the Chilean coasts through analysis of 16S rDNA, COI and ITS region. II National Congress of Aquaculture, Temuco, Chile. (2009)
37. Costa-Venegas C, Aguilera F & Gallardo-Escárate C. Genetic variability in cultured populations of Red abalone (Haliotis rufescens) through PCR-ISSR markers. II National Congress of Aquaculture, Temuco, Chile. (2009)
38. Aguilera F, Lafarga-de la Cruz F & Gallardo-Escárate C. Molecular phylogeny of the Mytilidae family in Chile based mtDNA (16S rDNA and COI) and internal transcribed spacers (ITS). II National Congress of Aquaculture, Temuco, Chile. (2009)
39. Lafarga-de la Cruz F, Aguilera F, Perone-Millar C & Gallardo-Escárate C. Cross-amplification of microsatellite loci in Red abalone (Haliotis rufescens) obtained by heterologous primers. II National Congress of Aquaculture, Temuco, Chile. (2009)
40. Aguilera F, Lafarga-de la Cruz F & Gallardo-Escárate C. Molecular phylogeny of the Mytilidae family in Chile based mtDNA (16S rDNA and COI) and internal transcribed spacers (ITS). Biotechnology Habana 2008, AgroBiotechnolgy: New approaches and big challenges, La Habana, Cuba. (2008)
41. Lafarga-de la Cruz F, Aguilera F, Perone-Millar C & Gallardo-Escárate C. Cross-amplification of microsatellite loci in Red abalone (Haliotis rufescens) obtained by heterologous primers. Biotechnology Habana 2008, AgroBiotechnolgy: New approaches and big challenges, La Habana, Cuba. (2008)
42. Aguilera F, Lafarga-de la Cruz F & Gallardo-Escárate C. Molecular phylogeny of the Mytilidae family in Chile based mtDNA (16S rDNA and COI) and internal transcribed spacers (ITS). XLI Annual Meeting of the Genetic Society of Chile, Pucón, Chile. (2008)
43. Prieto-Araya P, Aguilera F & Gallardo-Escárate C. Phylogenetic relationships of the keyhole limpet Fissurella genus (Mollusca: Vetigastropoda) in the Chilean coasts through analysis of 16S rDNA, COI and ITS region. XLI Annual Meeting of the Genetic Society of Chile, Pucón, Chile. (2008) – Poster.
44. Lafarga-de la Cruz F, Aguilera F, Perone-Millar C & Gallardo-Escárate C. Cross-amplification of microsatellite loci in Red abalone (Haliotis rufescens) obtained by heterologous primers. XLI Annual Meeting of the Genetic Society of Chile, Pucón, Chile. (2008)
45. Costa-Venegas C, Aguilera F & Gallardo-Escárate C. Genetic variability in cultured populations of Red abalone (Haliotis rufescens) through PCR-ISSR markers. XLI Annual Meeting of the Genetic Society of Chile, Pucón, Chile. (2008)
46. Aguilera F & Gallardo-Escárate C. Design of specific primers for amplifying ITS1 and ITS2 internal transcribed spacers in economically important gastropod species in Chile. XXVII Congress of Marine Sciences, Viña del Mar, Chile. (2008)
47. Perone-Millar C, Aguilera F, Lafarga-de la Cruz F & Gallardo-Escárate C. Characterization of microsatellite loci with cross-amplification in Haliotis rufescens y Haliotis discus hannai. XXVII Congress of Marine Sciences, Viña del Mar, Chile. (2008)
48. Aguilera F, Faundez V & Gallardo-Escárate C. Species-specific identification of economically important molluscs through PCR-RFLP of cytochrome oxidase I. XL Annual Meeting of the Genetic Society of Chile, Tome, Chile. (2007)
49. Aguilera F, Faundez V & Gallardo-Escárate C. Species-specific identification of economically important molluscs through PCR-RFLP of cytochrome oxidase I. I National Congress of Aquaculture, Coquimbo, Chile. (2007)

BECAS ACADÉMICAS, FONDOS PARA VIAJES Y PREMIOS

Becas Académicas

2010-2014 Beca de Doctorado otorgada por el Gobierno de Chile (BECAS CHILE).
2011-2014 Beca “Top-Up” otorgada por la Universidad de Queensland, Australia.

Fondos para viaje

2013 Asistencia financiera para viajar y participar en la Conferencia 12th International Symposium on Biomineralization (BIOMIN XII), otorgada por la Escuela de Ciencias Biológicas de la Universidad de Queensland, Australia.

Premios

2021 Premio Mejor Poster en la temática EvoDevo, “Global analysis of cis-regulatory elements controlling larval spicule formation in Strongylocentrotus purpuratus” presentado en el Primer Congreso Latinoamericano de Evolución (1 CLEVOL).
2017 Sello de excelencia propuesta 746953, EVODEVOGRN “Comparative regulatory genomics of xenacoelomorph mesoderm development and evolution of developmental gene regulatory networks” por parte de Horizon 2020’s Marie Sklodowska-Curie actions call H2020-MSCA-IF-2016.

CURSOS DE FORMACIÓN AVANZADA

2021 Workshop for Implementation of Genomic Epidemiology, Fogarty International Center NIH and John Hopkins University. Online from Chile.
2018 Train the trainer course, EMBL-European Bioinformatics Institute – CABANA project (Capacity building for bioinformatics in Latin America). Universidad de los Andres, Bogotá, Colombia.
2013 From your raw sequencing data to a functional annotated genome using BLAST2GO software. The University of Queensland, Australia
2012 Mathematical and Computational Biology, Winter School, The University of Queensland, Australia
2008 Bases bioquímicas, celulares, moleculares y su aplicación en acuicultura. Universidad de Concepción, Chile
2007 Ecología molecular de invasores acuáticos. Universidad Católica de Valparaíso, Chile
2007 Aspectos básicos y clínicos del balance redox. Universidad de Valparaíso, Chile.
2007 Parasitología marina aplicada. Universidad Católica de la Santísima Concepción, Chile.
2006 Uso de técnicas AOAC para determinar perfiles bioquímicos en organismos acuáticos. Universidad Católica del Norte, Chile.
2006 Técnicas moleculares aplicadas al estudio de microorganismos patógenos en acuicultura. Universidad Arturo Prat, Chile
2005 Técnicas de análisis y evaluación del daño genómico: foco en bioética. Universidad de Valparaíso, Chile.

EXPERIENCIA COMO REVISOR EN PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN Y REVISTAS ARBITRADAS

Editor Revistas Arbitradas y Miembro del Comité de Revisores

2017- Journal of Genetic Disorders – Editorial Broad Member (https://www.imedpub.com/journal-genetic-disorders/editors.php)
2018-2020 eLife – Early Career Reviewer, Genomics and Evolutionary Biology section.
2021- Biochemical Genetics – Editorial Broad Member (https://www.springer.com/journal/10528/editors)
2021- Journal of Experimental Zoology, Part B: Molecular and Developmental Evolution – Editorial Broad Member (https://onlinelibrary.wiley.com/page/journal/15525015/homepage/editorialboard.html)
2022- eLife Early Career Reviewer Pool (https://datastudio.google.com/embed/u/0/reporting/7ee3012b-8543-4141-9f8e-03355dbfff55/page/OPij)

Proyectos de Investigación

2015-2016 The Saltonstall-Kennedy Grant Program (3 proyectos de investigación)

Revistas Arbitradas

2022 Molecular Biology and Evolution (1 artículo), Biochemical Genetics (2 artículos), Integrative Organismal Biology (1 artículo), Comparative Biochemistry and Physiology – Part D: Genomics and Proteomics (1 artículo),
2021 Molecular Biology and Evolution (1 artículo), Aquaculture Research (1 artículo), Frontiers in Marine Science (1 artículo), Aquaculture (1 artículo), Frontiers in Ecology and Evolution (2 artículos), Biochemical Genetics (1 artículo), PLoS ONE (1 artículo)
2020 eLife (1 artículo), Gene (1 artículo), Journal of Oceanology and Limnology (1 artículo), Marine Genomics (1 artículo), Molecular Biology and Evolution (1 artículo)
2019 PeerJ (1 artículo), iScience (1 artículo), Gene (2 artículos), Ecology & Evolution (1 artículo), Marine and Freshwater Behaviour and Physiology (1 artículo), Comparative Biochemistry and Physiology – part D: Genomics and Proteomics (2 artículos), Developmental & Comparative Immunology (1 artículo), Comparative Biochemistry and Physiology – Part B: Biochemistry and Molecular Biology (1 artículo)
2018 Molecular Ecology (2 artículos), Biological Reviews (1 artículo), The Biological Bulletin (1 artículo), Journal of Oceanology and Limnology (1 artículo), Acta Biomaterialia (1 artículo), Journal of Genetic Disorders (1 artículo), Gene (4 artículos), Comparative Biochemistry and Physiology – part D: Genomics and Proteomics (1 artículo), Aquaculture (1 artículo), Journal of the Royal Society Interface (1 artículo), Genes (1 artículo), Heredity (1 artículo)
2017 Journal of the Royal Society Interface (1 artículo), Journal of Genetic Disorders (1 artículo), Molecular Ecology (1 artículo), Scientific Reports (1 artículo), Journal of Oceanology and Limnology (1 artículo), PLoS ONE (1 artículo).
2016 Scientific Reports (1 artículo), Journal of the Royal Society Interface (1 artículo), Comparative Biochemistry and Physiology, Part B: Biochemistry and Molecular Biology (1 artículo), Journal of Oceanology and Limnology (1 artículo), Fish & Shellfish Immunology (1 artículo).
2015 SpringerPlus (1 artículo).
2014 BMC Genomics (1 artículo), PLoS ONE (2 artículos), Gene (1 artículo).
2013 Gene (1 artículo), Proteome Science (1 artículo).
2012 Aquaculture (1 artículo).

Evaluador Acreditaciones Universidades y Programas de Pregrado y Postgrado

2022- Comisión Nacional de Acreditación CNA-Chile, Área Programas de Postgrado.

MIEMBRO EN SOCIEDADES CIENTÍFICAS

European Society for Evolutionary Developmental Biology (EuroEvoDevo)
Pan-American Society for Evolutionary Developmental Biology (EvoDevoPanAm)
Latin American Society for Developmental Biology (LASDB)
Global Invertebrate Genomics Alliance (GIGA)
Sociedad Chilena de Evolución (SOCEVOL)
Sociedad Chilena de Biología Celular (SBCCH)

ACTIVIDADES DE DIFUSIÓN Y NOTICIAS

• https://cienciasbiologicasudec.cl/cinco-academicos-fcb-consiguieron-adjudicacion-fondecyt-regular-2022/
• https://elifesciences.org/for-the-press/4a6d2f47/study-reconsiders-early-evolution-of-sea-urchins
• https://noticias.udec.cl/cientificos-y-cientificas-udec-adjudican-34-nuevos-proyectos-en-fondecyt-regular/
• https://www.radioudec.cl/2021/05/28/ciencias-biologicas-udec-se-suma-a-proyecto-de-vigilancia-genomica-del-sars-cov-2-liderado-por-el-ministerio-de-ciencia/
• https://cienciasbiologicasudec.cl/vigilancia-genomica-del-sars-cov-2-desde-la-fcb/
• https://sabes.cl/2021/05/27/laboratorio-de-la-universidad-de-concepcion-se-sumara-a-estudio-genomico-de-covid-19/
• http://www.ladiscusion.cl/vigilancia-genomica-del-sars-cov-2-desde-la-universidad-de-concepcion/?fbclid=IwAR2BMYCLtGwZ9PjvDeNPekS3ZPb55sbr1nDBAuAXEB-sBeGZPB5bahJGOt8
• https://www.diarioconcepcion.cl/ciudad/2021/04/11/parte-secuenciacion-genetica-del-coronavirus-en-la-region.html
• https://cienciasbiologicasudec.cl/cientifico-udec-espera-sumarse-a-estudio-covid/
• http://docencia.udec.cl/fondo-adapta-doc-de-apoyo-a-la-docencia-un-respaldo-a-la-innovacion-e-investigacion-educacional/
• https://noticias.udec.cl/proyectos-udec-financiados-por-anid-destacan-en-diversidad-tematica-y-colaboracion/
• http://csbiol.udec.cl/dr-felipe-aguilera-publica-articulo-en-revista-internacional-integrative-comparative-biology/
• http://csbiol.udec.cl/dr-felipe-aguilera-publica-investigacion-sobre-neuropeptidos-en-revista-molecular-biology-and-evolution/
• http://csbiol.udec.cl/dr-felipe-aguilera-expone-sobre-el-chanchito-de-tierra-en-colegio-san-agustin-de-concepcion/
• http://csbiol.udec.cl/dr-felipe-aguilera-expuso-en-third-global-invertebrate-genomics-alliance-research-conference-and-workshop/
• http://csbiol.udec.cl/representantes-fcb-expusieron-en-conferencia-internacional-de-bioinformatica-2018/
• http://csbiol.udec.cl/dr-felipe-aguilera-se-adjudica-proyecto-fondecyt-de-iniciacion/
• http://liceojcbrecreo.cl/visita-ex-alumno-cerro-castillo/
• http://csbiol.udec.cl/workshop-en-genomica-funcional-conto-con-la-participacion-de-investigadores-franceses/
• http://csbiol.udec.cl/dr-felipe-aguilera-visita-liceo-jose-cortes-brown-de-vina-de-mar/
• http://www.biotechniques.com/news/No-Two-Shells-are-the-Same/biotechniques-365649.html#.WKsRNBIrLEZ
• https://www.uq.edu.au/news/article/2017/01/research-finds-sea-shells-are-unique-fingerprints
• https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170104103622.html
• http://phys.org/news/2017-01-shell-game-gene-patterns-mollusk.html


Premios y Distinciones

  •   Seal of excellence project proposal 746953, EVODEVOGRN

    Horizon 2020’s Marie Sklodowska-Curie actions call H2020-MSCA-IF-2016

    Bélgica, 2017

    Seal of excellence project proposal 746953, EVODEVOGRN “Comparative regulatory genomics of xenacoelomorph mesoderm development and evolution of developmental gene regulatory networks” submitted to the Horizon 2020’s Marie Sklodowska-Curie actions call H2020-MSCA-IF-2016.

  •   Premio Mejor Poster en la temática EvoDevo

    Primer Congreso Latinoamericano de Evolución (1 CLEVOL)

    Colombia, 2021

    Premio Mejor Poster en la temática EvoDevo, “Global analysis of cis-regulatory elements controlling larval spicule formation in Strongylocentrotus purpuratus” presentado en el Primer Congreso Latinoamericano de Evolución (1 CLEVOL).


 

Article (20)

Phylogenomic analyses of echinoid diversification prompt a re-evaluation of their fossil record.
Turning the Curve Into Straight: Phenogenetics of the Spine Morphology and Coordinate Maintenance in the Zebrafish
Knockin' on Egg's Door: Maternal Control of Egg Activation That Influences Cortical Granule Exocytosis in Animal Species
Pearl Sac Gene Expression Profiles Associated With Pearl Attributes in the Silver-Lip Pearl Oyster, Pinctada maxima
Water microbiota is not affected by stocking density of the yellowtail kingfish (Seriola lalandi) in a recirculating aquaculture system
Transcriptome profiling of raspberry (Rubus idaeus Var. Amira) in response to infection by tomato ringspot virus (ToRSV)
Evolutionary Implications of the microRNA- and piRNA Complement of Lepidodermella squamata (Gastrotricha)
Overview and future perspectives of nitrifying bacteria on biofilters for recirculating aquaculture systems
Inference of developmental gene regulatory networks beyond classical model systems: New approaches in the post-genomic era
Xenacoelomorph neuropeptidomes reveal a major expansion of neuropeptide systems during early bilaterian evolution
Co-Option and De Novo Gene Evolution Underlie Molluscan Shell Diversity
Neoplasia in mollusks=> What does it tell us about cancer in humans? A Review
RNA-Seq and metabolic flux analysis of Tetraselmis sp M8 during nitrogen starvation reveals a two-stage lipid accumulation mechanism
Sea shell diversity and rapidly evolving secretomes: insights into the evolution of biomineralization
Evolution of the tyrosinase gene family in bivalve molluscs: Independent expansion of the mantle gene repertoire
Origin, evolution and classification of type-3 copper proteins: lineage-specific gene expansions and losses across the Metazoa
Pearls
Rapid evolution of pearl oyster shell matrix proteins with repetitive, low-complexity domains
MOLECULAR ANALYSIS IN CHILEAN COMMERCIAL GASTROPODS BASED ON 16S rRNA, COI AND ITS1-5.8S rDNA-ITS2 SEQUENCES
AUTHENTICATION OF COMMERCIAL CHILEAN MOLLUSKS USING RIBOSOMAL INTERNAL TRANSCRIBED SPACER (ITS) AS SPECIE-SPECIFIC DNA MARKER

Proyecto (10)

Implementación de una plataforma de secuenciación en tiempo real y procesamiento de datos ómicos para fortalecer la investigación científica e innovación en ciencias en la zona sur del país
Microbioma y viroma de aguas y sedimentos continentales: Puesta en marcha de una herramienta para el monitoreo de calidad microbiológica de aguas y vigilancia epidemiológica en escenario de cambio climático
Probing gene regulatory network origin and diversification: A functional characterization of skeletogenic enhancers in early-branching sea urchin species inhabiting Chile
A Sox2/Sox9/FoxL1 transcriptional code drives developmental and regenerative skull ossification
Bases para el desarrollo de una herramienta biotecnológica para mejorar la eficiencia en procesos de puesta en marcha y operación de biofiltros en sistemas de recirculación acuícola
Cellular, transcriptional and regulatory characterization of shell formation in the Pacific oyster (Crassostrea gigas) under ocean acidification conditions
Genómica comparativa y funcional aplicada al estudio y la evolución de la biomineralización en animales
Combination of zebrafish and mouse models to study Mgat1-dependent protein N-glycosylation regulating cortical granule biology and egg activation
Desarrollo y validación de un producto biológico para controlar preventivamente la Marchitez Bacteriana y Pudrición Parda en el cultivo de la papa (Solanum tuberosum)
LIA-MAST (International Associated Laboratory-Multiscale Adaptive STrategies Laboratory).
25
Felipe Aguilera

Assistant Professor

Departamento de Bioquímica y Biología Molecular

Universidad de Concepción

Concepción, Chile

4
Cristian Gallardo

Profesor Asociado

Departamento de Oceanografía

Universidad de Concepción

Concepcion, Chile

2
Luis Fuentes

Profesor Asistente

Biologia Celular

Universdad de Concepcion

Concepcion, Chile

1
Homero Urrutia

Profesor titular

Facultad de Ciencias Biológicas

UNIVERSIDAD DE CONCEPCIÓN

Concepción, Chile

1
Nathaly Ruiz-Tagle

Investigador

Centro de Biotecnología

UNIVERSIDAD DE CONCEPCIÓN, CENTRO DE BIOTECNOLOGÍA

Concepción, Chile

1
Pamela Ruiz

Investigador

Centro de Biotecnología

Universidad de Concepción

Concepción, Chile

1
Carlos Carrasco

Profesional

Biopeliculas y Microbiologia Ambiental

Universidad de Concepcion

Concepcion, Chile

1
Claudia Torres

Investigador

Ciencias biológicas

Universidad de Concepción

Concepción, Chile

1
Daniela Sepulveda

profesional

universidad de concepcion

Concepción, Chile

1
Vivian DAfonseca da Silva

Assistant Professor and Researcher

Department of Pre-Clinical Sciences

Catholic University of Maule

Talca, Chile

1
José Vidal

Director

ECOMBIO LIMITADA

Concepción, Chile