CryoEM studies of viral-cell multiprotein complexes Characterization of an Antisense Protein Encoded by Hepatitis B Virus Prevalencia del virus de la hepatitis D (VHD) en pacientes infectados con VHB

GRADUATE STUDIES DIRECTION: MASTER DEGREE
? Claudia M. Paiz Reyes. “Rol de la fosforilación de residuos del dominio finger de la ARN polimerasa ARN- dependiente (NS5B) del virus de la hepatitis C en células en cultivo”. Tesis de Magíster en Ciencias Biológicas, mención Microbiología. Facultad de Medicina, Universidad de Chile, 2011.
? Víctor S. Peña Rojas. “Expresión, purificación, y caracterización de la polimerasa NS5B del virus de la hepatitis C utilizando vectores baculovirales y células de insecto en cultivo”. Tesis de pregrado en Bioquímica, Facultad de Química y Biología, Universidad de Santiago de Chile, 2011.
? Daniella Figueroa Figueroa. “Efecto de mutaciones en sitios potenciales de fosforilación del dominio finger de la polimerasa del virus de la hepatitis C en la replicación del genoma viral”. Tesis de Magíster en Bioquímica, Facultad de Cs. Biológicas, Universidad Andrés Bello, 2014.
? Cristian Prieto Pincheira. “Análisis mutacional de residuos conservados fosforilables de la proteína HBx y efectos en su localización subcelular”. Tesis de Magíster en Bioquímica, Facultad de Cs. Biológicas, Universidad Andrés Bello, 2014.
? Gustavo Jiménez Alarcón. “Efecto de mutagénesis en sitios potenciales de fosforilación de la proteína X del virus de la hepatitis B, sobre la replicación del genoma viral”. Tesis de Magíster en Bioquímica, Facultad de Cs. Biológicas, Universidad Andrés Bello, 2015.
? Yvo Flores León. “Análisis del perfil de metilación de DNA en el genotipo F del virus de la hepatitis B”. Tesis de Magíster en Bioquímica, Facultad de Cs. Biológicas, Universidad Andrés Bello, 2015.
? Juan Montecinos Alarcón. “Optimización de la purificación de la proteína X nativa del virus de la hepatitis B y análisis de los estados de multimerización de sus mutantes en sitios potenciales de fosforilación”. Tesis de Magíster en Bioquímica, Facultad de Cs. Biológicas, Universidad Andrés Bello, 2016.
? Constanza Riquelme Escudero. “Identificación de fracciones activas en la fosforilación de HBx desde extractos de células hepáticas”. Tesis de Magíster en Bioquímica, Facultad de Cs. Biológicas, Universidad Andrés Bello, 2016.
? Daniel Garrido Espinoza. “Caracterización de las isoformas de la proteína X del virus de la hepatitis B en células de hepatocarcinoma humano en cultivo”. Tesis de Magíster en Bioquímica, Facultad de Cs. Biológicas, Universidad Andrés Bello, 2017.
-Constanza Ortiz Gonzalez, “Análisis de las isoformas de la proteína del virus de la Hepatitis B HBx”, Tesis de Ingeniería en Biotecnología. Universidad Tecnológica Metropolitana. Abril, 2023-presente.

GRADUATE STUDIES DIRECTION: Ph.D. DEGREE (4 students/thesis).
? Lorena Rubio Quiroz. “Efecto del complejo metiltransferasa de la lisina 9 de la histona H3 (COMPASS) sobre la replicación y actividad transcripcional del virus de la hepatitis B”. Tesis de Magíster en Biotecnología, Escuela de Postgrado, Universidad Andrés Bello, 2015.
? Francisca Muñoz. “Rol de la cromatina viral sobre la replicación del genoma del virus de la hepatitis B”. Tesis de Doctorado en Biotecnología, Programa de Doctorado en Biotecnología, Universidad Andrés Bello, 2016.
? Sergio Hernández Tapia. “Estudio de las isoformas de la proteína X del virus de la Hepatitis B y su rol en la replicación viral”. Tesis de Doctorado en Biotecnología, Programa de Doctorado en Biotecnología, Universidad Andrés Bello, 2017.
? Francisca Gloria Álvarez Astudillo. “Estudio del establecimiento de los patrones de metilación de la histona H3, su ensamblaje en el minicromosoma del VHB y su función en la replicación viral”. Tesis de Doctorado en Biotecnología, Programa de Doctorado en Biotecnología, Universidad Andrés Bello, 2019. Co-Director with Dr Alejandra Loyola.
-Celia Tamayo, “Prevalencia del virus de la hepatitis D (VHD) en pacientes infectados con el virus de la hepatitis B (VHB) en Chile y análisis de la interacion viral en la regulación epigenetica del VHB”. Tesis de Doctorado en Biotecnología y Bioemprendimiento. Universidad San Sebastián. Abril, 2025-presente. Co-Director with Dr Alejandra Loyola.

MEETING PRESENTATIONS
-XLVIII Reuni?n Anual Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile (6-9 Octubre). La Serena, Chile. Zapata P., Saavedra F., Alvarez F., Espinoza C., Castillo Y., Villanueva R., Forne I., Imhof A., Loyola A. “Lysine monomethylation and ADP-ribosylation act in concert to regulate the association of histones H3 and H4 to ribosomes.
-XLVIII Reuni?n Anual Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile (6-9 Octubre). La Serena, Chile. Vizueta C., Ricca MM, Valenzuela S., Alfaro I., Loyola A., Villanueva RA. “Identification and Characterization of an Antisense Protein Encoded by Hepatitis B Virus.
? XLVII Reuni?n Anual Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile, September 30-October 4, 2024. La Serena, Chile. Cruz Riquelme P, Larrain S, Villanueva RA, Loyola A. Characterization and functionality of HBx protein isoforms and the ORF6 protein of the hepatitis B virus.
?? XLVII Reuni?n Anual Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile, September 30-October 4, 2024. La Serena, Chile. Zapata P, Castillo Y, Villanueva RA, Forne I, Imhof A, Loyola A. Study of ADP-ribosylation of de novo synthesized histone H4.
? XL Reuni?n Anual Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile, September, 26-29, 2017. Puerto Varas, Chile. Álvarez F, Hernández S, Garrido D, Villanueva RA, Loyola A. The hepatitis B viral protein HBx is required to establish an active hepatitis B viral chromatin state.
? XXXIX Reuni?n Anual Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile, September, 27-30, 2016. Puerto Varas, Chile. Garrido D, Hernández S, Loyola A, Villanueva RA. Characterization of the subcellular localization of the protein X (HBx) isoforms of hepatitis B virus (HBV).
? XXIX Annual Meeting Chilean Society for Cell Biology. Puerto Varas, Chile. October, 25-29, 2015. Alarcón V., Muñoz F., Álvarez F., Flores Y., Hernández, S., De Ferrari G., Villanueva RA., Loyola A. The histone demethylase LSD1 and the viral protein HBx cooperate to establish an active hepatitis B viral chromatin state.
? International Meeting on Molecular Biology of hepatitis B viruses, September, 3-6 2014. University of California, Los Angeles, Los Angeles, USA. Villanueva, RA., Jiménez, G., Prieto, C., Muñoz, F., Alarcón, V., Hernández, S., Loyola, A. Cloning and replication of a chronic hepatitis B virus genotype F isolate.
? XXXVII Annual Meeting Sociedad Bioquímica y Biología Molecular de Chile. Puerto Varas, Chile, September, 30-October 4, 2014. Alarcón V., Muñoz F., Rubio, L., Hernández, S., Flores Y., Villanueva RA., Loyola A. Effect of histone demethylase- and methyltransferase-inhibitors over replication and transcriptional activity of the Hepatitis B Virus.
? XXXVI Congreso Chileno de Microbiología. Hotel Club La Serena, Chile. December, 2-5, 2014. Prieto, C., Paredes, R., Villanueva, RA. Efectos de la fosforilación de residuos conservados de la proteína transactivadora HBx de HBV sobre su localización subcelular en células de hepatoma humano.
? XXXVI Congreso Chileno de Microbiología. Hotel Club La Serena, Chile. December, 2-5, 2014. Jiménez, G., Villanueva, RA. Rol de la fosforilación en residuos conservados de HBx durante la replicación del HBV.
? XII Panamerican Association of Biochemistry and Molecular Biology. Puerto Varas, Chile. November, 9-14, 2013. Alarcón V., Muñoz F., Flores Y., Villanueva RA., Loyola A. Effect of histone deacetylase- and demethylase-inhibitors over replication and transcriptional activity of the hepatitis B virus.
? I Congreso Latinoamericano de Virología. Bogotá, Colombia. November, 19-21, 2013. Villanueva RA., Jiménez G., Prieto C., Alarcón F., Hernández S., Loyola A. Desarrollo de un sistema modelo para estudiar la replicación del virus de la hepatitis B, genotipo F, en células en cultivo.
? XXXVIII Congreso Chileno de Gastroenterología, November, 23-25, 2011. Centro de Convenciones del Mar, Viña del Mar. Muñoz E, Hernández S, Venegas M, Brahm J, Loyola A, & Villanueva RA. Desarrollo de un sistema modelo para el estudio de la replicación del virus de la hepatitis B (Genotipo F) en cultivo.
? XXXIII Congreso Chileno de Microbiología, Nov., 29-Dic., 2, 2011. Hostería El Copihue, Olmué, Chile. Hernández, S., Díaz, A. & RA Villanueva. Análisis de potenciales sitios de fosforilación dentro del N-terminal, subdominio finger, de la RNA polimerasa del virus de la hepatitis C.
? XXI Encuentro Nacional de Virología. October, 17-20, 2010. Gramado, Río Grande del Sur, Brasil. Venegas, M., Alvarado, M.V., Villanueva, R.A., Rebello, J.R., Carrillho, F.J., Brahm, J. Phylogenetic analysis of complete genome sequences of hepatitis B virus genotype F of Chilean patients with chronic infections.
? 61st Annual Meeting, American Association for the Study of Liver Diseases. October, 29–November, 2, 2010. Boston, USA. Venegas, M., Alvarado, M.V., Villanueva, R.A., Rebello, J.R., Carrillho, F.J., Brahm, J. Phylogenetic analysis of complete genome sequences of hepatitis B virus genotype F of Chilean patients with chronic infections.
? XXXI Congreso Chileno de Microbiología. December, 1-4, 2009. Santa Cruz, Chile. Villanueva, R.A., Jangra, R.K., Yi, M., Pyles, R., Bourne, N. & S.M. Lemon. Ausencia de efecto de microRNA miR-122 durante la síntesis in vitro de RNA viral por complejos de replicación aislados desde células que replican el RNA de HCV.
? 13th International Symposium on Viral Hepatitis and Liver Diseases, March, 20-24, 2009. Washington DC, USA. Gal-Tanamy, M., Zemel, R., Bachmetov, L., Rohit K. Jangra, R.K., Villanueva, R.A., Yi, M., Lemon, SM., Benhar, I., & Ran Tur-Kaspa. Inhibition of HCV drug resistant replicons and cell culture infectious virus by intrabodies.
? XXXVI Congreso Chileno de Gastroenterología; XX Congreso Chileno de Endoscopía Digestiva; XVIII Congreso Chileno de Hepatología, October, 21-23, 2009. Coquimbo, Chile. Venegas, M., Villanueva, R.A., & J. Brahm. Amplificación del genoma completo del genotipo F del virus de la hepatitis B: Informe preliminar.
? Workshop “Molecular Biology of Viral Diseases”, ICGEB/PAHO/RELAB, March, 2-6, 2009. Punta del Este, Uruguay. Villanueva, R.A., Jangra, R., Yi, M. & Stanley M. Lemon. Contrasting requirements for miR-122 in cell-based and cell-free hepatitis C virus (HCV) replicase assays.
? 15th International Symposium on Hepatitis C Virus & Related Viruses, October, 5-9, 2008. San Antonio, Texas, US. McGivern, D.R., Villanueva, R.A., Chinnaswamy, S., Cheng Kao C. & Stanley M. Lemon. Impaired replication of HCV NS5B mutants that fail to regulate the retinoblastoma tumor suppressor protein is not due to defective RNA polymerase activity.
? 14th International Symposium on Hepatitis C Virus & Related Viruses, September, 9-13, 2007. Glasgow, Scotland, U.K. McGivern, D.R., Villanueva, R.A., Liang, Y. & S.M. Lemon. Hepatitis C Virus containing mutations in a conserved retinoblastoma-binding motif is impaired for viral replication.
? 8th International Symposium on Positive-Strand RNA Viruses, May, 26-30, 2007. Mayflower Hotel, Washington DC, USA. Villanueva, R.A., Jangra, R.K. & S.M. Lemon. Contrasting requirements for miR-122 in cell-based and cell-free hepatitis C virus (HCV) replicase assays.
? HEP DART 2005. Frontiers in drug development for viral hepatitis, December, 11-15, 2005. Kohala Coast, Big Island, Hawaii, USA. Yi, M., Villanueva, R.A., Thomas, D.L., Wakita, T., & S.M. Lemon. Production of infectious genotype 1a (Hutchinson Strain) hepatitis C virus in cultured human hepatoma cells.
? IUMS 2005. XIIIth International Congress of Virology, July, 23-28, 2005. San Francisco, California, USA. Sandino, A.M., Cortés, M., Jashés, M., Spencer, E. & R.A. Villanueva. IPNV RNA replication requires continuous synthesis of proteins, and utilizes a negative strand of RNA as template.
? XLVII Reunión Anual de la Sociedad de Biología de Chile, November, 23-26, 2004. Puc?n, Chile. Villanueva, R.A., Galaz, J. & A.M. Sandino. Replicación del RNA, ensamblaje del genoma, y maduraci?n de las partículas del virus de la necrosis pancreática infecciosa, IPNV.
? Cold Spring Harbor Laboratory. Retroviruses Meeting, May, 20-25, 2003. Cold Spring Harbor. New York, USA. Villanueva, R.A., Puglia J. & M.J. Roth. Biochemical and Genetic Analysis of the M-MuLV IN.
? Second International Conference on Retroviral Integrases, October, 28-30, 2001. Paris, France. Villanueva, R.A., Yang, F., Belitsky, J.M., Dervan, P.B. & M.J. Roth. Inhibition of Moloney murine leukemia virus integration using polyamides targeting the long-terminal repeats (LTR) sequences.
? Cold Spring Harbor Laboratory. Retroviruses Meeting, May, 22-27, 2001. Cold Spring Harbor, New York, USA. Villanueva, R.A., Campbell, S. & M.J. Roth. Properties and Molecular Cloning of a Recombinant MoMLV/RaLV Retrovirus.
? Cold Spring Harbor Laboratory. Retroviruses Meeting, May, 23-28, 2000. Cold Spring Harbor, New York, USA. Villanueva, R.A. & M.J. Roth. Recovery of an infectious form of an endogenous Rat Leukemia Virus by transfection of rat cells with proviral mutants of Moloney murine leukemia virus.
? XIth International Workshop on Retroviral Pathogenesis, November, 18-20, 1999. Arcachon, France. Villanueva, R.A. & M.J. Roth. Recovery of an infectious form of the endogenous Rat Leukemia Virus by transfection of rat cells with proviral mutants of MoMLV.
? VIII Pan-American Association for Biochemistry and Molecular Biology Meeting, November, 16-21, 1996. Pucón, Chile. Villanueva, R.A. & A.M. Sandino. Infectious Pancreatic Necrosis Virus (IPNV) morphogenesis in CHSE-214 cells.
? X International Meeting of Virology, August, 11-16, 1996. Jerusalem, Israel. Villanueva, R.A. & A.M. Sandino. Isolation and characterization of particles of the IPN Virus obtained during the infective cycle in CHSE-214 Cells.
? XVII Reunión Anual de la Sociedad de Farmacología de Chile. August, 18-19, 1995. Santiago, Chile. Lara, H.E., Derpich, M., Villanueva, R.A. & A.D. Bustamante. Aumento de la actividad nerviosa simpática en el ganglio celíaco durante el desarrollo del ovario poliquístico en la rata.
? XXXVIII Reunión Anual de la Sociedad de Biología de Chile. November, 28-30, 1995. Viña del Mar, Chile. Villanueva, R.A. & A.M. Sandino. Identificación de subpartículas virales en células CHSE-214 infectadas con el virus de la necrosis pancreática infecciosa, IPNV.
? XVIII Congreso Chileno de Microbiología. April, 23-26, 1996. Santiago, Chile. Villanueva, R.A. & A.M. Sandino. Aislamiento y caracterización de partículas del virus IPN durante el Ciclo Infectivo.
? XXXIX Reunión Anual de la Sociedad de Biología de Chile. October, 8-10, 1996. Viña del Mar, Chile. Hueche, A., Zúñiga, G., González, M., Villanueva, R.A. & A.M. Sandino. Estudio in vitro de antivirales que inhiben la multiplicación del virus de la necrosis pancreática infecciosa en células CHSE-214.
? XLVII Reunión Anual de la Sociedad de Biología de Chile. November, 23-26, 2004. Pucón, Chile. Villanueva, R.A., Galaz, J. & A.M. Sandino. Replicación del RNA, ensamblaje del genoma, y maduración de las partículas del virus de la necrosis pancreática infecciosa, IPNV.

ORGANIZATION/PARTICIPATION IN SEMINARS/CONFERENCES.
? November, 3, 2022. “The HBV HBx regulatory protein, protein isoforms, and HBV replication cycle”. Research in progress, Seminars, Section of Gastroenterology, Clinical Hospital, University of Chile. Santiago, Chile. (Invited speaker; Host: Dr Mauricio Venegas).
? October, 15, 2020. “Regulación de la replicación genómica de virus hepatótropos persistentes: the case of hepatitis B virus”. Coloquios en Microbiología, Sociedad de Microbiología de Chile. Santiago, Chile. (Invited speaker).
?? March, 15, 2017. “Estudios sobre regulación de la replicación del genoma de virus hepatótropos persistentes: Virus Hepatitis B y C”. Facultad de Ciencias, Universidad de Chile, Santiago, Chile. (Invited speaker).
? March, 9, 2016. “International Symposium in Virology”. Auditorio Andrés Bello. Vicerrectoría de Investigación y Doctorados, Universidad Andrés Bello, Santiago, Chile. (Organizer, chairman, and speaker).
? November, 7, 2014. “International Symposium in Virology”. Auditorio Andrés Bello. Vicerrectoría de Investigación y Doctorados, Universidad Andrés Bello, Santiago, Chile. (Chairman, and speaker).
? March, 21, 2013. “Autumn Symposium in Virology”. Auditorio Andrés Bello. Vicerrectoría de Investigación y Doctorados, Universidad Andrés Bello, Santiago, Chile. (Organizer, chairman, and speaker).
?? November, 23, 2011. “Regulación de la replicación del genoma de virus hepatótropos persistentes: Virus Hepatitis B y C”. Facultad de Ciencias Biológicas, UNAB-Asociación Nacional de Estudiantes de Bioquímica (ANEB). (Invited speaker).
?? January, 8, 2010. “Líneas de investigación básico-clínicas asociadas con virus hepatótropos de alto impacto en cronicidad, y carcinoma humano: Hepatitis B y Hepatitis C”. Facultad de Medicina, Universidad Diego Portales. Santiago, Chile. (Invited speaker).
? September, 23, 2010. “Regulación de la replicación genómica de virus hepatótropos persistentes”. Coloquios en Microbiología, Sociedad de Microbiología de Chile. Santiago, Chile. invited speaker).