Man

Pablo Felipe Báez Benavides

Profesor Asistente

Universidad San Sebastián

Santiago, Chile

Líneas de Investigación


Datos e Inteligencia Artificial en Salud. Procesamiento del Lenguaje Natural en Salud.

Educación

  •  Microbiólogo y Bioanalista, Universidad de Antioquia. Colombia, 2009
  •  Ciencias Biológicas c/m Genética Humana, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2013
  •  Ciencias Biomédicas, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2018

Experiencia Académica

  •   Docente Invitado Other

    UNIVERSIDAD DEL DESARROLLO

    Facultad de Medicina

    Santiago, Chile

    2018 - 2018

  •   Docente Invitado Other

    UNIVERSIDAD MAYOR

    Facultad de Ciencias

    Santiago, Chile

    2017 - 2017

  •   Docente Invitado Other

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Facultad de Medicina

    Santiago, Chile

    2016 - 2016

  •   Profesor de Cátedra Other

    Universidad de Antioquia

    Medellín, Colombia

    2009 - 2009

  •   Docente Auxiliar de Cátedra Other

    Universidad de Antioquia

    Medellín, Chile

    2007 - 2009

  •   Profesor Coordinador Bioinformática I y II Other

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Facultad de Medicina

    Chile

    2020 - At present

  •   Profesor Invitado Bioestadística I y II Other

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Facultad de Medicina

    Chile

    2021 - 2021

  •   Profesor Invitado Biomedicina II Other

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Facultad de Medicina

    Chile

    2018 - 2018

  •   Profesor Asistente Full Time

    UNIVERSIDAD SAN SEBASTIAN

    Facultad de Odontología

    Chile

    2025 - At present

  •   Profesor Coordinador Bioestadística y Metodología de la Investigación Other

    UNIVERSIDAD SAN SEBASTIAN

    Chile

    2024 - 2025

  •   Profesor de cátedra Other

    UNIVERSIDAD DEL DESARROLLO

    Facultad de Medicina

    Chile

    2021 - 2024

Experiencia Profesional

  •   Microbiólogo y Bioanalista en servicio social obligatorio Full Time

    Dirección General de Sanidad Militar, Fuerzas Militares de Colombia

    La Tagüa, Colombia

    2009 - 2010

Premios y Distinciones

  •   Exención de matrícula

    UNIVERSIDAD DE ANTIOQUIA

    Colombia, 2005

    Exención del pago de matrícula a estudiantes de mejor rendimiento académico en el periodo.

  •   Exención de matrícula

    UNIVERSIDAD DE ANTIOQUIA

    Chile, 2008

    Exención del pago de matrícula a estudiantes de mejor rendimiento académico en el periodo.

  •   Diez Mejores Resultados ECAES

    MINISTERIO DE EDUCACION

    Chile, 2008

    Diez mejores resultados a nivel nacional según programa académico: Examen de estado de calidad de la educación superior (ECAES), Ministerio de Educación, República de Colombia.

  •   Aprobación de Magíster con distincio?n máxima

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Chile, 2013

    Aprobación de Magíster con distinción máxima. Escuela de postgrados, Universidad de Chile.

  •   Best Paper

    Clinical NLP Workshop, EMNLP

    Chile, 2020

    3rd Clinical Natural Language Processing Workshop. Paper title: The Chilean Waiting List Corpus: a new resource for Clinical Named Entity Recognition.


 

Article (21)

Developing and Validating an Automatic Support System for Tumor Coding in Pathology Reports in Spanish

Villena, Fabian; Baez, Pablo; Penafiel, Sergio; Rojas, Matías; Paredes, Inti; Dunstan, Jocelyn

Article ISI SCOPUS
JCO Clinical Cancer Informatics  (2025)

Entity normalization in a Spanish medical corpus using a UMLS-based lexicon: findings and limitations

Báez; P.; Campillos-Llanos; L.; Núñez; F.; Dunstan; J.

Article ISI SCOPUS
Language Resources and Evaluation  (2025)

Automatic Detection of Distant Metastasis Mentions in Radiology Reports in Spanish

Ahumada, Ricardo; Dunstan, Jocelyn; Rojas, Matías; Penafiel, Sergio; Paredes, Inti; Baez, Pablo

Article ISI SCOPUS
JCO Clinical Cancer Informatics  (2024)

E-learning module for cytopathology education based on virtual microscopy

Cubillos, Paulina; Diaz, Eugenia

Article SCOPUS
Journal of the American Society of Cytopathology  (2024)

Amerindian ancestry proportion as a risk factor for inflammatory bowel diseases: results from a Latin American Andean cohort

Magne, Fabien; Aguilar, Nataly; Escobar, Sergio; Pavez-Ovalle, Carolina; Diaz-Asencio, Alejandro; Miquel, Juan Francisco

Article ISI SCOPUS
Frontiers in Medicine  (2023)

Genome sequencing reveals molecular subgroups in oral epithelial dysplasia

Marquez, Agustin; Mujica, Isidora; Jordan, Natalia; Baez, Pablo; Tarquinio, Sandra; Nunes, Jean; Adorno, Daniela; Martínez, Benjamín; Morales-Pison, Sebastián; Fernández-Ramires, Ricardo

Article ISI SCOPUS
Brazilian Oral Research  (2023)

Genotype Prevalence of Lactose Deficiency, Vitamin D Deficiency, and the Vitamin D Receptor in a Chilean Inflammatory Bowel Disease Cohort: Insights from an Observational Study

Segovia-Melero, Roberto; Magne, Fabien; Onetto, Gian-Franco; Escobar, Sergio; Miquel, Juan Francisco

Article ISI SCOPUS
International Journal of Molecular Sciences  (2023)

Automatic Extraction of Nested Entities in Clinical Referrals in Spanish



Article ISI SCOPUS
ACM Transactions on Computing for Healthcare  (2022)

Ethnicity influences phenotype and clinical outcomes: Comparing a South American with a North American inflammatory bowel disease cohort

Pizarro, Benjamin; Cerda-Villablanca, Mauricio; de la Vega, Andres; Arriagada, Elizabeth; Rivera-Nieves, Jesus; Estela, Ricardo; Tobar, Felipe

Article ISI SCOPUS
Medicine (United States)  (2022)

Gallbladder cancer in cholecystectomies in the Tarapaca region. Analysis according to ethnicity

Marcelo Fonseca C.; Jos� Garc�a R.; Attila Csendes J.; Sergio Calcagno Z.; Dino Ibaceta O.; Pablo B�ez B.; Katherine Marcelain C.

Article ISI SCIELO SCOPUS
Revista Medica de Chile  (2022)

Natural language processing for clinical text in Spanish: The case of waiting lists in Chile

Baez, Pablo; Arancibia, Antonia Paz; Chaparro, Matias Ignacio; Bucarey, Tomas; Nunez, Fredy; Dunstan, Jocelyn

Article ISI SCOPUS
Revista Medica Clinica Las Condes  (2022)

Construction of text resources for automatic identification of clinical information in unstructured narratives

Baez, Pablo; Villena, Fabian; Zuniga, Karen; Jones, Natalia; Fernandez, Gustavo; Duran, Manuel; Dunstan, Jocelyn

Article ISI SCIELO SCOPUS
Revista Medica de Chile  (2021)

ABCB1/4 gallbladder cancer risk variants identified in India also show strong effects in Chileans

Baez Benavides, Pablo F.; de Toro, Gonzalo; Retamales, Javier; Morales, Erik; Loader, Denisse; Rivera, Maria Teresa; Ortega, Alejandro; Montalvo, Domingo; Portiño, Sergio; Gabler, Fernando; et al.

Article ISI SCOPUS
Cancer Epidemiology  (2020)

Prevalence of cholelithiasis and gallbladder cancer among Aymara individuals

Pablo Báez B.; Sergio Calcagno Z.; Katherine Marcelain C.; Pablo Vargas M.; José García R.; Teresa Barlaro F.

Article ISI SCIELO SCOPUS
Revista Medica de Chile  (2020)

Prevalencia de colecistolitiasis y cáncer de vesícula en una población rural Aymara de Chile

Fonseca C, Marcelo; Csendes, Attila; Calcagno, Sergio; Vargas, Pablo; Garcia R, Jose; Barlaro, Teresa

Article
REVISTA MEDICA DE CHILE  (2020)

The Chilean Waiting List Corpus: a new resource for clinical Named Entity Recognition in Spanish

Baez, Pablo; Villena, Fabian; Rojas, Matías; Duran, Manuel

Article
Proceedings of the 3rd Clinical Natural Language Processing Workshop  (2020)

TRPM4 regulates Akt/GSK3-beta activity and enhances beta-catenin signaling and cell proliferation in prostate cancer cells

Andaur, RE

Article ISI SCOPUS
Molecular Oncology  (2018)

Subtypes of Native American ancestry and leading causes of death: Mapuche ancestry-specific associations with gallbladder cancer risk in Chile

Lorenzo Bermejo, Justo; Boekstegers, Felix; Gonz?lez Silos, Rosa; Báez Benavides, Pablo; Barahona Ponce, Carol; M?ller, Bettina; Fischer, Christine; Peil, Barbara; Sinsheimer, Janet; Fuentes Guajardo, Macarena; et al.

Article ISI SCOPUS
PLOS GENETICS  (2017)

Mast Cell Infiltration and Kit and Protease Expression During Progression of a Transgenic Prostate Cancer Murine Model (TRAMP)

Landerer E.; Paredes R.

Article
Journal of Comparative Pathology  (2014)

Actualización en cáncer de próstata: generalidades y diagnóstico

Armisén Yañez, Ricardo

Article
Medicina & Laboratorio  (2012)

Colonización por Staphylococcus aureus resistente a meticilina en las manos de individuos de la comunidad

Zapata Tamayo, Mario Augusto; Ramírez Pérez, Auxilio; Rúa Giraldo, Alvaro León; Jiménez Quiceno, Judy Natalia

Article
Iatreia  (2010)

Abstract (3)

Genetic Variants in IBD Chilean Patients are related to clinical outcomes

Perez T.; Bustamante M.L.; Travisany D.; Magne F.; Hernández-Rocha C.; Álvarez-Lobos M.; Orellana M.; Ascui G.; Azocar L.; Espino A.; et al.

Abstract ISI
JOURNAL OF CROHNS & COLITIS  (2023)

Native American Mapuche ancestry is related to higher IBD risk in Chileans

Perez T.; Bustamante M.L.; Magne F.; Travisany D.; Álvarez-Lobos M.; Hernández-Rocha C.; Azocar L.; Aguilar, N; Espino A.; Estela R.; et al.

Abstract ISI
JOURNAL OF CROHNS & COLITIS  (2023)

Prevalence and CARD9 IBD risk variant rs4077515 in a Chilean IBD Cohort

Perez T.; Bustamante M.L.; Magne F.; Alvares D.; Álvarez-Lobos M.; Hernández-Rocha C.; Aguliar, N; Azocar L.; Báez, P; Zazueta A.; et al.

Abstract ISI
JOURNAL OF CROHNS & COLITIS  (2023)

Letter (1)

Response to Kempf et al on Methodological and Practical Aspects of a Distant Metastasis Detection Model

Ahumada, Ricardo; Dunstan, Jocelyn; Paredes, Inti; Baez, Pablo

Letter ISI SCOPUS
JCO Clinical Cancer Informatics  (2024)

Proyecto (3)

Caracterización lingüística del texto clínico chileno: hacia una extracción automática de información

Báez Benavides, Pablo

Proyecto
 (2021)

Towards an automatic prioritization of patients in waiting lists in Chile



Proyecto
 (2020)

Deep-pathology: plataforma de telepatología distribuida basada en blockchain y diagnóstico colaborativo apoyado por deep learning

Hartel, Steffen

Proyecto
 (2019)

1
Steffen Härtel

Full Professor

Instituto de Ciencias Biomédicas

University of Chile

Santiago, Chile

1
Armando Rojas

Profesor Titular, Director de Laboratorio Investigaciones Biomédicas

Ciencias Preclínicas

FACULTAD DE MEDICINA, UNIVERSIDAD CATOLICA DEL MAULE

Talca, Chile

1
fresia ferreccio

Full Professor, Director PhD Epidemiolgy Program

Public Health

PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATÓLICA DE CHILE FACULTAD DE MEDICINA, ESCUELA DE MEDICINA, DEPARTAMENTO DE SALUD PÚBLICA.

Santiago, Chile

2
Katherine Marcelain

Profesora Asociada

Oncología Básico Clínica

UNIVERSIDAD DE CHILE, FACULTAD DE MEDICINA

Santiago, Chile

1
Andres Stutzin

Full Professor

ICBM

FACULTAD DE MEDICINA UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
Ricardo Armisen

Associate Professor

Centro de Genética y Genómica

Universidad del Desarrollo

Santiago, Chile

1
Giuliano Bernal

Profesor Titular

Ciencias Biomédicas

UNIVERSIDAD CATÓLICA DEL NORTE

Coquimbo, Chile

1
Monica Ahumada

medico

medicina oncologia basico clinica

HOSPITAL CLINICO UNIVERSIDAD DE CHILE

santiago, Chile

1
Erik Morales

Profesor Auxiliar

Ciencias Preclínicas

UNIVERSIDAD CATÓLICA DEL MAULE

Talca, Chile

1
César Echeverría

INVESTIGADOR

Instituto de Ciencias NAturales

Universidad de Las Américas

SANTIAGO, Chile

1
Jordi Olloquequi

Profesor Titular

Instituto de Ciencias Biomédicas

UNIVERSIDAD AUTONOMA DE CHILE

Talca, Chile

2
Fabien MAGNE

Profesor asociado

Instituto de Ciencias Biomédicas (ICBM)

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
Claudio Cappelli

R&D Director

Facultad de Medicina

Universidad Austral de Chile

Valdivia, Chile

6
Jocelyn Dunstan

Profesora Asociada

Ciencia de la Computación

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

2
Maria Bustamante

Profesora Asistente

Facultad de Medicina

Universidad de Chile

Santiago , Chile

1
Javier Retamales

Oncólogo

Medicina

Complejo Asistencial Sótero del Río

Santiago, Chile

1
Bettina Müller

Jefe subrogante

Oncología Médica

Instituto Nacional del Cáncer

Santiago, Chile

1
Julio Tapia

Profesor Asociado

Oncologia Basico Clinica

Universidad de Chile

Santiago, Chile

1
Eduardo Sagredo

1
Dante Travisany

Profesor Asociado

Facultad de Ingeniería y Negocios

Universidad de Las Américas

Santiago, Chile

1
Felipe Tobar

Senior Lecturer

Department of Mathematics

Imperial College London

Santiago, Reino Unido

3
Cristian Hernández

Assistant Professor

Gastroenterology

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

1
Francisco Rothhammer

28
Pablo Báez

Profesor Asistente

Facultad de Odontología

Universidad San Sebastián

Santiago, Chile

1
Felipe Bravo

Profesor Asociado

Departamento de Ciencias de la Computación

Universidad de Chile

Santiago, Chile

1
Fredy Núñez

Profesor asistente

Departamento de Ciencias del Lenguaje

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

2
Olga Barajas

PROF. ASOCIADA/MEDICO ONCOLOGO

MEDICINA

HOSPITAL CLINICO UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

2
Macarena Fuentes

Profesor Asistente

Center for Craniofacial and Regenerative Biology

King's College London

Londres, Reino Unido

1
Carolina Pavez

GASTROENTEROLOGO

GASTROENTEROLOGIA

Pontificia Universidad Católica de Chile

SANTIAGO, Chile

1
Sergio Portiño

3
Fabián Villena

Profesor Asistente

Universidad San Sebastián

Región Metropolitana, Chile

1
Sebastian Morales

Académico e Investigador

Facultad de Medicina y Ciencias de la Salud

Universidad Mayor de Chile

Santiago, Chile

1
VERONICA SANHUEZA

PATOLOGA

FUNDACION ARTURO LOPEZ PEREZ

SANTIAGO - PROVIDENCIA, Chile