Developing predictive models support by machine learning and artificial intelligence techniques to guide the protein design

Participación en dirección de tesis de pregrado

Co-guía tesis de pregrado de alumno Gabriel Cabas, titulada "Aplicaciones de CNN para el desarrollo de modelos predictivos en ingeniería de proteínas" con objetivo a obtener el título de Ingeniero en Bioinformática y el grado de Bachelor en Universidad de Talca, año 2022.

Co-guía tesis de pregrado de alumno Claudio Guevara, titulada "Aplicaciones de GCN para desarrollo de modelos predictivos de interacción de antígeno-anticuerpo" con objetivo a obtener el título de Ingeniero en Bioinformática y el grado de Bachelor en Universidad de Talca, año 2022.

Co-guía tesis de pregrado de alumno Lukas Jeldes, titulada "Implementación de reglas de asociación para la elaboración de secuencias de péptidos con propiedades deseables" con objetivo a obtener el título de Ingeniero civil químico, Universidad de Chile, 2022

Co-guía tesis de pregrado de alumno Jorge Muñoz, titulada "Aplicaciones de representaciones de grafos para la identificación de patrones en estructura de proteínas" con objetivo a obtener el título de Ingeniero civil químico, Universidad de Chile, 2022

Co-guía tesis de pregrado de alumna Yasna Barrera, titulada "Aplicación de minería de datos y Machine Learning para diseño de sistemas predictivos en
interacción Antígeno-Anticuerpo" con objetivo a obtener el título de Ingeniero en Bioinformática y el grado de Bachelor en Universidad de Talca, año 2020.

Co-guía tesis de pregrado de alumno Kevin Vergara, titulada "Diseño e implementación modelos predictivos de variantes basados en digitalización de propiedades
fisicoquímicas y uso de Machine Learning" con objetivo a obtener el título de Ingeniero civil en Bioitecnología en Universidad de Chile y el grado de Bachelor, año 2020.

Tutor tesis de pregrado de alumno Cristofer Quiroz, titulada "Diseño e implementación herramienta computacional para la evaluación de mutaciones puntuales en
proteínas" con objetivo a obtener el título de Ingeniero civil en Informática en Universidad Autónoma de Chile, año 2020.

Co-guía tesis de pregrado de alumno Jorge Torres, titulada "Aplicación de minería de datos para la búsqueda de patrones
relacionados al sistema de interacción antígeno-anticuerpo" con objetivo a obtener el título de Ingeniero civil en Informática en Universidad de Magallanes, año 2019.

Presentaciones en eventos científicos nacionales e internacionales

Oral presentation in the XIII Workshop CeBiB: Metabolic Engineering, Bioinformatics and Genomics for Biotechnological Applications. June 2021. Developing strategies to protein engineering applications using machine learning approaches (eng)

International Congress Society for computational Biology, European conference on Computational Biology, ISMB 2021. Oral presentation: Developing strategies to design proteins with desirable properties using Machine Learning techniques (eng)

Oral presentation in the XII Workshop CeBiB: Metabolic Engineering, Bioinformatics and Genomics for Biotechnological Applications. November 2020. In-silico protein design support by evolutionary couplings strategies and machine learning approaches (eng)

International Congress Society for computational Biology, European conference on Computational Biology, ISMB 2020. Poster presentation: FFT-Predict, A user-friendly web platform
to design predictive models for mutations in sequences based on digitized physicochemical properties and Meta-Learning systems (eng)

Congress Student Council Symposium 2020, ISMB 2020. Oral presentation: FFT-Predict, A user-friendly web platform to design predictive models for mutations in sequences based on digitized physicochemical properties and Meta-Learning systems (eng)

The Fifth International Conference on Machine Learning, Optimization, and Data Science – September 10-13, 2019 – Certosa di Pontignano, Siena – Tuscany, Italy. Poster presentation: DMAKit: A web service based in a python library for the analysis of high-dimensional datasets using data mining and pattern recognition techniques (eng)

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, FFT-Mutant Kit: A novel library for design de novo mutations using mathematical modeling techniques, data mining and machine learning, Congress Student Council Symposium 2019, ISMB ECCB, Basel 2019, SUIZA, Basel, 2019.

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, DMAKit: A web service based in a python Library for the analysis of high-dimensional datasets using data mining and pattern recognition techniques, The Fifth International Conference on Machine Learning, Optimization, and Data Science, ITALIA, Tuscany, 2019.

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, Mathematical modeling and data mining: Applications and tools developed, Workshop CeBiB, CHILE, Santiago, 2019.

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, FFT-Mutant Kit: A novel library for design de novo mutations using mathematical modeling techniques, data mining and machine learning, Workshop CeBiB, CHILE, Santiago, 2019.

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, FFT-Mutant Kit: A novel library for design de novo mutations using mathematical modeling techniques, data mining and machine learning, International Congress Society for computational Biology, European conference on Computational Biology, ISMB ECCB, Basel 2019, SUIZA, Basel, 2019.

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, Tom L Blundell, VHL-Hunter, web service for classification of clinical relevance of single point mutations in von Hippel-Lindau disease, Congress Latin America Student Council SCS-LA, CHILE, Viña del Mar, 2018.

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, Tom L Blundell, VHL-Hunter, web service for classification of clinical relevance of single point mutations in von Hippel-Lindau disease, Congress International Society for computational Biology, CHILE, Viña del Mar, 2018

David Medina, Data Mining and Machine Learning, Applications in real life, Workshop CeBiB, CHILE, Marbella, 2018.

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, Tom L Blundell, VHL-Hunter, web service for classification of clinical relevance of single point mutations in von Hippel-Lindau disease, Congress 9CAB2C, Mar del Plata, Argentina, ARGENTINA, Mar del Plata, 2018.

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, Tom L Blundell, VHL-Hunter, web service for classification of clinical relevance of single point mutations in von Hippel-Lindau disease, Workshop CeBiB, CHILE, Temuco, 2018.

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, VHL-Hunter, web service for classification of clinical relevance of single point mutations in von Hippel-Lindau disease, Workshop CeBiB, CHILE, Marbella, 2018.

Dominguez C, Medina D, Cambiazo V, Perez-Acle T, Holmes DS, Exploring patterns of histone modifications and binding proteins to identify cis-regulatory modules (CRMs) driving the restricted gene expression in dor- sal cells of D. melanogaster embryos. 2015. DOI: 10.7490/f1000research.1110125.1., International Society for Computational Biology, IRLANDA, Dublin, 2015

David Medina, Bio-CD, Herramienta de aprendizaje para alumnos de enseñanza media, Encuentro Linux, Temuco 2013, CHILE, Temuco, 2013.