*Enzymatic reactivity through hybrid calculation methods like QM/MM and ONIOM. *Protein-ligand interactions through molecular dynamics (MD) and hybrid calculation methods (QM/MM). *Protein engineering and biotransformations.

1. Felipe Alejandro Montenegro González, "Caracterización in silico de las interacciones proteína-ligando de potenciales inhibidores de la polimerización de la proteína FtsZ", Ingeniería en Bioinformática, 2010.
2. Scarleth Bravo Bravo, "Estudio de los determinantes de la afinidad del vardenafil sobre el sildenafil por la enzima PDE5 (Phosphodiesterase 5): El rol del residuo Tyr612", Ingeniería en Bioinformática, 2011.
3. Camila Muñoz Gutierrez, "Estudio computacional de las interacciones entre el receptor VEGFR2 y derivados de Semaxanib", Ingeniería en Bioinformática, 2011.
4. Francisco Adasme Carreño, "Entendiendo las interacciones catión-pi y enlaces de hidrógeno en la unión de agonistas de receptores nicotínicos", Ingeniería en Bioinformática, 2011.
5. Ingrid Daniela Araya Durán, "Estudio De La Energía De Unión Y Selectividad De Inhibidores De CDK2-CDK4: Energía De Interacción QM-MM Como Descriptor De Actividad Biológica", Ingeniería en Bioinformática, 2012.
6. Julio Miguel Caballero Ruíz, “Estudio de la relación Estructura-Actividad de Inhibidores de Quinasas mediante el uso de métodos de química computacional”. , Doctorado en Ciencias Aplicadas, Universidad de Talca, 2012.
7. Daniel Matías Bustos, "Análisis estructural y energético de la interacción de fosforilcolina con la mutante E42A de Pseudomonas aeruginosa", Ingeniería en Bioinformática, 2013.
8. María Francisca Matus Cortés, "Diseño y caracterización de nanopolímeros mediante técnicas computacionales", Ingeniería en Bioinformática, 2013.
9. Camila Fernanda Navas Mondaca, "Estudio Computacional de Interacciones CDK2-ligando: Análisis de Redes de Enlaces de Hidrógeno y Clusterización Como Herramienta Para Mejorar Cálculos MM-GBSA", Ingeniería en Bioinformática, 2013.
10. Matías Alberto Zuñiga Bustos, "Desarrollo E Implementación De Un Protocolo De Estudio De Nano-Polímeros Y Su Afinidad Con Metales", Ingeniería en Bioinformática, 2013.
11. Claudia Pareja Barrueto, "Estimación de la afinidad de moléculas antagonistas por diferentes subtipos de receptores nicotínicos (nAChRs): efecto de la clusterización en la selección de estructuras para aplicar el método MM-GBS", Ingeniería en Bioinformática, 2013.
12. Natalia Muñoz Mardones, "Parametrización de moléculas orgánicas y análisis de su interacción mediante técnicas de dinámica molecular", Ingeniería en Bioinformática, 2014.
13. Yorley Andrea Duarte Ayala, “Estudio de la relación Estructura-Actividad de Inhibidores de Quinasas mediante el uso de métodos de química computacional”, Doctorado en Ciencias Aplicadas, Universidad de Talca, 2015
14. Luis Reyes, Desarrollo, optimización y aplicación de un protocolo basado en MM/GBSA para el cálculo de energía libre de unión en complejos proteína-ligando, Ingeniería en Bioinformática, 2016.
15. Francisco Maximiliano Adasme Carreño, “Characterization of Halogen bonding in Organic and Biological Molecules", Doctorado en Ciencias Aplicadas, Universidad de Talca, 2016.