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Jennifer Cecilia Alcaíno Gorman

Profesor Asociado

UNIVERSIDAD DE CHILE - FACULTAD DE CIENCIAS

Santiago, Chile

Líneas de Investigación


Microbiología; Genética de levaduras; Biotecnología; Cold-adapted yeasts; Yeast metabolites and application

Educación

  •  Ciencias c/m Microbiología, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2009
  •  Ingeniero en Biotecnología Molecular, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2002

Experiencia Académica

  •   Profesora Asociada Full Time

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Ciencias

    Santiago, Chile

    2016 - A la fecha

  •   Profesora Asistente Full Time

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Ciencias

    Santiago, Chile

    2011 - 2016

  •   Instructor Adjunto Part Time

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Ciencias

    Santiago, Chile

    2009 - 2011

Experiencia Profesional

  •   Profesora Asociada Full Time

    Universidad de Chile- Facultad de Ciencias

    Santiago, Chile

    2017 - A la fecha

  •   Profesora Asistente Full Time

    Universidad de Chile- Facultad de Ciencias

    Santiago, Chile

    2011 - 2016

  •   Instructor Adjunto Part Time

    Universidad de Chile- Facultad de Ciencias

    Santiago, Chile

    2009 - 2011

Formación de Capital Humano


Año 2012- a la fecha:

Dirección de Tesis de Doctorado (Total = 5 finalizadas y 2 en curso; Rol = 4 Directora y 3 Co-Directora):
Doctorado en Ciencias con mención Microbiología, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile:
1) Srta. Melissa Katherine Gómez Ríos: “Caracterización funcional del factor de transcripción Sre1 de la vía SREBP de Xanthophyllomyces dendrorhous.” (En ejecución; Primer Avance aprobado el 25 de julio de 2019). (Directora).
2) Srta. María Soledad Gutiérrez Gutiérrez: “Caracterización de la vía SREBP dependiente de los niveles de ergosterol y oxígeno en la biosíntesis de carotenoides y ergosterol en X. dendrorhous.” (Finalizada: 07 de enero 2019). (Directora).
3) Sra. Nicole Andrea Werner Ratto: “Estudio genético, funcional y regulatorio de la ruta del mevalonato de X. dendrorhous.” (Finalizada: octubre 2016). (Directora).
4) Srta. Pamela Córdova Vargas: “Estudio de la regulación de la carotenogénesis mediante represión por glucosa en X. dendrorhous”. (Finalizada: marzo 2016). (Co-Directora; Director: Dr. Víctor Cifuentes).
5) Sra. Iris Loto Campos: “Identificación y caracterización del gen HMGR que codifica a la enzima HMG-CoA Reductasa en X. dendrorhous y su rol en la síntesis de carotenoides.” (Finalizada: enero 2015). (Co-Directora; Director: Dr. Víctor Cifuentes).

Doctorado en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile:
6) Sr. Maximiliano Venegas: “Identificación de nuevos elementos reguladores y manipulación genética de la vía SREBP en cepas sobreproductoras de carotenoides de X. dendrorhous.” (En ejecución; Proyecto de Tesis aprobado en diciembre 2019). (Directora).
7) Sr. Luis Alfonso Valenzuela Villa: “Identificación a escala genómico de los genes blancos de regulación del factor de transcripción Mig1 en el contexto de la represión por glucosa en X. dendrorhous.” (Finalizada: 28 de enero de 2020). (Co-Directora; Director: Dr. Víctor Cifuentes).

Dirección de Tesis de Magister (Total: 5 finalizadas y 1 en curso; Rol = 5 Directora y 1 Co-Directora):
Magister en Ciencias Biológicas, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile:
1) Sr. José Alejandro Durán Muñoz: “Caracterización fenotípica de cepas de Xanthophyllomyces dendrorhous mutantes de la región promotora de la geranil geranil pirofosfato sintasa (gen crtE) reemplazado por el promotor de la hydroxymetilglutaril CoA sintasa (gen HMGS)”. (En ejecución; Proyecto de Tesis aprobado el 20 de noviembre de 2018). (Directora).
2) Srta. Ana María González Soto: “Estudio genético funcional del gen DAP1 de Xanthophyllomyces dendrorhous que codifica un posible regulador de las enzimas citocromo P450 involucradas en la síntesis de carotenoides y de esteroles”. (Finalizada: 31 de enero 2019). (Directora).
3) Srta. Melissa Katherine Gómez Ríos: “Caracterización estructural y funcional del gen STP1 codificante de una S2P (Site-2 protease) involucrada en la vía de regulación SREBP de Xanthophyllomyces dendrorhous”. (Finalizada: noviembre 2017). (Directora).
4) Sr. Jaime Solís Pinilla: “Obtención de mutantes hiperproductoras de astaxantina en variantes antárticas de X. dendrorhous”. (Finalizada: diciembre 2015). (Directora; Co-Director: Dr. Víctor Cifuentes).
5) Sr. Ignacio Romero Hinrichsen: “Biosíntesis de geranilgeranil pirofosfato (GGPP), paso esencial en la biosíntesis de astaxantina en X. dendrorhous.” (Finalizada: agosto 2014). (Co-Directora; Director: Dr. Víctor Cifuentes).
6) Srta. Gabriela Contreras Arriagada: “Caracterización molecular de probables cepas de X. dendrorhous aisladas desde la Antártica Chilena y análisis de la producción de metabolitos con potencial biotecnológico”. (Finalizada: julio 2014). (Directora).

Seminarios de Título - pregrado (Total= 12 finalizados y 1 en curso; Rol = 6 Directora y 7 Co-Directora):
Carrera de Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile:
1) Sr. Sebastián Campusano “Estudio del rol de un gen estructural de una glicosiltransferasa en la biosíntesis de Micosporín-Glutaminol-Glucósido de la levadura Xanthophyllomyces dendrorhous” (En ejecución; Proyecto ST aprobado el 29 de octubre 2018). (Co-Directora; Director: Dr. Víctor Cifuentes).
2) Sr. Maximiliano Venegas “Construcción de mutantes de la biosíntesis de ergosterol de la levadura carotenogénica Xanthophyllomyces dendrorhous” (Finalizado: julio 2018). (Directora).
3) Srta. Carla Solange Gárate Castro: “Estudio y caracterización del gen OFD1 de la levadura carotenogénica Xanthophyllomyces dendrorhous” (Finalizado: mayo 2017). (Directora).
4) Srta. Ana María González Soto: “Efecto de la deleción del gen del factor transcripcional Sre1 en la expresión de sus genes blanco en la levadura X. dendrorhous” (Finalizado: noviembre 2016). (Directora).
5) Sr. Marco Gaete Piulats: “Efectos del antimicótico ketoconazol sobre las rutas metabólicas de producción de carotenoides y ergosterol en X. dendrorhous.” (Finalizado: septiembre 2016). (Co-Directora; Director: Dr. Víctor Cifuentes).
6) Sr. Juan Carlos Cáceres: “Control del potencial redox de la enzima Laccasa de Trametes versicolor” (Finalizado: junio 2016). (Co-Directora; Director: Dr. Ricardo Cabrera).
7) Srta. Melissa Katherine Gómez Ríos: “Sobreexpresión de los genes que codifican a las enzimas acetoacetil-CoA tiolasa e HMG-CoA reductasa, participantes de la vía metabólica del mevalonato en X. dendrorhous” (Finalizado: enero 2016). (Directora).
8) Srta. Kritsye Marion Leiva Leiva: “Estudio de la funcionalidad del gen CYP51 de X. dendrorhous involucrado en la biosíntesis de ergosterol” (Finalizado: enero 2015). (Directora).
9) Srta. María Soledad Gutiérrez Gutiérrez: “Estudio de posibles donadores de electrones alternativo en sistemas P450 de la levadura carotenogénica Xanthophyllomyces dendrorhous” (Finalizado: agosto 2014). (Directora).
10) Srta. Pamela Cecilia Córdova Vargas: “Caracterización genético-funcional del gen de un represor general de la transcripción en la levadura carotenogénica X. dendrorhous” (Finalizado: diciembre 2012). (Co-directora; Director: Dr. Víctor Cifuentes).
11) Sra. Nicole Andrea Werner Ratto: “Ingeniería metabólica en S. cerevisiae con genes de X. dendrorhous mediante estrategias de recombinación homóloga in vivo para producción de carotenoides” (Finalizado: Julio 2012). (Co-directora; Director: Dr. Víctor Cifuentes).
12) Srta. Gabriela Isabel Contreras Arriagada: “Sobreexpresión de genes carotenogénicos ensamblados in vivo mediante recombinación homóloga en X. dendrorhous” (Finalizado: enero 2012). (Co-directora; Director: Dr. Víctor Cifuentes).

Carrera de Biología mención Medio Ambiente, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile:
13) Srta. Kiara Fernández Loyola “Parasitismo en los abejorros Bombus terrestris y Xylocopa augusti en distintos contextos de coexistencia en Chile central”. (Finalizado: mayo 2020). (Co-directora; Director: Dr. Rodrigo Medel).


Difusión y Transferencia


Patente:
Inventores: Víctor Cifuentes y Jennifer Alcaíno; Solicitante: Universidad de Chile. Título: "Uso de gen en la síntesis de astaxantina"
Nº Solicitud: 200801699, Fecha Solicitud: 09/06/2008; Fecha Publicación: 05/02/2010; Nº Registro Patente: 53113; Tipo de Solicitud: Patente de invención; Estado: CONCEDIDA; Fecha registro: 05/10/2016.
Dicha patente fue la primera patente presentada a Patent Cooperation Treaty (PCT) por Chile a través de INAPI el 2 de Junio de 2009 con el N° 00001. Número de Solicitud Internacional: PCT/CL2009/000001 [Nº publicación: WO/2009/149578; Fecha publicación: 17/12/2009; Fecha presentación internacional: 02/06/2009]. También publicado como: EP2345725 y JP2011522547 (https://patentscope.wipo.int/search/es/detail.jsf?docId=WO2009149578)


Premios y Distinciones

  •   Concurso de Incentivo al Patentamiento del Programa Bicentenario en Ciencia y Tecnología

    CONICYT

    Chile, 2007

    Correspondió a la segunda competencia de innovación para el futuro de organizada por NEOS. El premio fue en dinero para efectos de patentamiento y un incentivo para los inventores.

  •   Beca de Doctorado MECESUP

    MECESUP

    Chile, 2004

    Beca para mis estudios en el Programa de Doctorado en Ciencias c/m Microbiología. Ésta se utilizó por cuatro años, desde agosto 2004 hasta julio 2008.

  •   Beca de Doctorado CONICYT

    CONICYT

    Chile, 2002

    Beca para estudios de Doctorado. Si bien adjudiqué la beca, renuncié a ella porque por motivos personales debí postergar mi ingreso al programa de Doctorado hasta el año 2004.

  •   Beca de Excelencia Académica

    Facultad de Ciencias, Universidad de Chile

    Chile, 1998

    Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. La beca para el mejor alumno de la Facultad de Ciencias, que incluyó el pago del arancel anual de la carrera.

  •   Programa Ciencia de Frontera Academia Chilena de Ciencias 2019-2021

    ACADEMIA CHILENA DE CIENCIAS

    Chile, 2019

    Seleccionada como “Investigadora del Programa Ciencia de Frontera Academia Chilena de Ciencias 2019-2021”. Reconocimiento a la excelencia e investigación científica.


 

Article (39)

Convergence between Regulation of Carbon Utilization and Catabolic Repression in Xanthophyllomyces dendrorhous
Metallopeptidase Stp1 activates the transcription factor Sre1 in the carotenogenic yeast Xanthophyllomyces dendrorhous
Phenotypic Analysis of Mutants of Ergosterol Biosynthesis Genes (ERG3 and ERG4) in the Red Yeast Xanthophyllomyces dendrorhous
Characterization of gelatinase produced by Antarctic Mrakia sp.
Pectinase secreted by psychrotolerant fungi=> identification, molecular characterization and heterologous expression of a cold-active polygalacturonase from Tetracladium sp.
Sterol Regulatory Element-Binding Protein (Sre1) promotes the synthesis of carotenoids and sterols in Xanthophyllomyces dendrorhous
Antarctic yeasts: analysis of their freeze-thaw tolerance and production of antifreeze proteins, fatty acids and ergosterol
Amplicon-metagenomic analysis of fungi from Antarctic Terrestrial habitats
Biochemical and Thermodynamical Characterization of Glucose Oxidase, Invertase, and Alkaline Phosphatase Secreted by Antarctic Yeasts
Characterization of the cytochrome P450 monooxygenase genes (P450ome) from the carotenogenic yeast Xanthophyllomyces dendrorhous
Identification and characterization of yeasts isolated from the South Shetland Islands and the Antarctic Peninsula
Purification and characterization of a novel cold adapted fungal glucoamylase
Purification and characterization of a novel α-glucosidase from an Antarctic yeast Dioszegia fristingensis isolate
Functional characterization of thiolase-encoding genes from Xanthophyllomyces dendrorhous and their effects on carotenoid synthesis
Identification and characterization of yeasts isolated from sedimentary rocks of Union Glacier at the Antarctica
Regulation of carotenogenesis in the red yeast Xanthophyllomyces dendrorhous: the role of the transcriptional co-repressor complex Cyc8–Tup1 involved in catabolic repression
Screening and characterization of amylase and cellulase activities in psychrotolerant yeasts
The involvement of Mig1 from Xanthophyllomyces dendrorhous in catabolic repression: an active mechanism contributing to the regulation of carotenoid production
Tolerance to Ultraviolet Radiation of Psychrotolerant Yeasts and Analysis of Their Carotenoid, Mycosporine, and Ergosterol Content
Carotenoid production and gene expression in an astaxanthin-overproducing Xanthophyllomyces dendrorhous mutant strain
Characterization of virus-like particles and identification of capsid proteins in Xanthophyllomyces dendrorhous
Codon usage and codon context bias in Xanthophyllomyces dendrorhous
Identification and analysis of metabolite production with biotechnological potential in Xanthophyllomyces dendrorhous isolates
Identification and functional characterization of the CYP51 gene from the yeast Xanthophyllomyces dendrorhous that is involved in ergosterol biosynthesis
Molecular characterization and functional analysis of cytochrome b5 reductase (CBR) encoding genes from the carotenogenic yeast Xanthophyllomyces dendrorhous
Proteomic and metabolomic analysis of the carotenogenic yeast Xanthophyllomyces dendrorhous using different carbon sources
Functional Characterization of the Xanthophyllomyces dendrorhous Farnesyl Pyrophosphate Synthase and Geranylgeranyl Pyrophosphate Synthase Encoding Genes That Are Involved in the Synthesis of Isoprenoid Precursors
Increase in the astaxanthin synthase gene (crtS) dose by in vivo DNA fragment assembly in Xanthophyllomyces dendrorhous
Diversity and extracellular enzymatic activities of yeasts isolated from King George Island, the sub-Antarctic region
Enhancement of carotenoid production by disrupting the C22-sterol desaturase gene (CYP61) in Xanthophyllomyces dendrorhous
Modeling the Interfacial Interactions between CrtS and CrtR from Xanthophyllomyces dendrorhous, a P450 System Involved in Astaxanthin Production
Differential carotenoid production and gene expression in Xanthophyllomyces dendrorhous grown in a nonfermentable carbon source
Glucose and ethanol-dependent transcriptional regulation of the astaxanthin biosynthesis pathway in Xanthophyllomyces dendrorhous
Proteomic analysis of the carotenogenic yeast Xanthophyllomyces dendrorhous
Cloning of the cytochrome p450 reductase (crtR) gene and its involvement in the astaxanthin biosynthesis of Xanthophyllomyces dendrorhous
Genomic organization of the structural genes controlling the astaxanthin biosynthesis pathway of Xanthophyllomyces dendrorhous
Expression of the carotenoid biosynthesis genes in Xanthophyllomyces dendrorhous
Study of the expression of carotenoid biosynthesis genes in wild-type dendrorhous and deregulated strains of Xanthophyllomyces (Ex.: Phaffia rhodozyma).
Alternative splicing of transcripts from crtI and crtYB genes of Xanthophyllomyces dendrorhous

BookSection (7)

Yeast Thriving in Cold Terrestrial Habitats: Biodiversity and Industrial and Biotechnologial Applications
Isolation and Characterization of Extrachromosomal Double-Stranded RNA Elements from Carotenogenic Yeasts
Microbiological Synthesis of Carotenoids: Pathways and Regulation
Cold-active enzymes from cold-adapted yeasts
Carotenoid Distribution in Nature
Astaxanthin and related xanthophylls
Genética, Microbiología y Biodiversidad de levaduras

Proyecto (16)

Cold-adaptation mechanisms and cold-response of Antarctic yeasts=> A global study from genomic to protein structure adaptation
Regulation of the biosynthesis of secondary metabolites, carotenoids and mycosporins, in the yeast Xanthophyllomyces dendrorhous=> a genetic dissection study of regulation mediated by the Cyc8-Tup1 complex
Adquisición de un sistema de control automatizado de biorreactores Biostat B, para realizar investigación orientada a la industria de alimentos nacional en la Universidad de Santiago de Chile
Esfuerzo colaborativo internacional para la caracterización funcional de genes adquiridos por transferencia horizontal en levaduras
Fortalecimiento y consolidación internacional de la Investigación y los Programas de Doctorado en Ciencias, mención Microbiología y Doctorado en Biotecnología Molecular de la Universidad de Chile. En el marco del proyecto institucional UCH 1566
Regulation of the Biosynthesis of Isoprenoids in the Red Yeast Xanthophyllomyces dendrorhous=> Structural and Functional Organization of the Sterol Responsive Element Binding Protein (SREBP) Regulatory Mechanism.
Catabolite repression as a mechanism for regulating the biosynthesis of the secondary metabolites=> carotenoids and mycosporines, in Xanthophyllomyces dendrorhous
Equipo de cristalización High-Throughput de proteínas
Genetic-physiological adaptation mechanisms of yeasts to Antarctic environmental conditions
Red de Ingeniería Metabólica en Microorganismos y Plantas
Analysis and enhancement of the production of metabolites of bitechnological interest in Antarctic Xanthophyllomyces dendrorhous yeast strains
Regulation of the biosynthesis of isoprenoids and characterization of the ergosterol biosynthesis in the yeast Xanthophyllomyces dendrorhous
Molecular characterization of Xanthophyllomyces dendrorhous likely strains isolated from the Chilean Antarctica and metabolite with biotechnological potential production analysis (Rol=> Profesor Guía).
Estudio de la organización genética estructural de los genes de citocromo P450 monooxygenasas (P450oma) en la levadura carotenogénica X. dendrorhous
Molecular genetic study of the regulation of the carotenogenesis gene expression of X. dendrorhous
Desarrollo de una fuente natural eficiente de astaxantina

Review (1)

Physiological adaptations of yeasts living in cold environments and their potential applications
46
Jennifer Alcaíno

Profesor Asociado

Ciencias Ecológicas

UNIVERSIDAD DE CHILE - FACULTAD DE CIENCIAS

Santiago, Chile

21
Víctor Cifuentes

Prof. Titular

Departamento de Ciencias Ecológicas

FACULTAD DE CIENCIAS, UNIVERSIDAD DE CHILE.

Santiago, Chile

20
Marcelo Baeza

Profesor Titular

Ciencias Ecologicas

Universidad de Chile

Santiago, Chile

14
Salvador Barahona

Coordinador de laboratorio

Centro de Biotecnología

Universidad de Chile/Facultad de Cienciass

Santiago, Chile

6
Mauricio Niklistchek

Gerente de Operaciones

Gerencia de Operaciones

TAAG GENETICS

Santiago, Chile

6
Carla Lozano

Profesora Asociada

Instituto de Investigación en Ciencias Odontológicas

Universidad de Chile

Santiago, Chile

4
Andrés Marcoleta

Profesor Asistente

Biología

FACULTAD DE CIENCIAS, UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

3
Marisela Carmona

Post-Doctorado

Aquaculture

Fraunhofer Chile Research

Valparaiso, Chile

3
Pablo Villarreal

Investigador Postdoctoral

Universidad del Desarrollo

Santiago, Chile

2
Pamela Córdova

Investigador Responsable FONDECYT Postdoctorado

Instituto de Nutrición y Tecnología de los Alimentos

Universidad de Chile

Santiago, Chile

1
Mauricio Fuentealba

Profesor Adjunto

Pontificia Universidad Católica de Valparaíso

Valparaíso, Chile

1
Ricardo Cabrera

Assitant Pofessor

Biology

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
Claudio Martinez

Profesor Titular

Departamento de Ciencia y Tecnología de Alimentos

Universidad de Santiago de Chile

Santiago, Chile

1
Oriana Flores

Profesor asociado, Jefa de Carrera

Facultad de Ciencias

Universidad Santo Tomás

Santiago, Chile