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Jorge Jara

Investigador Posdoctoral

Universidad de Chile

Santiago, Chile

Procesamiento de imágenes biomédicas; Geometría computacional; Computación científica

Licenciatura en Ciencias de la Ingeniería, mención Informática, UNIVERSIDAD AUSTRAL DE CHILE. Chile, 2007
Doctorado en Computación, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2020
Ingeniero Civil en Informática, UNIVERSIDAD AUSTRAL DE CHILE. Chile, 2007

Visiting PhD student Part Time

HEIDELBERG UNIVERSITY, RUPERTO CAROLA

Heidelberg, Alemania

2011 - 2011
Visiting PhD student Part Time

ECOLE NORMALE SUPERIEURE - CACHAN

París, Francia

2016 - 2016
Profesor Adjunto Part Time

UNIVERSIDAD AUSTRAL DE CHILE

Ciencias de la Ingeniería

Valdivia, Chile

2008 - 2009
Profesor Adjunto Part Time

UNIVERSIDAD DE CHILE

Medicina

Santiago, Chile

2021 - 2022
Investigador Posdoctoral Full Time

UNIVERSIDAD DE CHILE

Medicina

Santiago, Chile

2022 - At present

Profesor adjunto Full Time

Universidad Austral de Chile

Valdivia, Chile

2008 - 2009
Desarrollador en capas de Presentación e Integración Full Time

Bee Mind S.A.

Santiago, Chile

2007 - 2008
Ingeniero de plataforma Biomatemática Other

Instituto Milenio de Neurociencia Biomédica BNI

Santiago, Chile

2014 - 2021
Ingeniero/Investigador Posdoctoral, Proyecto FONDEF ID19|10334 Part Time

Universidad de Chile

Santiago, Chile

2020 - 2021

> Postgraduate Summer Schools

Optics, Forces & Development
Prof. Miguel L. Concha; Prof. Steffen Härtel
Facultad de Medicina, U. de Chile
Santiago, Chile
www.cellmorphodynamics.cl
2014, 2019, 2024

Microscopía Confocal y Análisis de Imágenes Aplicadas a la Microbiología
Prof. Paola Scavone
Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE)
Montevideo, Uruguay
2016

Microscopía para el Estudio de Biofilms Bacterianos
Prof. Paola Scavone; Prof. Steffen Härtel
IIBCE, Montevideo, Uruguay; Biomedical Neuroscience Institute (BNI); Facultad de Medicina, U. de Chile
Santiago, Chile
2021, 2023

> Postgraduate Teaching

MIM-M12.1/2 Procesamiento de Imágenes y Bioseñales I/II. Curso regular de posgrado.
Prof. Steffen Härtel
Facultad de Medicina, U. de Chile
Santiago, Chile
2012, 2014, 2016, 2018, 2020, 2022

> Postgraduate Theses

Diseño de servicios interoperables en patología digital: Propuesta de valor para incrementar la calidad del diagnóstico. M. Macarena Molina Medina
Tesis de Magíster en Informática Médica
Director: Steffen Härtel. Codirector: Jorge Jara
Universidad de Chile
Santiago, Chile
https://cimt.uchile.cl/tesis-y-premios/
2023

Contornos Activos para Segmentación en Imágenes Digitales
Jara, Jorge
Revista BITS de Ciencia, 5: 68-73. Primer semestre 2011.
https://www.dcc.uchile.cl/Bitsdeciencia05.pdf
2011

Ciencia Computacional Aplicada a la Biomedicina
Jara, Jorge; Lemus C.G.; Santibáñez, Felipe; Ramírez, Omar; Concha, Miguel L.; Histchfeld, Nancy; Härtel, Steffen
Revista BITS de Ciencia, 8: 36-43. Segundo semestre 2012.
https://www.dcc.uchile.cl/Bitsdeciencia08.pdf
2012

Coco & Fran: Bacterias Luminosas
Canales Huerta, Nicole; Palma, Karina; Jara Wilde, Jorge; Castignini, Dante; Härtel, Steffen; González, María José; Navarro, Nicolás; Scavone, Paola; Carrasco, Valentina; Arredondo, Daniela; Peruzzo, Nicolás; Rodríguez Juele, Alejandro
https://www.comicbacterias.com/
https://www.comicbacterias.com/mini-bactericomics/bacterias-luminosas/
2022, 2023

Tesis Digitales

Universia & Fundación País Digital

Chile, 2007

Universia Chile y Fundación País Digital por cuarto año consecutivo invitan a las 57 instituciones Chilenas de educación superior que forman parte de la red Universia a participar en el Concurso Tesis Digitales, que este año 2007, junto con premiar proyectos de todas las disciplinas que incorporan el uso o aplicación de las nuevas tecnologías TICs, busca destacar las iniciativas innovadoras de los jóvenes universitarios. El objetivo es promover una cultura universitaria consciente, protagonista y en sintonía con los cambios que experimenta nuestra sociedad en mundo globalizado. Los proyectos de titulación presentados pueden estar enfocados a diseñar tesis innovadoras en cualquiera de las áreas del conocimiento, donde el uso de tecnologías digitales agregue valor a la innovación.
Medalla al Mérito Científico y Tecnológico

UNIVERSIDAD AUSTRAL DE CHILE

Chile, 2006

Facultad de Ciencias de la Ingeniería, Universidad Austral de Chile. Obtenida por el desarrollo de algoritmos y publicación en contornos activos.


Proteus mirabilis biofilm expansion microscopy yields over 4-fold magnification for super-resolution of biofilm structure and subcellular DNA organization Castagnini, Dante; Palma, Karina; Jara-Wilde, Jorge; Navarro, Nicolás; González, María José; Toledo, Jorge; Canales-Huerta, Nicole; Scavone, Paola; Härtel, Steffen Article WOS; Scopus JOURNAL OF MICROBIOLOGICAL METHODS (2024)
SNX5 promotes antigen presentation in B cells by dual regulation of actin and lysosomal dynamics Cabrera R F.; Contreras-Palacios, T; Ulloa, Romina; Jara-Wilde, Jorge; Caballero, Mia; Quiroga, Clara; Feijoo, Carmen Gloria; Diaz-Munoz, Jheimmy Article Life Science Alliance (2024)
Drosophila Atlastin regulates synaptic vesicle mobilization independent of bone morphogenetic protein signaling Bertin, Francisca; Jara-Wilde, J.; Auer, Benedikt; Köhler-Solis, Andrés; Gonzalez-Silva, Carolina; Thomas, Ulrich; SIERRALTA-JARA, JIMENA ALEJANDRA Article ISI SCOPUS BIOLOGICAL RESEARCH (2023)
RaViTT: Random Vision Transformer Tokens Quezada, Felipe; Navarro, Carlos; Muñoz, Cristian; Zamorano, Manuel; Jara-Wilde, Jorge; Chang, Violeta; Navarro, Cristóbal A.; Cerda, Mauricio David Article arXiv preprint (2023)
Role of Proteus mirabilis flagella in biofilm formation Scavone, Paola; Iribarnegaray, Victoria; González, María José; Navarro, Nicolás; Canales-Huerta, Nicole; Jara-Wilde, Jorge; Härtel, Steffen; Zunino, Pablo Article REVISTA ARGENTINA DE MICROBIOLOGIA (2023)
B Cells Adapt Their Nuclear Morphology to Organize the Immune Synapse and Facilitate Antigen Extraction Ulloa, Romina; Corrales, Oreste; Cabrera-Reyes, Fernanda; Jara-Wilde, Jorge; Saez, Juan Jose; Rivas, Christopher; Lagos, Jonathan; Haertel, Steffen; Quiroga, Clara; Yuseff, Maria-Isabel; Diaz-Munoz, Jheimmy Article ISI FRONTIERS IN IMMUNOLOGY (2022)
Salmonella Typhimurium Triggers Extracellular Traps Release in Murine Macrophages Monaco, Amy; Canales-Huerta, Nicole; Jara-Wilde, Jorge; Hartel, Steffen; Chabalgoity, Jose Alejandro; Moreno, Maria; Scavone, Paola Article ISI FRONTIERS IN CELLULAR AND INFECTION MICROBIOLOGY (2021)
dSTORM microscopy evidences in HeLa cells clustered and scattered gamma H2AX nanofoci sensitive to ATM, DNA-PK, and ATR kinase inhibitors Liddle, Pablo; Jara-Wilde, Jorge; Lafon-Hughes, Laura; Castro, Ivan; Hartel, Steffen; Folle, Gustavo Article ISI MOLECULAR AND CELLULAR BIOCHEMISTRY (2020)
Optimising adjacent membrane segmentation and parameterisation in multicellular aggregates by piecewise active contours JARA-WILDE, J.; CASTRO, I.; LEMUS, C. G.; PALMA, K.; VALDES, F.; CASTANEDA, V.; HITSCHFELD, N.; CONCHA, M. L.; HARTEL, S. Article ISI JOURNAL OF MICROSCOPY (2020)
Asymmetric morphogenesis of the parapineal organ in the embryonic zebrafish brain Lemus, Carmen Gloria; Palma, Karina; Jara, Jorge; Cramer, Teresa; Härtel, Steffen; Concha, Miguel Article ISI MECHANISMS OF DEVELOPMENT (2017)
Light/dark cycles modulate asymmetric parapineal connectivity to the left habenula in zebrafish larvae Palma, Karina; Meynard, Margarita; Cornejo, Valeria; Cerda, Mauricio; Jara, Jorge; Härtel, Steffen; Concha, Miguel Article ISI MECHANISMS OF DEVELOPMENT (2017)
An Implementation of Combined Local-Global Optical Flow Jara-Wilde, J; Cerda M.; Delpiano, J; Hartel, S Article WOS-ESCI IMAGE PROCESSING ON LINE (2015)
Bleomycin-induced gamma H2AX foci map preferentially to replicating domains in CHO9 interphase nuclei Liddle, P; Lafon-Hughes L.; Di Tomaso M.V.; Reyes-Abalos A.L.; Jara, J; Cerda M.; Hartel, S; Folle G.A. Article ISI SCOPUS CHROMOSOME RESEARCH (2014)
Computational Methods for Analysis of Dynamic Events in Cell Migration Castaneda, V; Cerda M.; Santibáñez F.; Jara J.; Pulgar, E; Palma K.; Lemus, CG; Osorio-Reich, M; Concha, ML; Hartel, S Article Current Molecular Medicine (2014)
Performance of optical flow techniques for motion analysis of fluorescent point signals in confocal microscopy Delpiano, J; Jara, J; Scheer J.; Ramirez O.A.; Ruiz del Solar, J; Hartel, S Article ISI SCOPUS Machine Vision and Applications (2012)
Sphingomyelinase-Induced Domain Shape Relaxation Driven by Out-of-Equilibrium Changes of Composition Fanani, ML; De Tullio, L; Hartel, S; Jara, J; Maggio, B Article ISI SCOPUS BIOPHYSICAL JOURNAL (2009)
The initial surface composition and topography modulate sphingomyelinase-driven sphingomyelin to ceramide conversion in lipid monolayers De Tullio, L; Maggio, B; Hartel, S; Jara, J; Fanani, ML Article ISI SCOPUS CELL BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS (2007)


3D Morpho-Topological Analysis of Asymmetric Neuronal Morphogenesis in Developing Zebrafish Härtel, Steffen; Jara, Jorge; Lemus, Carmen Gloria; Concha, Miguel Luis; João Manuel Tavares; Jorge R. M. Natal BookSection (2007)


Evaluation of Human SCD Test by Digital Image Analysis Castañeda, Victor; Figueroa- Amenábar C; Horta, Fabrizzio; Vargas, Susana; García, Alejandra; Jara, Jorge; Härtel, Steffen; Brito-Loeza, Carlos; Martin-Gonzalez, Anabel; Castañeda, Victor Antonio; Safi, Asad ConferencePaper (2022)


Designing an Interactive Tool for Contour-based Image Segmentation in Bio-Images Gonzalo Alarcón; Jara-Wilde, Jorge; Cádiz, Martín; Lemus, C. G.; Palma, Karina; Valdés, Francisca; Concha, M. L.; Härtel, Steffen; Cerda, Mauricio David ConferencePoster (2023)
Regulation of B Cell Activation and Interaction with the Extracellullar Matrix Aceiton, Pablo; Carreño, Andrés; Jara, Jorge; Barrera, Nelson; Diaz, Jheimmy; Yuseff, Maria Isabel ConferencePoster (2023)
Shape Segmentation and Quantification of Cell-Cell Contact by Parametric Contour Models in Fluorescence Microscopy Images Jara-Wilde, Jorge; Cádiz, Martín; Lemus, Carmen Gloria; Palma, Karina; Valdés, Francisca; Cerda, Mauricio David; Härtel, Steffen ConferencePoster (2022)
Adjacent active contours for segmenting and quantifying aggregated cell membranes in fluorescence microscopy images Jara-Wilde, Jorge; Castro, I; Lemus, Carmen Gloria; Palma, Karina; Castaneda, V; Hitschfeld, Nancy; Concha, M. L.; Härtel, Steffen ConferencePoster (2019)
Light/dark cycles modulate asymmetric parapineal connectivity to the left habenula in zebrafish larvae Palma, Karina; Meynard, Margarita; Cornejo, Valeria; Cerda, Mauricio David; Jara, Jorge; Härtel, Steffen; Concha, M. L. ConferencePoster (2016)
Skeleton-curves: Implementation and Extraction of Morph-topological Features of Biological Structures from 3D Microscopic Image Sets Felipe Santibáñez-Leal; Alcayaga, Liliana; Jara, Jorge; RamÍrez, Omar Alejandro; Palma, Karina; Concha, Miguel Luis; Hitschfeld, Nancy V.; Härtel, Steffen ConferencePoster (2011)
Temporal Cell-cell Dynamics in Microscopy Image Series Jara, Jorge; Scheer, Jan; Lemus, Carmen Gloria; Palma, Karina; Pulgar, Eduardo; Reig, Germán; Figueroa, Carolina; Briones Montecinos L.; Concha, Miguel Luis; Hitschfeld, Nancy; Härtel, Steffen ConferencePoster (2011)


User-driven Trainable Model Refinement with Geometric Features of Cellular Aggregates in Biomedical Microscopy Images Jara, Jorge; Cerda, Mauricio David Proyecto Concurso FONDECYT de Postdoctorado 2022. (2022)
DeepPathology: Plataforma de TelePatología Distribuida Basada en Blockchain y Diagnóstico Colaborativo Apoyado por Deep Learning Härtel, Steffen; Díaz, Eugenia Proyecto (2020)
Fast Computational Schemes for the Analysis of Morpho-Topological Data from High Throughput Microscopy Härtel, Steffen; Concha, Miguel Luis Angel Proyecto (2012)


The action of sphingomyelinase in lipid monolayers as revealed by microscopic image analysis Fanani, ML; Hartel, S; Maggio, B; De Tullio, L; Jara, J; Olmos, F; Oliveira, RG Review ISI SCOPUS Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes (2010)