Carlos Alejandro Farkas Pool
PostDoctoral Fellow
University of Manitoba
Winnipeg, Canada
Dedico mi investigación a la genética y genómica de mamíferos, con énfasis en desarrollar programas computacionales que ayudan a estudiar la expresión génica y/o mutaciones en cáncer desde una perspectiva multiómica.
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Bioingeniero, UNIVERSIDAD DE CONCEPCION. Chile, 2012
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Doctorado en Ciencias Biológicas Área Biología Celular y Molecular (Especializado en Genomica)), UNIVERSIDAD DE CONCEPCION. Chile, 2018
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Ayudante de Bioquímica para Bioingeniería, Medicina, Ingeniería Ambiental y Obstetricia y Puericultura Other
UNIVERSIDAD DE CONCEPCION
Ciencias Biológicas
Concepción, Chile
2013 - 2017
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Profesor Ayudante de Bioinformática para Magíster en Bioquímica y Bioinformática Other
UNIVERSIDAD DE CONCEPCION
Ciencias Biológicas
Concepción, Chile
2016 - 2016
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Profesor Auxiliar Full Time
UNIVERSIDAD CATOLICA DE LA SANTISIMA CONCEPCION
Medicina
Concepción, Chile
2022 - At present
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Bioinformático Full Time
UNIVERSIDAD TECNOLÓGICA METROPOLITANA UTEM
Santiago de Chile, Chile
2018 - 2019
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Bioinformático y asistente de investigación Part Time
UNIVERSIDAD DE CONCEPCIÓN
Concepción, Chile
2019 - 2019
Doctorado en Ciencias Biológicas, mención en Biología Molecular y Celular
Abril 2013- Julio 2019
Desarrollé mi tesis doctoral en un transcurso de 6 años en el Laboratorio de transducción de señales, Departamento de Biología Molecular de la Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad de Concepción, Chile, a cargo de la Dra. Roxana Pincheira. Mi tesis de doctorado se tituló “Identificación de blancos transcripcionales de Sall2” y mi trabajo consistió en: i) la obtención y mantención de fibroblastos embrionarios de ratón deficientes o no para el factor de transcripción Sall2 y la caracterización de la expresión génica dependiente de Sall2 mediante RNA-seq, ii) el desarrollo de una herramienta bioinformática para el análisis de la introgresión genética en genomas de mamíferos, con enfoque en la supervisión de modelos murinos genéticamente modificados, iii) la generación de células humanas deficientes de SALL2 y análisis de secuenciaciones masivas de inmunoprecipitación de cromatina de SALL2 humano, iv) generación de manuscritos y v) asistencia a congresos nacionales e internacionales (detallados en el CV). Además, durante el año 2015, realicé una estadía de un mes en Huck Institutes of the Life Sciences, de Penn State University, USA, a cargo de la Dra. Makova, donde ejecuté el análisis informático de los resultados obtenidos por el RNA-seq. Paralelamente, participé activamente como colaborador docente de los ramos de Biología molecular y Bioquímica para alumnos de pregrado y docente auxiliar de Bioinformática para alumnos de magíster de la Universidad de Concepción. Finalmente, incentivado por expandir el conocimiento a la comunidad no científica, participé de charlas, cafés científicos, proyectos EXPLORA y ONGs.
Postdoctorado
Marzo 2020- Agosto 2021
Realicé mi postdoctorado en Research Institute in Oncology and Hematology, CancerCare Manitoba, Winnipeg, Canadá, bajo la supervisión del Dr. Jody Haigh. En el transcurso de un año y medio, y motivado por la situación pandémica actual, desarrollé dos temas paralelos titulados como “Rol de Zeb1/2 en la progresión de Leucemia Mieloide Aguda (LMA)” y “Mejora de las pruebas basadas en Q-RT-PCR para COVID-19 mediante el seguimiento de variantes virales”.
Las responsabilidades y quehaceres como postdoctorando incluyeron: (i) ejecutar experimentos de biología molecular relacionados al desarrollo y transformación de células sanguíneas que comúnmente precede a la LMA, (ii) proveer soporte bioinformático para analizar e interpretar datos de RNA-seq y ChIP generados en el laboratorio del Dr. Jody Haigh, y también en colaboración con otros laboratorios de Cancer Care Manitoba, (iii) ensamblar un clúster de cómputo, (iv) asistir en el entrenamiento de alumnos de pregrado y postgrado, (v) escribir proyectos de subvención y publicaciones y (vi) postular continuamente a becas locales y agencias de financiamiento (becas de postdoctorado y de innovación empresarial). El aprendizaje concerniente a la postulación a becas y concursos internacionales, el desarrollo de redes de contacto con investigadores en el extranjero y las publicaciones generadas durante la estadía en el laboratorio del Dr. Jody Haigh permiten clasificar mi postdoctorado como edificante.
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Mejor presentación de panel en el cuarto congreso interno de la Facultad de Ciencias Biológicas, "Poster Day 2018" realizado en la Universidad de Concepción.
UNIVERSIDAD DE CONCEPCION
Chile, 2018
Presentación de mi trabajo doctoral sobre el método computacional diseñado para capturar introgresión genética de subcepas murinas en Modelos Murino Geneticamente Modificados
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Improving Q-RT-PCR screening for COVID-19 by tracking viral variants, Grant Clinical Research Project
UNIVERSITY OF MANITOBA
Canada, 2020
This project will extend on our labs initial findings that current q-RT-PCR based screening strategies for COVID-19 patients can fall within variant regions of the SARS-CoV2 viral sequence and may potentially lead to false negative results. This project, in collaboration with BioXplor will lead to the development of online bioinformatics tool that will allow tracking of viral mutations as they evolve as well as optimal primer design for testing assays that avoid hotspot mutations leading to more robust and accurate patients screening. BioXplor will then assist in the dissemination of these user-friendly bioinformatics tools to the greater COVID-19 research community in both Industry and Academia that are manufacturing COVID-19 test kits.
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Targeting of Zeb1 and Zeb2 to impair leukemic stem cells development and discover novel therapeutic targets for treatment of acute myeloid leukemia (AML).
CancerCare Manitoba Foundation
Chile, 2021
Acute myeloid leukemia (AML) is the most common type of blood caner in adults. Despite advances in treatment regimens, the 5-year overall survival rate is only 24%. One reason that AML are so difficult to cure is that current therapies are targeted against the bulk of the blood cancer cells, but often miss the leukemia stem cells (LSCs) that contribute significantly to disease relapse after treatment. Thus, new approaches targeting LSC cells are needed in AML. The Haigh laboratory has been studying the role of Zeb1 and Zeb2 transcription factors, proteins that controls the expression of different genes involved in controlling cancer cell polarity and cell-cell adhesion properties, allowing cancer cells to spread. They demonstrated that Zeb1/2 are important for the formation of several blood cell lineages, by repressing several genes involved in the maintenance and differentiation of hematopoietic stem cells, primordial blood cells that give rise to all blood cell lineages in a process called hematopoiesis. Now we want to understand the role of Zeb1/2 in the maintenance and differentiation of LSCs. In this project we aim to obtain murine LSC and will delete Zeb1/2, to investigate their roles in aspects LSC formation. By using a combination of next generation sequencing technologies, we will identify key unique/common Zeb1/2 targets that play roles in blood cell transformation. For these newly discovered genes, we will select “druggable” protein targets for treatment of AML in vivo in subsequent future studies. Overall, due to their importance in hematopoiesis, we hypothesized that early and combined deletion of Zeb1/2 in a common mouse model of AML will impair the disease by interrupting LSC development, unraveling novel therapeutic opportunities to target this aggressive malignancy and improve current AML treatment regimes.
The Sall2 transcription factor is involved in cellular stress responses |
p53 transcriptionally represses the SALL2 transcription factor under genotoxic stress. |