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Jorge Jara

Investigador Posdoctoral

Universidad de Chile

Santiago, Chile

Líneas de Investigación


Procesamiento de imágenes biomédicas; Geometría computacional; Computación científica

Educación

  •  Ciencias de la Ingeniería, mención Informática, UNIVERSIDAD AUSTRAL DE CHILE. Chile, 2007
  •  Doctorado en Computación, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2020
  •  Ingeniero Civil en Informática, UNIVERSIDAD AUSTRAL DE CHILE. Chile, 2007

Experiencia Académica

  •   Visiting PhD student Part Time

    HEIDELBERG UNIVERSITY, RUPERTO CAROLA

    Heidelberg, Alemania

    2011 - 2011

  •   Visiting PhD student Part Time

    ECOLE NORMALE SUPERIEURE - CACHAN

    París, Francia

    2016 - 2016

  •   Profesor Adjunto Part Time

    UNIVERSIDAD AUSTRAL DE CHILE

    Ciencias de la Ingeniería

    Valdivia, Chile

    2008 - 2009

  •   Profesor Adjunto Part Time

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Medicina

    Santiago, Chile

    2021 - 2022

  •   Investigador Posdoctoral Full Time

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Medicina

    Santiago, Chile

    2022 - A la fecha

Experiencia Profesional

  •   Profesor adjunto Full Time

    Universidad Austral de Chile

    Valdivia, Chile

    2008 - 2009

  •   Desarrollador en capas de Presentación e Integración Full Time

    Bee Mind S.A.

    Santiago, Chile

    2007 - 2008

  •   Ingeniero de plataforma Biomatemática Other

    Instituto Milenio de Neurociencia Biomédica BNI

    Santiago, Chile

    2014 - 2021

  •   Ingeniero/Investigador Posdoctoral, Proyecto FONDEF ID19|10334 Part Time

    Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    2020 - 2021

Difusión y Transferencia


Ciencia Computacional Aplicada a la Biomedicina
Jara, Jorge; Lemus C.G.; Santibáñez, Felipe; Ramírez, Omar; Concha, Miguel L.; Histchfeld, Nancy; Härtel, Steffen
Revista BITS de Ciencia, 8: 36-43. Segundo semestre 2012. https://www.dcc.uchile.cl/Bitsdeciencia08.pdf

Contornos Activos para Segmentación en Imágenes Digitales
Jara, Jorge
Revista BITS de Ciencia, 5: 68-73. Primer semestre 2011. https://www.dcc.uchile.cl/Bitsdeciencia05.pdf


Premios y Distinciones

  •   Tesis Digitales

    Universia & Fundación País Digital

    Chile, 2007

    Universia Chile y Fundación País Digital por cuarto año consecutivo invitan a las 57 instituciones Chilenas de educación superior que forman parte de la red Universia a participar en el Concurso Tesis Digitales, que este año 2007, junto con premiar proyectos de todas las disciplinas que incorporan el uso o aplicación de las nuevas tecnologías TICs, busca destacar las iniciativas innovadoras de los jóvenes universitarios. El objetivo es promover una cultura universitaria consciente, protagonista y en sintonía con los cambios que experimenta nuestra sociedad en mundo globalizado. Los proyectos de titulación presentados pueden estar enfocados a diseñar tesis innovadoras en cualquiera de las áreas del conocimiento, donde el uso de tecnologías digitales agregue valor a la innovación.

  •   Medalla al Mérito Científico y Tecnológico

    UNIVERSIDAD AUSTRAL DE CHILE

    Chile, 2006

    Facultad de Ciencias de la Ingeniería, Universidad Austral de Chile. Obtenida por el desarrollo de algoritmos y publicación en contornos activos.


 

Article (16)

Drosophila Atlastin regulates synaptic vesicle mobilization independent of bone morphogenetic protein signaling
RaViTT: Random Vision Transformer Tokens
Role of Proteus mirabilis flagella in biofilm formation
­­­Drosophila Atlastin regulates synaptic vesicle mobilization independent of Bone Morphogenetic Protein signaling
B Cells Adapt Their Nuclear Morphology to Organize the Immune Synapse and Facilitate Antigen Extraction
Salmonella Typhimurium Triggers Extracellular Traps Release in Murine Macrophages
dSTORM microscopy evidences in HeLa cells clustered and scattered gamma H2AX nanofoci sensitive to ATM, DNA-PK, and ATR kinase inhibitors
Optimising adjacent membrane segmentation and parameterisation in multicellular aggregates by piecewise active contours
Asymmetric morphogenesis of the parapineal organ in the embryonic zebrafish brain
Light/dark cycles modulate asymmetric parapineal connectivity to the left habenula in zebrafish larvae
An Implementation of Combined Local-Global Optical Flow
Bleomycin-induced gamma H2AX foci map preferentially to replicating domains in CHO9 interphase nuclei
Computational Methods for Analysis of Dynamic Events in Cell Migration
Performance of optical flow techniques for motion analysis of fluorescent point signals in confocal microscopy
Sphingomyelinase-Induced Domain Shape Relaxation Driven by Out-of-Equilibrium Changes of Composition
The initial surface composition and topography modulate sphingomyelinase-driven sphingomyelin to ceramide conversion in lipid monolayers

BookSection (1)

3D Morpho-Topological Analysis of Asymmetric Neuronal Morphogenesis in Developing Zebrafish

ConferencePaper (1)

Evaluation of Human SCD Test by Digital Image Analysis

ConferencePoster (7)

Designing an Interactive Tool for Contour-based Image Segmentation in Bio-Images
Regulation of B Cell Activation and Interaction with the Extracellullar Matrix
Shape Segmentation and Quantification of Cell-Cell Contact by Parametric Contour Models in Fluorescence Microscopy Images
Adjacent active contours for segmenting and quantifying aggregated cell membranes in fluorescence microscopy images
Light/dark cycles modulate asymmetric parapineal connectivity to the left habenula in zebrafish larvae
Skeleton-curves: Implementation and Extraction of Morph-topological Features of Biological Structures from 3D Microscopic Image Sets
Temporal Cell-cell Dynamics in Microscopy Image Series

Proyecto (3)

User-driven Trainable Model Refinement with Geometric Features of Cellular Aggregates in Biomedical Microscopy Images
DeepPathology: Plataforma de TelePatología Distribuida Basada en Blockchain y Diagnóstico Colaborativo Apoyado por Deep Learning
Fast Computational Schemes for the Analysis of Morpho-Topological Data from High Throughput Microscopy

Review (1)

The action of sphingomyelinase in lipid monolayers as revealed by microscopic image analysis
28
Jorge Jara

Investigador Posdoctoral

ICBM, Facultad de Medicina

Universidad de Chile

Santiago, Chile

12
Steffen Härtel

Full Professor

Instituto de Ciencias Biomédicas

University of Chile

Santiago, Chile

3
Karina Palma

Postdoctorado

Instituto de Neurociencia Biomédica BNI

Universidad de Chile

Santiago, Chile

2
Jose Delpiano

Profesor Asociado

UNIVERSIDAD DE LOS ANDES

Santiago, Chile

2
Mauricio Cerda

Assistant Professor (appointed)

Programa de Anatomía y Biología del Desarrollo

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

2
Carmen Lemus

Post Doc

Laboratorio de Estudios Ontogénicos - Universidad de CHile

Santiago, Chile

1
Miguel Concha

Full Professor

Anatomy and Developmental Biology

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
Victor Castañeda

Prof. Asistente

Tecnologia Medica

Universidad de Chile

Santiago, Chile

1
Nancy Hitschfeld

Full Professor

Computer Science

UNIVERSIDAD DE CHILE , DEPTO CIENCIAS COMPUTACION

Santiago, Chile

1
Jheimmy Diaz

Investigador Adjunto

Biología Celular y Molecular

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

1
Maria-Isabel Yuseff

Associate Professor

Cellular and Molecular Biology

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

1
Javier Ruiz del Solar

Full Professor and Executive Director of the Advanced Mining Technology Center

Advanced Mining Technology Center & Electrical Engineering Department

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile