Scientific Imaging and Microscopy; Computational Medicine; Cellular Biology; Image Processing; Membrane Biophysics, Medical Informatics

Post-doctoral Sponsor:
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1. 2021-2024. Pablo Báez, post-doctoral FONDECYT 3210395. “Caracterización lingüística del texto clínico chileno: hacia una extracción automática de información”.
2. 2015-2018. Violeta Chang, post-doctoral FONDECYT 3160559. “Desarrollo de metodología para generación de gold-standards biomédicos para patología digital usando aprendizaje supervisado basado en múltiples expertos”.
3. 2015-2018. Karina Palma, post-doctoral FONDECYT 3160421. “El órgano parapineal (Opp) como modulador de la actividad del núcleo habenular izquierdo (iHab): Respuesta funcional de la actividad fotosensora del Opp sobre las neuronas iHab en larva de pez cebra (Danio rerio)”.
4. 2015-2018. Eduardo Pulgar, post-doctoral FONDECYT 3160478. “Estudio del papel de la proteina estructural nuclear especifica de la meiosis (MNS1) en la transmisión de fuerzas que generan la motilidad ciliar en pez zebra”.
5. 2013-2016. Mauricio Cerda, post-doctoral FONDECYT 3140447. “Structural and dynamical priors for the characterization of tubular networks in cell biology”.
6. 2013-2016. Victor Castañeda, post-doctoral FONDECYT 3140444 "Particle filter based tracking and segmentation pipeline for the analysis of cell shape in large biomedical imaging data".
7. 2013-2016. Mauricio Cerda, post-doctoral FONDECYT 3140447 "Structural and dynamical priors for the characterization of tubular networks in cell biology".
8. 2012-2015, German Reig, post-doctoral FONDECYT 3130598 "Papel de la adhesión diferencial y la inhibición por contacto de locomoción celular como motores de la expansión tisular en la epibolia de peces teleósteos".
9. 2009-2013. Omar Ramírez, post-doctoral FONDECYT 3110157 "Structure and Dynamics of the Endoplasmic Reticulum: Molecular Mechanisms at the Interface of Form and Function".

Phd/Magister Tutor/Co-tutor:
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1. 2021-2023, Magister Co-tutor, Macarena Molina, “Análisis, diseño y validación de servicios e incentivos para el desarrollo y adopción de una plataforma de patología digital para soporte al diagnóstico”, U-Chile.
2. 2021-2023, Magister Co-tutor, Alonso Carvajal, “Armonización de datos biomédicos según el estándar OMOP CDM para pacientes Clave Azul del Hospital Clínico Universidad de Chile”, HCUCH / U-Chile.
3. 2020-2022, Magister Co-tutor, Nicole Canales, “Caracterización de la formación de biofilm de la cepa UPEC ST1193/23/2017 fenotípicamente inmóvil”, U-Chile.
4. 2020-2022, Magister Co-tutor, Karla Chandía, “Diseño e Implementación de un Sistema de Manipulación y Visualización Microscópica para caracterizar Biofims de P. Mirabilis”, U-Chile.
5. 2019-2020, Magister Co-tutor, Laura Araya, “Modelo para la optimización de la captura y validación de datos para la fiscalización de la oportunidad de la garantía explícita en salud (GES) en ISAPRES”, U-Chile.
6. 2019-2020, Magister Co-tutor, Felipe Miranda, “Automatic Segmentation of Epithelium in Cervical Whole Slide Images to Assist Diagnosis of Cervical Intraepithelial Neoplasia”, U-Chile.
7. 2017-2019, Magister Co-tutor, Marcela Aguirre, “Uso de Aprendizaje de Máquinas para el Estudio de la Obesidad en Chile”, U-Chile.
8. 2016-2017, Magister Tutor, Sebastian Fernandez, “Implementación de Sistema de Trazabilidad para aportar a la eficiencia en Anatomía Patológica Digital”, U-Chile.
9. 2016-2017, Magister Tutor, Rodrigo Ortíz, “Desarrollo de modelo de ficha descriptiva para caracterizar los servicios y prestaciones de salud otorgados bajo una modalidad de Telemedicina en Chile, U-Chile.
10. 2016-2020, PhD co-tutor, Paula Llanos, “Analysis and modeling of microtubule array self-organization”, UAI / U-Chile.
11. 2016-2017, Magister Co-Tutor, Jimena López, “Diseño de un proceso de validación de patología digital en cáncer de mama”, F-Med, U-Chile.
12. 2014-2016, Magister Tutor, Luis Briones, “Diseño e implementación de una plataforma de microscopía virtual para apoyar docencia universitaria”, F-Med, U-Chile.
13. 2014-2017, Magister Tutor, Gustavo Zomosa, “Análisis de la viabilidad de un Servicio de Telemedicina-Teleradiología (TR) del Hospital Clínico de la Universidad de Chile (HCUCH) con establecimientos del Ministerio de Salud (MINSAL)”, UCHUCH / U-Chile.
14. 2014-2017, Magister Co-tutor, Mauricio Farías, “Satisfacción de Usuarios Clínicos y Administrativos con Aspectos de Calidad de Servicios de Telerradiología”, F-Med, U-Chile.
15. 2014-2017, Magister Co-tutor, Jorge Mansilla, “Desarrollo del plan de operación de la unidad de datos del centro de informática médica y telemedicina (cimt)”, F-Med, U-Chile.
16. 2014, PhD Tutor, Stefan Sigle, “An architectural concept to implement digital pathology in Chile”, U-Münster / HHN / U-Chile.
17. 2013, PhD co-tutor, Alex Cordova, F-Med, U-Chile.
18. 2013, PhD co-tutor, Jorge Toledo, F-Med, U-Chile.
19. 2013, PhD co-tutor, Sandra de la Fuente, Public Health School, F-Med, U-Chile.
20. 2012, PhD co-tutor, Violeta Chang, Characterization of Human Sperm Components for an Accurate Morphological Analysis. Departamento de Ciencias de la Computación.
21. 2012, PhD co-tutor, Raquel Pezoa , A segmentation method for images with subjective contours in the field of digital pathology. Universidad Técnica Federico Santa María.
22. 2010, PhD co-tutor, Rodrigo Rojas, Image segmentation constrained to topological invariants for digital pathology and medical imaging. Universidad Técnica Federico Santa Mária.
23. 2009-2010, PhD co-tutor, Pablo Aguilar, Departamento de Ciencias de la Computación, U-Chile.
24. 2009, PhD co-tutor, Jorge Jara, "Superficies Activas y Conceptos de Vecindades Tridimensionales para la Cuantificación y Parametrización de Fenómenos de Compactación en Estructuras Biológicas", Departamento de Ciencias de la Computación, Universidad de Chile.
25. 2009-2011, PhD co-tutor, José del Piano, Departamento de Ingeniería Electrica, U-Chile.

Undergraduate:
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1. 2019-2021, Co-tutor of Biochemistry thesis, Dante Castagnini, “Aplicación de Microscopía de Expansión a la biopelícula de Proteus mirabilis”, PUC / U-Chile.
2. 2018, Co-tutor of Medical Technology thesis, Claudia Reyes, “Caracterización a nanoescala de clústeres de E-cadherina en Austrolebias nigripinnis”, U-Chile.
3. 2017-2018, Co-tutor of Pharmaceutical Chemistry thesis, Nicolás Navarro, “Desarrollo de nanopartículas de ZnO:MgO como potenciales nanocarriers de antraciclinas sensibles al pH tumoral”, U-Chile.
4. 2017-2018, Co-tutor of Medical Technology thesis, Pablo Aceitón, “Caracterización de clusters de E y N Cadherina durante diferentes estadios de epibolia de A. Nigripinnis”, USS / U-Chile.
5. 2014, Tutor of Computer Engineer thesis, Iván Rojas. "Optimización y paralización de un algoritmo de generación de skeletons", Department of Computer Science (DCC), FCFM, U-Chile.
6. 2012, Tutor of Computer Engineer thesis, Liliana Alcayaga Gallardo. "Esqueletonización de estructuras biológicas tridimensionales", DCC, FCFM, U-Chile.
7. 2008, Tutor of Mathematical Engineer thesis, Luis Felipe Olmos Marchant, “Conceptos de Vecindades Tridimensionales para la Cuantificación y Parametrización de Fenómenos de Compactación en Estructuras Biológicas”, Department of Mathematics, FCFM, U-Chile.
8. 2006, Tutor of Computer Engineer thesis, Jorge Francisco Jara Wilde, "Contornos activos y su aplicación para la segmentación y parametrización tridimensional de estructuras biológicas", Escuela de Ingeniería Civil en Informática (EICI), Universidad Austral de Chile (U-Austral).
9. 2005, Tutor of Computer Engineer thesis, Etiene Valentino Verdugo Ruiz, "Reconstrucción, visualización y parametrización tridimensional de estructuras biológicas a través de imágenes confocales de fluorescencia", EICI, U-Austral.
10. 2003, Tutor of Computer Engineer thesis María Luisa Oyarzo Vergara, "Segmentación y análisis automatizado de objetos en movimiento aplicado al estudio microscópico de sistemas biológicos en tiempo real", Physics Department (PD) and EICI, U-Austral.
11. 2001, Co-tutor of Computer Engineer thesis, Pamela Barria. "Plataforma de Identificación, Clasificación y Análisis de Imágenes, obtenidas a partir de muestras Celulares", PD & EICI, U-Austral.
12. 2001, Co-tutor of Computer Engineer thesis, Victor Espinoza Romero, "Plataforma de Identificación, Clasificación y Análisis de Imágenes, obtenidas a partir de muestras Celulares", PD & EICI, U-Austral.
13. 2001, Co-tutor of Computer Engineer thesis Rodrigo Rojas Moraleda, "Plataforma de Identificación, Clasificación y Análisis de Imágenes, obtenidas a partir de muestras Celulares", PD & EICI, U-Austral.
14. 2000, Tutor for thesis diploma in experimental physics, Mr. Marcus Haas, "Charakterisierung der Fluoreszenzeigenschaften des Farbstoffs DiI-CN in Zusammenhang mit der Bestimmung von physikalischen Zuständen in Lipidmembranen", University of Bremen.

Research Units:
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1. 2023, co-responsible for Isaías Aceitón, Karla Coke, Aníbal Concha research unit “Caracterización Morfológica de Proteus mirabilis en contexto de Microscopía de Expansión”, U-Chile.
2. 2023, co-responsible for Constanza Coghlan, Esperanza García, Isidora Aranís research unit “Rendimiento Diagnóstico de la Elastoresonancia Magnética para deerminación de Fibrosis Hepática demostrada por Biopsia”, U-chile.
3. 2018-2019, co-responsible for Dante Castagnini research unit “Evaluación de la distribución de E-Cadherina en células de la capa envolvente de embriones de Austrolebias nigripinnis”, PUC / U-Chile.
4. 2018, co-responsible for Antonia Morales, Tarek Khamis, Lohse Fernando research unit “High-Content Screening Microscopy, Basada en Impresión 3D de Microscopios”, U-Chile.
5. 2015, responsible for Gonzalo Bravo, Alexis Castillo, Nidia Dierlamm research unit “Microscopia Virtual Aplicada en Investigación Científica Escolar”
6. 2015, co-responsible for Nicolás Navarro research unit “Análisis de colocalización mediante microscopia de superresolución SOFI (superresolution optical fluctuation imaging)”.
7. 2014, co-responsible for José Muñoz/Ariki Merino research unit “Cuantificación de la dinámica estructural del retículo endoplasmático”, U-Chile
8. 2013, responsible for Pamela Romero research unit “Cuantificacion de la dinámica estructural del retículo endoplasmático en respuesta a nocodazol”, U-Chile.
9. 2012, responsible of Alex Cordova research units course, Ciencias Biomédicas Phd Program, F-Med, U-Chile.
10. 2009, with Dr. Miguel Concha, responsable of Germán Reig research units course, Ciencias Biomédicas Phd Program, F-Med, U-Chile.
11. 2009, with Dr. Miguel Concha, responsable of Eduardo Pulgar research units course, Ciencias Biomédicas Phd Program, F-Med, U-Chile. "Campos de especialización procesos migratorios y las transformaciones de la organogénesis células precursoras dorsal".
12. 2008, with Dr. Miguel Concha, responsable of Germán Reig research units course, Ciencias Biomédicas Phd Program, F-Med, U-Chile. "Campos de especialización son la biología del pez cebra, de desarrollo, la morfogénesis y la proyección de imagen confocal de 4D."
13. 2007, with Dr. Miguel Concha, responsable of Karina Palma research units course Biological Sciences Master program, F-Med, U-Chile. "Análisis Morfo -Topológico de la Migración Asimétrica del Órgano Parapineal en el Desarrollo Embrionario de Pez Cebra (Danio rerio)".

Courses:
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1. Seminario Ingeniería Biomédica: Microscopía de alto Rendimiento e Imágenes Médicas. Fuerzas, datos e inteligencia artificial para la investigación biomédica y médica. 12 de mayo 2021. Universidad de la Republica, Montevideo – Uruguay. On line.
2. Imágenes Científicas Biomédicas – Informática Médica – Sistemas de Información de Salud. 25 de mayo 2021. Seminario de Tecnologías Emergentes EL6045. Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas, Universidad de Chile.
3. Workshop: “Búsqueda por contenido en imágenes médicas: inteligencia artificial al servicio del diagnóstico clínico”. 24 de Junio 2021. Universidad Técnica Federico Santa Maria.
4. Workshop: Apoyo Cuantitativo de Diagnóstico Radiológico Mediante Inteligencia Artificial. 4 de agosto 2022. MakeHealth Colombia. Medellin, Colombia.
5. Charla: Salud Digital, Gobernanza y Calidad de Datos al 2030. 17-19 de Agosto 2022. 7th CMM Pucón Simposium, Data Science for Frontier Astronomy, Biology, Digital Health and Earth Sciences. Puerto Varas, Chile. https://eventos.cmm.uchile.cl/pucon2022/
6. Clase Data Science: Ciencia e Ingeniería; contribución de la Academia a las exigencias de la Cuarta Revolución Industrial. Segundo semestre 2022. Módulo 3 Aseguramiento de la Calidad. Postítulo Aseguramiento de la calidad para laboratorios clínicos, toxicológicos, forenses y servicios de sangre. Facultad de Química y Biología, Departamento de Biología, Universidad de Santiago.
7. Curso Binacional de Postgrado, Microscopía para el Estudio de Biofilms Bacterianos, 18 de octubre al 1 de noviembre de 2022. Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE), Montevideo – Uruguay,
Instituto de Neurociencia Biomédica (BNI), ICBM, F-Med, U-Chile, Santiago - Chile. https://scian.cl/scientific-image-analysis/microscopia-para-el-estudio-de-biofilms-bacterianos-2/
8. Curso de Postgrado: Procesamiento de Imágenes y Bioseñales I y II. 16 de agosto – 28 de noviembre 2022. Facultad de Medicina, Universidad de Chile. Hospital Clínico Universidad de Chile (HCUCH). Centro de Modelamiento Matemático (CMM), Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas, Universidad de Chile. Pontificia Universidad Católica de Chile. https://scian.cl/scientific-image-analysis/procesamiento-de-imagenes-y-biosenales-i-y-ii-2022/
9. Curso Binacional de Postgrado, Microscopía para el Estudio de Biofilms Bacterianos, 2 de octubre al 3 de noviembre de 2023. Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE), Montevideo – Uruguay,
Instituto de Neurociencia Biomédica (BNI), ICBM, F-Med, U-Chile, Santiago - Chile. https://scian.cl/scientific-image-analysis/microscopia-para-el-estudio-de-biofilms-bacterianos-3/
10. International Course: Optics, Forces and Development 2024. LEO-Lab/SCIANLab. ICBM, BNI, Facultad de Medicina, Universidad de Chile. www.cellmorphodynamics.cl/course2024/; https://scian.cl/scientific-image-analysis/optics-forces-and-development-course-2024/

1. Seminario: "Manifiesto Digital: Hacia una sociedad digital y sostenible". 21 de enero 2021. Observatorio de Sostenibilidad FEN U-Chile junto al Diplomado de Extensión en Sostenibilidad de los Negocios y Organizaciones U-negocios FEN U-Chile. Santiago – Chile.
2. Charla: Salud Digital: Competencias Referenciales y Perfiles Profesionales para el Desarrollo en Sistemas de Información en Salud. 28-32 de marzo 2021. XXV Congreso ALAPAC/ML, III Congreso SML Chile, XVII Jornada SMLC. Santiago - Chile
3. Simposium “Building the Latin America Bioimaging Network”. 8 de Abril 2021. Latin America Bioimaing. On line.
4. LATAM Covid Datathon 2021. 9 de Julio 2021.
5. Charla: Transformación Digital en Salud, Factores Humanos Tecnológicos y Organizacionales – Investigación – Innovación – Educación. 22 de junio 2021. XXI Coloquios de Ingeniería Biomédica: Desafíos de la Ingeniería en Salud. Universidad de Valparaíso.
6. Creación del Centro de Informática Médica para la Investigación y Asistencia en Salud. 25 de junio de 2021. Mesa Técnica Fondo de Salud Extraordinario.
7. Webinar: Desafíos Jurídicos del Tratamiento de Datos de Salud en Emergencias Sanitarias y con Fines de Investigación. 17 de agosto 2021. Consejo de Transparencia. Observatorio de Bioética y Derecha, Universidad del Desarrollo.
8. The future impact of imaging in research around the globe: what are the foreseen developments in the next 5 years? 8-9 de September 2021. Global BioImaging – Exchange of Experience VI – online meeting
9. Charla: Salud Digital, Ecosistema y Competencias. 25 de octubre 2021. Jornada Tecnológica y Desarrollo Sostenible de Magallanes 2021, Centro Asistencial Docente e Investigación (CADI-UMAG), Universidad de Magallanes, Punta Arenas – Chile.
10. Actividad: Panel "Oferta formativa en salud digital: Avances y retos en América Latina". 01 de diciembre 2021. Foro Salud Digital RECAINSA Foro de Salud Digital de la Red Centroamericana de Informática en Salud