Man

Pablo Felipe Báez Benavides

Profesor Asistente

Universidad San Sebastián

Santiago, Chile

Líneas de Investigación


Datos e Inteligencia Artificial en Salud. Procesamiento del Lenguaje Natural en Salud.

Educación

  •  Microbiólogo y Bioanalista, Universidad de Antioquia. Colombia, 2009
  •  Ciencias Biológicas c/m Genética Humana, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2013
  •  Ciencias Biomédicas, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2018

Experiencia Académica

  •   Docente Invitado Other

    UNIVERSIDAD DEL DESARROLLO

    Facultad de Medicina

    Santiago, Chile

    2018 - 2018

  •   Docente Invitado Other

    UNIVERSIDAD MAYOR

    Facultad de Ciencias

    Santiago, Chile

    2017 - 2017

  •   Docente Invitado Other

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Facultad de Medicina

    Santiago, Chile

    2016 - 2016

  •   Profesor de Cátedra Other

    Universidad de Antioquia

    Medellín, Colombia

    2009 - 2009

  •   Docente Auxiliar de Cátedra Other

    Universidad de Antioquia

    Medellín, Chile

    2007 - 2009

  •   Profesor Coordinador Bioinformática I y II Other

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Facultad de Medicina

    Chile

    2020 - A la fecha

  •   Profesor Invitado Bioestadística I y II Other

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Facultad de Medicina

    Chile

    2021 - 2021

  •   Profesor Invitado Biomedicina II Other

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Facultad de Medicina

    Chile

    2018 - 2018

  •   Profesor Asistente Full Time

    UNIVERSIDAD SAN SEBASTIAN

    Facultad de Odontología

    Chile

    2025 - A la fecha

  •   Profesor Coordinador Bioestadística y Metodología de la Investigación Other

    UNIVERSIDAD SAN SEBASTIAN

    Chile

    2024 - 2025

  •   Profesor de cátedra Other

    UNIVERSIDAD DEL DESARROLLO

    Facultad de Medicina

    Chile

    2021 - 2024

Experiencia Profesional

  •   Microbiólogo y Bioanalista en servicio social obligatorio Full Time

    Dirección General de Sanidad Militar, Fuerzas Militares de Colombia

    La Tagüa, Colombia

    2009 - 2010

Premios y Distinciones

  •   Exención de matrícula

    UNIVERSIDAD DE ANTIOQUIA

    Colombia, 2005

    Exención del pago de matrícula a estudiantes de mejor rendimiento académico en el periodo.

  •   Exención de matrícula

    UNIVERSIDAD DE ANTIOQUIA

    Chile, 2008

    Exención del pago de matrícula a estudiantes de mejor rendimiento académico en el periodo.

  •   Diez Mejores Resultados ECAES

    MINISTERIO DE EDUCACION

    Chile, 2008

    Diez mejores resultados a nivel nacional según programa académico: Examen de estado de calidad de la educación superior (ECAES), Ministerio de Educación, República de Colombia.

  •   Aprobación de Magíster con distincio?n máxima

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Chile, 2013

    Aprobación de Magíster con distinción máxima. Escuela de postgrados, Universidad de Chile.

  •   Best Paper

    Clinical NLP Workshop, EMNLP

    Chile, 2020

    3rd Clinical Natural Language Processing Workshop. Paper title: The Chilean Waiting List Corpus: a new resource for Clinical Named Entity Recognition.


 

Article (20)

Developing and Validating an Automatic Support System for Tumor Coding in Pathology Reports in Spanish

Villena, Fabian; Baez, Pablo; Penafiel, Sergio; Rojas, Matías; Paredes, Inti; Dunstan, Jocelyn

Article ISI
JCO CLINICAL CANCER INFORMATICS  (2025)

Automatic Detection of Distant Metastasis Mentions in Radiology Reports in Spanish

Ahumada, Ricardo; Dunstan, Jocelyn; Rojas, Matías; Penafiel, Sergio; Paredes, Inti; Baez, Pablo

Article ISI
JCO CLINICAL CANCER INFORMATICS  (2024)

E-learning module for cytopathology education based on virtual microscopy

Cubillos, Paulina; Diaz, Eugenia; Baez, Pablo; Gutierrez, Lorena; Molina, Carla; Härtel, Steffen

Article SCOPUS
Journal of the American Society of Cytopathology  (2024)

Entity normalization in a Spanish medical corpus using a UMLS-based lexicon: findings and limitations

Baez, Pablo; Campillos-Llanos, Leonardo; Nunez, Fredy; Dunstan, Jocelyn

Article ISI
LANGUAGE RESOURCES AND EVALUATION  (2024)

Amerindian ancestry proportion as a risk factor for inflammatory bowel diseases: results from a Latin American Andean cohort

Magne, Fabien. ,; Aguilar, Nataly; Escobar, Sergio; Pavez-Ovalle, Carolina; Diaz-Asencio, Alejandro; Miquel, Juan Francisco

Article ISI
FRONTIERS IN MEDICINE  (2023)

Genome sequencing reveals molecular subgroups in oral epithelial dysplasia

Marquez, Agustin; Mujica, Isidora; Jordan, Natalia; Baez, Pablo; Tarquinio, Sandra; Nunes, Jean; Adorno, Daniela; Martínez, Benjamín; Morales-Pison, Sebastián; Fernandez-Ramires, Ricardo

Article ISI
BRAZILIAN ORAL RESEARCH  (2023)

Genotype Prevalence of Lactose Deficiency, Vitamin D Deficiency, and the Vitamin D Receptor in a Chilean Inflammatory Bowel Disease Cohort: Insights from an Observational Study

Segovia-Melero, Roberto; Magne, Fabien. ,; Onetto, Gian-Franco; Escobar, Sergio; Miquel, Juan Francisco

Article ISI
INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES  (2023)

Automatic Extraction of Nested Entities in Clinical Referrals in Spanish

Baez, Pablo; Bravo-marquez, Felipe; Dunstan, Jocelyn; Rojas, Matías; Villena, Fabian

Article ISI
ACM TRANSACTIONS ON COMPUTING FOR HEALTHCARE  (2022)

C�ncer de ves�cula en colecistectom�as de la regi�n de Tarapac�. An�lisis seg�n pertenencia �tnica

Marcelo Fonseca C.; Jos� Garc�a R.; Attila Csendes J.; Sergio Calcagno Z.; Dino Ibaceta O.; Pablo B�ez B.; Katherine Marcelain C.

Article ISI SCIELO
 (2022)

Ethnicity influences phenotype and clinical outcomes: Comparing a South American with a North American inflammatory bowel disease cohort

Pizarro, Benjamin; Cerda-Villablanca, Mauricio; de la Vega, Andres; Arriagada, Elizabeth; Rivera-Nieves, Jesus; Estela, Ricardo; Tobar, Felipe

Article ISI
MEDICINE  (2022)

Natural language processing for clinical text in Spanish: The case of waiting lists in Chile

Baez, Pablo; Arancibia, Antonia Paz; Chaparro, Matias Ignacio; Bucarey, Tomas; Nunez, Fredy; Dunstan, Jocelyn

Article ISI
REVISTA MEDICA CLINICA LAS CONDES  (2022)

Construction of text resources for automatic identification of clinical information in unstructured narratives

Baez, Pablo; Villena, Fabian; Zuniga, Karen; Jones, Natalia; Fernandez, Gustavo; Duran, Manuel; Dunstan, Jocelyn

Article ISI
REVISTA MEDICA DE CHILE  (2021)

ABCB1/4 gallbladder cancer risk variants identified in India also show strong effects in Chileans

Baez Benavides, Pablo F.; de Toro, Gonzalo; Retamales, Javier; Morales, Erik; Loader, Denisse; Rivera, Maria Teresa; Ortega, Alejandro; Montalvo, Domingo; Portiño, Sergio; Gabler, Fernando; et al.

Article ISI SCOPUS
Cancer Epidemiology  (2020)

Prevalencia de colecistolitiasis y cáncer de vesícula en una población rural Aymara de Chile

Fonseca C, Marcelo; Csendes, Attila; Calcagno, Sergio; Vargas, Pablo; Garcia R, Jose; Barlaro, Teresa

Article
REVISTA MEDICA DE CHILE  (2020)

The Chilean Waiting List Corpus: a new resource for clinical Named Entity Recognition in Spanish

Baez, Pablo; Villena, Fabian; Rojas, Matías; Duran, Manuel

Article
Proceedings of the 3rd Clinical Natural Language Processing Workshop  (2020)

TRPM4 regulates Akt/GSK3-beta activity and enhances beta-catenin signaling and cell proliferation in prostate cancer cells

Andaur, RE

Article ISI SCOPUS
Molecular Oncology  (2018)

Subtypes of Native American ancestry and leading causes of death: Mapuche ancestry-specific associations with gallbladder cancer risk in Chile

Lorenzo Bermejo, Justo; Boekstegers, Felix; Gonz?lez Silos, Rosa; Báez Benavides, Pablo; Barahona Ponce, Carol; M?ller, Bettina; Fischer, Christine; Peil, Barbara; Sinsheimer, Janet; Fuentes Guajardo, Macarena; et al.

Article ISI SCOPUS
PLOS GENETICS  (2017)

Mast Cell Infiltration and Kit and Protease Expression During Progression of a Transgenic Prostate Cancer Murine Model (TRAMP)

Landerer, E.; Paredes R.

Article
Journal of Comparative Pathology  (2014)

Actualización en cáncer de próstata: generalidades y diagnóstico

Armisén Yañez, Ricardo

Article
Medicina & Laboratorio  (2012)

Colonización por Staphylococcus aureus resistente a meticilina en las manos de individuos de la comunidad

Zapata Tamayo, Mario Augusto; Ramírez Pérez, Auxilio; Rúa Giraldo, Alvaro León; Jiménez Quiceno, Judy Natalia

Article
IATREIA  (2010)

Letter (1)

Response to Kempf et al on Methodological and Practical Aspects of a Distant Metastasis Detection Model

Ahumada, Ricardo; Dunstan, Jocelyn; Paredes, Inti; Baez, Pablo

Letter ISI
JCO CLINICAL CANCER INFORMATICS  (2024)

Proyecto (7)

Caracterización lingüística del texto clínico chileno: hacia una extracción automática de información

Báez Benavides, Pablo

Proyecto
 (2021)

Towards an automatic prioritization of patients in waiting lists in Chile



Proyecto
 (2020)

Deep-pathology: plataforma de telepatología distribuida basada en blockchain y diagnóstico colaborativo apoyado por deep learning

Härtel, Steffen

Proyecto
 (2019)

TumorSec=> Optimization, validation and widespread use of a gene sequencing test to improve the accuracy of cancer therapies

FONDEF (IT16I10051)

Proyecto
2017-2019
Personal técnico y/o de apoyo

Identification of Biomarkers for a Personalized Prevention and Treatment of Gallbladder Cancer

German Federal Ministry of Education and Research (BMBF) (01DN15021)

Proyecto
2015-2017
Tesista

Incorporation of Next Generation Sequencing on the cancer patient’s care

FONDEF (D11I1029)

Proyecto
2012-2015
Tesista

THE TRANSIENT RECEPTOR POTENTIAL MELASTATIN 4 (TRPM4) CHANNEL STABILIZES BETA-CATENIN AND THEREFORE ENHANCES CELL PROLIFERATION THROUGH A CALCIUM-DEPENDENT NEGATIVE REGULATION OF GSK-3BETA ACTIVITY

FONDECYT (1120286)

Proyecto
2012-2015
Tesista

1
Armando Rojas

Profesor Titular, Director de Laboratorio Investigaciones Biomédicas

Ciencias Preclínicas

FACULTAD DE MEDICINA, UNIVERSIDAD CATOLICA DEL MAULE

Talca, Chile

1
fresia ferreccio

Full Professor, Director PhD Epidemiolgy Program

Public Health

PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATÓLICA DE CHILE FACULTAD DE MEDICINA, ESCUELA DE MEDICINA, DEPARTAMENTO DE SALUD PÚBLICA.

Santiago, Chile

2
Katherine Marcelain

Profesora Asociada

Oncología Básico Clínica

UNIVERSIDAD DE CHILE, FACULTAD DE MEDICINA

Santiago, Chile

1
Andres Stutzin

Full Professor

ICBM

FACULTAD DE MEDICINA UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
Ricardo Armisen

Associate Professor

Centro de Genética y Genómica

Universidad del Desarrollo

Santiago, Chile

1
Giuliano Bernal

Profesor Titular

Ciencias Biomédicas

UNIVERSIDAD CATÓLICA DEL NORTE

Coquimbo, Chile

1
Monica Ahumada

medico

medicina oncologia basico clinica

HOSPITAL CLINICO UNIVERSIDAD DE CHILE

santiago, Chile

1
Erik Morales

Profesor Auxiliar

Ciencias Preclínicas

UNIVERSIDAD CATÓLICA DEL MAULE

Talca, Chile

1
César Echeverría

DIRECTOR DE INVESTIGACIÓN

Medicina

Universidad de Atacama

COPIAPO, Chile

1
Jordi Olloquequi

Profesor Titular

Instituto de Ciencias Biomédicas

UNIVERSIDAD AUTONOMA DE CHILE

Talca, Chile

2
Fabien MAGNE

Profesor asociado

Instituto de Ciencias Biomédicas (ICBM)

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
Claudio Cappelli

R&D Director

Facultad de Medicina

Universidad Austral de Chile

Valdivia, Chile

2
Maria Bustamante

Profesora Asistente

Facultad de Medicina

Universidad de Chile

Santiago , Chile

1
Javier Retamales

Radio Oncólogo

Medicina

Complejo Asistencial Sótero del Río

Santiago, Chile

1
Bettina Müller

Jefe subrogante

Oncología Médica

Instituto Nacional del Cáncer

Santiago, Chile

1
Julio Tapia

Profesor Asociado

Oncologia Basico Clinica

Universidad de Chile

Santiago, Chile

1
Eduardo Sagredo

1
Dante Travisany

Profesor Asociado

Facultad de Ingeniería y Negocios

Universidad de Las Américas

Santiago, Chile

1
Felipe Tobar

Senior Lecturer

Department of Mathematics

Imperial College London

Santiago, Reino Unido

3
Cristian Hernández

Assistant Professor

Gastroenterology

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

1
Francisco Rothhammer

24
Pablo Báez

Profesor Asistente

Facultad de Odontología

Universidad San Sebastián

Santiago, Chile

2
Olga Barajas

PROF. ASOCIADA/MEDICO ONCOLOGO

MEDICINA

HOSPITAL CLINICO UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

2
Macarena Fuentes

Profesor Asistente

Tecnología Medica

Universidad de Tarapacá

Arica, Chile

1
Carolina Pavez

GASTROENTEROLOGO

GASTROENTEROLOGIA

Pontificia Universidad Católica de Chile

SANTIAGO, Chile

1
Sergio Portiño

1
Fabián Villena

Profesor Asistente

Universidad San Sebastián

Región Metropolitana, Chile

1
Sebastian Morales

Académico e Investigador

Facultad de Medicina y Ciencias de la Salud

Universidad Mayor de Chile

Santiago, Chile