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David Alfredo Medina Ortiz

Post doc

Universidad de Magallanes

Punta Arenas, Chile

Líneas de Investigación


Machine Learning y data mining aplicados a Ingeniería de proteínas con énfasis en el estudio de mutaciones y variantes por medio de digitalización de propiedades fisicoquímicas. Identificación y caracterización de patrones en big data.

Educación

  •  Ciencias Bioinformáticas, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2017
  •  Ingeniero en Bioinformática, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2017
  •  Ciencias de la Ingeniería, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2022

Experiencia Académica

  •   Ayudante ramo Programación Orientada Other

    UNIVERSIDAD DE TALCA

    Ingeniería

    Talca, Chile

    2013 - 2017

  •   Ayudante ramo Algoritmo y estructura de datos Other

    UNIVERSIDAD DE TALCA

    Ingeniería

    Talca, Chile

    2013 - 2017

  •   Ayudante ramo Ingeniería de software Other

    UNIVERSIDAD DE TALCA

    Ingeniería

    Talca, Chile

    2016 - 2018

  •   Ayudante ramo Soluciones algortímicas Other

    UNIVERSIDAD DE TALCA

    Ingeniería

    Talca, Chile

    2015 - 2017

  •   Ayudante ramo Formulación de proyectos científico tecnológicos Other

    UNIVERSIDAD DE TALCA

    Ingeniería

    Talca, Chile

    2017 - 2017

  •   Visit Student Research Other

    CALIFORNIA INSTITUTE OF TECHNOLOGY

    Engineering

    California, Estados Unidos

    2020 - A la fecha

  •   Post doc Full Time

    UNIVERSIDAD DE MAGALLANES

    Ciencias de la computación

    Punta Arenas, Chile

    2022 - A la fecha

Experiencia Profesional

  •   Investigador Part Time

    Centre for Biotechnology and Bioengineering

    Santiago, Chile

    2019 - 2022

  •   Personal técnico proyecto Fondecyt 1180882 Other

    Universidad de Magallanes

    Chile

    2020 - 2022

  •   Personal técnico proyecto Fondecyt 1141311 Part Time

    Universidad de Chile

    Chile

    2014 - 2019

  •   Investigador proyecto Modelamiento matemático sistema GI Other

    Centre for Biotechnology and Bioengineering

    Santiago, Chile

    2016 - 2022

  •   Investigador proyecto Análisis bioinformático enzimas con alta resistencia salina Other

    Centre for Biotechnology and Bioengineering

    Santiago, Chile

    2019 - 2022

  •   Desarrollador de software Other

    Transporte Ogaz Express LTDA

    Santiago, Chile

    2019 - 2021

  •   Personal técnico proyecto Fondecyt Other

    Universidad Católica

    Santiago, Chile

    2019 - 2020

  •   Desarrollador de software Proyecto Seguridad Universitaria Part Time

    Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    2017 - 2018

  •   Desarrollador de software Full Time

    IMSER LTDA

    Santiago, Chile

    2017 - Sin Información

  •   Asistente de investigación Full Time

    Mathomics, Centre for Mathematical Modeling

    Santiago, Chile

    2015 - Sin Información

  •   Asistente de investigación Other

    D-Lab, Fundación Ciencias para la Vida

    Santiago, Chile

    2015 - Sin Información

  •   Desarrollador de software Part Time

    DTI, Universidad de Talca

    Talca, Chile

    2015 - 2017

  •   Desarrollador de software Part Time

    Angular LTDA

    Santiago, Chile

    2019 - 2020

  •   Postdoc Full Time

    Universidad de Magallanes

    Punta Arenas, Chile

    2022 - A la fecha

Formación de Capital Humano


Participación en dirección de tesis de pregrado

Co-guía tesis de pregrado de alumno Gabriel Cabas, titulada "Aplicaciones de CNN para el desarrollo de modelos predictivos en ingeniería de proteínas" con objetivo a obtener el título de Ingeniero en Bioinformática y el grado de Bachelor en Universidad de Talca, año 2022.

Co-guía tesis de pregrado de alumno Claudio Guevara, titulada "Aplicaciones de GCN para desarrollo de modelos predictivos de interacción de antígeno-anticuerpo" con objetivo a obtener el título de Ingeniero en Bioinformática y el grado de Bachelor en Universidad de Talca, año 2022.

Co-guía tesis de pregrado de alumno Lukas Jeldes, titulada "Implementación de reglas de asociación para la elaboración de secuencias de péptidos con propiedades deseables" con objetivo a obtener el título de Ingeniero civil químico, Universidad de Chile, 2022

Co-guía tesis de pregrado de alumno Jorge Muñoz, titulada "Aplicaciones de representaciones de grafos para la identificación de patrones en estructura de proteínas" con objetivo a obtener el título de Ingeniero civil químico, Universidad de Chile, 2022

Co-guía tesis de pregrado de alumna Yasna Barrera, titulada "Aplicación de minería de datos y Machine Learning para diseño de sistemas predictivos en
interacción Antígeno-Anticuerpo" con objetivo a obtener el título de Ingeniero en Bioinformática y el grado de Bachelor en Universidad de Talca, año 2020.

Co-guía tesis de pregrado de alumno Kevin Vergara, titulada "Diseño e implementación modelos predictivos de variantes basados en digitalización de propiedades
fisicoquímicas y uso de Machine Learning" con objetivo a obtener el título de Ingeniero civil en Bioitecnología en Universidad de Chile y el grado de Bachelor, año 2020.

Tutor tesis de pregrado de alumno Cristofer Quiroz, titulada "Diseño e implementación herramienta computacional para la evaluación de mutaciones puntuales en
proteínas" con objetivo a obtener el título de Ingeniero civil en Informática en Universidad Autónoma de Chile, año 2020.

Co-guía tesis de pregrado de alumno Jorge Torres, titulada "Aplicación de minería de datos para la búsqueda de patrones
relacionados al sistema de interacción antígeno-anticuerpo" con objetivo a obtener el título de Ingeniero civil en Informática en Universidad de Magallanes, año 2019.


Difusión y Transferencia


Presentaciones en eventos científicos nacionales e internacionales

Oral presentation in the XIII Workshop CeBiB: Metabolic Engineering, Bioinformatics and Genomics for Biotechnological Applications. June 2021. Developing strategies to protein engineering applications using machine learning approaches (eng)

International Congress Society for computational Biology, European conference on Computational Biology, ISMB 2021. Oral presentation: Developing strategies to design proteins with desirable properties using Machine Learning techniques (eng)

Oral presentation in the XII Workshop CeBiB: Metabolic Engineering, Bioinformatics and Genomics for Biotechnological Applications. November 2020. In-silico protein design support by evolutionary couplings strategies and machine learning approaches (eng)

International Congress Society for computational Biology, European conference on Computational Biology, ISMB 2020. Poster presentation: FFT-Predict, A user-friendly web platform
to design predictive models for mutations in sequences based on digitized physicochemical properties and Meta-Learning systems (eng)

Congress Student Council Symposium 2020, ISMB 2020. Oral presentation: FFT-Predict, A user-friendly web platform to design predictive models for mutations in sequences based on digitized physicochemical properties and Meta-Learning systems (eng)

The Fifth International Conference on Machine Learning, Optimization, and Data Science – September 10-13, 2019 – Certosa di Pontignano, Siena – Tuscany, Italy. Poster presentation: DMAKit: A web service based in a python library for the analysis of high-dimensional datasets using data mining and pattern recognition techniques (eng)

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, FFT-Mutant Kit: A novel library for design de novo mutations using mathematical modeling techniques, data mining and machine learning, Congress Student Council Symposium 2019, ISMB ECCB, Basel 2019, SUIZA, Basel, 2019.

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, DMAKit: A web service based in a python Library for the analysis of high-dimensional datasets using data mining and pattern recognition techniques, The Fifth International Conference on Machine Learning, Optimization, and Data Science, ITALIA, Tuscany, 2019.

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, Mathematical modeling and data mining: Applications and tools developed, Workshop CeBiB, CHILE, Santiago, 2019.

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, FFT-Mutant Kit: A novel library for design de novo mutations using mathematical modeling techniques, data mining and machine learning, Workshop CeBiB, CHILE, Santiago, 2019.

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, FFT-Mutant Kit: A novel library for design de novo mutations using mathematical modeling techniques, data mining and machine learning, International Congress Society for computational Biology, European conference on Computational Biology, ISMB ECCB, Basel 2019, SUIZA, Basel, 2019.

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, Tom L Blundell, VHL-Hunter, web service for classification of clinical relevance of single point mutations in von Hippel-Lindau disease, Congress Latin America Student Council SCS-LA, CHILE, Viña del Mar, 2018.

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, Tom L Blundell, VHL-Hunter, web service for classification of clinical relevance of single point mutations in von Hippel-Lindau disease, Congress International Society for computational Biology, CHILE, Viña del Mar, 2018

David Medina, Data Mining and Machine Learning, Applications in real life, Workshop CeBiB, CHILE, Marbella, 2018.

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, Tom L Blundell, VHL-Hunter, web service for classification of clinical relevance of single point mutations in von Hippel-Lindau disease, Congress 9CAB2C, Mar del Plata, Argentina, ARGENTINA, Mar del Plata, 2018.

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, Tom L Blundell, VHL-Hunter, web service for classification of clinical relevance of single point mutations in von Hippel-Lindau disease, Workshop CeBiB, CHILE, Temuco, 2018.

David Medina, Álvaro Olivera, Juan Asenjo, VHL-Hunter, web service for classification of clinical relevance of single point mutations in von Hippel-Lindau disease, Workshop CeBiB, CHILE, Marbella, 2018.

Dominguez C, Medina D, Cambiazo V, Perez-Acle T, Holmes DS, Exploring patterns of histone modifications and binding proteins to identify cis-regulatory modules (CRMs) driving the restricted gene expression in dor- sal cells of D. melanogaster embryos. 2015. DOI: 10.7490/f1000research.1110125.1., International Society for Computational Biology, IRLANDA, Dublin, 2015

David Medina, Bio-CD, Herramienta de aprendizaje para alumnos de enseñanza media, Encuentro Linux, Temuco 2013, CHILE, Temuco, 2013.


Premios y Distinciones

  •   71st Lindau Nobel Laureate Meeting

    Nobel Prize Lindau

    Alemania, 2022

    Seleccionado para participar en el 71 encuentro de los premios Nobel, Lindau 2022

  •   United by Science - Nobel Prize Dialogue Latin America and the Caribbean

    Nobel Prize Lindau

    Chile, 2021

    Seleccionado para participar en el encuentro de los diálogos con los premios Nobel a nivel América Latina y el caribe.

  •   ISMB/ECC Fellowship Congress, Virtual Event

    ISCB

    Reino Unido, 2021

    ISMB/ECC Fellowship Congress, Virtual Event

  •   ISMB/ECCB Fellowshi Congress, Basel 2019

    ISCB

    Chile, 2019

    ISMB/ECCB Fellowshi Congress, Basel 2019

  •   Best poster award, ISMB/ECCB, Basel 201

    ISCB

    Chile, 2019

    Best poster award, ISMB/ECCB, Basel 2019, “FFT-Mutant kit: A novel library for the design of de-novo mutations using mathematical modelling techniques, data mining and machine learning”

  •   SCB-LA SOIBIO EMBnet Fellowship Congress, Viña del Mar 2018

    ISCB

    Chile, 2018

    SCB-LA SOIBIO EMBnet Fellowship Congress, Viña del Mar 2018


 

Article (13)

Peptipedia: a user-friendly web application and a comprehensive database for peptide research supported by Machine Learning approach
A multi -group SEIRA model for the spread of COVID-19 among heterogeneous populations
A Novel Synthetic Model of the Glucose-Insulin System for Patient-Wise Inference of Physiological Parameters From Small-Size OGTT Data
Combination of digital signal processing and assembled predictive models facilitates the rational design of proteins
Country-Wise Forecast Model for the Effective Reproduction Number Rt of Coronavirus Disease
Country-Wise Forecast Model for the Effective Reproduction NumberR(t)of Coronavirus Disease
Development of Supervised Learning Predictive Models for Highly Non-linear Biological, Biomedical, and General Datasets
DMAKit: A user-friendly web platform for bringing state-of-the-art data analysis techniques to non-specific users
Real-Time Estimation of R-t for Supporting Public-Health Policies Against COVID-19
Statistically-based methodology for revealing real contagion trends and correcting delay-induced errors in the assessment of COVID-19 pandemic
Mutational signatures and transmissibility of SARS-CoV-2 Gamma and Lambda variants
Patient-Wise Methodology to Assess Glycemic Health Status: Applications to Quantify the Efficacy and Physiological Targets of Polyphenols on Glycemic Control
The growth of marine fungi on seaweed polysaccharides produces cerato-platanin and hydrophobin self-assembling proteins

BookSection (1)

COVID-19 Modeling Under Uncertainty: Statistical Data Analysis for Unveiling True Spreading Dynamics and Guiding Correct Epidemiological Management

ConferencePaper (1)

Pattern recognition on antigen-antibody interactions from protein microarrays based on data mining and bioinformatics analysis

Proyecto (2)

Modelamiento matemático de control glicémico insulinémico para comprender efectos y mecanismos de acción del Delphinol ® sobre la glicemia
Integrative bioinformatic tools to accurately predict the effects of mutations in cancer-related proteins and to guide the design of rational protein engineering strategies
15
David Medina

Post doc

Departamento de computación

Universidad de Magallanes

Punta Arenas, Chile

6
Alvaro Olivera

Principal Investigator and Assistant Professor

Chemical Engineering and Biotechnology

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

5
Sebastián Contreras

Doctoral Researcher

Neural Systems Theory

Max Planck Institute for Dynamics and Self-Organization

Göttingen, Alemania

1
Carlos Conca

CO-FOUNDER ASSOCIATE RESEARCHER

CENTER FOR MATHEMATICAL MODELING

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
Claudia Saavedra

Full Professor

Departmento de Ciencias de la Vida

UNIVERSIDAD ANDRÉS BELLO

Santiago, Chile

1
Anamaria Sanchez

Investigadora

Centre for Biotechnology and Bioengineering

Santiago, Chile