Analysis of protein-DNA interactions; Bioinformatics; Biochemistry ; Computational Biology

UNDERGRADUATE

Ongoing

Constanza Guerra San Martín, "Estudio de la especificidad del factor de transcripción MarA", Bioquímico, Pontificia Universidad Católica de Chile (Fecha eventual defensa: Mayo 2022).

Finsihed

Natalia Rodriguez Muxica, “Desarrollo de un nuevo modelo de flexibilidad de ADN”, Bioquímico, Pontificia Universidad Católica de Chile (Octubre 2018).

Judemir Ribeiro Vega, “Investigación y desarrollo de potenciales estadísticos basados en superficie de contacto para complejos proteína-ADN”, Bioquímico, Pontificia Universidad Católica de Chile (Sep 2018).

Felipe Melis Arcos, “Análisis de los determinantes de especificidad claves en el reconocimiento de ADN por parte de los factores de transcripción MarA, Rob SoxS en Enterobacterias”, Bioquímico, Pontificia Universidad Católica de Valparaíso (16 Marzo 2015).

Ignacio Ibarra del Río, “Modelamiento comparativo a nivel atómico de ADN doble hebra”, Título Bioquímico, Pontificia Universidad Católica de Chile. Fecha Defensa: 7 Agosto, 2013.

Camilo Navarrete Lineros, “Bases moleculares de la modulación alostérica por cobre del receptor p2x”, Título Bioquímico, Pontificia Universidad Católica de Chile. Fecha Defensa: 2 Mayo 2012.

Jaime Riquelme Salamé, “Implementacio?n de una nueva metodologi?a de representacio?n y visualizacio?n de interfases tridimensionales de complejos moleculares (protei?na-ADN)”, Título Bioquímico, Pontificia Universidad Católica de Chile. Fecha Defensa: 25 Enero 2012.

Felipe Rodriguez Valenzuela, “Desarrollo de una base de datos de fragmentos perptídicos no redundantes”, Título Ingeniero Civil en Bioinformática, Universidad de Talca, 22 Diciembre 2011.

Javier Castellanos Vuletich, “Modelado comparativo de la estructura tridimensional de ADN doble hebra a nivel atómico”, Título de Bioquímico, Universidad de Chile, 13 Septiembre 2011.

Jorge Cares Gálvez, “Diseño de oligos para PCR anidado múltiple a dos temperaturas y su aplicación para discriminar un gran número de especies bacterianas”, Título Ingeniero Civil en Bioinformática, Universidad de Talca, 26 Agosto 2011.

Fernando Gutiérrez Espinosa, “Desarrollo de un modelo estadi?stico para la comparacio?n de electroferogramas complejos”, Título Ingeniero Civil en Bioinformática, Universidad de Talca, 26 Agosto 2011.

Leonardo Almonacid Cárdenas, “Desarrollo de una plataforma Bioinforma?tica para la obtencio?n de informacio?n a partir de libreri?as de ARNs pequen?os secuenciadas con Solexa/Illumina”, Título Ingeniero Civil en Bioinformática, Universidad de Talca, 5 Abril 2011.

O’car Campos Campos, “Disen?o de partidores para PCR repetitivo mu?ltiple por medio de herramientas computacionales y su aplicacio?n para discriminar un gran nu?mero de especies y cepas bacterianas”, Título Ingeniero Civil en Bioinformática, Universidad de Talca, 5 Abril 2011.

Rodrigo Malig, “Nueva metodología de análisis de datos de SAGE dirigida hacia el descubrimiento de nuevos genes y transcritos importantes durante la fermentación alcohólica en Saccharomyces cerevisiae”. Título de Ingeniero en Biotecnología Molecular, Universidad de Chile. Mayo 2007.

Tomás Norambuena, “Predicción de marcos de lectura abiertos mediante potenciales estadísticos”. Título de Bioquímico, Pontificia Universidad Católica de Chile. Marzo 2007.

Francisco Ossandón, “Clasificación de grupos de riesgo de Cáncer Gástrico según perfil de metilación génica por análisis de clusters”. Título de Bioquímico, Universidad de Chile. (tesis co-dirigida con el Profesor Alejandro Corvalán de la Facultad de Medicina, PUC). Septiembre 2006.

Juanita Larraín, “Análisis de recombinación plasmidial en Ralstonia eutropha JMP134 (pJP4) por presión selectiva en 3-clorobenzoato y 2-metilfenoxiacetato”. Título de Bioquímico, Pontificia Universidad Católica de Chile. (tesis co-dirigida con el Profesor Bernardo González de la Facultad de Ciencias Biológicas, PUC). Agosto 2006.

Evandro Ferrada, “Diseño y evaluación de un nuevo potencial estadístico multidimensional a nivel atómico“. Título de Bioquímico, Pontificia Universidad Católica de Chile. Abril 2006.

Alejandro Panjkovich, “Desarrollo de potenciales estadísticos pliegue-específicos y su aplicación en la evaluación de la calidad de modelos tridimensionales de proteínas en genomas completos”. Título de Bioquímico, Pontificia Universidad Católica de Chile. Enero 2006.

Verónica Martínez, “Estudio de los determinantes estructurales de unión a ATP en Proteínas”. Título de Bioquímico, Pontificia Universidad Católica de Chile. Agosto 2005.

Peter Pollak, “Algoritmos genéticos: comparación de las técnicas de minería de datos. Evaluación de la calidad de estructuras tridimensionales de proteínas”. Título de Ingenierio Civil, Pontificia Universidad Católica de Chile. (memoria co-dirigida con el Profesor Juan Carlos Ferrer de la Facultad de Ciencias de la Ingeniería, PUC. Abril 2005.

GRADUATE (PhD, Master Thesis)

Ongoing

Juan José Cifuentes Huerta, “Estudio de la relación secuencia/estructura/función de la enzima MutS de la vía DNA mismatch repair (MMR). Análisis de los aspectos que determinan su eficiencia diferencial en la reparación de los diversos tipos de bases nitrogenadas mal apareadas”. Programa Doctorado en Ciencias Biológicas, Mención Genética Molecular y Microbiología. Pontificia Universidad Católica de Chile (fecha eventual defensa: acaba de obtener su candidatura a Doctor).

Finished

Felipe Aceituno Flores, “Systemic characterization of the oxygen response of the wine yeast Saccharomyces cerevisiae EC1118 in oenological conditions”. Programa Doctorado en Ciencias Biológicas, Mención Genética Molecular y Microbiología, Pontificia Universidad Católica de Chile. Fecha Defensa: 26 Agosto 2013 (co-tutoría con el Prof. Eduardo Agosín de la Facultad de Ingeniería de la Pontificia Universidad Católica de Chile).

Alex Slater Morales, “Estudio de la relación secuencia-estructura-función del domino catalítico de las polimerasas de ADN”. Programa Doctorado en Ciencias Biológicas, Mención Genética Molecular y Microbiología, Pontificia Universidad Católica de Chile. Fecha Defensa: 20 Junio 2013.

Juan José Cifuentes Huerta, “Estudio de los componentes estructurales que median el proceso de reconocimiento del ADN dañado”, Magíster en Bioquímica y Bioinformática, Universidad de Concepción, 12 Agosto 2011.

Tomás Norambuena Arenas, “Desarrollo de potenciales estadísticos efectivos para el estudio de los determinantes involucrados en el reconocimiento molecular entre ADN y proteínas”, Doctor en Ciencias Biológicas, Mención Genética Molecular y Microbiología, P. Universidad Católica de Chile, 8 Junio 2011.

Fernando Faunes, “Identificación de nuevos genes que participan en el establecimiento del patrón dorso-ventral durante el desarrollo embrionario de Xenopus”. Programa de Doctorado en Ciencias Biológicas, Mención Biología Celular y Molecular, Facultad de Ciencias Biológicas, Pontificia Universidad Católica de Chile. (co-dirección en conjunto con el Dr. Juan Larraín). Octubre 2009

Ismael Vergara, “Construcción de un clasificador óptimo de la calidad de modelos de estructuras tridimensionales de proteínas”. Magíster en Computación, Facultad de Ingeniería, Universidad de Chile. (co-dirección en conjunto con el Dr. Gonzalo Navarro, Departamento de Ciencias de la Computación, Facultad de Ingeniería, Universidad de Chile). Julio 2007.

José Tomás Eterovic, “Diseño óptimo de nuevos microarreglos de ADN con alta sensibilidad y especificidad que permitan la comparación simultánea y cuantitativa de los niveles de expresión de un gran número de genes humanos”. Magíster en Ingeniería, Pontificia Universidad Católica de Chile. (co-dirección en conjunto con el Dr. Yadran Eterovic, Departamento de Ciencias de la Computación, Facultad de Ingeniería, Pontificia Universidad Católica de Chile). Agosto 2006.

Juan Conrads, “Minería de datos: algoritmos Genéticos y su aplicación en la fermentación vínica”. Magíster en Ingeniería, Pontificia Universidad Católica de Chile. (co-dirección en conjunto con el Dr. Alvaro Soto, Departamento de Ciencias de la Computación, Facultad de Ingeniería, Pontificia Universidad Católica de Chile). Noviembre 2004.

Leonardo Almonacid Cárdenas, ""Quasispecies diversity abd its role in the virulence of the human influenza A virus", Doctorado en Ciencias Biológicas, Mención Genética Molecular y Microbiología, P. Universidad Católica de Chile. Co-tutoría Rafael Medina, Facultad de Medicina, Pontificia Universidad Católica de Chile). 9 Enero 2020).

Consuelo Geoffroy Jarpa, “Estudio del rol funcional del segundo dominio HTH en las proteínas MarA y Rob en la determinación de la especificidad y afinidad de unión por ADN”, Doctorado en Ciencias Biológicas, Mención Genética Molecular y Microbiología, Pontificia Universidad Católica de Chile. 3 Marzo 2021.

Fernando Gutiérrez, "Derivando relaciones evolutivas entre las proteínas de cubierta de membrana mediante comparaciones estructurales". Doctorado en Ciencias Biológicas, Mención Genética Molecular y Microbiología, Pontificia Universidad Católica de Chile. 14 Septiembre 2021.

POST-DOCTORAL TRAINING

Ongoing

Gonzalo Riadi, “Prediction and analysis of piRNAs derived from class II mobile elements in Xenopus species genomes”, post-doctorado, Octubre 2012 – Octubre 2014.

Alex Slater Morales, “Caracterización in vitro e in silico de sitios de unión a ADN en factores de transcripción de la familia ARF (Auxin Response Factor) en Arabidopsis thaliana”, post-doctorado, Noviembre 2013 – Noviembre 2016 (co-tutor; tutor Prof. Rodrigo Gutiérrez).

José Miguel Alvarez Herrera, “Mapping transcriptional regulatory networks in response to N in plants”, post-doctorado, Noviembre 2013 – Noviembre 2016 (tutor; co-tutor Prof. Rodrigo Gutiérrez).

Finished

Tomás Norambuena Arenas, “Structure-based consensus DNA binding motif prediction for sequence-based complete genome scanning of transcription factor binding sites”, post-doctorado, Octubre 2011 – Octubre 2013.

Andreas Schueller, “Modeling of protein-DNA interactions by adaptive optimization”, post-doctorado, Diciembre 2010 – Diciembre 2012.

DESARROLLO DE SOFTWARE Y BASES DE DATOS BIOINFORMATICAS

•MOMA2: Software para la comparación flexible y búsqueda eficiente de estructuras de proteínas relacionadas estructuralmente pero altamente divergentes a nivel de secuencia en la base de datos PDB. Libremente disponible bajo solicitud (no publicado aún, artículo en revisión). Autores: Gutiérrez, F., Devos, D. and Melo, F. (artículo en preparación, 2022)

•DrSASA: Software para el cálculo y visualización tridimensional de la superficie de interacciones intra e intermoleculares a nivel atómico. Libremente disponible bajo solicitud. Autores: Ribeiro, J., Ríos-Vera, C. Melo, F. y Schüller, A. (publicado en 2019)

•MOMA: Software para la comparación flexible y búsqueda eficiente de estructuras de proteínas relacionadas estructuralmente pero altamente divergentes a nivel de secuencia en la base de datos PDB. Libremente disponible bajo solicitud. Autores: Gutiérrez, F., Rodriguez, F., Devos, D. and Melo, F. ( publicado 2016)

•DNAVIZ: Software para la visualización tridimensional de las interacciones proteína-ADN. Libremente disponible bajo solicitud. Autores: Ribeiro, J., Schuller, A. y Melo, F. (publicado 2015)

•DNA-3D: Software para el modelado comparativo de la estructura tridimensional de ADN doble hebra. Libremente disponible bajo solicitud (no publicado aún). Autores: Ibarra, I. y Melo, F. (2014)

•TOPSEARCH: Servidor web para la búsqueda y comparación en tiempo real de estructuras de proteínas contra toda la base de datos PDB. Libremente disponible en Internet http://www.came.sbg.ac.at. Autores: Wiederstein, M., Gruber, M., Frank, K., Melo, F. y Sippl, M.J. (2014)

•WEBRASP: Software y servidor web para la evalaución de la calidad y estabilidad de estructuras tridimensionales de ARN. Libremente disponible en Internet http://melolab.org/webrasp. Autores: Norambuena, T., Cares, J.F., Capriotti, E. y Melo, F. (2013)

•STOVCA: Software educativo para el aprendizaje del algoritmo de programación dinámica aplicado al alineamiento de secuencias de proteínas y de ácidos nucleicos. Libremente disponible en Internet http://melolab.org/sat. Autores: Slater, A.W., Castellanos, J., Sippl, M.J. y Melo, F. (2013)

•SAT: Software educativo para el aprendizaje del algoritmo de programación dinámica aplicado al alineamiento de secuencias de proteínas y de ácidos nucleicos. Libremente disponible en Internet http://melolab.org/sat. Autores: Ibarra, I. y Melo, F. (2010)

•PDIdb: Base de datos de interfaces tridimensionales de complejos proteína-ADN. Libremente disponible en Internet http://melolab.org/pdidb. Autores: Norambuena, T. y Melo, F. (2009)

•StAR: Software y servidor web para el análisis estadístico de clasificadores binarios. Libremente disponible en Internet http://melolab.org/star.html. Autores: Vergara, I.A., Norambuena, T., Ferrada, E., Slater, A.W. y Melo, F. (2007)

•SAGExplore versión 1.0: Base de datos y servidor web para la asignación precisa de tags experimentales a genes en levadura. Libremente disponible en Internet http://melolab.org/sagexplore.html. Autores: Norambuena, T., Malig, R. y Melo, F. (2006)

•dnaMATE versión 1.0: Software y servidor web para la predicción en gran escala de la temperatura de hibridización de secuencias cortas de ADN. Libremente disponible en Internet http://melolab.org/tm.html y en versiones compiladas para sistemas Windows, Macintosh y LINUX: Autores: Panjkovich, A., Norambuena, T. y Melo, F. (2004)

•Multiplex-Type: Software para el diseño y selección de partidores de PCR que coamplifiquen de manera específica y eficiente, otorgando un patrón discriminante, una serie de cepas virales o bacterianas altamente homólogas a partir de una mezcla de ADN compleja. Autores: Melo, F. (2004)

•Contact_order: Software para la obtención del orden de contactos (relativos y absolutos) de la estructura tridimensional de una proteína. Autores: Melo, F. (2003)

•Contact_Map: Software para la obtención de mapas de contacto bidimensionales (output gráfico y numérico) entre aminoácidos a partir de la estructura tridimensional de una o más proteínas. Autores: Melo, F. (2003)

•DNA_spider: Software para la predicción de marcos de lectura abiertos (ORFs) a partir de secuencias de ADN genómico. Software para la predicción del marco de lectura correcto (y de la traducción de la secuencia proteica) a partir de secuencias de ESTs. Autores: Melo, F. (2003)

•Multiplex-RT: Software para el diseño y selección de partidores de PCR que coamplifiquen de manera específica y eficiente una serie de genes (transcritos) a partir de ADN complementario total. Autores: Melo, F. (2003)

•Histo, Spectrum: Softwares para la generación automática de miles de histogramas o gráficos de distribución de variables para una serie de datos observados. Libremente disponible en Internet: http://melolab.org/. Autores: Melo, F. (2002)

•Sup2res, Sup2resList: El primero es un software para la superposición óptima en tres dimensiones de dos moléculas según una tabla de equivalencia atómica. El segundo permite realizar la superposición óptima de cientos o miles de moléculas, generando clustering y dendrograma basados en la similitud estructural observada. Libremente disponible en Internet: http://melolab.org/. Autores: Melo, F. (2002)

•GDAR: un software para la obtención (gráfica y numérica) de las distribuciones de todos los ángulos dihedros de cuatro átomos observados en una serie de moléculas a partir de sus coordenadas tridimensionales. Libremente disponible en Internet: http://melolab.org/. Autores: Melo, F. (2002)

•GAR: un software para la obtención (gráfica y numérica) de las distribuciones de todos los ángulos de tres átomos observados en una serie de moléculas a partir de sus coordenadas tridimensionales. Libremente disponible en Internet: http://melolab.org/. Autores: Melo, F. (2002)

•GDR: un software para la obtención (gráfica y numérica) de las distribuciones de todas las distancias interatómicas observadas en una serie de moléculas a partir de sus coordenadas tridimensionales. Libremente disponible en Internet: http://melolab.org/. Autores: Melo, F. (2002)

•ProBiSite: una base de datos con interface www para la obtención de constelaciones tridimensionales de átomos proteicos que forman parte de los sitios de unión en proteínas a diversos ligandos. Libremente disponible en Internet: http://melolab.org/. Autores: Melo, F., Santander, V, y Portales, M.A. (2002)

•Plot3D: un software para la generación de superficies tridimensionales de calidad de publicación a partir de datos numéricos crudos en formato X,Y,Z. Libremente disponible en Internet: http://melolab.org/. Autores: Melo, F. (2001)

•Multiplex-STR: Software para el diseño y selección de partidores de PCR que coamplifiquen de manera específica y eficiente una serie de varios loci de STRs (short tandem repeats) cromosomales a partir de ADN genómico total. Autores: Melo, F. (2000)

•Multiplex: Software para el diseño y selección de partidores de PCR que coamplifiquen de manera específica y eficiente una serie de varios locus cromosomales a partir de ADN genómico total. Autores: Melo, F. (2000)