Microbiology of Acidic Biomes; Population and Community Genomics; Ecophysiology of Extremophiles; Mineral Processing Biotechnologies

Thesis direction:

- Doctorate Thesis

* Dilanaz Arisan. Study of the effect of selection pressure strength (chlirde salt concentrations) in adaptive evolution of the extreme acidophile Igneacidithiobacillus copahuensis. Doctorado en Biotecnología y Bioemprendimiento, Universidad San Sebastián. July 2022 - ongoing.

* Francisco Luciano Issotta Contardo. Estudio eco-evolutivo de comunidades extremófilas inherentes al gradiente ambiental de un sistema hídrico acídico de origen volcánico en el Norte de Patagonia. Doctorado en Biotecnología, Universidad Nacional Andrés Bello. Completed, 2021.

* Ana Rosa Moya Beltrán. Caracterización del pangenoma de los Acidithiobacillus: contribución del complemento génico esencial y accesorio a la diversificación y evolución del taxón. Doctorado en Biotecnología, Universidad Nacional Andrés Bello. Completed, 2020.

* Paulo Cesar Covarrubias Pizarro. Tipificación y caracterización genómica y morfológica de virus microbianos presentes en econichos de biolixiviación. Doctorado en Biociencias Moleculares, Universidad Andrés Bello. Completed, 2019.

* Rodrigo Andrés Flores Ríos. Caracterización del sistema TRA de Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 y su papel en la transferencia conjugativa del ICEAfe1. Doctorado en Microbiología, Universidad de Santiago de Chile. Completed, 2018.

* Juan Pablo Cárdenas Astudillo. Estudio genómico-comparativo de la respuesta a estrés oxidativo en microorganismos acidófilos: modelos de función, regulación y evolución. Doctorado en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. Completed, 2015.

* Mauricio Arenas. Estudio de las propiedades estructurales del regulador transcripcional FUR de Acidithiobacillus ferrooxidans. Doctorado en Biotecnología, Universidad Nacional Andrés Bello. Completed, 2014.

* Lillian Acuña. Caracterización del Sistema de Inmunidad CRISPR/Cas en Acidithiobacillus caldus. Doctorado en Ciencias Biomédicas, Universidad Andrés Bello. Completed, 2013.

- Masters Thesis:

* Abraham Isaac Zapata Araya. Análisis de la abundancia y variabilidad genética de las poblaciones virales dominantes distribuidas a lo largo del sistema hidrogeotermal acídico Copahue-Caviahue-ChanchoCço usando estrategias metagenómicas. Magíster en Biomedicina Molecular, Universidad San Sebastián. Marzo 2022 - ongoing.

* Stefano Bueno Rossoni. Caracterización del vesículas secretorias de bacterias del género Acidithiobacillus. Magíster en Biotecnología, Universidad Nacional Andrés Bello. Completed, 2020.

* Cesar Manuel Valenzuela Alegría. Caracterización del plasmidoma de bacterias del género Acidithiobacillus. Magíster en Biotecnología, Universidad Nacional Andrés Bello. Completed, 2020.

* Karina Cordero Fernández. Análisis transcriptómico en un modelo de agregación de la proteína TDP-43. Magíster en Biotecnología, Universidad Nacional Andrés Bello. Completed, 2020. Co-tutor.

* Victor Andrés Alegría Mera. Papel del regulador transcripcional Saci1223 sobre la expresión de genes asociados a procesos de producción y conversión de energía en la arquea termoacidófila Sulfolobus acidocaldarius durante la formación de biopelículas. Magíster en Biotecnología, Universidad Nacional Andrés Bello. Completed, 2017. Co-tutor.

* Cristian Silva Fernandez. Mecanismos de inmunidad adquirida en Acidithiobacilli. Magíster en Biotecnología, Universidad Nacional Andrés Bello. Completed, 2011.

* Cristopher Andrés Oporto Alarcón. Estudio de métricas para clustering en redes de asociación funcional de proteínas para genomas microbianos. Magíster en Ingeniería Civil Informática, Universidad de Santago de Chile. Completed, 2009.

- Undergraduate Thesis:

* Abraham Isaac Zapata Araya. Análisis de la diversidad viral asociada a comunidades microbianas extremófilas hidrotermales del complejo volcánico Copahue usando estrategias metagenómicas. Pregrado en Bioquímica, Universidad San Sebastián. Completed, 2021.

* Ivette Natalia Olave Orellana. Estudio de cepas acidófilas mesotermófilas tipo Acidithiobacillus caldus aisladas del sistema geotermal acídico Copahue-Caviahue y su tolerancia a iones cloruro. Ingeniería en Biotecnología, Universidad Mayor. Completed, 2019.

* Yazna Tapia Cisternas. Estudio de los mecanismos de resistencia a cadmio en el genero Acidithiobacillus y propuesta de diseño de vector plasmidial potencialmente útil en la construcción de biosensores de cadmio aplicables a la minería. Ingeniería Civil en Biotecnología, Universidad San Sebastián. Completed, 2018.

* Rodolfo Alfredo Gomez Salinas. Contribución del complemento génico flexible al fitness biologico y la competitividad de bacterias del linaje 3 del genero Acidithiobacillus. Ingeniería Civil en Biotecnología, Universidad San Sebastián. Completed, 2018.

* Fernanda Sazo Pradenas. Análisis de la diversidad genómica a nivel intra-específico de bacteria acidófila y principal modelo en biominería, Acidithiobacillus ferrooxidans. Ingeniería en Biotecnología, Universidad Tecnológica Metropolitana. Frozen.

* María Ignacia von Unger. Estudio de los elementos integrativos conjugativos tipo 2 presentes en distintas cepas de Acidithiobacillus caldus, y su contribución a la formación de biopeliculas, desde una perspectiva transcripcional. Ingeniería en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. Completed, 2016.

* María Isabel Yanquepe. Desarrollo de un pipeline integrativo para la identificación de elementos genéticos móviles en genomas microbianos. Ingeniería en Bioinformática, Universidad de Talca. Completed, September 2014.

* Francisco Luciano Issotta Contardo. Benchmarking de los métodos vigentes de asignación taxonómica y ensamblado de secuencias cortas utilizando metagenomas microbianos y virales sintéticos. Ingeniería en Bioinformática, Universidad de Talca. Completed, 2014.

* Ana Rosa Moya Beltrán. Análisis comparativo de metagenomas microbianos de ecosistemas acídicos y exploración del potencial metabólico común y diferencial. Ingeniería en Bioinformática, Universidad de Talca. Completed, 2014.

* Alfredo Hernán Monsalve Bustos. Análisis ecofisiológico del pangenoma de bacterias de biolixiviación del género Sulfobacillus spp. Pregrado en Ingeniería en Biotecnología, Universidad de Santiago de Chile. Completed, 2013.

* Pablo Tapia Salinas. Identificación y caracterización de un profago presente en el genoma de Acidithiobacillus caldus ATCC 51756. Pregrado en Bioquímica, Pontifícia Universidad Católica de Valparaíso. Completed, 2012

* Juan José Haristoy Lagos. Análisis genómico y funcional de plasmidos cripticos presentes en el genoma de Acidithiobacillus caldus ATCC 51756. Pregrado en Bioquímica, Pontifícia Universidad Católica de Chile. Completed, 2012

* David Loyola. Determinación de cambios en el perfil transcripcional de Escherichia coli expuesta a telurito/cefotaxima utilizando microarreglos de DNA. Pregrado en Ingeniería en Bioinformática, Universidad de Talca. October 2011. Co-advisor.

* Pamela Nieto Pacheco. La unión Fur:DNA in vivo y el efecto de su regulación transcripcional en Acidithiobacillus ferrooxidans. Pregrado en Bioquímica, Universidad de Chile. Completed, 2009. Co-advisor.

* Jorge Herrera. Unión de grupo hemo al regulador Fur de Acidithiobacillus ferrooxidans. Pregrado en Bioquímica, Universidad Católica de Chile. Completed, 2007. Co-advisor.

Teaching:

Doctorate Training:
- Advanced Molecular Microbiologyand Virology (B005), Doctorate Program in Immunology and Microbiology; Doctorate Program in Biotechnology and Bioentrepreneurship, Universidad San Sebastián, Santiago, Chile. Responsible
- Ecology of the Microbiome (ELEDRBI01), Doctorate Program in Immunology and Microbiology; Doctorate Program in Biotechnology and Bioentrepreneurship, Universidad San Sebastián, Santiago, Chile. Responsible
- Programable nucleases and genome editing Class, Biotecnología: Aplicaciones y oportunidades de Negocio en Chile y el Mundo Course (BIO 511), PhD. Program in Biotechnology, Universidad Nacional Andrés Bello. Guest lecturer
- Transcriptomics Class, Bioinformatics and Genome Biology Course (BIO 502) course, PhD. Program in Biotechnology, Universidad Nacional Andrés Bello. Guest lecturer

Undergraduate Training:
- Genomics and Proteomics (BIOQ1032), Undergraduate Program in Biochemistry, Universidad San Sebastián. Responsible
- Molecular Microbiology (BIOQ1046), Undergraduate Program in Biochemistry, Universidad San Sebastián. Collaborator
- Introduction to transcriptomics Class, Genetic Engineering and Biotechnology Course (BIT 230), Undergraduate Program in Biomedical Sciences, Universidad Nacional Andrés Bello. Guest lecturer
- Metabolic Reconstruction Class, Biotechnology of enzymes and metabolic pathways Course, Undergraduate Program in Biotechnology, Universidad de Chile. Guest lecturer

2022 June
Participant in the Exploradores: del átomo al cosmos, TV capsules.
Brief interview on the scientific activities of the Microbial Ecophysiology Lab. Produced by Pablo Rosenblatt to be broadcasted by TVN´s Canal 24 Horas during the 2nd semester of 2022.

2020 October-to date.
Microalucinante, TV capsules.
Animated series for school children produced by Pablo Rosenblatt, to be broadcasted during 2021. Production stage.
Funding: ANID ICM NCN17_093; Fondecyt 1181251

2020 May
Campo de géiseres El Tatio, el laboratorio geotérmico más alto del mundo para conocer virus.
Brief interview by Lorenzo Palma, Ciencia en Chile, on the scientific activities taking place under the context of
Fondecyt project 1190998.
Available at: https://www.cienciaenchile.cl/campo-de-geiseres-el-tatio-el-laboratorio-geotermico-mas-alto-delmundo-
para-conocer-virus/

2018 July
Participant in the Exploradores: del átomo al cosmos, TV capsules.
Brief interview on the scientific activities of the Microbial Ecophysiology Lab. Produced by Pablo Rosenblatt to be broadcasted by TVN´s Canal 24 Horas during the 2nd semester of 2018.

2018 January
Scientific advisor in the ongoing production of “LocosLab”.
Animated series for school children produced by DinoGorila (www.dinogorila.com) on diverse contingent scientific topics, including the revolutionary genomic edition tool, CRISPR/Cas9.

2016 August
Participant in the Ciencia para Todos, TV capsules.
Brief interview on the scientific activities of the Microbial Ecophysiology Lab. Produced by Pablo Rosenblatt and broadcasted by TVN´s Canal 24 Horas during the 1st semester of 2017. Available at: https://www.youtube.com/watch?v=XfC6LlQTrWo&feature=youtu.be

2014 September
Scientific advisor in the production of Píldoras Científicas “Ursi y Magnogeek, Exploradores de Otro Mundo”, Temporada 2.
Six aimed videos for school-aged children were developed by Fundación Ciencia & Vida and Imago Productions as part of a series about microbial extremophiles and earth sciences.
These videos were sponsored by Explora Conicyt and the Consejo Nacional de Televisión (CNTV) and are publicly available at Novasur.
www.novasur.cl/videos/el-inicio-del-viaje
www.novasur.cl/videos/avalancha
www.novasur.cl/videos/sofocante-aventura
www.novasur.cl/videos/congeladamente-vivos
www.novasur.cl/videos/profusas-profundidades
www.novasur.cl/videos/perdidos-por-accidente
Author: Ulisse-Luz C
Creator: Rosemblat-Bono I
Science advisors: Quatrini R; Herve Allamand F
Funding: EPA20036