Computational Biology, Bioinformatics, Molecular Modeling, Molecular Simulations, Agent Based Modeling, Rule Based Modeling, Stochastic Modeling, High Performance Computing, Network Theory, Machine Learning, Artificial Intelligence, Biophysics

GRADUATE THESES TUTORSHIP
1. Calixto Dominguez Portilla. “Estudio de la regulación transcripcional activada por el morfógeno Dpp durante la
formación del ectodermo dorsal en Drosophila melanogaster”. Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad Andrés
Bello. Ph D. program in Biotechnology. (CONICYT fellowship) (2009-2013)
2. Angel Gonzalez Wong. “Estudio de los Micro-Dominios Funcionales e Interacción con Ligandos en Receptores
Acoplados a Proteínas G (Gpcrs) Mediante Herramientas Bioinformáticas”. Facultad de Ciencias Biológicas,
Universidad Andrés Bello. Ph D. program in Biotechnology. (CONICYT fellowship) (2009 – 2012)
3. Carlos Lagos Arévalo. “Diseño Asistido por Computadora, Síntesis y Evaluación Biológica de Nuevos Inhibidores de
Calpaína 2”. Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad Andrés Bello. Ph D. program in Biotechnology. (CONICYT
fellowship) (2010 – 2014)
4. Raul Araya Secchi. “Caracterización de Fenómenos de Transporte Molecular Pasivo en Proteínas Trans-membrana:
Aplicaciones de Modelamiento y Simulación Molecular en Acuaporinas y Conexinas”. Facultad de Ciencias Biológicas,
Universidad Andrés Bello. Ph D. program in Biotechnology. (CONICYT fellowship) (2010 – 2013)
5. Francisco Muñoz. “Uniaxial Magnetic Anisotropy Energy of Fe Wires Embedded in Carbon Nanotubes”. Facultad de
Física. P. Universidad Católica de Chile. Ph D. program in Theoretical Physics. Thesis Co-director (CONICYT
fellowship) (2006 – 2009)
6. Fernando Abarca Flores. “Predicción de estructura y simulación molecular de la lipoproteína Licanantasa de la cepa
Licanantay: Acidithiobacillus thiooxidans DSM 17318”. Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas, Universidad
de Chile. Master Program in Biochemistry. (2011 – 2012)
7. Sebastián Gutierrez Maldonado. Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad Andrés Bello. Ph D. program in
Biotechnology. (CONICYT fellowship) (2013-2017)

UNDERGRADUATE THESES TUTORSHIP
1. Gladys Silvana Navarro Cornejo. “Metodologías de Identificación de Zonas Hidrofóbicas Superficiales en Proteínas”.
Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas, Universidad de Chile. Programa de Ingeniería Civil en Biotecnología
(2005). In co-tutorship with Dr. Juan Asenjo (FCFM, Universidad de Chile)
2. Carlos Lagos Arévalo. “Diseño Racional de Fármacos Basado en Estructura: Aplicaciones Bioinformáticas para el
Desarrollo de Inhibidores Peptidomiméticos de la Proteasa Calpaína 2”. Facultad de Química, Pontificia Universidad
Católica de Chile. Programa de Química y Farmacia (2005)
3. Leonardo Sepulveda Durán. “”Estudio de Dinámica Molecular con Solvente Implícito de la Influencia de la Interfase de
Interacción entre los Dominios de la Proteína FTSZ en la Estabilidad y Plegamiento”. Facultad de Ciencias Químicas y
Farmaceúticas, Universidad de Chile. Programa de Bioquímica (2007)
4. José Antonio Gárate Chateau. “Un Rol para la Dinámica Molecular en el Modelado de Macromoléculas Biológicas”.
Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Programa de Ingeniería en Biotecnología Molecular (2007)
5. José Antonio Barros Poblete. “A Maximum Entropy Approach for the inference of the gene interaction network that
underlies the response to salt stress in Arabidopsis thaliana”. Facultad de Ciencias Biológicas, P. Universidad Católica
de Chile. Programa de Bioquímica (2008).
6. Jorge Cantero. “Comportamiento de Membranas sobre Superficies Sólidas”. Facultad de Ciencias Biológicas, P.
Universidad Católica de Chile. Programa de Bioquímica (2009).
7. Cesar Ravello Serrano. “Hacia el Genóma Semántico”. Facultad de Ciencias Biológicas, P. Universidad Católica de
Chile. Programa de Bioquímica. Thesis director Cesar Ravello (2009).
8. Sebastián Gutierrez Maldonado. “Ordenamiento Molecular de Dotriacontano (C32) Sostenido sobre Superficies de
SiO2”. Facultad de Ciencias Biológicas, P. Universidad Católica de Chile. Programa de Bioquímica (2012).
9. Sebastián Flores Juica. “Modelamiento, Estudio y Caracterización Molecular de la Aquaporina AqpF de Acitidiobacilus
ferroxidans”. Facultad de Ciencias Biológicas, P. Universidad Católica de Chile. Programa de Bioquímica. Thesis
director Sebastian Flores (2012).
10. Ignacio Fuenzalida. “PISKA: a Parallel Implementation of Spatial Kappa”. Universidad Técnica Federico Santa María.
Programa de Ingeniería Civil Informática (2014).
11. Annabella Carvajal. “CONAN: Una herramienta para el studio de redes complejas”. Universidad Tecnológica
Metropolitana. Programa de Ingeniería en Computación (2014).

Mención en los medios (10)
1) Las Ultimas Noticias (National Newspaper). Reportaje “Científico explica como sería un ataque Zombi en Santiago”. 18/10/2012. (http://goo.gl/iH9JZe)
2) La Tercera (National Newspaper). Reportaje en suplemento Tendencias “Cinco temas que la ciencia chilena tiene pendientes”. 04/04/2015. (http://goo.gl/xSC0Br)
3) El Mostrador (Web Newspaper). Reportaje “Científico chileno crea modelo matemático para predecir comportamiento humano ante catástrofes y ataques zombie”. 15/10/2015. (http://goo.gl/PqLpo0)
4) Revista Qué Pasa. Reportaje “La vida en una ecuación”. 23/10/2015. (http://goo.gl/QV5lPZ)
5) Radio Cooperativa. Entrevista “Los nuevos desafíos científicos”. 20/07/2014. (http://goo.gl/7K9teu)
6) Radio Cooperativa. Entrevista “Videojuegos Científicos”. 15/03/2013. (http://goo.gl/c045Z8)
7) Radio Duna. Entrevista “Mirando al futuro de la Biotecnología”. 17/11/2015. (http://goo.gl/ZQEzMT)
8) Diario La Nación (Argentina). Reportaje “La ciencia necesita más poder de cómputo”. 05/05/2012 (http://goo.gl/H5B0nV)
9) Diario El Mercurio. Reportaje “Debaten la utilidad de los videojuegos para evitar el deterioro cognitivo de los mayores”. 03/12/2014. (http://goo.gl/IOaljs)
10) Programa Conecta2 de TVN (Señal Internacional). Entrevista “Aplicaciones computacionales para estudiar el comportamiento humano frente a catástrofes”. 25/11/2015 (https://goo.gl/hs0pII)
11)

Actividades de proyección al medio externo (4)
1) Charla en Miércoles en la Academia. “Ataque Zombie: el pánico como alteración de la conciencia”. Programa Explora de CONICYT. Viernes 08/02/2013. (https://youtu.be/T6LbN-N4cjg)
2) Presentador en panel Café Científico. “¿Están las nuevas tecnologías cambiando nuestro cerebro?”. Programa Explora de CONICYT. Miércoles 06/08/2014. (https://youtu.be/rL_8s9emXI8)
3) Charla “Video-games for science: The quest for the lost tool”. Primer Laboratorio de Video Juegos Científicos. 13 al 15 de Marzo 2013. Centro Cultural La Moneda. Palacio de la Moneda, Santiago, Chile.
4) Presentador del capítulo “Belleza” de la serie “Neuromantes: exploradores de la vida” del Centro Interdisciplinario de Neurociencias de Valparaíso. Programa Explora de CONICYT. (http://youtu.be/y_n-iPflpvA)