Man

Carlos Alejandro Farkas Pool

PostDoctoral Fellow

University of Manitoba

Winnipeg, Canada

Líneas de Investigación


Dedico mi investigación a la genética y genómica de mamíferos, con énfasis en desarrollar programas computacionales que ayudan a estudiar la expresión génica y/o mutaciones en cáncer desde una perspectiva multiómica.

Educación

  •  Bioingeniero, UNIVERSIDAD DE CONCEPCION. Chile, 2012
  •  Doctorado en Ciencias Biológicas Área Biología Celular y Molecular (Especializado en Genomica)), UNIVERSIDAD DE CONCEPCION. Chile, 2018

Experiencia Académica

  •   Ayudante de Bioquímica para Bioingeniería, Medicina, Ingeniería Ambiental y Obstetricia y Puericultura Other

    UNIVERSIDAD DE CONCEPCION

    Ciencias Biológicas

    Concepción, Chile

    2013 - 2017

  •   Profesor Ayudante de Bioinformática para Magíster en Bioquímica y Bioinformática Other

    UNIVERSIDAD DE CONCEPCION

    Ciencias Biológicas

    Concepción, Chile

    2016 - 2016

Experiencia Profesional

  •   Bioinformático Full Time

    UNIVERSIDAD TECNOLÓGICA METROPOLITANA UTEM

    Santiago de Chile, Chile

    2018 - 2019

  •   Bioinformático y asistente de investigación Part Time

    UNIVERSIDAD DE CONCEPCIÓN

    Concepción, Chile

    2019 - 2019

Formación de Capital Humano


Doctorado en Ciencias Biológicas, mención en Biología Molecular y Celular
Abril 2013- Julio 2019

Desarrollé mi tesis doctoral en un transcurso de 6 años en el Laboratorio de transducción de señales, Departamento de Biología Molecular de la Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad de Concepción, Chile, a cargo de la Dra. Roxana Pincheira. Mi tesis de doctorado se tituló “Identificación de blancos transcripcionales de Sall2” y mi trabajo consistió en: i) la obtención y mantención de fibroblastos embrionarios de ratón deficientes o no para el factor de transcripción Sall2 y la caracterización de la expresión génica dependiente de Sall2 mediante RNA-seq, ii) el desarrollo de una herramienta bioinformática para el análisis de la introgresión genética en genomas de mamíferos, con enfoque en la supervisión de modelos murinos genéticamente modificados, iii) la generación de células humanas deficientes de SALL2 y análisis de secuenciaciones masivas de inmunoprecipitación de cromatina de SALL2 humano, iv) generación de manuscritos y v) asistencia a congresos nacionales e internacionales (detallados en el CV). Además, durante el año 2015, realicé una estadía de un mes en Huck Institutes of the Life Sciences, de Penn State University, USA, a cargo de la Dra. Makova, donde ejecuté el análisis informático de los resultados obtenidos por el RNA-seq. Paralelamente, participé activamente como colaborador docente de los ramos de Biología molecular y Bioquímica para alumnos de pregrado y docente auxiliar de Bioinformática para alumnos de magíster de la Universidad de Concepción. Finalmente, incentivado por expandir el conocimiento a la comunidad no científica, participé de charlas, cafés científicos, proyectos EXPLORA y ONGs.

Postdoctorado
Marzo 2020- Agosto 2021

Realicé mi postdoctorado en Research Institute in Oncology and Hematology, CancerCare Manitoba, Winnipeg, Canadá, bajo la supervisión del Dr. Jody Haigh. En el transcurso de un año y medio, y motivado por la situación pandémica actual, desarrollé dos temas paralelos titulados como “Rol de Zeb1/2 en la progresión de Leucemia Mieloide Aguda (LMA)” y “Mejora de las pruebas basadas en Q-RT-PCR para COVID-19 mediante el seguimiento de variantes virales”.
Las responsabilidades y quehaceres como postdoctorando incluyeron: (i) ejecutar experimentos de biología molecular relacionados al desarrollo y transformación de células sanguíneas que comúnmente precede a la LMA, (ii) proveer soporte bioinformático para analizar e interpretar datos de RNA-seq y ChIP generados en el laboratorio del Dr. Jody Haigh, y también en colaboración con otros laboratorios de Cancer Care Manitoba, (iii) ensamblar un clúster de cómputo, (iv) asistir en el entrenamiento de alumnos de pregrado y postgrado, (v) escribir proyectos de subvención y publicaciones y (vi) postular continuamente a becas locales y agencias de financiamiento (becas de postdoctorado y de innovación empresarial). El aprendizaje concerniente a la postulación a becas y concursos internacionales, el desarrollo de redes de contacto con investigadores en el extranjero y las publicaciones generadas durante la estadía en el laboratorio del Dr. Jody Haigh permiten clasificar mi postdoctorado como edificante.


Premios y Distinciones

  •   Mejor presentación de panel en el cuarto congreso interno de la Facultad de Ciencias Biológicas, "Poster Day 2018" realizado en la Universidad de Concepción.

    UNIVERSIDAD DE CONCEPCION

    Chile, 2018

    Presentación de mi trabajo doctoral sobre el método computacional diseñado para capturar introgresión genética de subcepas murinas en Modelos Murino Geneticamente Modificados

  •   Improving Q-RT-PCR screening for COVID-19 by tracking viral variants, Grant Clinical Research Project

    UNIVERSITY OF MANITOBA

    Canada, 2020

    This project will extend on our labs initial findings that current q-RT-PCR based screening strategies for COVID-19 patients can fall within variant regions of the SARS-CoV2 viral sequence and may potentially lead to false negative results. This project, in collaboration with BioXplor will lead to the development of online bioinformatics tool that will allow tracking of viral mutations as they evolve as well as optimal primer design for testing assays that avoid hotspot mutations leading to more robust and accurate patients screening. BioXplor will then assist in the dissemination of these user-friendly bioinformatics tools to the greater COVID-19 research community in both Industry and Academia that are manufacturing COVID-19 test kits.

  •   Targeting of Zeb1 and Zeb2 to impair leukemic stem cells development and discover novel therapeutic targets for treatment of acute myeloid leukemia (AML).

    CancerCare Manitoba Foundation

    Chile, 2021

    Acute myeloid leukemia (AML) is the most common type of blood caner in adults. Despite advances in treatment regimens, the 5-year overall survival rate is only 24%. One reason that AML are so difficult to cure is that current therapies are targeted against the bulk of the blood cancer cells, but often miss the leukemia stem cells (LSCs) that contribute significantly to disease relapse after treatment. Thus, new approaches targeting LSC cells are needed in AML. The Haigh laboratory has been studying the role of Zeb1 and Zeb2 transcription factors, proteins that controls the expression of different genes involved in controlling cancer cell polarity and cell-cell adhesion properties, allowing cancer cells to spread. They demonstrated that Zeb1/2 are important for the formation of several blood cell lineages, by repressing several genes involved in the maintenance and differentiation of hematopoietic stem cells, primordial blood cells that give rise to all blood cell lineages in a process called hematopoiesis. Now we want to understand the role of Zeb1/2 in the maintenance and differentiation of LSCs. In this project we aim to obtain murine LSC and will delete Zeb1/2, to investigate their roles in aspects LSC formation. By using a combination of next generation sequencing technologies, we will identify key unique/common Zeb1/2 targets that play roles in blood cell transformation. For these newly discovered genes, we will select “druggable” protein targets for treatment of AML in vivo in subsequent future studies. Overall, due to their importance in hematopoiesis, we hypothesized that early and combined deletion of Zeb1/2 in a common mouse model of AML will impair the disease by interrupting LSC development, unraveling novel therapeutic opportunities to target this aggressive malignancy and improve current AML treatment regimes.


 

Article (13)

A novel SARS-CoV-2 viral sequence bioinformatic pipeline has found genetic evidence that the viral 3’ untranslated region (UTR) is evolving and generating increased viral diversity.
Characterization of SALL2 Gene Isoforms and Targets Across Cell Types Reveals Highly Conserved Networks
The FGF2-induced tanycyte proliferation involves a connexin 43 hemichannel/purinergic-dependent pathway
Complete Genome Sequence of Rhodococcus ruber R1, a Novel Strain Showing a Broad Catabolic Potential toward Lignin-Derived Aromatics
Draft Genome Sequences of Two Pseudomonas Strains That Are Able To Use Furan Derivatives as Their Sole Carbon Source
Insights on early mutational events in SARS-CoV-2 virus reveal founder effects across geographical regions
DISC1 promotes translation maintenance during sodium arsenite-induced oxidative stress
Streamlined computational pipeline for genetic background characterization of genetically engineered mice based on next generation sequencing data
A Trichostatin A (TSA)/Spl-mediated mechanism for the regulation of SALL2 tumor suppressor in Jurkat T cells
SALL2 represses cyclins D1 and E1 expression and restrains G1/S cell cycle transition and cancer-related phenotypes
Developmental SALL2 transcription factor: a new player in cancer
Sall2 is required for proapoptotic Noxa expression and genotoxic stress-induced apoptosis by doxorubicin
Wild Type p53 Transcriptionally Represses the SALL2 Transcription Factor under Genotoxic Stress

Abstract (2)

The Sall2 transcription factor is involved in cellular stress responses
p53 transcriptionally represses the SALL2 transcription factor under genotoxic stress.
15
Carlos Farkas

PostDoctoral Fellow

CancerCare Manitoba

University of Manitoba

Winnipeg, Canada

11
Ariel Castro

Full Professor

Department of Biochemistry and Molecular Biology

UNIVERSIDAD DE CONCEPCION

concepciòn, Chile

8
Roxana Pincheira

Associate Professor

Bioquímica y Biología Celular

Universidad de Concepcion

Concepción, Chile

5
Matias Hepp

Profesor asistente - Investigador

Ciencias Basicas

universidad catolica de la santisima concepcion

Concepcion, Chile

3
María García

Profesor Titular

Biología Celular

UNIVERSIDAD DE CONCEPCIÓN

Concepción, Chile

2
Danilo Pérez

Investigador

Programa Institucional de Fomento a la Investigación, Desarrollo e Innovación

UNIVERSIDAD TECNOLÓGICA METROPOLITANA

Santiago, Chile

2
Raúl Donoso

Investigador postdoctoral

PIDi

Universidad Tecnológica Metropolitana

Santiago, Chile

1
Michael Seeger

Full Professor

Chemistry

UNIVERSIDAD TÉCNICA FEDERICO SANTA MARÍA

Valparaíso, Chile

1
Sebastián Riquelme

Estudiante doctorado

Virología

Universidad de Chile

Santiago, Chile

1
Roberto Durán

Investigador (Programa Asistentes Científicos)

Departamento de Química

Universidad Técnica Federico Santa María

Valparaíso, Chile

1
Roberto Elizondo

Profesor Asistente

Departamento de Biología Celular

Universidad de Concepción

CONCEPCION, Chile

1
José Gutiérrez

Profesor Asociado

Bioquímica y Biología Molecular

UNIVERSIDAD DE CONCEPCIÓN

Concepción, Chile

1
Ricardo Soto

PROFESOR ASOCIADO

FACULTAD DE MEDICINA

UNIVERSIDAD DE CHILE

SANTIAGO, Chile

1
Boris Rebolledo

Researcher

Center for Genetics and Genomics

Universidad del Desarrollo

Santiago, Chile

1
Maria Barria

Investigador, Associate Professor

Universidad San Sebastián

Puerto Montt, Chile

1
Viviana Hermosilla

Colaborador Docente

Departamento de Bioquímica y Biología Molecular

Universidad de Concepción

Concepción, Chile

1
Jose Garrido

Investigador asesor, part time

Universidad San Sebastián

Puerto Montt, Chile

1
Patricio Órdenes

Docente

Facultad de Ciencias de la Salud

Universidad San Sebastián

Concepción, Chile

1
Antonia Recabal

Docente

Universidad Católica de la Santisima Concepción

Concepción, Chile