Fitoplancton eucarionte en Antartica; Ecologia quimica de sintesis de toxinas marinas; Metagenomica de sistemas simbiontes en ambientes extremos

Post-doctoral:
2014-2015: Consuelo Gazítua, Postdoctoral training, U. Mayor, finished
2019-202: Catherine Gerikas, “Micro-diversity within bi-polar eukaryotic picoplankton.” Proyecto Conicyt- Fondecyt Postdoctorado Nº 3190827.
2022-2024: Leslie Daille, “Effect of bacterial small non-coding RNA in regulation of host-miicrobe interactions in Antarctic sponges.” Proyecto ANID- Fondecyt Postdoctorado Nº 32220873.
2024-2026: Oscar Huanel “Seaweed farming: Evaluating the role of the microbial community in the success of the pelillo (Gracilaria chilensis) in soft-bottom farms.” Proyecto ANID- Fondecyt Postdoctorado Nº 3240090.

Graduate:
2020, Mario Moreno, “Functional potential in microorganisms associated with Antarctic sponges, assessing the particular signatures for this ecosystem.” Programa de Doctorado en Genómica Integrativa, Universidad Mayor.
2023, Mariela Guajardo, “Mechanisms of adaptation in members of the Thalassiosirales. Programa de Doctorado en Genómica Integrativa, Universidad Mayor.

Undergraduate:
2024: Philippe Lousteau, Tesis para optar al tíitulo de Biotecnólogo. Universidad Mayor. Tutora.
2018: Felipe Morales, Biotechnology undergraduate thesis, U. Antofagasta, finished
2016: Génesis Parada, Biotechnology undergraduate thesis, U. Mayor, finished
2014: Rodrigo Zilleruelo, Marine Biology undergraduate thesis, P. Universidad Católica de Chile, finished
2014: Susana Rodríguez-Marconi, Marine Biology undergraduate thesis, P. Universidad Católica de Chile, finished
2013: Mario Moreno Pino, Biotechnology undergraduate thesis, Universidad Santo Tomás, finished
2013: Claudia Egas, Biochemistry undergraduate thesis, P. Universidad Católica de Chile, finished
2011: Esteban Orellana, Biology undergraduate thesis, P. Universidad Católica de Chile, finished

Conferencias y plenarias
1. Trefault, N., Krock, B., Perez, B., Delherbe, N., Mujica, J.F., Fuentealba, M. y Vasquez, M. 2009. Analysis of lipophilic marine toxins and PSP-toxin producing species in phytoplankton from the south eastern Pacific, Chile. Conferencia de incorporación a la Sociedad de Microbiología de Chile. XXXI Congreso Chileno de Microbiología e Inmunología. Santa Cruz, Chile.
2. Trefault., N. 2014. Diversidad microbiana en ecosistemas marinos Antárticos: desde la vida libre a la vida en asociación. Conferencista en Coloquios de la Sociedad de Microbiología de Chile. Concepción, Chile.
3. Trefault, N. 2017. Functional metagenomics of microbial communities associated to Antarctic sponges: diversity and functionality across the three domains of life in a poorly explored ecosystem. Conferencista invitado Simposio Antarctic microbial ecology. XXXIX Congreso Chileno de Microbiología. La Serena, Chile.
4. Trefault, N. 2018. Diversidad y potencial funcional en simbiontes de esponjas Antárticas: desde los genomas al ecosistema. XXXV Congreso Nacional de Estudiantes de Bioquímica y Carreras Afines. Conferencista invitado Plenaria Ciencia Antártica. Universidad de Santiago de Chile, Santiago, Chile.
5. Trefault, N. 2018. Microbial communities from Antarctic coastal waters through the metagenomic glass: dynamics and functions of plankton in a threatened and changing environment. Organizador y conferencista Simposio Omic perspectives in microbial oceanography. XXIV Congreso Latinoamericano de Microbiología, ALAM 2018. Santiago, Chile.
6. Trefault, N. 2022. Simbiosis en ambientes extremos y el microbioma de las esponjas antárticas. Conferencista invitado. 1era Reunión Anual Sociedad Chilena de Bioinformática. Santiago, Chile

Particcipación en congresos
1. Clément, P., Manzano, M., Trefault, N., De la Iglesia, R., Pieper, D.H. y González, B. 2000. Efecto del reordenamiento de de genes tfd en el catabolismo de cloroaromáticos en Ralstonia eutropha JMP134. XXIII Reunión Anual de la Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile. Viña del Mar, Chile. Presentación de panel.
2. Trefault, N., Manzano, M., Clément, P., y González, B. 2001. Integration effect of the catabolic plasmid pJP4 in Ralstonia eutropha JMP134. XLIV Reunión Anual Sociedad de Biología de Chile. Pucón, Chile. Presentación oral.
3. Trefault, N., De la Iglesia, R., Ledger, T., Manzano, M., Molina, A.M., Pérez- Pantoja, D., Sánchez, M.A., Stuardo, M. y González, B. 2002. Complete sequence and annotation of the Ralstonia eutropha JMP134 catabolic plasmid pJP4. XXIV Congreso Chileno de Microbiología. Punta de Tralca, Chile. Presentación oral.
4. González, B., De la Iglesia, R., Ledger, T., Manzano, M., Molina, A.M., Pérez-Pantoja, D., Sánchez, M.A., Stuardo, M. y Trefault, N. 2003. Role of the catabolic plasmid pJP4 in the performance of the versatile pollutant degrading bacteria Ralstonia eutropha JMP134(pJP4): new insights from the complete sequence and annotation of pJP4. Gordon Conference, USA. Presentación oral.
5. Trefault, N., Manzano, M. y González, B. 2003. Functionality of tfd transcriptional gene regulators in Rasltonia eutropha JMP134 (pJP4). XXV Congreso Chileno de Microbiología. Antofagasta, Chile. Presentación de panel.
6. Trefault, N., Herrera, J., Pérez-Bollweg, H. y González, B. 2004. The transcriptional regulator tfdT modulates degradation of 2,4-diclhorophenoxiacetate and 3-chlorobenzoate in Ralstonia eutropha JMP134(pJP4). XXVI Congreso Chileno de Microbiología. Valparaíso, Chile. Presentación oral.
7. Trefault, N., Pérez-Bollweg, H. & González, B. 2005. Several LysR transcriptional regulators control the tfd genes encoding chloroaromatic degradation in Cupriavidus necator JMP134. XXVII Congreso Chileno de Microbiología. Pucón, Chile. Presentación oral.
8. Trefault, N., Godoy, M. y González, B. 2006. Expression analysis of tfd genes in Cupriavidus necator JMP134 during growth in chloroamatic pollutants. XXVIII Congreso Latinoamericano de Microbiología. Pucón, Chile. Presentación oral.
9. Trefault, N., Ledger, T. y González, B. 2007. Metabolic cross talk for the degradation of bezoic acid derivatives in Cupriavidus necator JMP134 (pJP4). 50ª Reunión Anual de la Sociedad de Biología de Chile. Pucón, Chile. Presentación oral.
10. Serrano, A., Trefault, N., Vásquez, M. 2008. Analysis of genes related with urea metabolism in the paralytic shellfish poisoning toxin producing cyanobacterium Raphidiopsis sp. XXX Congreso Chileno de Microbiología y XI Congreso Chileno de Inmunología. Concepción, Chile. Presentación de panel.
11. Trefault, N., Pérez, B., Krock, B., Delherbe, N., Mujica, J., Fuentealba, M. y Vasquez, M. 2009. Genetic and toxicological characterization of clones of the PSP-toxin producing dinoflagellate Alexandrium catenella, isolated recently from Aysen region. XXXI Congreso Chileno de Microbiología e Inmunología. Santa Cruz, Chile. Presentación oral.
12. Soto-Liebe K., Fuentes, J. J., Stucken, K., Trefault, N., Murillo, A. y Vasquez, M. 2009. Biosynthetic pathway of the toxin cylindrospermopsin (CYN): which are the genes really part of the pathway? XXXI Congreso Chileno de Microbiología e Inmunología. Santa Cruz, Chile. Presentación oral.
13. Serrano, A., Trefault, N., Vasquez, M. 2009. Analysis of urea and cianate metabolism in the paralytic shellfish poisoning toxin producing cyanobacterium Raphidiopsis brookii D9. XXXI Congreso Chileno de Microbiología e Inmunología. Santa Cruz, Chile. Presentación de panel.
14. Murillo, A. A., Stucken, K., Soto-Liebe, K., Trefault, N., Fuentes, J. J., Cembella, A. y Vasquez M. 2009. Comparative analysis of minimum cluster for PSP toxins biosynthesis in Raphidiopsis brookii strain D9. XXXI Congreso Chileno de Microbiología e Inmunología. Santa Cruz, Chile. Presentación oral.
15. A. Cembella, K. Stucken, J. Uwe, I. Yang, B. Krock, G. Gloeckner, N. Trefault, A. Murillo, K. Soto-Liebe, J.J. Fuentes and M. Vásquez. 2010. Comparative genomic analysis of the biosynthetic pathway for saxitoxin and sulfated analogues in cyanobacteria and the dinoflagellate Alexandrium minutum. 14th International Conference to Harmful Algae, Hersonissos, Crete-Greece. Presentación oral.
16. K. Soto-Liebe, K. Stucken, J.J. Fuentes-Valdés, N. Trefault, A. Cembella and M. Vásquez. 2010. Reassessment of the toxin profile of Cylindrospermopsis raciborskii T3 and function of putative sulfotransferases in synthesis of sulfated and sulfonated PSP Toxins 14th International Conference to Harmful Algae, Hersonissos, Crete-Greece. Presentación oral.
17. N. Trefault, N. Delherbe, B. Pérez, B. Krock, A. Cembella and M. Vásquez. 2010. Phytoplankton causes an increase in toxicity by production of lipophilic toxins and PSP-toxins in Chilean coastal waters. 14th International Conference to Harmful Algae, Hersonissos, Crete-Greece. Presentación oral.
18. De la Iglesia, R.; Trefault, N.; Egas, C.; Henríquez. C.; Moreno, M; Santibañez, J.F. 2012. Physicochemical and microbiological characterization of Fildes Bay, King George Island, Antarctica, during summer 2012. SCAR 2012 XXXII Open Science Conference, Portland, OR, USA. Presentación de panel.
19. Trefault, N.; De la Iglesia, R.; Egas, C.; Encina, G.; Henríquez. C.; Santibañez, J.F.; Vaulot, D. 2012. Diversity and community composition of microbial photosynthetic eukaryotes in Fildes Bay, King George Island, Antarctica. SCAR 2012 XXXII Open Science Conference, Portland, OR, USA. Presentación de panel.
20. Rodríguez-Marconi, S., Henríquez, C., von Dassow, P., Trefault, N., De la Iglesia, R. 2012. Variación temporal y espacial de bacterioplancton de vida libre y asociado a partículas en una zona costera de Chile central. XXXIV Congreso Chileno de Microbiología. Valdivia, Chile. Presentación de panel.
21. Egas, C., Ibarra, C., De la Iglesia, R. & Trefault, N. 2012. Variación de las comunidades eucariontes pico, nano y micro fitoplancton frente a cambios de la Radiación fotosintéticamente Activa (PAR). XXXIV Congreso Chileno de Microbiología. Valdivia, Chile. Presentación de panel.
22. Henríquez-Castillo C., Rodríguez-Marconi S., Trefault N., Andrade S. & De la Iglesia R. 2012. Determination of copper effect on a natural picophytoplanktonic community using a microcosm experimental approach. XXI Congreso Latinoamericano de Microbiología. Santos, Brazil. Presentación de panel.
23. Egas, C., Ibarra, C., Trefault, N. & De la Iglesia R. 2013. Variations of pico- nano- and micro- phytoplankton eukaryote communities in Fildes Bay, King George Island, Antarctic, during summer 2011 and 2012. VII Congreso Latinoamericano de Ciencia Antártica. La Serena, Chile. Presentación de panel.
24. Rodríguez-Marconi, S., Moreno, M., Sánchez, C., Rojas, M., Egas, C., De la Iglesia R., & Trefault, N. 2013. Taxonomic and functional characterization of photosynthetic nanoeukaryotic community subjected to different light regimes in Fildes Bay, Antarctica, through massive sequencing technologyVII Congreso Latinoamericano de Ciencia Antártica. La Serena, Chile. Presentación oral.
25. Moreno M., Rojas M., Sanchez C., De la Iglesia, R., & Trefault, N. 2013. Spatial characterization of taxonomic and functional composition of phytoplanktonic communities in Fildes Bay, King George Island, Antarctic. VII Congreso Latinoamericano de Ciencia Antártica. La Serena, Chile. Presentación oral.
26. Rodríguez-Marconi, S., Rojas-Herrera, M., Moreno, M., Vasquez, Y., Garrido, I., Díaz, MJ., Holtheuer, J. & Trefault, N. 2014. Antarctic sponge-associated microorganisms: assessing the three-domain diversity and community composition. ASLO OSM, Hawaii, USA. Presentación de panel.
27. Rodríguez-Marconi, S., Rojas-Herrera, M., Vasquez, Y., von Dassow, P., De la Iglesia., Ulloa, O. & Trefault, N. 2014. Characterization of coastal southeast Pacific pico-, nano- and microplancton communities using tag sequencing of hypervariable regions of 16S and 18S rRNA. ASLO OSM, Hawaii, USA. Presentación de panel.
28. M Rojas-Herrera, R Arias-Carrasco, JF Azalte, N Trefault, V Polanco, V Maracaja-Coutinho.. 2013. An automated generic pipeline for de novo identification of long and small non-coding transcripts on RNAseq raw data. X-Meeting BSB 2013, Sociedad Iberoamericana de Bioinformática. Ciudad de Mexico, Mexico. Presentación de panel.
29. Gazitúa, M. C., Rojas, M., Ugalde J., Ramírez-Flandes, S., Ulloa, S., De la Iglesia, R., von Dassow, P., Trefault, N. 2014. Metatranscriptómica de comunidades pico- y nanoplanctónicas de Zonas Mínimas de Oxígeno del Pacífico Sur-Oriental Tropical. XXXIII Congreso Chileno de Microbiología. La Serena, Chile. Presentación de panel.
30. Moreno, M., Trefault, N., De La Iglesia, R., Rodriguez-Marconi, S., Egas, C., Rojas, M., Vasquez, Y., Garrido, I., Díaz, M.J., Holtheuer, J. 2014. Spatial characterization of microbial communities in Fildes Bay, King George Island, Antarctica. XXXIII SCAR Open Science Conference 2014, Auckland, New Zealand. Presentación de panel.
31. Trefault, N., Rodriguez-Marconi, S., Moreno, M., Rojas, M., Vasquez, Y., Garrido, I., Díaz, M.J., Holtheuer. 2014. Antarctic marine invertebrates-associated microorganisms: assessing three domain diversity and community composition. XXXIII SCAR Open Science Conference 2014, Auckland, New Zealand. Presentación de panel.
32. Valdivia, C., Moreno-Pino, M., Ugalde, J. and Trefault, N. 2015. Metagenomic analysis of pico- and nano-planktonic microbial communities from surface coastal waters from Bahia Fildes, King George Island, Antarctica.
XXXVIII Reunión Anual de la Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular. Puerto Varas, Chile. Presentación oral.
33. Parada-Pozo, G., Trefault, N. 2015. Efecto del calentamiento sobre comunidades totales y activas de micoorganismos rizosféricos de plantas vasculares antárticas. VIII Congreso Latinoamericano de Ciencia Antártica. Montevideo, Uruguay. Presentación oral.
34. Aravena, C., Fernánde,z J. , Ruiz, P., Trefault, N., Andrade, S. , De La Iglesia, R. 2016. Influencia de metales pesados en comunidades microbianas de manglar, efecto en su composición, metabolismo y mecanismos de expulsión. XXXVI Congreso de Ciencias del Mar, Concepción, Chile. Presentación oral.
35. Moreno Pino, M., Guajardo, M., Trefault, N. 2017. Metabolic profiles of microbiota from Antarctic sponges revealed by metagenomics. 10th World Sponge Conference, NUI Galway, Ireland. Presentación oral.
36. Cárdenas, C., Gonzalez-Aravena, M., Hajdu, E., Trefault, N., Shane, W., Geange and Bell, J.J. 2017. Responses of Antarctic Sponges to Climate Change: from Individual to Community Level. 2017. SCAR Biology Symposium, Leuven, Belgium. Presentación de panel.
37. Cristi, A., Moreno-Pino, M., Trefault, N. 2018. Genes implicados en ciclaje biogeoqui?mico en simbiontes de esponjas Anta?rticas. XXIV Congreso Latinoamericano de Microbiología, ALAM 2018. Santiago, Chile. Presentación de panel.
38. Parada-Pozo, G., Rodríguez-Marconi, S., Trefault N. 2018. Simbiontes microbianos de esponjas antárticas pertenecientes a los tre dominios de la vida. XXIV Congreso Latinoamericano de Microbiología, ALAM 2018. Santiago, Chile. Presentación de panel.
39. Moreno-Pino, M., Trefault, N. 2018. Reconstrucción y comparación genómica de microorganismos simbiontes de esponjas antárticas. XXIV Congreso Latinoamericano de Microbiología, ALAM 2018. Santiago, Chile. Presentación de panel.
40. Yáñez, S., Hidalgo, P., Trefault, N., Ulloa, O., De la Iglesia, R. 2019. Bacterial community and decomposition of copepod carcasses associated to oxic and anoxic conditions. 1er Congreso ISME América Latina, Valaparaíso, Chile. Presentación de panel.
41. Parada-Pozo, G., Cristi, A., Morales, F., Cárdenas, C., Trefault, N. 2019. Variaciones intra e inter específicas de comunidades microbianas asociadas a esponjas antárticas y su potencial funcional. 1er Congreso ISME América Latina, Valaparaíso, Chile. Presentación de panel.
42. Aguila-Llanquilef, B., Trefault, N., Vásquez, M., 2019. Novel hypothetical protein involved in cell division of Anabaena sp. PCC7120. 1er Congreso ISME América Latina, Valaparaíso, Chile. Presentación de panel.
43. Moreno-Pino, M. , Ugalde, J., Trefault, N. 2019. Caracteristicas funcionales de los microorganismos simbiontes de esponjas antárticas, analizadas mediante genómica comparativa. 1er Congreso ISME América Latina, Valaparaíso, Chile. Presentación de panel.
44. Glasner, B, Morel, I., Osses, E., Alfaro, F., Lozano, J.C., Verge, V., Andrade, S., Bouget, F.Y., Trefault, N., De la Iglesia, R. 2019. Picoeukaryote phytoplankton as Copper pollution indicator in modern ocean. 1er Congreso ISME América Latina, Valaparaíso, Chile. Presentación de panel.
45. Guajardo, M. Trefault, N. 2019. Ana?lisis transcripto?mico de diatomeas Anta?rticas del orden Thalassiosirales. IX Congreso Chileno de Investigaciones Antárticas. Olmué, Chile. Presentación de panel.
46. Guajardo, M. Trefault, N. 2019. Transcriptomic analysis of Minidiscus spp.: A small overlooked and globally distributed diatom. XLI Reunión Annual Sociedad de Microbiología de Chile. Presentación de panel.
47. Z. K. Garvin, S. R. Abades, N. Trefault, F. D. Alfaro, and T. C. Onstott. 2019. High-Affinity Trace Gas Consumption by Soil Microbial Communities Around Hot Springs in the Andean Altiplano: Implications for the Evolution of Martian MetabolismsMars Extant Life conference Carlsbad, New Mexico. EEUU. Presentación de panel.
48. Z. K. Garvin, S. R. Abades, N. Trefault, F. D. Alfaro, and T. C. Onstott. 2019. High-Affinity Trace Gas Consumption by Soil Microbial Communities Around Hot Springs in the Andean Altiplano with Implications for Early Mars. AGU XXXX, EEUU. Presentación de panel.
49. Manrique-de-la-Cuba, M., Flores-Herrera, P., Trefault, N., 2021 A novel pipeline for taxonomic and diversity analyses using QIIME 2. II Congreso ISME Latino Americano, ISME-LAT 2021, Presentación de panel.
50. Flores-Herrera, P., Moreno-Pino, M., Rodríguez-Marconi, S., Trefault, N., 2021. Identification of secretion systems in bacterial strains isolatedfrom Antarctic sponges. II Congreso ISME Latino Americano, ISME-LAT 2021, Presentación de panel.
51. Lopez, M., Parada-Pozo, G., Trefault, N., 2021. Characterization of dinoflagellate communities in marine sponges andseawater in FildesBay, Antarctic Peninsula. II Congreso ISME Latino Americano, ISME-LAT 2021, Presentación de panel.
52. Gérikas, C., Trefault., N. 2021. Aislados antárticos: Cultivando conocimientos sobre la distribución bipolar de las microalgas. X Congreso Chileno de Investigaciones Antárticas. Presentación oral.
53. Z. K. Garvin, S. R. Abades, N. Trefault, F. D. Alfaro, Y. Huang, and T. C. Onstott. 2022. Assessment of lipids as a life detection and characterization strategy in low biomass desert soils surrounding an Andean hot spring. Astrobiology Science Conference (AbSciCon)

Difusión
1. Programa 1000 Científicos 1000 Aulas, CONICYT 2010. Charla “La microbiología y la Marea Roja en Chile: los por qué, cómo y quiénes”. Dictada a 5to y 6to básico, Escuela Basica Villa Macul D-200. 5 de Octubre de 2010.
2. Serie Diáologos con la Ciencia, Conferencias Consejo del Futuro en el Senado de Santiago. Charla para estudiantes de educación báscia “Microorganismos polares: La importancia del fitoplancton en Antártica.” jueves 21 de noviembre de 2013.
3. Programa 1000 Científicos 1000 Aulas, CONICYT 2015. Charla “Los Maravillosos Microorganismos”. Dictada para niños de 5to y 6to básico Colegio Providencia y 1ero y 2do básico Escuela Basica Villa Macul D-200.
4. Publicación en Boletín Antartico Chileno. Vol. 34, Nº1, 2016. Microbios asociados a esponjas antárticas: una mirada global a la simbiosis en ambientes polares. Susana Rodríguez-Marconi y Nicole Trefault.
5. Publicación en Boletín Antartico Chileno. Vol. 34, Nº2. 2016. Una nueva mirada a la “granja” antártica: suelo, bacterias, animales. Julieta Orlando, Lía Ramírez y Nicole Trefault.
6. Reportaje Diario La Hora, 25 de octubre de 2017. Buscan proteger la Antártica estudiando sus microorganismos.
7. Reportaje Diario El Austral de Valdivia, 31 de octubre de 2017. Nicole Trefault, académica del Centro de Genómica y Bioinformática U. Mayor, destaca por participación en estudio entre microorganismos y animales antiguos.
8. Reportaje Diario El Mercurio, 06 de noviembre de 2017. Científica chilena explora el alcance desconocido de la marea roja en el Ártico.
9. Reportaje Diario El Mostrador. 07 de noviembre de 2017. Científica chilena explora marea roja en aguas en los mares de Groenlandia.
10. Reportaje Diario Las Últimas Noticias. 14 noviembre 2017. Investigadora U. Mayor cuenta cómo su trabajo la llevó de la Antártica al Ártico.
11. Programa 1000 Científicos 1000 Aulas, CONICYT 2018. Charla Los fantásticos microorganismos de la Antártica. Dictada para niños de 3ero y 4to básico. Centro Educación Mariano Egana, 19 de junio de 2018; Escuela Básica N°2459, Francisco Varela, 19 de junio de 2018; Colegio Pumahue Huechuraba, 11 de julio de 2018.
12. Cátedra del Futuro, Universidad Mayor, 4 de septiembre de 2019 en la sede Temuco, "Con la ayuda de mis amigos: simbiosis en ambientes extremos. https://www.diariomayor.cl/temuco/index.php/investigacion/487-investigacion.
13. Programa de televisión ‘La próxima estación’ Canal 13C, 8 de noviembre de 2019.
14. Programa de televisión ‘Exploradores’, Canal 24 horas asociado a TVN, 13 de noviembre de 2019.
15. Traducción de investigación científica en material de difusión para redes sociales https://lowtech.cl/design/, en colaboración con Lowtech Design group, Facultad de Arquitectura, Diseño y Estudios Urbanos, P. Universidad Católica de Chile, a cargo de Alejandro Durán, diseñador, académico e investigador de la Escuela de Diseño, PUC. 2020.
16. Publicación en revista de divulgación Iliaia, Advances in Chilean Antarctic Science, 2021: “Antarctic sponge microorganisms: cooperation in an extreme environment”, Susana Ridríguez-Marconi & Nicole Trefault. Instituto Antártico Chileno.