Man

Erix Wiliam Hernández Rodríguez

Full Professor/Departamento de Medicina Traslacional, Académico-Investigador

Universidad Católica del Maule

Talca, Chile

Líneas de Investigación


Sistemas biomoleculares fotoactivos. Aplicación de métodos teórico-computacionales para estudiar sistemas biomoleculares. Fotosensibilización y fotoabsorción. Diseño de fármacos asistido por computadoras. Investigación traslacional

Educación

  •  Doctor en Ciencias Médicas (Área: Biomedicina), Universidad de Ciencias Médicas de La Habana. Cuba, 2014
  •  Doctor en Ciencias (Área: Química: Ciencia Interdisciplinar), Universidad Autónoma de Madrid. España, 2013
  •  Máster en Bioinformática, Instituto Superior de Tecnologías y Ciencias Aplicadas. Cuba, 2011
  •  Doctor en Medicina, Instituto Superior de Ciencias Médicas de La Habana. Cuba, 1998
  •  Especialista en Bioquímica Clínica, Universidad de Ciencias Médicas de La Habana. Cuba, 2004

Experiencia Académica

  •   Médico especialista Full Time

    Centro Nacional de Genética Médica

    Medicina

    La Habana, Cuba

    2004 - 2006

  •   Médico Investigador/Académico Full Time

    Universidad de Ciencias Médicas de La Habana

    Medicina

    La Habana, Cuba

    2006 - 2015

  •   Médico Investigador/Académico Full Time

    Universidad de Ciencias Médicas de La Habana

    Facultad de Ciencias Médicas de Artemisa

    Artemisa, Chile

    2015 - 2016

  •   Médico Investigador/Académico Full Time

    Instituto Nacional de Oncología y Radiobiología de Cuba

    La Habana, Chile

    2016 - 2017

  •   Investigador Postdoctoral Full Time

    Universidad de Talca

    Ingeniería Civil en Bioinformática

    Talca, Chile

    2017 - 2019

  •   Académico Investigador Full Time

    UNIVERSIDAD CATOLICA DEL MAULE

    Medicina

    Talca, Chile

    2019 - A la fecha

Experiencia Profesional

  •   Médico Full Time

    Policlínico Municipal Docente “Elena Fernández de Castro”

    Los Palacios. Pinar del Río, Cuba

    1998 - 1999

  •   Médico Residente de la Especialidad de Bioquímica Clínica Full Time

    Universidad de Ciencias Médicas de La Habana

    La Habana, Cuba

    1999 - 2004

  •   Médico Especialista Full Time

    Centro Nacional de Genética Médica

    La Habana, Cuba

    2004 - 2006

  •   Académico Investigador/Médico Especialista Full Time

    Universidad de Ciencias Médicas de La Habana

    La Habana, Cuba

    2006 - 2015

  •   Académico Investigador/Médico Especialista Full Time

    Facultad de Ciencias Médicas de Artemisa

    Artemisa, Cuba

    2015 - 2016

  •   Académico Investigador/Médico Especialista Full Time

    Instituto Nacional de Oncología y Radiobiología de Cuba

    La Habana, Cuba

    2016 - 2017

  •   Investigador Postdoctoral Full Time

    FONDECYT/Universidad de Talca-Universidad Católica del Maule

    Talca, Chile

    2017 - 2020

  •   Académico Investigador/Departamento de Medicina Traslacional/Académico Investigador (desde mayo 2022) Full Time

    Universidad Católica del Maule

    Talca, Chile

    2019 - A la fecha

Formación de Capital Humano


Tesis de Postgrado: 4.

Tesis Doctorales (2):

1) Autor de Tesis Doctoral: Lic. José L. Velázquez Libera.
Título de Tesis Doctoral: "Identificación de Mecanismos de Catálisis de la Arginasa I del Humano".
Programa Doctoral: "Doctorado en Ciencias".
Institución del Programa Doctoral: Universidad de Talca.
Año: 2020.
Ciudad: Talca.
Rol en la Tesis Doctoral: Co-tutor.

2) Autor de Tesis Doctoral: Ing. Daniel M. Bustos Guajardo.
Título de Tesis Doctoral: "Structural study of K2P channels: from the intracellular gating to the CAP".
Programa Doctoral: "Doctorado en Ciencias Aplicadas".
Institución del Programa Doctoral: Universidad de Talca.
Año: 2019.
Ciudad: Talca.
Rol en la Tesis Doctoral: Co-tutor.

Tesis de Especialidad Médica (2):

3) Autor de Especialidad Médica: Dr. Raidel Correa Aguila..
Título de Especialidad Médica: "Evaluación de la estructura y de la disponibilidad del oxígeno molecular en rodopsinas humanas mutantes".
Programa de Especialidad Médica: Bioquímica Clínica.
Institución del Programa de Especialidad Médica: Universidad de Ciencias Médicas de La Habana.
Año: 2016.
Ciudad: La Habana.
Rol en la Tesis de Especialidad Médica: Tutor.

4) Autor de Especialidad Médica: Dr. Carlos Manuel González Casimiro.
Título de Especialidad Médica: "Relación de la evolución de rodopsinas con requerimientos para la generación foto-inducida del oxígeno singlete".
Programa de Especialidad Médica: Bioquímica Clínica.
Institución del Programa de Especialidad Médica: Universidad de Ciencias Médicas de La Habana.
Año: 2016.
Ciudad: La Habana.
Rol en la Tesis de Especialidad Médica: Tutor.

Tesis de Grado (3):

5) Autor de Tesis de Grado: Maira Vidal Valenzuela.
Título de Tesis de Grado: "Asignación de estados de protonación en rodopsina bovina mediante métodos de modelado molecular".
Programa de Grado: Ingeniería en Biotecnología.
Institución del Programa de Grado: Universidad Católica del Maule.
Año: 2021.
Ciudad: Talca.
Rol en la Tesis de Grado: Tutor.

6) Autor de Tesis de Grado: Julio C. Vieyto Núñez.
Título de Tesis de Grado: "Implementación de una metodología teórico-computacional para modelar estructuras sacáridas del serotipo 5 del Streptococcus pneumoniae".
Programa de Grado: Química.
Institución del Programa de Grado: Universidad de La Habana.
Año: 2016.
Ciudad: La Habana.
Rol en la Tesis de Grado: Co-tutor.

7) Autor de Tesis de Grado: Roy González Alemán.
Título de Tesis de Grado: "Efectos de sustituyentes en la conformación de la unidad repetida del serotipo 18C del Streptococcus pneumoniae".
Programa de Grado: Química.
Institución del Programa de Grado: Universidad de La Habana.
Año: 2015.
Ciudad: La Habana.
Rol en la Tesis de Grado: Co-tutor.

Prácticas Profesionales (2):

8) Estudiante: Camila A. Fuentes Chamorro.
Actividad Curricular: "IBI-413 (Práctica III)".
Título de Práctica: "Modelamiento molecular para racionalizar y predecir propiedades de la rodopsina bovina".
Programa de Grado: Ingeniería en Biotecnología.
Institución del Programa de Grado: Universidad Católica del Maule.
Año: 2020.
Ciudad: Talca.
Rol en la Práctica Profesional: Tutor.

9) Estudiante: Lic. José L. Velázquez Libera.
Actividad Curricular: "Unidad de Investigación I".
Programa Doctoral: "Doctorado en Ciencias con Mención en Modelado de Sistemas Químicos y Biológicos".
Institución del Programa Doctoral: Universidad de Talca.
Año: 2019.
Ciudad: Talca.
Rol en la Práctica de Investigación: Supervisor.


Difusión y Transferencia


- Director Fundador del Laboratorio de Bioinformática y Química Computacional de la Facultad de Medicina de la Universidad Católica del Maule. 2020 - hasta la fecha.

- Director Fundador del Departamento de Medicina Traslacional de la Facultad de Medicina de la Universidad Católica del Maule. 2022 - hasta la fecha.

- Encargado de la Comisión para la Creación de la Carrera de Bioingeniería Médica de la Facultad de Medicina de la Universidad Católica del Maule. 2019-2021.

- 2021 IEEE International Conference on Automation/XXIV Congress of the Chilean Association of Automatic Control, 2021, Valparaíso, Chile. Brief tutorial to evaluate molecular cavities in large conformational ensembles: a K2P channel study case (Co-autor).

- Webinar: "I Simposio Online de Bioinformática de la Universidad Católica del Maule, Bioinformática en una Mirada Multidisciplinaria", 2020, Talca, Chile. Conferencia: "Introducción a los métodos QM/MM para sistemas biomoleculares" (Autor).

- Third International Conference in Bioinformatics, Simulations and Modeling (iC-BSM) 2019, 2019, Talca, Chile. An amino acid substitution improves photosensitization conditions in the rhodopsin binding pocket (Autor).

- Third International Conference in Bioinformatics, Simulations and Modeling (iC-BSM) 2019, 2019, Talca, Chile. Molecular dynamics simulations provide insights into the enzyme-substrate complex structure of human Arginase I (Co-autor).

- 9th International Symposium on OMICS and Bioinformatics, 2019, La Habana, Cuba. BitClust: Fast conformational clustering of long Molecular Dynamics simulations (Co-autor).

- XLII Annual Meeting of the Chilean Biochemistry and Molecular Biology Society. XIV Annual Meeting of the Chilean Society of Plant Biologists, 2019, Iqui-que, Chile. Molecular dynamics simulations provide insights into the enzyme-substrate complex structure of human Arginase I (Co-autor).

- XLI Reunión Anual de la Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular, 2018, Iquique, Chile. A synchronized mechanism for extracellular pH-sensing in TASK-2 K2P channel (Co-autor).

- 11th Seminars of Advanced Studies on Molecular Design and Bioinformatics (SEADIM), 2017, La Habana-Varadero, Cuba. Computing Dioxygen Migration Pathways in Bovine Rhodopsin (Autor).

- Second International Conference in Bioinformatics, Simulations and Modeling (iC-BSM) 2017, 2017, Talca, Chile. Modelling Starting Enzyme-Substrate Complexes from Human Arginase I by Satisfaction of Spatial Restraints (Co-autor).

- Conferencia para estudiantes de postgrado: “Aplicación de híbridos de mecánica cuántica/mecánica molecular para calcular propiedades espectrales de proteínas fotoactivas”. Curso: "Tópicos de Bioinformática". Programa: "Doctorado en Ciencias con Mención en Modelado de Sistemas Químicos y Biológicos", 2017, Universidad de Talca, Talca, Chile (Autor).

- Conferencia para estudiantes de pregrado: “Modelación computacional de propiedades estructurales y espectrales de rodopsinas, mediante esquemas híbridos de mecánica cuántica/mecánica molecular”. Curso: "Biofísica". Programa: "Ingeniería Civil en Bioinformática", 2017, Universidad de Talca, Talca, Chile (Autor).


Premios y Distinciones

  •   Premio Anual de la Salud 2014. Autor

    Ministerio de Salud Pública de Cuba

    Cuba, 2014

    Contribution to understanding spectral perturbations of mutant rhodopsins associated with retinal degenerations.

  •   Premio Anual de la Academia de Ciencias de Cuba. Co-Autor

    Ministerio de Ciencia, Tecnología y Medio Ambiente de Cuba

    Cuba, 2012

    Contribution to the modelling of electronic properties of nanoscopic systems.


 

Article (23)

Unveiling Novel Urease Inhibitors for Helicobacter pylori: A Multi-Methodological Approach from Virtual Screening and ADME to Molecular Dynamics Simulations
A description of the epidemiological dynamics of Chagas disease via mathematical modeling
Calcium-Alginate-Chitosan Nanoparticle as a Potential Solution for Pesticide Removal, a Computational Approach
BitQT: a graph-based approach to the quality threshold clustering of molecular dynamics
MDSCAN: RMSD-based HDBSCAN clustering of long molecular dynamics
Multi-omics data integration approaches for precision oncology
RCDPeaks: memory-efficient density peaks clustering of long molecular dynamics
Structural Effects of pH Variation and Calcium Amount on the Microencapsulation of Glutathione in Alginate Polymers
Structural Insights into the Inhibition Site in the Phosphorylcholine Phosphatase Enzyme of Pseudomonas aeruginosa
Machine learning approach to discovery of small molecules with potential inhibitory action against vasoactive metalloproteases
Physicochemical and computational analysis of the melamine resin derivative for the glyphosate absorption from water using Langmuir-type model
BitClust: Fast Geometrical Clustering of Long Molecular Dynamics Simulations
Elucidating the Structural Basis of the Intracellular pH Sensing Mechanism of TASK-2 K2P Channels
Multi-scale simulation reveals that an amino acid substitution increases photosensitizing reaction inputs in Rhodopsins
On the Nature of the Enzyme-Substrate Complex and the Reaction Mechanism in Human Arginase I. A Combined Molecular Dynamics and QM/MM Study
A study of the cis-trans isomerization preference of N-alkylated peptides containing phosphorus in the side chain and backbone
Rationalizing the stability and interactions of 2,4-diamino-5-(4-chlorophenyl)-6-ethylpyrimidin-1-ium 2-hydroxy-3,5-dinitrobenzoate salt
Structure/Activity Analysis of TASK-3 Channel Antagonists Based on a 5,6,7,8 tetrahydropyrido[4,3-d]pyrimidine
Panusin represents a new family of beta-defensin-like peptides in invertebrates
Electron Density Deformations Provide New Insights into the Spectral Shift of Rhodopsins
Defensin like peptide from Panulirus argus relates structurally with beta defensin from vertebrates
Understanding Rhodopsin Mutations Linked to the Retinitis pigmentosa Disease: a QM/MM and DFT/MRCI Study
Patterns of retinal light absorption related to retinitis pigmentosa mutants from in silico model structures of rhodopsin

Proyecto (2)

Proyecto FONDECYT de Iniciación en Investigación 2023, No. 11230033
Proyecto FONDECYT de Postdoctorado 2017, No. 3170107.
27
Erix Hernández

Full Professor/Departamento de Medicina Traslacional, Académico-Investigador

Departamento de Medicina Traslacional

Universidad Católica del Maule

Talca, Chile

8
Julio Caballero

Full Professor

Departamento de Bioinformática

Universidad de Talca

Talca, Chile

6
Daniel Bustos

Auxiliar Professor

Vicerrectoría de Investigación y Postgrado

Universidad Católica del Maule

Talca, Chile

3
Ana Montero

Associate professor

Department of Physics

Universidad Tecnológica Metropolitana

Santiago, Chile

2
José Velázquez

Académico Investigador de la Planta no Regular

Ingeniería Civil en Bioinformática

Universidad de Talca

Talca, Chile

2
David Ramirez

Profesor Asistente

Facultad de Ciencias Biológicas

Universidad de Concepción

Concepcion, Chile

2
Wendy Gonzalez

Director of the Center for Bioinformatics, Simulations and Modeling (CBSM)

Bioinformática

CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y SIMULACIÓN MOLECULAR (CBSM)/ UNIVERSIDAD DE TALCA

Talca, Chile

2
Mauricio Bedoya

Profesor Auxiliar

CIEAM

Universidad Católica del Maule

Talca, Chile

1
Oscar Valdés

Académico

Universidad Católica del Maule

Talca, Chile

1
Ricardo Castro

investigador

Instituto de ciencias químicas aplicadas

Universidad Autonomade Chile

Talca, Chile

1
LEONARDO SILVA

PROFESOR TITULAR

UNIVERSIDAD DE TALCA

TALCA, Chile

1
Luis Guzman

Profesor Asistente

Departamento Bioquímica Clínica e Inmunohematología

UNIVERSIDAD DE TALCA

Talca, Chile

1
Desmond MacLeod-Carey

Associate Professor

Facultad de Ingeniería

Universidad Autónoma de Chile

Santiago, Chile

1
Claudio Jimenez

Associate Professor

Organic Chemistry

UNIVERSIDAD DE CONCEPCIÓN, FACULTAD DE CIENCIAS QUÍMICAS

Concepción, Chile

1
Francisco Muñoz

Profesor Asociado

Departamento de Química Orgánica

Universidad de Concepción

Concepción, Chile

1
Julio Belmar

Académico

Química Orgánica

UNIVERSIDAD DE CONCEPCION

CONCEPCION, Chile

1
Samuel Morales

Académico Conferenciante

Universidad de Talca

Talca, Chile

1
Yunier Perera

Profesor Conferenciente

Ciencias Básicas Biomédicas

Universidad de Talca

Talca, Chile

1
Maria Cancino

Profesor asociado, Directora del Laboratorio de Microbiología y Parasitología. Facultad de Medicina, Universidad Católica del Maule

Ciencias preclínicas

Universidad Católica del Maule

Talca, Chile

1
Fernando Córdova

Associate Professor

MATEMATICA, FISICA Y ESTADISTICA

UNIVERSIDAD CATOLICA DEL MAULE

Talca, Chile

1
Leandro Zuñiga

Profesor Asociado

Medicine

Universidad de Talca

Talca, Chile

1
Alexander Fernández

Profesor Asistente

Química Orgánica

Universidad de Concepción

Concepción, Chile

1
Adolfo Marican

Profesor Conferenciante

UNIVERSIDAD DE TALCA

Talca, Chile

1
Jannel Acosta

Profesor Asociado

Fisiopatología

Universidad de Concepción, Facultad de Ciencias Biológicas

Concepcion, Chile