
Julio Miguel Caballero Ruiz
Full Professor
Universidad de Talca
Talca, Chile
Molecular modeling, computational biochemistry of ligand-protein interactions, pharmaceutical modeling, enzyme catalysis
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doctor en ciencias aplicadas, UNIVERSIDAD DE TALCA. Chile, 2012
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Profesor Asociado Full Time
Universidad de Talca
Facultad de Ingenieria
Talca, Chile
2013 - 2020
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Profesor Asistente Full Time
Universidad de Talca
Facultad de Ingenieria
Talca, Chile
2012 - 2013
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Profesor Titular Full Time
UNIVERSIDAD DE TALCA
Facultad de Ingenieria
talca, Chile
2020 - A la fecha
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jefe de departamento Full Time
Universidad de Talca
Talca, Chile
2013 - A la fecha
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• 2011: Co-tutor of the work of Camila Daniela Muñoz Gutierrez “Estudio computacional de las interacciones entre el receptor VEGFR2 y derivados de semaxanib”, thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2012: Co-tutor of the work of Flavia Soto Salazar “Modelamiento molecular del factor de transcripción ANAC042 y su unión a distintos elementos cis-regulatorios en el ADN” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2012: Co-tutor of the work of Ingrid Araya Durán “Estudio de la energía de unión y selectividad de inhibidores de CDK2/CDK4: Energía de interacción QM/MM como descriptor de actividad biológica” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2013: Co-tutor of the work of Camila Navas Mondaca “Estudio computacional de las interacciones CDK2-ligando: Búsqueda de nuevos descriptores electrostáticos a partir de cálculos híbridos QM/MM y MM-GBSA” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2013: Tutor of the work of Osvaldo Andres Yañez Osses “Estudio computacional de la distribución del fluoróforo 7-[(6-bromohexilo)oxi]-2H-2-cromenona en una bicapa lipídica por dinámica molecular” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2014: Co-tutor of the work of Natalia Muñoz Mardones “Parametrización de moléculas orgánicas y análisis de su interacción mediante técnicas de química cuántica y dinámica molecular” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2015: Tutor of the work of Luis Cortes “Estudio de la energía de unión y selectividad de inhibidores de acetilcolinesterasa” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2015: Tutor of the work of Daniela Ester Caceres Rojas “Estudio de la interacción de la fosfodiesterasa 3 con sus inhibidores usando métodos de modelación molecular” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2016: Tutor of the work of Fabian Ignacio Gonzalez Norambuena “Estudio termodinámico de la interacción proteína-substrato de la proteína PKA con mutantes de Kemptide que contienen homoarginina” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2018: Tutor of the work of Hector Montecino Garrido “Diseño computacional de inhibidores de enzima convertidora de angiotensina (ECA) selectivos a partir de fármacos no selectivos” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2019: Tutor of the work of Sergio Rodrigo Alfaro Alfaro “Búsqueda de inhibidores derivados de trandolaprilat selectivos para la ECA mediante el uso de diseño de novo” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2020: Co-tutor of the work of Benjamín Gustavo Pino Ramírez “Predicción de estabilidad de proteínas mutantes usando Vectores de Autocorrelación de Secuencia de Aminoácidos (AASA) y Machine learning” thesis for the degree of engineer civil in Computing, Universidad de Talca.
• 2022: Tutor of the work of Luis Castillo Campos “Estudio estructural del rol inhibitorio de derivados de naftaleno frente a la enzima PLpro de SARS-CoV” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2022: Co-tutor of the work of Sebastián Ignacio Manríquez Sepúlveda “Diseño y síntesis multicomponente de peptidomiméticos como inhibidores de metaloproteasas” thesis for the degree in Biochemistry, Universidad de Concepción.
• 2023: Tutor of the work of Claudio Illanes Solis “Identificación de patrones estructurales que participan en la función de la enzima PLpro de SARS-CoV y SARS-CoV2” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2023: Tutor of the work of Javier Rosales “Estudio computacional de las características estructurales de inhibidores covalentes que bloquean la función catalítica de PLpro en SARS-CoV y SARS-CoV-2” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
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• 2015: Co-tutor of the PhD of Karel Mena Ulecia. “Modelación de la afinidad entre la Enzima Proteina Quinasa A (PKA) y sus sustratos peptídicos mediante métodos de Dinámica Molecular” PhD Program “Fisicoquimica Molecular”, Universidad Andres Bello, Chile.
• 2015: Tutor of the PhD of Pedro de la Torre Márquez. “Síntesis asistida y caracterización de derivados de tipo heteroaril-acrilonitrilo y sus aplicaciones en sistemas biológicos” PhD Program “Doctorado en Ciencias Aplicadas”, Universidad de Talca, Chile.
• 2016: Co-tutor of the PhD of David Ramirez. “Study and discovery of TASK-potassium channel modulators: A theoretical and experimental approach” PhD Program “Doctorado en Ciencias Aplicadas”, Universidad de Talca, Chile.
• 2017: Tutor of the PhD of Camila Daniela Muñoz Gutierrez. “Estudios de actividad anti-plaquetaria de productos naturales derivados de Solanum lycopersicum L” PhD Program “Doctorado en Ciencias Aplicadas”, Universidad de Talca, Chile.
• 2019: Co-tutor of the PhD of Liudis Leidy Pino Ramos. “Phenolic, oxylipin and fatty acid profiles of the Chilean hazelnut (Gevuina avellana): Antioxidant activity and inhibition of pro-inflammatory and metabolic syndrome- associated enzymes” PhD Program “Doctorado en Ciencias Aplicadas”, Universidad de Talca, Chile.
• 2020: Tutor of the PhD of Luis Joseph Prent Peñaloza. “Diseño, síntesis multicomponente y evaluación biológica de nuevos derivados de péptido-miméticos frente al sitio activo de cada dominio de la enzima convertidora de angiotensina I” PhD Program “Doctorado en Ciencias Aplicadas”, Universidad de Talca, Chile.
• 2020: Tutor of the PhD of José Luís Velázquez Libera. “Identificación de mecanismos de catálisis de la arginasa I del humano.” PhD Program “Doctorado en Ciencias Aplicadas”, Universidad de Talca, Chile.
• Tutor of the PhD of Ricelia González Serpa. “Obtención de una biblioteca de nuevos depsipéptidos, peptoides y derivados de los dipéptidos GF, GY, GW mediante reacciones multicomponentes y su potencial bioactividad..” PhD Program ““Doctorado en Ciencias, mención Investigación y Desarrollo de Productos Bioactivos””, Universidad de Talca, Chile.
• Tutor of the PhD of Sergio Alfaro Alfaro. “Diseño de nuevos protocolos para el tratamiento de la flexibilidad de proteínas en el post-procesamiento de experimentos de docking clásico y cross-docking.” PhD Program “Doctorado en Ciencias Mención Modelado de Sistemas Químicos y Biológicos”, Universidad de Talca, Chile.
• Tutor of the PhD of Fabian Ignacio Gonzalez Norambuena. “Estudio computacional de inhibidores covalentes de cisteína proteasas: obtención de conformaciones activas y mecanismos de reacción.” PhD Program “Doctorado en Ciencias Mención Modelado de Sistemas Químicos y Biológicos”, Universidad de Talca, Chile.
• Tutor of the PhD of Jorge Luis Valdés Albuernes. “Estudio de los mecanismos de reacción de las proteasas similares a la papaína (PLpro) de los coronavirus zoonóticos.” PhD Program “Doctorado en Ciencias Mención Modelado de Sistemas Químicos y Biológicos”, Universidad de Talca, Chile.
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• 2012-2013: Sponsor of the postdoctorade researcher FONDECYT # 3130500, Edison Humberto Osorio López. “Catálisis enzimatica en la proteina quinasa PKA”
• 2013-2015: Sponsor of the postdoctorade researcher FONDECYT # 3140288, Horacio Poblete Vilches. “Study of the structural determinants that control the operation of the Na+/ K+ pump”
• 2014-2017: Sponsor of the postdoctorade researcher FONDECYT # 3150041, Juliana Murillo López. “Estudio catalítico e inhibitorio en la proteína Fosfofructoquinasa-2”
• 2014-2017: Sponsor of the postdoctorade researcher FONDECYT # 3150035, Alejandro Morales Bayuelo. “Modelación de las estructuras tridimensionales de las proteínas quinasas involucradas en tuberculosis y la malaria: búsqueda del farmacóforo de sus inhibidores ATP competitivos”
• 2017-2020: Sponsor of the postdoctorade researcher FONDECYT # 3170003, Alexander Fernández de la Torre. “Diseño, síntesis y evaluación biológica de una nueva librería de compuestos fosfono-peptidomiméticos como inhibidores de la enzima Pseudomona elastasa (LasB)”
• 2017-2020: Sponsor of the postdoctorade researcher FONDECYT # 3170107, Erix Wiliam Hernández Rodríguez. “Modelación computacional de capacidades para la producción fotosensibilizada de oxígeno singlete en rodopsinas mutantes asociadas a degeneración retiniana”
• 2017-2020: Sponsor of the postdoctorade researcher FONDECYT # 3170909, Fabián Andrés Ávila Salas. “Diseño racional, síntesis y evaluación de nuevas nanoformulaciones basadas en polímeros para liberación controlada de feromonas sexuales de Lobesia botrana a través de una estrategia híbrida in-silico/experimental”
• 2018-2021: Sponsor of the postdoctorade researcher FONDECYT # 3180193, Francisco Adasme Carreño. “Derivation of amino acid structural propensities from theoretical potentials for protein structure prediction”
• 2023-2024: Sponsor of the postdoctorade researcher César Barrales Martínez. “Diseño racional de catalizadores libre de metales para la hidrogenación de dióxido de carbono y la deshidrogenación de metanol desde una perspectiva teórica-computacional: La clave para la implementación de la economía del hidrógeno verde.” (Financiado por Universidad de Talca).
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Bioorganic and Medicinal Chemistry most cited paper 2005-2008 award
journal "Bioorganic and Medicinal Chemistry"
Reino Unido, 2009
Bioorganic and Medicinal Chemistry most cited paper 2005-2008 award to Fernández Caballero, Helguera, Castro and González. Bioorg. Med. Chem. 2005, 13, 3269-3277
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Bioorganic and Medicinal Chemistry most cited paper 2005-2008 award
journal "Bioorganic and Medicinal Chemistry"
Reino Unido, 2009
Bioorganic and Medicinal Chemistry most cited paper 2005-2008 award to Fernández and Caballero, Bioorg. Med. Chem. 2006, 14, 280-294.
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FONDECYT Regular # 1130141
COMISION NACIONAL DE INVESTIGACION CIENTIFICA Y TECNOLOGICA
Chile, 2013
‘Insights into the structural basis of the interactions between cAMP-dependent protein kinase (PKA) and its substrates. Development of predictive molecular models and testing in the study of the interactions between PKA and potassium channel AKT2’ 2013-2016, (Main researcher)
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FONDECYT Regular # 1130216
COMISION NACIONAL DE INVESTIGACION CIENTIFICA Y TECNOLOGICA
Chile, 2013
‘Research on Mechanisms of Antiplatelet Action of Adenosine and other Bioactive Compounds from Solanum lycopersicum L’ 2013-2016, (Coinvestigator)
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FONDECYT Regular # 1170718
COMISION NACIONAL DE INVESTIGACION CIENTIFICA Y TECNOLOGICA
Chile, 2017
‘Design and synthesis of angiotensin-converting enzyme inhibitors using molecular modeling and multicomponent reactions’ 2017-2021, (Main researcher)
Molecular modeling of tau proline-directed protein kinase (PDPK) inhibitors |
Genetic Algorithm Optimization of Bayesian-Regularized Artificial Neural Networks in Drug Design |
Protein kinase inhibitors: Current strategies and future prospects |
1-Benzyl-1,2,3,4-Tetrahydro-ss-Carboline as Channel Blocker of N-Methyl-d-Aspartate Receptors |

Fernando Gonzalez
Titular Professor
Facultad de Ciencias de la Vida
Universidad Andres Bello
Santiago, Chile

Erix Hernández
Full Professor/Departamento de Medicina Traslacional, Académico-Investigador
Departamento de Medicina Traslacional
Universidad Católica del Maule
Talca, Chile
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David Ramirez
Profesor Asistente
Facultad de Ciencias Biológicas
Universidad de Concepción
Concepcion, Chile

Iván Palomo
Hematology Professor
Clinical Biochemistry and Immunohematology
UNIVERSIDAD DE TALCA
Talca, Chile

Wendy Gonzalez
Director of the Center for Bioinformatics, Simulations and Modeling (CBSM)
Bioinformática
CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y SIMULACIÓN MOLECULAR (CBSM)/ UNIVERSIDAD DE TALCA
Talca, Chile

José Velázquez
Académico Investigador de la Planta no Regular
Ingeniería Civil en Bioinformática
Universidad de Talca
Talca, Chile

Alain Tundidor
Profesor Asociado
Química Orgánica
Pontificia Universidad Católica de Chile
Santiago, Chile

Luisa Quesada
Docente e investigadora
Nutrición y Dietética
Universidad San Sebastián
Valdivia, Chile

Mario Saavedra
Asistente de Investigacion
Ciencias del Ambiente
Universidad de Santiago de Chile
Santiago, Chile

Tomas Perez-Acle
Full Professor
Computational Biology Lab
Fundación Ciencia para la Vida
Santiago, Chile

claudia sandoval
Secretaria Académica de Facultad
Instituto de Ciencias Químicas Aplicadas
Universidad Autónoma de Chile
santiago, Chile

Claudia Sandoval
Secretaria Académica Facultad de Ingeniería
Instituto de Ciencias Químicas Aplicadas
Universidad Autónoma de Chile
Santiago, Chile

osvaldo yañez
Académico Investigador
Facultad de Ingeniería y Negocios
Universidad de Las Américas
Santiago, Chile

Francisco Adasme
Asistente de Investigación
Departamento de Bioinformática
Universidad de Talca
Talca, Chile

Janin Riedelsberger
Profesora Asistente
Departamento de Bioinformática
Universidad de Talca
Talca, Chile

Carlos Lagos
Profesor Asociado
FACULTAD DE MEDICINA Y CIENCIA
UNIVERSIDAD SAN SEBASTIÁN
SANTIAGO, Chile

Reinaldo Vargas
Académico
Departamento de Biología
Universidad Metropolitana de Ciencias de la Educación
Santiago, Chile

Daniel Bustos
Auxiliar Professor
Vicerrectoría de Investigación y Postgrado
Universidad Católica del Maule
Talca, Chile

Pedro Sánchez
Profesor Full-time
Ingeniería Informática
Universidad Católica de Temuco
Temuco, Chile

Ricardo Matute
Academic Faculty
Departamento de Química
Universidad Técnica Federico Santa María
Valparaíso, Chile

Francisco Sepúlveda
Research
Laboratorio Biología Molecular
CENTRO DE ESTUDIOS CIENTÍFICOS (CECS)
Valdivia, Chile

Jorge Villaseñor
Académico
Instituto de Química de Recursos NAturales
Universidad de Talca
Talca, Chile

Francisco Muñoz
Profesor Asociado
Departamento de Química Orgánica
Universidad de Concepción
Concepción, Chile

Cesar Astudillo
Assistant Professor
Deptartment of Computer Science
Universidad de Talca
Curico, Chile

Miguel Reyes
Full Professor
Facultad de Ciencias Médicas
UNIVERSIDAD DE SANTIAGO DE CHILE, FACULTAD DE CIENCIAS MÉDICAS, ESCUELA DE MEDICINA
Santiago, Chile
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Ivana Orellana
asistente de investigacion /bioinformatica
genomica y bioinformatica
universidad ma
Santiago, Chile

Matías Zúñiga
Postdoctorado
Centro de Bioinformática y Simulación Molecular
Universidad de Talca
TALCA, Chile

María del Pilar Caramantín
Profesor Conferenciante
Instituto de Química de Productos Naturales
UNIVERSIDAD DE TALCA
Talca, Chile

Claudio Jimenez
Associate Professor
Organic Chemistry
UNIVERSIDAD DE CONCEPCIÓN, FACULTAD DE CIENCIAS QUÍMICAS
Concepción, Chile

Ana Montero
Associate professor
Department of Physics
Universidad Tecnológica Metropolitana
Santiago, Chile

Gabriel Nuñez
Jefe de Carrera, Ingeniería Civil Informática
Ciencias Naturales y Tecnología
Universidad de Aysén
Coyhaique, Chile

Jaime Pereira
Jefe
Hematología-Oncología
ESCUELA DE MEDICINA, PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATÓLICA DE CHILE
Santiago, Chile

Rodrigo Recabarren
Postdoc
Facultad de Ciencias Químicas
Universidad de Concepción
Concepción, Chile

PABLO PEREZ
Profesor investigador
Programa de Comunicación en Cáncer
Universidad del Desarrollo
Santiago, Chile

Deodato Radic
Full professor
Quimica Fisica
Pontificia Universidad Católica de Chile
Santiago, Chile

Bruna Benso
Profesora Asistente
Facultad de Medicina
Pontificia Universidad Católica de Chile
Santiago, Chile

Carlos Gaete
Investigador Asistente
INSTITUTO DE CIENCIAS BIOLÓGICAS - UNIVERSIDAD DE TALCA
Talca, Chile

Bruce Cassels
Profesor Titular
Departamento de Química
UNIVERSIDAD DE CHILE, FACULTAD DE CIENCIAS, DEPARTAMENTO DE QUÍMICA
Santiago, Chile

Angel Leiva
Full Professor
Physical Chemistry
PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATÓLICA DE CHILE
Santiago, Chile

Cesar Saldias
Profesor Asistente
de Química Física
Pontificia Universidad Catolica de Chile
Santiago, Chile