Molecular modeling, computational biochemistry of ligand-protein interactions, pharmaceutical modeling, enzyme catalysis

<>
• 2011: Co-tutor of the work of Camila Daniela Muñoz Gutierrez “Estudio computacional de las interacciones entre el receptor VEGFR2 y derivados de semaxanib”, thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2012: Co-tutor of the work of Flavia Soto Salazar “Modelamiento molecular del factor de transcripción ANAC042 y su unión a distintos elementos cis-regulatorios en el ADN” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2012: Co-tutor of the work of Ingrid Araya Durán “Estudio de la energía de unión y selectividad de inhibidores de CDK2/CDK4: Energía de interacción QM/MM como descriptor de actividad biológica” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2013: Co-tutor of the work of Camila Navas Mondaca “Estudio computacional de las interacciones CDK2-ligando: Búsqueda de nuevos descriptores electrostáticos a partir de cálculos híbridos QM/MM y MM-GBSA” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2013: Tutor of the work of Osvaldo Andres Yañez Osses “Estudio computacional de la distribución del fluoróforo 7-[(6-bromohexilo)oxi]-2H-2-cromenona en una bicapa lipídica por dinámica molecular” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2014: Co-tutor of the work of Natalia Muñoz Mardones “Parametrización de moléculas orgánicas y análisis de su interacción mediante técnicas de química cuántica y dinámica molecular” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2015: Tutor of the work of Luis Cortes “Estudio de la energía de unión y selectividad de inhibidores de acetilcolinesterasa” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2015: Tutor of the work of Daniela Ester Caceres Rojas “Estudio de la interacción de la fosfodiesterasa 3 con sus inhibidores usando métodos de modelación molecular” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2016: Tutor of the work of Fabian Ignacio Gonzalez Norambuena “Estudio termodinámico de la interacción proteína-substrato de la proteína PKA con mutantes de Kemptide que contienen homoarginina” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2018: Tutor of the work of Hector Montecino Garrido “Diseño computacional de inhibidores de enzima convertidora de angiotensina (ECA) selectivos a partir de fármacos no selectivos” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2019: Tutor of the work of Sergio Rodrigo Alfaro Alfaro “Búsqueda de inhibidores derivados de trandolaprilat selectivos para la ECA mediante el uso de diseño de novo” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2020: Co-tutor of the work of Benjamín Gustavo Pino Ramírez “Predicción de estabilidad de proteínas mutantes usando Vectores de Autocorrelación de Secuencia de Aminoácidos (AASA) y Machine learning” thesis for the degree of engineer civil in Computing, Universidad de Talca.
• 2022: Tutor of the work of Luis Castillo Campos “Estudio estructural del rol inhibitorio de derivados de naftaleno frente a la enzima PLpro de SARS-CoV” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2022: Co-tutor of the work of Sebastián Ignacio Manríquez Sepúlveda “Diseño y síntesis multicomponente de peptidomiméticos como inhibidores de metaloproteasas” thesis for the degree in Biochemistry, Universidad de Concepción.
• 2023: Tutor of the work of Claudio Illanes Solis “Identificación de patrones estructurales que participan en la función de la enzima PLpro de SARS-CoV y SARS-CoV2” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.
• 2023: Tutor of the work of Javier Rosales “Estudio computacional de las características estructurales de inhibidores covalentes que bloquean la función catalítica de PLpro en SARS-CoV y SARS-CoV-2” thesis for the degree of engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.

<>
• 2015: Co-tutor of the PhD of Karel Mena Ulecia. “Modelación de la afinidad entre la Enzima Proteina Quinasa A (PKA) y sus sustratos peptídicos mediante métodos de Dinámica Molecular” PhD Program “Fisicoquimica Molecular”, Universidad Andres Bello, Chile.
• 2015: Tutor of the PhD of Pedro de la Torre Márquez. “Síntesis asistida y caracterización de derivados de tipo heteroaril-acrilonitrilo y sus aplicaciones en sistemas biológicos” PhD Program “Doctorado en Ciencias Aplicadas”, Universidad de Talca, Chile.
• 2016: Co-tutor of the PhD of David Ramirez. “Study and discovery of TASK-potassium channel modulators: A theoretical and experimental approach” PhD Program “Doctorado en Ciencias Aplicadas”, Universidad de Talca, Chile.
• 2017: Tutor of the PhD of Camila Daniela Muñoz Gutierrez. “Estudios de actividad anti-plaquetaria de productos naturales derivados de Solanum lycopersicum L” PhD Program “Doctorado en Ciencias Aplicadas”, Universidad de Talca, Chile.
• 2019: Co-tutor of the PhD of Liudis Leidy Pino Ramos. “Phenolic, oxylipin and fatty acid profiles of the Chilean hazelnut (Gevuina avellana): Antioxidant activity and inhibition of pro-inflammatory and metabolic syndrome- associated enzymes” PhD Program “Doctorado en Ciencias Aplicadas”, Universidad de Talca, Chile.
• 2020: Tutor of the PhD of Luis Joseph Prent Peñaloza. “Diseño, síntesis multicomponente y evaluación biológica de nuevos derivados de péptido-miméticos frente al sitio activo de cada dominio de la enzima convertidora de angiotensina I” PhD Program “Doctorado en Ciencias Aplicadas”, Universidad de Talca, Chile.
• 2020: Tutor of the PhD of José Luís Velázquez Libera. “Identificación de mecanismos de catálisis de la arginasa I del humano.” PhD Program “Doctorado en Ciencias Aplicadas”, Universidad de Talca, Chile.
• Tutor of the PhD of Ricelia González Serpa. “Obtención de una biblioteca de nuevos depsipéptidos, peptoides y derivados de los dipéptidos GF, GY, GW mediante reacciones multicomponentes y su potencial bioactividad..” PhD Program ““Doctorado en Ciencias, mención Investigación y Desarrollo de Productos Bioactivos””, Universidad de Talca, Chile.
• Tutor of the PhD of Sergio Alfaro Alfaro. “Diseño de nuevos protocolos para el tratamiento de la flexibilidad de proteínas en el post-procesamiento de experimentos de docking clásico y cross-docking.” PhD Program “Doctorado en Ciencias Mención Modelado de Sistemas Químicos y Biológicos”, Universidad de Talca, Chile.
• Tutor of the PhD of Fabian Ignacio Gonzalez Norambuena. “Estudio computacional de inhibidores covalentes de cisteína proteasas: obtención de conformaciones activas y mecanismos de reacción.” PhD Program “Doctorado en Ciencias Mención Modelado de Sistemas Químicos y Biológicos”, Universidad de Talca, Chile.
• Tutor of the PhD of Jorge Luis Valdés Albuernes. “Estudio de los mecanismos de reacción de las proteasas similares a la papaína (PLpro) de los coronavirus zoonóticos.” PhD Program “Doctorado en Ciencias Mención Modelado de Sistemas Químicos y Biológicos”, Universidad de Talca, Chile.

<>
• 2012-2013: Sponsor of the postdoctorade researcher FONDECYT # 3130500, Edison Humberto Osorio López. “Catálisis enzimatica en la proteina quinasa PKA”
• 2013-2015: Sponsor of the postdoctorade researcher FONDECYT # 3140288, Horacio Poblete Vilches. “Study of the structural determinants that control the operation of the Na+/ K+ pump”
• 2014-2017: Sponsor of the postdoctorade researcher FONDECYT # 3150041, Juliana Murillo López. “Estudio catalítico e inhibitorio en la proteína Fosfofructoquinasa-2”
• 2014-2017: Sponsor of the postdoctorade researcher FONDECYT # 3150035, Alejandro Morales Bayuelo. “Modelación de las estructuras tridimensionales de las proteínas quinasas involucradas en tuberculosis y la malaria: búsqueda del farmacóforo de sus inhibidores ATP competitivos”
• 2017-2020: Sponsor of the postdoctorade researcher FONDECYT # 3170003, Alexander Fernández de la Torre. “Diseño, síntesis y evaluación biológica de una nueva librería de compuestos fosfono-peptidomiméticos como inhibidores de la enzima Pseudomona elastasa (LasB)”
• 2017-2020: Sponsor of the postdoctorade researcher FONDECYT # 3170107, Erix Wiliam Hernández Rodríguez. “Modelación computacional de capacidades para la producción fotosensibilizada de oxígeno singlete en rodopsinas mutantes asociadas a degeneración retiniana”
• 2017-2020: Sponsor of the postdoctorade researcher FONDECYT # 3170909, Fabián Andrés Ávila Salas. “Diseño racional, síntesis y evaluación de nuevas nanoformulaciones basadas en polímeros para liberación controlada de feromonas sexuales de Lobesia botrana a través de una estrategia híbrida in-silico/experimental”
• 2018-2021: Sponsor of the postdoctorade researcher FONDECYT # 3180193, Francisco Adasme Carreño. “Derivation of amino acid structural propensities from theoretical potentials for protein structure prediction”
• 2023-2024: Sponsor of the postdoctorade researcher César Barrales Martínez. “Diseño racional de catalizadores libre de metales para la hidrogenación de dióxido de carbono y la deshidrogenación de metanol desde una perspectiva teórica-computacional: La clave para la implementación de la economía del hidrógeno verde.” (Financiado por Universidad de Talca).