Fernando Danilo Gonzalez Nilo
Titular Professor
Universidad Andres Bello
Santiago, Chile
Bioinformatics; Molecular Simulation; Nanobiotechnology; Structure and function of proteins; Protein-nucleic acid recognition; Structure and chemistry of nucleic acids.
-
Chemistry, UNIVERSIDAD DE SANTIAGO DE CHILE. Chile, 2000
-
Chemistry, UNIVERSIDAD DE SANTIAGO DE CHILE. Chile, 1994
-
Associate professor Full Time
UNIVERSIDAD DE SANTIAGO DE CHILE
Química y Biología
Santiago, Chile
2001 - 2003
-
Associate professor Full Time
UNIVERSIDAD DE TALCA
Ingeniería
Talca., Chile
2004 - 2008
-
Full Professor Full Time
UNIVERSIDAD DE TALCA
Ingeniería
Talca., Chile
2008 - 2011
-
Titular Professor Full Time
UNIVERSIDAD ANDRES BELLO
Ciencias de la Vida
Santiago, Chile
2012 - A la fecha
-
Director Centro de Bioinformática y Simulación Molecular Full Time
UNIVERSIDAD DE TALCA
Talca, Chile
2004 - 2011
-
Director de Línea de Investigación: Nanobiotecnología. Full Time
FRAUNHOFER CHILE RESEARCH
Santiago, Chile
2011 - 2011
-
Principal Investigador Full Time
CENTRO INTERDISCIPLINARIO DE NEUROCIENCIAS VALPARAÍSO (CINV)
Valparaíso, Chile
2011 - A la fecha
-
Director Centro de Bioinformática y Biología Integrativa Full Time
UNIVERSIDAD ANDRÉS BELLO
Santiago, Chile
2012 - A la fecha
- UNDERGRADUATE THESIS:
Jairo Tapia (2021): Ingeniero en Biotecnología, Facultad de Ciencias de la Vida, Universidad Andrés Bello.
Felipe Gómez (2019): Ingeniero Bioinformático, Facultad de Ciencias de la Vida, Universidad Andrés Bello,
Fernanda Maldonado (2019): Ingeniera Físico, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Andrés Bello.
Javier Cáceres (2015): Ingeniero en Biotecnología, Universidad Andrés Bello, Facultad de Ciencias de la Vida.
Felipe Monsalves (2009): Ingeniero en Bioinformática, Universidad de Talca, Facultad de Ingeniería.
Paz Tapia (2009): Ingeniero en Bioinformática, Universidad de Talca, Facultad de Ingeniería.
Ariela Vergara (2008): Ingeniero en Bioinformática, Universidad de Talca, Facultad de Ingeniería. Titulo de tesis: Análisis estructural del canal de K SHAKER. Tutor: Dr. Fernando González y Dr. David Naranjo (U. De Valparaíso).
Valeria Márquez (2008): Ingeniero en Bioinformática, Universidad de Talca, Facultad de Ingeniería. Titulo de tesis: Análisis estructural del canal de K hSlo. Tutor: Dr. Fernando González y Dr. Ramón Latorre (U. De Valparaíso)
Xaviera López (2008): Ingeniero en Bioinformática, Universidad de Talca, Facultad de Ingeniería. Titulo de tesis: estudio de estado de transición de descarboxilacion en PEPCK. Tutor: Dr. Fernando González y Dr. Emilio Cardemil (USACH)
Fabián Ávila (2008): Ingeniero en Bioinformática, Universidad de Talca, Facultad de Ingeniería. Titulo de tesis: calculo de energía de interacción dendrímero-molécula. Tutor: Dr. Fernando González
Samuel Morales Navarro (2009): Bioquímica/Licenciado en Bioquímica, Pontificia Universidad Católica de Chile, Facultad de Ciencias Biológicas. Titulo de tesis: Análisis mediante simulación molecular del sensor de concentración extracelular del ión potasio en los canales rectificadores de salida de Aribidopsis thaliana. Tutor: Danilo González.
Hector Urbina (2007): Ingeniero en Bioinformática, Universidad de Talca, Facultad de Ingeniería. Titulo de tesis: Estudio del estado de transición de la PEPCK. Tutor: Dr. Fernando González y Dr. Emilio Ardemil (USACH).
Alex Digenova (2007): Ingeniero en Bioinformática, Universidad de Talca, Facultad de Ingeniería. Titulo de tesis: Metodos de perturbacoon de energia libre apliucados a proteinas transmembranales. Tutor: Dr. Fernando González.
Marco Vidal Jiménez (en ejecución): Bioquímica/Licenciado en Bioquímica, Universidad Austral de Chile, Facultad de Ciencias, Escuela de Bioquímica. Titulo de tesis: Determinación de los perfiles de energía libre de unión de los iones de K+ en canales hSlo: Steered Molecular Dynamics. Tutor: Dr. Fernando González, Co-tutor: Ramón Latorre (CECS)
Germán Saavedra Núñez (2008): Bioquímica/Licenciado en Bioquímica, Universidad Austral de Chile, Facultad de Ciencias, Escuela de Bioquímica. Titulo de tesis: Análisis de conductancia en canales de K hSlo utilizando PMF como sistema de dinámica molecular. Tutor: Dr. Fernando González, Co-tutor: Ramón Latorre (CECS)
Pablo Bulnes Pardo (2007): Bioquímica/Licenciado en Bioquímica, Universidad Austral de Chile, Facultad de Ciencias, Escuela de Bioquímica. Titulo de tesis: Interacciones moleculares entre el transportador de glucosa humano tipo I y algunos inhibidores. Tutor: Dr. Alejandro Reyes P (UACh). Co-tutor: Dr. Fernando González.
Barbara Salas (2005): Bioquímica, Facultad de Química y Biología, Universidad de Santiago de Chile. Titulo de Tesis: Identificación de los determinantes moleculares de la Glutamil-tRNA sistentasa en Acidithiobacillus ferrooxidans. Profesores Tutores: Omar Orellana (U. de Chile) y Dr. Fernando González
Mauricio Arenas (2004): Bioquímica, Facultad de Química y Biología, Universidad de Santiago de Chile. Titulo de Tesis: Generación del modelo teórico de la Carboxiquinasa Fosfoenolpirúvica de Saccharomyces cerevisiae y caracterización de la mutación Ala40Asp. Profesores Tutores: Emilio Cardemil y Danilo González.
Mario Navarrete (2003): Bioquímica, Facultad de Química y Biología, Universidad de Santiago de Chile. Titulo de Tesis: Búsqueda de inhibidores para la PEPCK de T. brucei. Profesores Tutores: Emilio Cardemil y Danilo González.
José Miguel Villarreal (2003): Bioquímica, Facultad de Química y Biología, Universidad de Santiago de Chile. Titulo de Tesis: Análisis de interacción ATP/GTP en PEPCK de S. cereviciae. Profesores Tutores: Emilio Cardemil y Danilo González.
- MASTERS THESIS:
Nicolás Bravo Acuña (en ejecución): Alumno de postgrado Magíster en Biotecnología y Ciencias de la Vida, Facultad de Ciencias de la Vida, Universidad Andrés Bello. Título: "Evaluación de rutas alostéricas de activación de unión de capsaicina como agonista del canal iónico TRPV1" Tutor: Dr. Fernando González
Daniel Aguayo (2008): alumnos de postgrado de Magíster en Bioquímica, Universidad Andres Bello. Titulo de tesis: Modelamiento Molecular de Porinas OMPD Salmonella Tiphymurium: posible rol de porinas en el flujo de sustancias toxicas. Tutores: Dr. Fernando González (UTALCA) y Dra. Claudia Saavedra (UNAB)
César Ávila (2007): alumno de postgrado de Magíster en Bioquímica, Dpto Bioquímica de la Nutrición, Universidad Nacional de Tucumán, San Miguel de Tucumán, Argentina. Tutores: Dra Rossana Chehin (Univ. Tucumán) y Dr. Fernando González (UTALCA).
- PhD DISSERTATION:
Claudia Pareja Barrueto (en ejecución): alumna de postgrado de Doctorado en Biotecnología, Universidad Andrés Bello, Santiago. Titulo de tesis: Relaciones estructura/función codificadas en canales formados por Conexina 50 humana: un rol para el potencial electrostático en la conducción de especies iónicas. Tutor: Dr. Fernando González (UNAB)
Melissa Alegría Arcos (2021): alumna de postgrado de Doctorado en Ciencias Biofísica y Biología Computacional Universidad de Valparaíso, Valparaíso Chile. Titulo de tesis: Descubrimiento y reingeniería in-silico de péptidos como nuevos moduladores de TLR2. Tutor: Dr. Fernando González (UNAB)
Romina Sepúlveda (2018): alumna de postgrado de Doctorado en Biotecnología, Universidad Andrés Bello, Santiago. Titulo de tesis: Caracterización estructural, termodinámica y funcional de toxinas peptídicas moduladoras del receptor de dolor TRPV1. Tutor: Dr. Fernando González (UNAB)
Valeria Márquez (2016): alumna de postgrado de Doctorado en Biotecnología, Universidad Andrés Bello, Santiago. Titulo de tesis: Rational Design of Dendrimer-Based Nanoparticles as Transfection Reagents: from atomic-scale perspective to transfection efficiency. Tutor: Dr. Fernando González (UNAB)
Hegaly Mendoza (2012): alumno de postgrado de Doctorado en Ciencias con mención Ingeniería Genética Vegetal de la Universidad de Talca. Titulo de tesis: Caracterización de genes de función desconocida y evaluación de su rol en el desarrollo de frutos partenocárpicos en Vitis vinifera cv. Tutores: Dr. Enrique González (UTALCA) y Dr. Fernando González (UTALCA)
Mauricio Arenas (2012): alumno de postgrado de la Universidad Andres Bello, programa de Doctorado en Biotecnología. Titulo de tesis: por evaluar. Profesores tutores: Dr. Fernando González (UTALCA).
Julio Caballero (2012): alumno de postgrado de Doctorado en Ciencias Aplicadas. Universidad de Talca. Titulo de tesis: por evaluar. Profesores tutores: Dr. Fernando González (UTALCA).
Daniel Aguayo (2012): Doctorado en Ciencias Aplicadas. Universidad de Talca. Titulo de tesis: por evaluar. Profesores tutores: Dr. Fernando González (UTALCA).
Wendy González (2011) : alumno de postgrado de Doctorado en Ciencias con mención Ingeniería Genética Vegetal de la Universidad de Talca. Titulo de tesis: Simulación Molecular de Canales de K+. Tutores: Dr. Ramón Latorre (CECS) y Dr. Fernando González (UTALCA)
Carolina Mascayano (2007): alumno de postgrado de la Universidad de Santiago de Chile, Facultad de Químicas y Biología, programa de Doctorado en Química. Titulo de tesis: Síntesis de Derivados de 1-bencilisoquinolinas como Posibles Inhibidores de CDK5 y Estudio de las Interacciones en el Sitio de Unión del ATP. Profesores tutores: Dr. Fernando González (UTALCA) y Dra. Silvia Sepúlveda (Fac. de Medicina, USACH)
Angelica Fierro (2007): alumno de postgrado de la Universidad de Santiago de Chile, Facultad de Químicas y Biología, programa de Doctorado en Química. Titulo de tesis: Estudio de las Interacciones presentes en el Sitio Activo de Monoamino–Oxidasa con derivados de Fenilisopropilaminas. Profesores tutores: Dr. Miguel Reyes (Fac. de Medicina, USACH) y Dr. Fernando González (UTALCA).
Claudia Sandoval (2007): alumno de postgrado de la Pontificia Universidad Católica de Chile, Facultad de Químicas, programa de Doctorado en Química. Titulo de tesis: Desarrollo de Herramientas Computacionales para el Cálculo de Energías de Interacción en Mezclas Poliméricas. Profesores tutores: Dr. Fernando González (UTALCA) y Dr. Deodato Radic (Fac. de Química, PUC)
- POSTDOCTORAL SCHOLARS:
Dr. Matías Leal (2020-2021): Investigador Postdoctorado Centro de Bioinfomática y Biología Integrativa, Facultad de Ciencias de la Vida, Universidad Andrés Bello.
Dra. Valeria Márquez (2020): investigador Postdoctorado Centro Interdisciplinario de Neurociencia de Valparaíso. Universidad de Valparaíso.
Dra. Romina Sepúlveda (2019): investigador Postdoctorado Centro Interdisciplinario de Neurociencia de Valparaíso. Universidad de Valparaíso.
Dr. Ignacio Díaz (2017-2018): Investigador Postdoctorado Centro de Bioinfomática y Biología Integrativa, Facultad de Ciencias de la Vida, Universidad Andrés Bello.
Dr. Germán Miño (2016-2017): Investigador Postdoctorado Centro de Bioinfomática y Biología Integrativa, Facultad de Ciencias de la Vida, Universidad Andrés Bello.
Dra. Claudia Sandoval (2010-2012): investigador Postdoctorado PBCT. Universidad de Talca.
Dr. Alejandro Yévenes (2010-2012): investigador Postdoctorado PBCT. Universidad de Talca.
Dr. Jaime Henríquez (2006-2008): investigador Postdoctorado PBCT. Universidad de Talca.
Dr. Jans Alzate (2007-2009): investigador Postdoctorado PBCT. Universidad de Talca.
International, Courses and Meeting Organizers
International Congress: ISCB-Sol Bio- EMBnet joint Latin American Conference.
Viña del Mar, 5-9 Noviembre 2018. Organizador y Speaker
Organizers: Fdo Danilo González-Nilo, PhD. Daniel Aguayo,PhD.
Workshop: Integration of Target Discovery, Drug Discovery and Drug Delivery TD4, UNAB,
Santiago, 20-24 Noviembre, 2017.
International Invited: Serge Mignani, CNRS, France.
Organizers: Fdo Danilo González-Nilo, PhD. Daniel Aguayo,PhD.
Workshop: Beyond Kd: ITC versus Free Energy Calculations, UNAB,
Santiago, 11-13 Diciembre, 2017.
International Invited: Christophe Chipot (CNRS research director, University of Lorraine, France) and Chad Brautigam (The University of Texas Southwestern Medical Center, Texas, USA)
Organizers: Fdo Danilo González-Nilo, PhD. Daniel Aguayo,PhD.
Workshop “Combining Cryo-Electron Microscopy & Biomolecular Simulations Discoveries Through a Computer Microscope” (4 days, January 2014)
Campus Quintay, Center for Bionformatics & Integrative Biology. Universidad Andrés Bello
Professors: Christophe Chipot, PhD.Illinois University at Urbana-Champaign. JC Gumbart, PhD. Georgia Institute of Technology Arne Moller, PhD. Aarhus Universit
Organizers: Fdo Danilo González-Nilo, PhD. Daniel Aguayo,PhD.
Advanced course in free energy calculation: practice and theory (December 2008) Center for Bioinformatics and Molecular Simulation,
Universidad de Talca (Talca, Chile)
Professor: Christophe Chipot, PhD (Universite? Henri Poincare?, France)
Organizers: Fdo Danilo González-Nilo, PhD. Daniel Aguayo,PhD.
Implementation, visualization and analysis of molecular dynamics simulations (December 2008)
Center for Bioinformatics and Molecular Simulation, Universidad de Talca (Talca, Chile)
Professor: Marcos Sotomayor, PhD (Harvard University, USA)
Organizers: Fdo Danilo Gonza?lez-Nilo, PhD. Daniel Aguayo,PhD.
Molecular dynamics simulations (December 2007)
Center for Bioinformatics and Molecular Simulation, Universidad de Talca (Talca, Chile)
Professor: Chris Chipot, PhD (Christophe Chipot, PhD (Universite? Henri Poincare?, France)
Organizers: Fdo Danilo Gonza?lez-Nilo, PhD. Daniel Aguayo,PhD.
International Congresses
- Invited Speaker: “Theoretical and experimental study of the thermodynamics parameters that govern the activation process of TRPV1”.
X International Conference on Bioinformatics, Montevideo-Uruguay, 28 octubre al 1 de nov., 2019.
- 73rd Annual Symposium / SOBLA Annual Meeting, Valparaíso, Chile. 4 al 7 de Septiembre 2019. Presentación Poster
- Seminario Transporte de Péptidos y Nanopartículas a través de Biomembranas, Santiago, Chile. 21 de Marzo. Speaker
- BIO International Convention. Boston 4-7 Junio - Speaker
- XXVII INTERNATIONAL MATERIALS RESEARCH CONGRESS”. Cancún Mexico 19-24 de Agosto. - Speaker
- ISCB-Sol Bio- EMBnet joint Latin American Conference. Viña del Mar, 5-9 Noviembre 2018. Organizador y Speaker
- Series OneCampus. Santiago- Chile. 20 Noviembre - Charla Bionanotecnologóa: La próxima Frontera - Speaker
- IV Congreso Colombiano de Biología Computaciona y Bioinformática. Santiago de Cali, Colombia. 13 y 14 Septiembre 2017.
- VIII Conferencia Iberoamericana de Bioinformática. Santiago de Cali, Colombia. 15 Septiembre 2017.
- Charla Inaugural año académico de Doctorado en Bioquímica y Boinformática. Universidad de Concepción. 21 Abril, 2017.
- Wokshop CYTED, Nanomedicine. Madrid,España. 6-9 Agosto, 2017.
- Invited speaker: Workshop for international coordination organized by Queen's University Belfast, UK. 16-21 Diciembre, 2017, La Paz, Bolivia
I Simposio Internacional en Genómica y Bioinformática del Cáncer. Santiago, Chile. 16 Enero 2017
- In Silico Characterization of Double Knot Toxin Binding to TRPV1 Channel. Sepúlveda, R.; Alegría-Arcos,M.; Diaz-Franulic,I.; González-Nilo, F.D. Biophysical Society 60th Annual Meeting 2016. Los Ángeles, Estados Unidos. 27 Febrero al 5 de Marzo 2016.
- Design of New Nano-Carriers based on Bioinformatics Analysis of Protein-DNA Interactions. Molecular Dynamics and Experimental Validation”. Márquez-Miranda, V. ; Araya, I. ; Camarada, M. B. ; Reyes-Ramirez, R. ; Comer, J. ; Ratjen, L. ; Otero, M. C. ; González-Nilo, F. D. Biophysical Society 60th Annual Meeting 2016. Los Ángeles, Estados Unidos. 27 Febrero al 5 de Marzo 2016.
- Structural Characterization of Ligand-Specific Interactions in TRPV1 Channel: Gating Mechanism by Capsaicin and Capsazepine. González-Nilo, F.D.; Caceres-Molina, J.; Bravo-Moraga, F.; Sepulveda, R.; Diaz-Franulic, I. Biophysical Society 60th Annual Meeting 2016. Los Ángeles, Estados Unidos. 27 Febrero al 5 de Marzo 2016.
- The hydrophobic interactions stabilize DkTx binding and the pain receptor TRPV1. Sepúlveda, R.; Diaz-Franulic, I.; González-Nilo, F.D. XXXVIII Reunión Anual de la Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular. Puerto Varas, Chile. 22 al 25 de Septiembre 2015.
- Identifying new transient receptor potential (TRP) channels in organisms from across the eukaryotic domain. Alegría-Arcos, M; González-Nilo F.D., Latorre R.; Almonacid DE. . XXXVIII Reunión Anual de la Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular. Puerto Varas, Chile. 22 al 25 de Septiembre 2015.
- Ligand specificity changes produced by cancer mutations. Bascur, J.P.; Alegría-Arcos, M.; Araya-Durán, I.; Juritz, E.I.; González-Nilo,F.D.; XXXVIII Reunión Anual de la Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular. Puerto Varas, Chile. 22 al 25 de Septiembre 2015.
- The Role of the Ion Dehydration Process in Low and High Conductance K Channels. Sepulveda, RV.; Bravo-Moraga,F.; Diaz-Franulic,I.; Aguayo, D.; Naranjo,D.; Latorre,R.; Gonzalez-Nilo, FD. Biophysical Society 59th Annual Meeting 2015. Baltimore, Estado Unidos. 7 de febrero al 11 de marzo 2015.
- Rational discovery of new capsaicin analogues as TRPV1 activators. Caceres, J.; Sepulveda, RV.; Navas, C.; Latorre, R.; González-Nilo, FD. ISCB-Latin America x-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio. Belo Horizonte, Brasil. 28 al 30 de Octubre 2014.
- Rational discovery of new capsaicin analogues as TRPV1 activators. Caceres, J.; Sepulveda, RV.; Navas, C.;Latorre, R.; González-Nilo, FD. Latin America Student Council Symposium '14. Belo Horizonte, Brasil. 27 de Octubre 2014.
- Structural analysis of the molecular self- assembly of amphiphilic dendrimer. González-Nilo, F. ; Camarada, M.B.; Márquez-Miranda, V.; Araya, I.; Ratjen, Lars.10th Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists (WATOC). Santiago, Chile. 5 al 10 Octubre 2014.
- Design of new nano-carriers based on bioinformatics analysis of protein-DNA interactions. Marquez-Miranda, V.; Camarada, M.; Araya, I.; Almonacid, D.; González-Nilo, F. XXXVII Annual Meeting Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile. Puerto Varas 30 de Septiembre al 4 de Octubre 2014.
- New formulation based in anti-atrophic peptides and dendrimers for the treatment of skeletal muscle atrophy: Molecular dynamics studies. Araya, D.; Pacheco, N.; Marquez-Miranda, V.; Ratjen, L.; Cabello-Verrugio, C.; Morales, G.; Rivera, J.; González-Nilo, F. XXXVII Annual Meeting Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile. Puerto Varas 30 de Septiembre al 4 de Octubre 2014.
- Homology Modeling of a Glutamate-gated chloride channel of Caligus rogercresseyi: An atomic-level perspective of interactions with Avermectins emamectin and ivermectin. Maraboli, V.; Cornejo, I.;Andrini, O.; Niemeyer, M.; Teulon, J.; Sepulveda, F.; Cid, P.; González-Nilo, F. XXXVII Annual Meeting Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile. Puerto Varas 30 de Septiembre al 4 de Octubre 2014.
- Identifying new transient receptor potential melastatin 8 (TRPM8): From sequence to structure. Alegri?a-Arcos, M.; Almonacid, D.; Latorre, R.; González-Nilo, FD. XXXVII Annual Meeting Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile. Puerto Varas 30 de Septiembre al 4 de Octubre 2014.
- The activation process of the pain receptor TRPV1 is mediated by structural changes in S6-TRP domain. Sepulveda, RV.; Latorre, R.; González-Nilo, F. XXXVII Annual Meeting Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile. Puerto Varas 30 de Septiembre al 4 de Octubre 2014.
- Discovery of new TRPV1 ac!vators analogues to capsaicin in a ra!onal framework. Caceres, J.; Sepulveda, RV.;Navas, C.;Latorre, R.;Gonzalez-Nilo, FD. XXXVII Annual Meeting Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile. Puerto Varas 30 de Septiembre al 4 de Octubre 2014.
- In silico studies of the permea!on pathway of TRPV1 ion channels. Navas, C.; Sepulveda, RV.;Baez-Nieto, D.; Brauchi, S.; González-Nilo, FD. XXXVII Annual Meeting Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile. Puerto Varas 30 de Septiembre al 4 de Octubre 2014.
- The molecular dynamics of Shaker and BK channels permeation and selectivity in at- omis!c detail using a double bilayer system. Latapiat, V.; Sepulveda, R.; González-Nilo, FD. XXXVII Annual Meeting Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile. Puerto Varas 30 de Septiembre al 4 de Octubre 2014.
- New computational strategies to understand the conductance mechanism in K+ channels. González, F.; Sepulveda, R.; Bravo, F.; Latapiat, V.; Díaz-Franulic, I.; Naranjo, D. XXXVII Annual Meeting Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile. Puerto Varas 30 de Septiembre al 4 de Octubre 2014.
- The conductance rate of potassium channels is correlated to the K+ dehydration process. Bravo, F.; Sepulveda, R.; Diaz, I.; Aguayo, D.; González, F. XXXVII Annual Meeting Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile. Puerto Varas 30 de Septiembre al 4 de Octubre 2014.
- Substitutions at F380 in S6 by Small Hydrophobic Amino Acids Makes the Opening Transition in BK Channels Rate Limiting. Carrasquel-Ursulaez, W.; Contreras, GF.; Sepúlveda, R.; Aguayo, D.; González-Nilo, F. D.; González, C.; Latorre, R. 58th Annual Meeting Biophysical Society. San Francisco, California, Estados Unidos. 15 al 19 de Febrero 2014.
- Turning a Small into Large Conductance K-Channel - How Far Can We Go? Diaz-Franulic, I.;Navarro, N.; González-Nilo, F.; Sepulveda, R.; Naranjo, D. 58th Annual Meeting Biophysical Society. San Francisco, California, Estados Unidos. 15 al 19 de Febrero 2014.
- Insights into the ion permeation process of high and low conductance K-channels using non-equilibrium Molecular Dynamics. González-Nilo, F. D.; Sepúlveda, R.; Naranjo,D.; Aguayo, D.;Araya,I.;Varas,I.; Bravo, F.; Diaz-Franulic, I.; Marquez-Miranda, V. 58th Annual Meeting Biophysical Society. San Francisco, California, Estados Unidos. 15 al 19 de Febrero 2014.
- Insights into the role of Pro475 in the ion permeation process of Shaker K-channel using non-equilibrium molecular dynamics. Sepu?lveda, R.; Aguayo, D.; Araya, I.; Varas, I .; Naranjo, D.; Gonza?lez-Nilo, F. XII PABMB Congress XXXVI Annual Meeting Sociedad de Bioqui?mica y Biologi?a Molecular de Chile XLIX Annual Meeting Sociedad Argentina de Investigacio?n Bioqui?mica y Biologi?a. Puerto Varas, Chile. 09 al 14 de Noviembre 2013.
- Characterization of binding affinity, transport and control release of Angiotensin 1-7 using dendrimer technology. Pacheco, N.; Cabello, C .; Gonza?lez-Nilo F. XII PABMB Congress XXXVI Annual Meeting Sociedad de Bioqui?mica y Biologi?a Molecular de Chile XLIX Annual Meeting Sociedad Argentina de Investigacio?n Bioqui?mica y Biologi?a. Puerto Varas, Chile. 09 al 14 de Noviembre 2013.
- Identification of novel transient receptor potential (TRP) superfamily members and structural characterization of their activation by PIP2. Alegri?a-Arcos, M.; Almonacid, D.; Poblete, H.; Latorre, R.; Gonza?lez-Nilo, F. XII PABMB Congress XXXVI Annual Meeting Sociedad de Bioqui?mica y Biologi?a Molecular de Chile XLIX Annual Meeting Sociedad Argentina de Investigacio?n Bioqui?mica y Biologi?a. Puerto Varas, Chile. 09 al 14 de Noviembre 2013.
- Homology Modeling of Calcium Channel CAV1.2 in Open Conformation: Structural characterization of the selectivity filter from atomic-level perspective. Maraboli?-Boutaud, V.; Ma?rquez-Miranda, V.; Neely, A.; Gonza?lez-Nilo F. XII PABMB Congress XXXVI Annual Meeting Sociedad de Bioqui?mica y Biologi?a Molecular de Chile XLIX Annual Meeting Sociedad Argentina de Investigacio?n Bioqui?mica y Biologi?a. Puerto Varas, Chile. 09 al 14 de Noviembre 2013.
- Molecular Dynamics Simulation of current-voltage in BK and Shaker K+ channels. Araya, I.; Sepu?lveda, R.; Marquez, V.; Aguayo, D.; Bravo, F.; González-Nilo F. XII PABMB Congress XXXVI Annual Meeting Sociedad de Bioqui?mica y Biologi?a Molecular de Chile XLIX Annual Meeting Sociedad Argentina de Investigacio?n Bioqui?mica y Biologi?a. Puerto Varas, Chile. 09 al 14 de Noviembre 2013.
- Synthetic Toxins Based on Dendrimers as ion channel blocker. Navas Mondaca, C.; Márquez Miranda, V.; González-Nilo F. XII PABMB Congress XXXVI Annual Meeting Sociedad de Bioqui?mica y Biologi?a Molecular de Chile XLIX Annual Meeting Sociedad Argentina de Investigacio?n Bioqui?mica y Biologi?a. Puerto Varas, Chile. 09 al 14 de Noviembre 2013.
- Insights into the role of Pro475 in the ion permeation process of Shaker K-channel using non-equilibrium molecular dynamics. Sepúlveda, RV.; Aguayo,D.; Araya,I.; Varas, I.; Naranjo,D.; González-Nilo,F. D. 4to. Congreso Argentino de Bioinformática y Biología Computacional (4CAB2C) y 4ta. Conferencia Internacional de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SolBio). Rosario, Argentina. 29 al 31 de Octubre 2013.
- Rational design of Synthetic Proteins as Transfection Reagents: Bioinformatics analysis and atomic-scale perspective. Márquez-Miranda, V. ; Comer, J. ; Camarada, M. B. ; Vidaurre, S. ; Otero, C. ; González- Nilo, F. D. 4to. Congreso Argentino de Bioinformática y Biología Computacional (4CAB2C) y 4ta. Conferencia Internacional de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SolBio). Rosario, Argentina. 29 al 31 de Octubre 2013.
A Computational Methodology to Study Interactions of Dendrimer-Drug Complexes. Sandoval Yañez, C. ; Vergara-Jaque, A. ; Comer, J. ; González-Nilo, F. D. 4to. Congreso Argentino de Bioinformática y Biología Computacional (4CAB2C) y 4ta. Conferencia Internacional de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SolBio). Rosario, Argentina. 29 al 31 de Octubre 2013.
- Assessing the Molecular Impact of Mutations in Protein Superfamilies Revealed by Whole-Exome Sequencing of Tumors. González-Nilo, F. D. 4to. Congreso Argentino de Bioinformática y Biología Computacional (4CAB2C) y 4ta. Conferencia Internacional de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SolBio). Rosario, Argentina. 29 al 31 de Octubre 2013.
- Computational study of the complexation of metal ions with PAMAM-G0 dendrimers. Camarada, M. B. ; López-Cabaña, Z.; Santos, L.; González-Nilo, F. D. ICMS, 2nd International Conference on Materials Science. Valdivia, Chile. 22 al 25 de Octubre 2013.
- Low voltage electron microscopy as a tool for the morphological study of oral microbial biofilms. Aguayo, D.; Salazar, J.; Huerta, J.; Mendoza, H.; Polanco, R.; González-Nilo, F. D. XXVII Annual Meeting of the Sociedad de Biología Celular de Chile. Puerto Varas, Chile. 23 al 27 de Octubre 2013.
-Mg2+ Blockade In A Kv Potassium ?Channel Mutant Having An Unusually High Conductance. Naranjo, D. ; Moscoso, C. ; Vergara-Jaque A. ; Marquez, V. ; Sepúlveda R. ; Valencia, I. ; Díaz-Franulic, I. ; González-Nilo, F. D. Biophysical Society 56th Annual Meeting 2012. San Diego, California, Estados Unidos. 25 al 29 de Febrero 2012.
-NEMO-Scientific Network (NSN). Advanced Microscopy and Image Processing in Neurobiology. NEMO-DFG Bilateral Meeting. January 17-21, 2011. Plenary Talk: New Challenges to Reach the Synergy between Electron Tomography and Molecular Simulations. Danilo Gonzalez.
-Congreso de Sociedad Chilena de Biologia, Noviembre 22, 2010. Symposium Ciencia de Frontera. Plenary Talk: Nanoinformatics: an emerging area of information technology at the intersection of bioinformatics, computational chemistry and nanobiotechnology. Danilo Gonzalez
-Congreso de Sociedad Chilena de Bioquimica, Noviembre 2010. Symposium of Bioinformatics. Plenary Talk: Synergy between Electron Microscopy and Molecular Simulations. Danilo Gonzalez
-Simposium de Biotecnologia. Instituto de Biotecnologia de Tarapaca. Universidad Arturo Prat, Iquique, November 2-5, 2010. Plenary talk: “Nanoinformatics: an emerging area of information technology at the intersection of bioinformatics, computational chemistry and nanobiotechnology”. Danilo Gonzalez.
-XXVII Congreso Nacional de Estudiantes de Bioqui?mica ANEB Chile, Universidad de Antofagasta, 4 al 7 de Agosto 2010. Plenary Talk, Simposium: Biomedicina y su importante rol en la sociedad
-Workshop: Role of Bioinformatics in Medicine. January 26, 2009, School of Medicine, Faculty of Health Sciences, Universidad de Talca. Talca, Chile. Center for Bioinformatics and Molecular Simulations: Skills and Connections to Biomedicine. Plenary Lecture. Danilo Gonzalez.
-Workshop: Computational Modelling and Simulations of Biological Systems. 21 Febrero- 25 marzo, 2010, Instituto Pasteur de Montevideo, Montevideo, Uruguay.
-Workshop: Role of Bioinformatics in Medicine. January 26, 2009, School of Medicine, Faculty of Health Sciences, Universidad de Talca. Talca, Chile. Center for Bioinformatics and Molecular Simulations: Skills and Connections to Biomedicine. Plenary Lecture.
-Startup Conference Medical Informatics, Facultad de Medicina, Universidad de Chile, Dic 10, 2009. Nano-Bio-Medical Informatics: the next frontier. Plenary Lecture.
-Desafíos y Oportunidades para la Cooperación en TICs entre Chile y la Union Europea
Universidad Técnica Federico Santa Maria, March 25, 2010. Nano-Bio-Medical Informatics: ACTION-GRID. Plenary Lecture.
-Bioinforsalud, March 2009, First European Commission-Funded Initiative to Analyse Biomedical Informatics, Grid Technologies and Nanoinformatics. Plenary Lecture.
-6th Workshop of Computational Chemistry and Molecular Spectroscopy, Octubre 21-24, 2008. Punta de Tralca, Chile. Plenary Lecture.
-First Workshop for Proteomics in the New World. LNCC, Petropolis, Rio de Janeiro, Brasil. May 12-16, 2008. Plenary Lecture.
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Fernando Danilo González Nilo
FONDECYT
Chile, 2004
Award by the President of Chile Ricardo Lagos as the best FONDECYT project in the Biology 2 scientific group
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Fernando Danilo González Nilo
ACADEMIA CHILENA DE CIENCIAS
Chile, 2007
Award by the Science Academy of Chile under Project “Science of Frontier”
CAPÍTULO 8: ESTUDIOS DE LA INTERACCIÓN PÉPTIDO-DENDRÍMERO A TRAVÉS DE SIMULACIONES COMPUTACIONALES |
The collaboratory for structural nanobiology |
Mutation Arg336 to Lys in Saccharomyces cerevisiae phosphoenolpyruvate carboxykinase originates an enzyme with increased oxaloacetate decarboxylase activity (vol 493, pg 1, 2001) |
"Fortalecimiento de la investigacion y docencia en Biomedicina a traves de la Biofisica de Canales Ionicos: Bases Moleculares de la Mecanopercepcion". |
Tecnología de Nanoburbujas para sistema de control de polvo expulsado por tronaduras |
Development of Inter-Institutional Research Proposal to Apply for Future Funding Granted By Third-Party Organization |
Syntethic funcionalization and pharmacological evaluation of mitochondria targeted |
Voltage-sensing and coupling between voltage and Ca2+ sensors in voltage- and Ca2+ -activated (BK) channels |
FageCapsuleS, bacteriófagos de Salmonella micro-encapsulados con tecnología de liberación intestino grueso y delgado |
Platinum Nanoparticles for the Catalysis of Ammonia Oxidation in Nitric Acid Industry |
The Chilean Neuromorphic Computing Initiative |
The cold-receptor TRPM8 channel contains a temperature sensor at coiled-coil domain located at C-terminus end |
Isolation of Extremophile Bacteria from Antarctica and the Atacama Desert That Use Energetic Materials as Energy Source. |
Ligand and Temperature Activation in TRPV1 Channels: A Thermodynamics and Molecular Simulations Analysis. |
Ligand and Temperature Activation in TRPV1 Channels=> A Thermodynamics and Molecular Simulations Analysis. |
“Increasing the threshold for blast induced unconsciousness: Exploring TRAAK Potassium channel.” |
“Neuromorphic Inspired Science to Maximize Big Data Dynamic Problem Solving for Future Intelligence, Surveillance, and Reconnaissance Operations (Neuromorphic Inspired Science)” |
Búsqueda y caracterización de nuevos péptidos corona con actividad anticancerígena, presentes en nanopartículas metálicas biosintetizadas por microorganismos antárticos. DI-816-15/N |
CROSS-DISCIPLINE BIO-NANOSTRUCTURED ENHANCED MULTIMODE-SENSOR SCIENCE |
GATING, ARCHITECTURE AND MODULATION BY BETA AND GAMMA SUBUNITS OF THE CALCIUM AND VOLTAGE-ACTIVATED POTASSIUM (BK) CHANNEL |
Gating, Architecture and Modulation by Beta and Gamma Subunits of The Calcium And Voltage-Activated Potassium (Bk) Channel. |
GREEN ENERGETIC MATERIALS |
Multi-Scale Simulations Study of Green Energetic Materials and their Interaction with Nanoparticles |
“Búsqueda y caracterización de nuevos péptidos corona con actividad anticancerígena, presentes en nanopartículas metálicas biosintetizadas por Microorganismos Antárticos |
“Desarrollo de potenciales fármacos usando los Astrocitos como blanco farmacológico para el tratamiento de enfermedades psiquiátricas”. |
“Development of a vaccine against HIV: study of changes in the biology of human dendritic cells after interaction with different HIV peptide delivery system.” |
Centers Of Excellence University of California Davis Life Sciences Innovation Center -UC Davis |
Desarrollo de potenciales fármacos usando los Astrocitos como blanco farmacológico para el tratamiento de enfermedades psiquiátricas. |
Desarrollo de una vacuna frente a VIH=> Estudio de los cambios en la biología de células dendríticas humanas tras interacción con distintos sistemas de liberación de péptidos de VIH (VIHVACD) |
Plataforma de Microcalorimetría de Titulación Isotérmica para caracterización termodinámica de procesos de reconocimiento molecular en sistemas biológicos y quimicos |
Rational Design of Pain Inhibitors=> target TRPV1 channel |
Tecnología de Información para el Análisis Genómico en Latinoamérica TIC4GEN |
“Plataforma de Microcalorimetría de Titulación Isotérmica para caracterización termodinámica de procesos de reconocimiento molecular en sistemas biológicos y químicos” |
Fortalecimiento de las Capacidades de Innovación Basadas en Ciencia, Bio-Nanotecnología. |
Gas en Polvo=> Una Nueva Herramienta Nano-Microtecnológica para controlar Maduración, Senescencia y Pudriciones en Frutos de exportación en Post-cosecha. |
Integración de Biología Estructural al desarrollo de la Bionanotecnología. |
Nano-Biomedicine |
Study of structural and dynamic properties that govern selectivity and conductance of K channels under non-equilibrium conditions. |
Yeast Platforms for the Production of Natural Flavor Compounds. |
“Fortalecimiento De Las Capacidades De Innovación Basadas En Ciencia, Bio-Nanotecnología |
“Integración de la Biología estructural al desarrollo de la Biotecnología.” |
“Powder gas: A New Tool Nano-microtechnology For Managing Maturation, Senescence and Decay in Fruits of Export in Post-Harvest” |
“Study of structural and dynamic properties that govern selectivity and conductance of K channels under non-equilibrium conditions”. |
“Yeast Platforms For The Production Of Natural Flavor Compounds”. |
Cross talk between Permeation and Voltage Sensitivity in Voltage Gated Potassium Channels. |
“Cross talk between Permeation and Voltage Sensitivity in Voltage Gated Potassium Channels” |
Determination of the Architecture and Dynamics of the Voltage- and Calcium-Activated (Bk) Channel using Lanthanide Resonance Energy Transfer (LRET). |
“Centro Interdisciplinario de Neurociencia de Valparaíso (CINV)”. |
“Determination of the architecture and dynamics of the voltage- and calcium-activated (bk) channel using lanthanide resonance energy transfer (lret)” |
“Nano-Biotechnology in Food” |
Centro Interdisciplinario de Neurociencia de Valparaíso (CINV). |
Fortalecimiento del área de Nano-Biotecnología y su potencial aplicación en la agroindustria y biomedicina. |
Nano-Biotecnologia en Alimentos, Fraunhofer Chile Research Center for Systems Biotechnology. |
Gestión de la innovación en empresas chilenas"=> “Instalación de capacidades de innovación en eslabones empresariales del cluster porcícola nacional. |
Ionic Conduction in K Channels. |
Sistema de Aprendizaje Colaborativo Basado en Infraestructura GRID (SACGRID)=> Aplicaciones en Ciencias Biológicas y Biotecnología |
Implementación de base de datos de nanopartículas => Collaboratory for Structural Nanobiology. |
International Cooperative Action on Grid Computing and Nano-Bio-Medical Informatics between the European Union, Latin America and the Western Balkans. ACTION-Grid. |
NIAPOC- New Interdisciplinary Approaches to Gain Molecular Insisghts into the Regulation of Potassium Channels in Plants. |
“Collaboratory lerning system based on GRID facilities (SACGRID): Applications for Biological Science and Biotechnology (Sistema de Aprendizaje Colaborativo Basado en Infraestructura GRID (SACGRID): Aplicaciones en Ciencias Biológicas y Biotecnología)”. |
“Development of nanoparticle database: Collaboratory for Structural Nanobiology”. |
“NIAPOC- New Interdisciplinary Approaches to Gain Molecular Insights into the Regulation of Potassium Channels in Plants”. Contraparte Alemania: Ingo Dreyer, Potsdam University. Programa de Cooperación Científica Internacional – PCCI. |
Desarrollo de Formulaciones Prototipo para Modular la Síntesis de Antocianinas y Flavonoides en Frutas=> Mejoramiento de la Calidad Visual, Contenido Nutricional, Competitividad y Valor Comercial de la Fruta de Exportación. |
Mecanismo Catalítico de la Carboxiquinasa Fosfoenolpiruvica de Saccharomyces Cerevisiae. |
Simulación Computacional Molecular de Nanomateriales y Sistemas Biológicos de Interés Experimental. |
“Computer Simulation Laboratory of Nanomaterials and Biological Systems of Experimental Interest.” |
“Mecanismo Catalítico de la Carboxiquinasa Fosfoenolpiruvica de Saccharomyces Cerevisiae”. |
Cooperación Internacional “Aspectos moleculares que gobiernan la conductancia de los canales de potasio”. (Invitado Dr. Aleksei Aksimentiev, Instituto Beckman, Universidad De Illinois, EEUU.) |
Fortalecimiento de Bioinformática y su rol en agricultura de precisión en la Universidad de Talca |
Regulación alosterica diferencial de transportadores de glucosa de clase I y clase III por inhibidores exofaciales y endofaciales. |
Cooperación Internacional “Aspectos moleculares que gobiernan la conductancia de los canales de potasio”. (Invitado Dr. Simon Berneche, Universidad de Basel, Suiza.) |
Desarrollo de productos Bioactivos. |
Fragaria Chilena Integral. |
Aspectos moleculares que gobiernan la conductancia de los canales de potasio. |
Low resolution structure of saccharomyces cerevisiae phosphoenolpyruvate carboxykinase in solution. |
MOBI-LAB=> Herramientas bioinformáticas aplicadas en Laboratorio de bioquímica y química. |
Red de Bioinformática. |
Estructura y mecanismo de acción de la carboxiquinasa fosfoenolpiruvica |
Estudio de las propiedades estructurales y dinámicas del agua en torno proteínas y su rol en la interacción proteína-proteína. |
Plataforma Científico-Tecnológica para el Desarrollo de la Genómica vegetal en Chile. Etapa I=> Genómica Funcional en Vid. |
FONDECYT Doctorado=> Estudio teórico de interacciones monómero-monómero y monómero-solvente y propiedades experimentales en geles |
Beca de Postgrado de GONZÁLEZ NILO, FERNANDO DANILO. |
"Gestión de la innovación en empresas chilenas": “Instalación de capacidades de innovación en eslabones empresariales del cluster porcícola nacional” |
“Cross-Discipline Bio-Nanostructured Enhanced Multimode-Sensor Science” |
“Ionic conduction in k channels”. |
“Rational Design of Pain Inhibitors: target TRPV1 channel” |