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Víctor Hugo Castro Fernández

Profesor Asistente

UNIVERSIDAD DE CHILE

Ñuñoa, Chile

Líneas de Investigación


Evolución Molecular; Bioinformática estructural; Cristalografía de proteínas; Reconstrucción de proteínas ancestrales; Estabilidad térmica en proteínas; Especificidad por sustratos en enzimas; Enzimas termófilas, psicrófilas y halófilas.

Educación

  •  Licenciatura en Bioquímica, UNIVERSIDAD DE CONCEPCION. Chile, 2009
  •  Doctorado en Ciencias, Mención Biología Molecular, Celular y Neurociencias, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2015
  •  Bioquímico, UNIVERSIDAD DE CONCEPCION. Chile, 2010

Experiencia Académica

  •   Profesor Asistente Full Time

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Facultad de Ciencias

    Santiago, Chile

    2018 - A la fecha

Experiencia Profesional

  •   Profesor Asistente Full Time

    Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    2018 - A la fecha

Formación de Capital Humano


Pregrado:
• Felipe Alfonso Bravo Moraga, memoria para optar al título de Ingeniero en Bioinformática, Universidad de Talca, Talca-Chile, 2013. Co-director de tesis.
• Evelin Valeria González Feliú, memoria para optar al título de Ingeniero en Bioinformática, Universidad de Talca, Talca-Chile, 2015. Co-director de tesis.
• Macarena Andrea Kern Mikkels, seminario de título para optar al título de Ingeniero en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile, Santiago-Chile, 2016. Co-director
• Pablo Cea Medina, seminario de título para optar al título de Ingeniero en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile, Santiago-Chile. Director.
• Sebastian Manuel Muñoz Muñoz, seminario de título para optar al título de Ingeniero en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile, Santiago-Chile. 2020 Director.
• Nicolas Andres Fuentes Ugarte , seminario de título para optar al título de Ingeniero en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile, Santiago-Chile. 2020, Co-director.
• Sixto Herrera Morales, seminario de título para optar al título de Ingeniero en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile, Santiago-Chile. 2021, Co-director.

Magíster:
• Felipe González Órdenes, tesis para optar al título de Bioquímico y Magister en Bioquímica, Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas, Universidad de Chile, Santiago-Chile, 2017. Co-tutor.
• Amparo Núñez. Tesis para optar al título de Bioquímico y Magister en Bioquímica, Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas, Universidad de Chile, Santiago-Chile, 2020. Co-tutor.

Doctorado:
• Gabriel Vallejos, Tesis para optar al grado de Doctor en Ciencias, mención Biología Molecular, Celular y Neurociencias. Universidad de Chile. Co-tutor.



 

Article (20)

Crystal structure and molecular dynamics simulations of a promiscuous ancestor reveal residues and an epistatic interaction involved in substrate binding and catalysis in the ATP-dependent vitamin kinase family members
Structure of an ancestral ADP-dependent kinase with fructose-6P reveals key residues for binding, catalysis, and ligand-induced conformational changes
Characterization of hydroxymethylpyrimidine phosphate kinase from mesophilic and thermophilic bacteria and structural insights into their differential thermal stability
Free radicals derived from ?-radiolysis of water and AAPH thermolysis mediate oxidative crosslinking of eGFP involving Tyr-Tyr and Tyr-Cys bonds: the fluorescence of the protein is conserved only towards peroxyl radicals
Single-Nucleotide Polymorphisms (SNP) Mining and Their Effect on the Tridimensional Protein Structure Prediction in a Set of Immunity-Related Expressed Sequence Tags (EST) in Atlantic Salmon (Salmo salar)
Tuning of Conformational Dynamics Through Evolution-Based Design Modulates the Catalytic Adaptability of an Extremophilic Kinase
ADP-dependent kinases from the archaeal order Methanosarcinales adapt to salt by a non-canonical evolutionarily conserved strategy
Protein topology determines substrate-binding mechanism in homologous enzymes
ADP-dependent phosphofructokinases from the archaeal order Methanosarcinales display redundant glucokinase activity
Reconstructed ancestral enzymes reveal that negative selection drove the evolution of substrate specificity in ADP-dependent kinases
Unusual dimerization of a BcCsp mutant leads to reduced conformational dynamics
Structural and functional analysis of the ASM p.Ala359Asp mutant that causes acid sphingomyelinase deficiency.
Bifunctional ADP-dependent phosphofructokinase/ glucokinase activity in the order Methanococcales biochemical characterization of the mesophilic enzyme from Methanococcus maripaludis
Bifunctional ADP-dependent phosphofructokinase/ glucokinase activity in the order Methanococcales biochemical characterization of the mesophilic enzyme from Methanococcus maripaludis
Emergence of pyridoxal phosphorylation through a promiscuous ancestor during the evolution of hydroxymethyl pyrimidine kinases
Emergence of pyridoxal phosphorylation through a promiscuous ancestor during the evolution of hydroxymethyl pyrimidine kinases
Crystal Structure, SAXS and Kinetic Mechanism of Hyperthermophilic ADP-Dependent Glucokinase from Thermococcus litoralis Reveal a Conserved Mechanism for Catalysis
Crystal structure, SAXS and kinetic mechanism of hyperthermophilic ADP-dependent glucokinase from Thermococcus litoralis reveal a conserved mechanism for catalysis.
Evidence for an inhibitory LIM domain in a rat brain agmatinase-like protein
Expression and localization of an agmatinase-like protein in the rat brain

Abstract (3)

Cold-Adapted ADP-Dependent Sugar Kinase: Biophysical and Evolutionary Study of its Flexibility.
Biophysical and evolutionary study of the structural flexibility of ADP-dependent sugar kinases from mesophilic and psychrophilic archaea
Biochemical and immunohistochemical analysis of an unusual rat brain agmatinase

Proyecto (13)

Structural and evolutionary relationships in vitamin kinases: functional novelty, catalytic mechanism and thermal stability.
Paleoenzymology=> Unraveling structural and catalytic adaptations in enzymes that opens new biotechnological opportunities.
RED DE APOYO PARA EL DESARROLLO DE LA CRISTALOGRAFIA DE PROTEINAS EN CHILE
X-ray diffractions of proteins from a Chilean crystallization facility 2018
X-Ray Diffraction of proteins from a Chilean crystallization facility 2017
Effect of ionic strength on oligomerization state of ADP-dependent kinases from Methanosarcinales Archaeas.
X-Ray Diffraction of proteins from a Chilean crystallization facility 2016.
EVOLUCIÓN DE LA CINÉTICA DE DESPLEGAMIENTO DE PROTEÍNAS=> EFECTO DE CAMBIOS TOPOLÓGICOS Y DE ESTABILIDAD DURANTE LA EVOLUCIÓN DE PROTEÍNAS CON ARQUITECTURA RIBOQUINASA.
Evolutionary trace of ligand-induced dimerization in ADP-dependent kinases from Methanosarcinales Archaeas
TRACING THE EVOLUTION OF THE ADP-DEPENDENT KINASE FAMILY=> STRUCTURAL DETERMINANTS FOR CATALYTIC PROPERTIES AND THERMAL ADAPTATIONS
Training in optical tweezers methodology at Bustamante Group, University of California, Berkeley, USA. 2014 Promoting Research Opportunities for Latin American Biochemists.
Apoyo de tesis de doctorado=> Resurrección de enzimas ancestrales=> historia evolutiva de la especificidad por sustratos en la familia de quinasas de azúcares dependientes de ADP de arqueas.
Protein crystallization trials with ancestral protein at IFSC, USP. Brazil.
17
Víctor Castro

Profesor Asistente

Departamento de Biología

UNIVERSIDAD DE CHILE

Ñuñoa, Chile

8
Victoria Guixé

Titular Profesor

Biology

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

5
CESAR RAMIREZ

Assistant Professor

Institute for Biological and Medical Engineering

Pontificia Universidad Catolica de Chile

Santiago, Chile

4
Elena Uribe

Associate Professor

Biochemistry and Molecular Biology

UNIVERSIDAD DE CONCEPCIÓN

Concepción, Chile

3
Alejandra Herrera

Estudiante de Doctorado

UNIVERSIDAD DE BARCELONA

3
Ricardo Zamora

Postdoctoral Researcher

Institute for Bioengineering of Catalonia (IBEC)

Barcelona, España

2
Gabriel Vallejos

Investigador postdoctoral

Departamento de Biología

Universidad de Chile

Santiago, Chile

1
Jaime Rivas

Assistant Professor

Facultad de Ciencias

Universidad Mayor

Santiago, Chile

1
Carmen Imarai

Profesor Titular

Biología

UNIVERSIDAD DE SANTIAGO DE CHILE

Santiago, Chile

1
Francisco Mura

Investigador postdoctoral

Química y Biología

Universidad de Santiago de Chile

Santiago, Chile

1
ALEXIS ASPEE

Profesor Titular

Ciencias del Ambiente

UNIVERSIDAD DE SANTIAGO DE CHILE

Santiago, Chile

1
Felipe Reyes

Associate profesor - Head of UAB Fish transcriptomics platform

Universitat Autònoma de Barcelona

Barcelona, España

1
Pablo Barrías

Profesor por hora

Ciencias del Ambiente

Universidad de Santiago de Chile

Santiago, Chile

1
Eva Vallejos

Investigador Postdoctoral

Centro de Biotecnología Acuícola

Universidad de Santiago de Chile

Santiago, Chile

1
Adolfo Henríquez

Colaborador Académico

Departamento de Química Analítica e Inorgánica

Universidad de Concepción

Concepción, Chile

1
Mauricio Gonzalez

Profesor Titular

INTA

UNIVERSIDAD DE CHILE - INSTITUTO DE NUTRICION Y TECNOLOGIA DE ALIMENTOS

Santiago, Chile

1
Jorge Babul

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
Silvana Zanlungo

Full Professor

Gastroenterology

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

1
Jans Alzate

Associate Professor

Departamento de Bioinformática

UNIVERSIDAD DE TALCA

Talca, Chile

1
Pablo Fuentealba

Investigador Post Doctoral

Ingeniería

University of South Florida

Tampa, Estados Unidos

1
María García

Profesor Titular

Biología Celular

UNIVERSIDAD DE CONCEPCIÓN

Concepción, Chile

1
Camilo López

prof. Asociado

Química Física

PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATÓLICA DE CHILE

Santiago, Chile

1
Fernando Martinez

Assistant Professor

Cell Biology

Universidad de Concepción

Concepción, Chile

1
Ana Sandino

Profesor Titular

Biología

Universidad de Santiago de Chile

Santiago, Chile

1
FRANCISCO NUALART

Full Professor and Scientific Director

Cellular Biology and Center for Advanced Microscopy CMA BIO-BIO

UNIVERSIDAD DE CONCEPCION

Concepcion, Chile