Resistencia a antimicrobianos; antibióticos; patogénesis bacteriana; genómica; metagenómica; Antibiotic resistance; Microbial Genomics and Evolution; Host-Microbe interactions; Bacterial Pathogenesis; Environmental microbiology; extremophiles

DIRECCIÓN Y CO-DIRECCIÓN DE TESIS DE DOCTORADO

1. 2025 Camilo Berríos. “Análisis del uso de genes de tRNAs y tmRNAs como sitios de integración, las propiedades de los elementos genéticos móviles asociados y su impacto en la evolución del cromosoma en Klebsiella pneumoniae y otros Enterobacterales” (Co-dirección con la Dra. Rosalba Lagos). Programa de Doctorado en Ciencias con mención Microbiología. Examen público rendido en enero de 2025.

2. 2020 Felipe Galdames (en curso). “Principales linajes y determinantes de virulencia y resistencia antimicrobiana de micobacterias no tuberculosas en Chile” (Director; Co-dirección con el Dr. Camilo Berríos). Programa de Doctorado en Ciencias con mención Microbiología.

3. 2020 José Coche (en curso). “Diversidad y funcionalidad de beta-lactamasas de bacterias antárticas del complejo Pseudomonas fluorescens” (Director; Co-dirección con el Dr. Francisco Chávez). Programa de Doctorado en Ciencias con mención Microbiología.

4. 2020 Boris Riveros (en curso). “The role of Dictyostelium discoideum Type-C G-protein-coupled receptors in the production of extracellular DNA traps” (Co-dirección con el Dr. Francisco Chávez). Programa de Doctorado en Ciencias con mención Microbiología.

5. 2020 Patricio Arros (en curso). “Efecto del descongelamiento y la colonización sobre la diversidad de genes de virulencia y resistencia en el suelo antártico” (Director; Co-dirección con el Dr. Francisco Chávez). Programa de Doctorado en Ciencias con mención Microbiología.

6. 2020 Ian Pérez (en curso). “Virulomas inexplorados en bacterias del suelo de la península Antártica revelados a través del uso de la ameba social Dictyostelium discoideum” (Co-dirección con el Dr. Francisco Chávez). Programa de Doctorado en Ciencias con mención Microbiología.

DIRECCIÓN Y CO-DIRECCIÓN DE TESIS DE MAGÍSTER

1. 2025 Jorge Vielma. “Estudio de las bases moleculares de la resistencia a colistina de la cepa bacteriana antártica Pseudomonas spp. Yep6b” (Director; Co-dirección con el Dr. Francisco Chávez). Magíster en Ciencias Biológicas, Universidad de Chile. Examen de grado aprobado el 18 de diciembre de 2025.

2. 2024 Antonia Ramos. “Dictyostelium discoideum vegetative cells DNA extracellular traps induced by different stimuli: A comparative analysis” (Co-dirección con el Dr. Francisco Chávez). Magíster en Ciencias Biológicas, Universidad de Chile. Examen de grado aprobado el 3 de mayo de 2024.

3. 2023 Fernanda Quiñones (en curso). “Análisis del secretoma de Dictyostelium discoideum y su modulación ante diferentes estímulos” (Director; Co-dirección con la Dra. Paulina Aguilera). Magíster en Ciencias Biológicas, Universidad de Chile.

4. 2023 Nicolás Guerra (en curso). “Prevalencia de clones hipervirulentos de Klebsiella pneumoniae en infecciones severas y su persistencia en el ambiente de la Unidad de Paciente Crítico del Hospital San José” (Director; Co-dirección con el Dr. Camilo Berríos). Magíster en Ciencias Biológicas, Universidad de Chile.

5. 2023 Juan Pablo Zúñiga (en curso). “Resistoma asociado a la diversidad bacteriana cultivable de salares del norte de Chile, ambientes con condiciones poliextremas” (Director). Magíster en Ciencias Biológicas, Universidad de Chile.

6. 2023 Manuel Silva (en curso). “Análisis metagenómico de la utilización de W, Mo y otros metales y su relación con el resistoma en comunidades microbianas de fuentes hidrotermales influenciadas por el punto triple” (Co-dirección con el Dr. Ricardo Cabrera). Magíster en Ciencias Biológicas, Universidad de Chile.

7. 2023 Tabata Soto (en curso). “Estudio del origen, la ultraestructura y la muerte celular asociada a las trampas extracelulares de Dictyostelium discoideum frente a la infección con Klebsiella pneumoniae” (Director; Co-dirección con el Dr. Francisco Chávez). Magíster en Ciencias Biológicas, Universidad de Chile.

8. 2023 Matías Gálvez. “Contribución relativa del plásmido KpVP y las islas genómicas GI-E492 e ICEKp10 en la virulencia de Klebsiella pneumoniae SGH10 sobre el modelo de hospedero Danio rerio” (Director; Co-dirección con la Dra. Macarena Varas). Magíster en Ciencias Biológicas, Universidad de Chile. Examen de grado aprobado el 10 de marzo de 2023.

9. 2023 Marcelo Veloso. “Distribución filogenómica de proteínas de la familia H-NS y su rol en la expresión de elementos móviles asociados a hipervirulencia en Klebsiella pneumoniae” (Director; Co-dirección con la Dra. Rosalba Lagos). Magíster en Ciencias Biológicas, Universidad de Chile. Examen de grado aprobado el 6 de enero de 2023.

10. 2022 Patricio Arros Muñoz. “Mecanismo de diseminación y trazado de la historia evolutiva de la isla genómica GIE492 en Klebsiella pneumoniae” (Director; Co-dirección con la Dra. Rosalba Lagos). Magíster en Ciencias Biológicas, Universidad de Chile. Examen público aprobado el 3 de junio de 2022.

11. 2020 Johanna Rojas Salgado. “Búsqueda y caracterización de péptidos antimicrobianos producidos por bacterias del suelo antártico” (Co-dirección con la Dra. Rosalba Lagos). Magíster en Ciencias Biológicas, Universidad de Chile. Examen público aprobado el 10 de agosto de 2020.

12. 2019 Marcos Hernández Peña. “Uso de la ameba Dictyostelium discoideum para la búsqueda de moléculas antimicrobianas contra cepas virulentas y/o multiresistentes de *Klebsiella pneumoniae*” (Co-dirección con el Dr. Francisco Chávez y el Dr. Carlos Areche). Magíster en Ciencias Biológicas, Universidad de Chile. Examen público aprobado el 27 de septiembre de 2019.

13. 2016 Gonzalo Díaz. “Influencia de factores celulares y proamiloidogénicos sobre la formación de inclusiones amiloides intracelulares de la microcina E492” (Co-dirección con la Dra. Rosalba Lagos). Magíster en Ciencias Biológicas, Universidad de Chile. Examen público aprobado en enero de 2016.

14. 2015 Paulina Aguilera Cortés. “Formación de amiloides intracelulares a partir de microcina E492 e identificación de residuos que afectan su amiloidogénesis” (Co-dirección con la Dra. Rosalba Lagos). Magíster en Ciencias Biológicas, Universidad de Chile. Examen público aprobado en mayo de 2015.

DIRECCIÓN Y CO-DIRECCIÓN DE TESIS DE PREGRADO

1) Antonia Ondarza (en curso). “Resistoma y potencial biotecnológico de la cepa Rahnella sp. aislada desde el Salar de Ascotán”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta.

2) Amparo Saavedra (en curso). “Caracterización de la resistencia a níquel y a cobalto de cepas bacterianas aisladas de los salares altoandinos de Huasco y Ascotán”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta.

3) Iyaray Céspedes (en curso). “Caracterización funcional de beta-lactamasas de aislados antárticos del complejo Pseudomonas fluorescens”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-director: Dr(c). José Coche.

4) Fernanda Quiñones (en curso). “Desarrollo de una metodología optimizada para la purificación de vesículas extracelulares de Dictyostelium discoideum y su caracterización”. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-directora: Dra. Paulina Aguilera.

5) Maximiliano Carreño (en curso). “Resistencia a litio, capacidad biolixiviadora y aislamiento de microorganismos de salares del norte de Chile”. Director: Dr. Andrés Marcoleta.

6) Javier Saldes. “Evaluación del rol de la beta-lactamasa PDC en la resistencia a antibióticos betalactámicos de la cepa Antártica Pseudomonas sp. YeP6b a través de mutagénesis por deleción asistida por CRISPR/Cas9”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-director: Dr. Francisco Chávez. Examen de título aprobado en agosto de 2025.

7) Manuel Silva. “En busca de metaloenzimas dependientes de W/Mo en tapetes microbianos, una caracterización desde la biodiversidad al resistoma de sistemas hidrotermales influenciados por el Punto Triple de Chile”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-director: Dr. Ricardo Cabrera. Examen de título aprobado en enero de 2025.

8) Tabata Soto. “Explorando el potencial anti-virulencia del polifenol EGCG sobre Klebsiella pneumoniae utilizando el hospedero modelo Dictyostelium discoideum”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-directora: Dra. Paulina Aguilera. Examen de Título aprobado en julio de 2024.

9) Juan Pablo Zuñiga. “Resistencia a cobre y antibióticos en aislados bacterianos del Salar de Ascotán”. Biología Ambiental, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-directora: Dra. Julieta Orlando. Examen de Título aprobado en julio de 2024.

10) Héctor Moraga. “Análisis metagenómico comparativo del resistoma y la estructura de comunidades microbianas que habitan ambientes extremos”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta. Examen de Título aprobado en julio de 2024.

11) Hugo González. “Evaluación de la resistencia a antibióticos de bacterias aisladas desde distintos tipos de suelo Antártico”. Biología Ambiental, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-director: Dr. Francisco Chávez. Examen de Título aprobado en enero de 2024.

12) Gabriela Carrasco. “Prospección de Factores de Virulencia en Bacterias Antárticas”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Francisco Chávez, Co-director: Dr. Andrés Marcoleta. Examen de Título aprobado en enero de 2024.

13) José Coche Miranda. “Diversidad y funcionalidad de beta-lactamasas provenientes de metagenomas de suelo antártico”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-directora: Dra. Julieta Orlando. Examen de Título aprobado en noviembre de 2023.

14) Pablo Sánchez. “Análisis de metagenomas de líquenes Peltigera del sur de Chile”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Directora: Dra. Julieta Orlando, Co-Director: Dr. Andrés Marcoleta. Examen de Título aprobado en diciembre de 2023.

15) Hazajem Colque. “Análisis metagenómico de la diversidad y potencial funcional de comunidades microbianas que habitan suelos de ambientes extremos del norte de Chile.” Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-Directora: Dra. Rosalba Lagos. Examen de Título aprobado en diciembre de 2023.

16) Nicolas Canales. “Optimización y evaluación de una estrategia informática para caracterizar la diversidad y el potencial metabólico de comunidades microbianas en metagenomas de suelo en base a datos de secuenciación shotgun”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-Directora: Dra. Rosalba Lagos. Examen de Título aprobado en marzo de 2024.

17) Joaquín Acosta. “Desarrollo de una herramienta bioinformática para la anotación detallada de plásmidos de Klebsiella pneumoniae y otras enterobacterias patógenas”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-Director: Dr. Camilo Berríos. Examen de Título aprobado en diciembre de 2023.

18) Amelia Cox. “Estudio comparativo de genes que codifican enzimas Polihidroxialcanoato sintasas (PhaCs) en cepas Antárticas del género Pseudomonas”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-Director: Dr. Ignacio Poblete. Examen de Título aprobado en octubre de 2023.

19) Roberto Rojas. “Desarrollo de una herramienta informática para la clasificación y anotación funcional de islas genómicas asociadas a genes de tRNAs y tmRNAs en el género Klebsiella”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-Director: Dr. Camilo Berríos. Examen de grado aprobado en marzo de 2023.

20) Jorge Vielma. “Políticas de ciencia orientada por misión: estudio de los efectos del fondo de investigación covid-19”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-director: Dr. Francisco Chávez. Examen de Título aprobado en junio de 2022.

21) José Fierro. “Detección, reconstrucción y caracterización de plásmidos desde metagenomas de suelos de ambientes extremos”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-Directora: Dra. Rosalba Lagos. Examen de Título pendiente.

22) Carlos Serrano. “Caracterización de sitios alternativos de integración de islas genómicas en Klebsiella pneumoniae”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-Directora: Dra. Rosalba Lagos. Examen de Título aprobado en enero de 2024.

23) Pablo Lorca. “Análisis comparativo del uso de tDNAs como sitios de integración de islas genómicas en cepas de Klebsiella pneumoniae y Escherichia coli”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-Director: Dr. Camilo Berríos. Examen de Título pendiente.

24) Daniel Silva. “Reconstrucción y caracterización de genomas microbianos a partir de metagenomas de suelo antártico”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-Directora: Dra. Rosalba Lagos. Examen de Título aprobado en enero de 2023.

25) Daniel Acuña. “Rol del plásmido pKpVP y las islas genómicas GIE492 e ICEKp10 en la virulencia de Klebsiella pneumoniae hipervirulenta sobre Dictyostelium discoideum”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-Directora: Dra. Macarena Varas. Examen de Título aprobado en enero de 2022.

26) Sebastián Farías. “Estudio del rol del plásmido KpVP y la isla genómica GIE492 sobre la resistencia a la fagocitosis y la formación de biopelículas de cepas hipervirulentas de Klebsiella pneumoniae”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-director: Dr. Francisco Chávez. Examen de Título aprobado en marzo de 2022.

27) Sofía Tapia. “Estudio de la diversidad de actinobacterias en muestras de suelo antártico y su potencial para la producción de antibióticos contra cepas multirresistentes de Klebsiella pneumoniae”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-Directora: Dra. Rosalba Lagos. Examen de Título aprobado en diciembre 2021.

28) Ignacio Costa. “Explorando el resistoma natural de suelos de la Peni?nsula Anta?rtica con distintos grados de intervencio?n humanana”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-Directora: Dra. Rosalba Lagos. Examen de Título aprobado en enero 2020.

29) Rodolfo Acevedo. “Desarrollo de una herramienta bioinformática para la identificación de Islas Genómicas asociadas a genes que codifican tRNAs en el patógeno bacteriano Klebsiella pneumoniae”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Director: Dr. Andrés Marcoleta, Co-Directora: Dra. Rosalba Lagos. Examen de Título aprobado en junio de 2019.

30) Álvaro Altamirano. “Estudio de la actividad formadora de poros de mutantes de microcina E492 en liposomas cargados con fluoróforos”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Directora: Dra. Rosalba Lagos, Co-Director: Dr. Andrés Marcoleta. Examen de Título aprobado en enero de 2019.

31) Camilo Berríos. “Estudio de los tDNAs como sitios de integración de islas genómicas en Klebsiella pneumoniae. Identificación y caracterización de las islas que ocupan dichos sitios”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Directora: Dra. Rosalba Lagos, Co-Director: Dr. Andrés Marcoleta. Examen de Título aprobado en octubre 2018.

32) Ramiro Reid. “Caracterización bioquímica y funcional de la microcina L492, un nuevo péptido antibacteriano codificado en el cluster de producción de microcina E492”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Directora: Dra. Rosalba Lagos, Co-Director: Dr. Andrés Marcoleta. Examen de Título aprobado en junio de 2018.

33) Josefina Marín. “Formación de amiloides intracelulares de la microcina L492 y su relación con la amiloidogénesis de la microcina E492”. Ingeniería en Biotecnología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile. Directora: Dra. Rosalba Lagos, Co-Director: Dr. Andrés Marcoleta. Examen de Título aprobado en agosto de 2017.

Dr. A. Marcoleta and his research group have developed a sustained and diversified program of dissemination and knowledge transfer activities between 2016 and 2025, focused on microbiology, antimicrobial resistance, environmental microbiology, and biotechnology. These activities integrate public engagement, formal and informal education, media participation, and interdisciplinary initiatives combining science and art, reaching diverse audiences including school students, university students, educators, and the general public. In recent years, these efforts have increasingly emphasized antimicrobial resistance and extreme environments within a One Health framework, contributing to the societal visibility and impact of his research.

Participation in outreach, dissemination, and knowledge transfer activities

2025

Participant in Puerto de Ideas Antofagasta (Chile), delivering outreach activities focused on antimicrobial resistance, extremophiles, and the search for new antibiotics in extreme environments, targeting general audiences.
Participant in Invierno con Ciencia, a national science outreach initiative, contributing with public talks and interactive activities addressing microbiology, Antarctic ecosystems, and antimicrobial resistance.
Organization and participation in school outreach activities, including invited talks and interactive workshops for primary and secondary school students, focused on bacteria, antibiotics, resistance mechanisms, and environmental microbiology.
Participation in institutional dissemination activities (Universidad de Chile), including interviews and digital content addressing antimicrobial resistance and environmental microbiology.

2024–2025

Participation in multiple outreach and dissemination activities, including invited talks, workshops, and public engagement events addressing antimicrobial resistance, microbiology of extreme environments, and biotechnology applications.
Contribution to science communication through digital and institutional platforms (e.g., Prensa UChile, online interviews, podcasts), communicating research findings to non-specialist audiences.
Participation in science communication activities targeting university students and early-career researchers, including discussions on antimicrobial resistance, genomics, and One Health perspectives.

2023–2025

Design and implementation of outreach activities integrating microbiology, genomics, and One Health concepts, including lectures and workshops for mixed audiences (students, educators, general public).
Development of educational and dissemination content focused on resistome studies in extreme environments and their relevance to global health.

2022–2025

Active participation in science communication through mass media and digital platforms, including radio interviews (Radio Cooperativa, Radio Duna, TXSPlus), podcasts, and institutional media.
Dissemination of research topics including antimicrobial resistance, Antarctic microbiology, extremophiles, and environmental reservoirs of resistance, contributing to public awareness and policy-relevant discussions.

2021–2023

Participation in outreach and educational activities associated with university programs and national initiatives, including lectures and workshops on microbiology, genomics, and antimicrobial resistance for students and educators.
Engagement with interdisciplinary audiences, integrating perspectives from microbiology, biotechnology, and environmental sciences.

2020–2022

Contribution to dissemination activities through online formats during the COVID-19 pandemic, including virtual talks, interviews, and educational content addressing antimicrobial resistance and microbiology.
Participation in digital outreach initiatives aimed at maintaining science communication activities under remote conditions.

2019

Organizer, together with Dr. Rosalba Lagos and the Chilean Academy of Sciences, of the lecture series “Bacterias Resistentes a Antibióticos: Grave crisis sanitaria del siglo XXI”, held within the “Primavera en la Academia” program (October–November 2019), including a closing lecture delivered by the applicant titled “El origen de la resistencia y obtención de nuevos antibióticos: Lecciones desde la Antártica”.
Scientific advisor of FONDART project 476994 “Utilidad de las propiedades antimicrobianas del cobre para la producción de arte biológico”.
Scientific advisor of the outreach project “Experimentando con bacterias, antibióticos y bacterias resistentes a antibióticos” (PAR Explora RM Sur Poniente), developed with Colegio Adventista de Buenaventura and presented at the XIV Congreso Regional de la Ciencia y la Tecnología.
Participation in outreach activity at Escuela Artística Abierta Índigo (Isla Negra), including an interactive stand and public lecture on antimicrobial resistance and Antarctic bacteria (August 2019).
Radio interview in the program “La Invención del Futuro” (Radio Pauta FM) on antimicrobial resistance and Antarctic research (September 2019).
Author of opinion column “Bacterias multirresistentes y carencia de nuevos antibióticos: una mirada desde Chile a un problema de salud pública global”, published in El Mostrador (April 2019).
Co-founder of the interdisciplinary initiative Microbegraphy, integrating microbiology and visual arts for science communication, including workshops with school students (Liceo Tajamar).

2016–2019

Lecturer in the elective course “Biotecnología” at Liceo Manuel de Salas, delivering theoretical and laboratory-based sessions for secondary school students, linking microbiology, biotechnology, and antimicrobial resistance.

2017

Radio interview in the program “Aire Fresco” (Radio Duna) on antimicrobial resistance and Antarctic microbiology (November 2017).
Media coverage and interview in Las Últimas Noticias: “Biotecnólogos buscan en la Antártica el antídoto para las nuevas súper bacterias” (November 2017).
Media coverage and interview in The Clinic: “La ciencia, el motor de la nueva era de la exploración antártica” (May 2017).
Media coverage in EMOL and international outlets: “Científicos chilenos buscan ‘antibióticos antárticos’ para luchar contra las bacterias multirresistentes” (March 2017).