Identificación de genes candidatos y marcadores moleculares asociados a caracteres de interés para la industria en plantas utilizando herramientas genéticas, genómicas y bioinformáticas. Genómica y bioinformática, Genética vegetal, Bioestadística.

SUPERVISÓN POSTDOCTORAL
Iván Balic (2015 – 2017). Análisis fisiológico y molecular de la textura del mesocarpo de bayas de uva de mesa. FONDECYT 3150538. Universidad Andrés Bello (Patrocinante).
Dayan Sanhueza (2018 - 2021). Caracterización epigenética e identificación de clones usando marcadores asociados a regiones diferencialmente metiladas en el genoma de Vitis vinifera CV. "Cabernet Sauvignon". FONDECYT 3180306. Universidad Andrés Bello (Patrocinante).

SUPERVISIÓN DE ESTUDIANTES DE DOCTORADO
Alejandra Cifuentes Esquivel, Doctorado en Ciencias Silvoagropecuarias y Veterinarias, Universidad de Chile. Director de tesis. Proyecto de tesis: ’Caracterización fenotípica y genotípica del ablandamiento en Prunus persica durante la maduración’ (2013 - 2017).
Gerardo Núñez Lillo, Doctorado en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: ‘Identificación de genes candidatos asociados con fecha de cosecha, contenido de sólidos solubles y harinosidad en duraznero [Prunus persica (L.) Batsch] usando secuenciación de DNA y RNA’ (2015 – 2019).
Claudio Urra Pérez, Doctorado en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: ‘Caracterización de la variabilidad genética de los clones de las variedades de Vitis vinifera utilizadas por las viñas chilenas’ (2015 – 2020).
Karin Rothkegel, Doctorado en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: "Caracterización transcriptómica y epigenética de los mecanismos de dormancia en cerezo (Prunus avium)" (2016 -2020).
Isabel Fuenzalida, Doctorado en Biociencias Moleculares, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: "Caracterización transcriptómica durante la infección de Pseudomonas syringae DC 3000 a Arabidopsis thaliana usando RNA-seq dual" (2018-presente).
Ignacia Hernández, Doctorado en Ciencias Agroalimentarias, Pontificia Universidad Católica de Valparaíso. Co-director de tesis. Proyecto de tesis: "Estado fisiológico en cosecha: claves para entender la heterogeneidad y comportamiento de la maduración de palta Hass" (2017-Presente).
Patricio Tapia, Doctorado en Bioinformática y Biología de Sistemas, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: "Caracterización genómica y transcriptómica de Cistanthe longiscapa" (2020-Presente).

SUPERVISIÓN ESTUDIANTES DE MAGÍSTER
Gerardo Núñez Lillo, Magíster en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: ‘Análisis de QTL (“Quantitative Trait Loci”) para caracteres de calidad del fruto en Prunus persica (L.) Batsch’ (2013 - 2014).
Tomás Carrasco Valenzuela, Magíster en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: ‘Identificación de genes asociados a la pérdida de firmeza del fruto en Prunus persica (L.) Batsch utilizando QTL y QTL de expresión (eQTL)’ (2014 - 2016).
Cristian Vergara Pulgar, Magíster en Bioquímica, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: ‘Análisis transcriptómico durante el desarrollo del fruto de palta (Persea americana Mill.) cultivar ‘Hass’ usando RNA-Seq’ (2015 - 2017).
Miguel Rubilar, Magíster en Bioquímica, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: ‘Análisis de la diversidad genética de un banco de germoplasma e identificación de polimorfismos asociados a fenotipos de interés por mapeo asociativo en duraznero (Prunus persica [L.] Batsch)’ (2016 - 2017).
Cristobal Balladares Moya, Magíster en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: ‘Identificación de genes candidatos asociados a harinosidad en Prunus persica’ (2016 - 2017).
Paulette Antiqueo Aravena, Magíster en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: ‘Caracterización del transcriptoma del erizo chileno (Loxechinus albus) utilizando secuenciación masiva (2016 - 2017).
Pamela González Troncoso, Magíster en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: ‘Evaluación de la diversidad genética en una población de Congrio Colorado (Genypterus chilensis) utilizando microsatélites’ (2015-2017).
Verónica Arenas Morales, Magíster en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: ‘Análisis de la diversidad genética y estructura poblacional en accesiones de quínoa chilena (Chenopodium quinoa Willd.) usando microsatélites’ (2016 - 2019).
Lissette Ulloa Zepeda, Magíster en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: ‘Caracterización funcional de los genes Solyc07g063410.2.1 y Solyc12g13620.1.1 mediante silenciamiento génico mediado por microRNA artificiales (amiRNAs) en Salonum lycopersicum’ (2016 - 2019).
Aníbal Riveros, Magíster en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: ‘Generación del transcriptoma de novo de Cistanthe longiscapa bajo condiciones de aridez en el Desierto de Atacama’ (2017 - 2019).
René Poblete, Magíster en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: ‘Evaluación dual del transcriptoma de Arabidopsis y Pst DC3000 durante estadios tempranos de infección comparando genotipos de plantas susceptibles (WT) y resistentes (wrky7/11/17)’ (2017 - 2019).
Alonso Espinoza, Magíster en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: ‘Identificación de regiones diferencialmente metiladas en el genoma asociadas a harinosidad del fruto después de almacenamiento en frío en Prunus Persica’ (2017 - presente).
Paula Sandoval, Magíster en Biotecnología y Ciencias de la Vida, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: " Determinación de los efectos de regiones diferencialmente metiladas en la expresión de genes in yemas florales de cerezo (Prunus avium) durante la dormancia" (2019-2021).
Wellasmín Pérez Reyes, Magíster en Biotecnología y Ciencias de la Vida, Universidad Andrés Bello. Director de tesis. Proyecto de tesis: "Identificación de genes asociados a fecha de cosecha en Prunus persica durante el desarrollo del fruto mediante RNAseq" (2020 - presente).

SUPERVISIÓN ESTUDIANTES PREGRADO
Felipe Oñate, Ingeniería en Biotecnología Vegetal, Universidad de Concepción (2013), Chile
Tomas Escorza, Ingeniería en Biotecnología, Universidad Andrés Bello (2013), Chile
Vanessa Almache, Ingeniería en Biotecnología, Universidad de las Américas (2015), Ecuador
Marcela Acosta, Ingeniería en Biotecnología, Universidad de las Américas (2015), Ecuador
Gabriela Jiménez, Ingeniería en Biotecnología, Universidad Andrés Bello (2014), Chile
Tamara Hube, Ingeniería en Biotecnología, Universidad Andrés Bello (2015), Chile
Lissette Ulloa, Ingeniería en Biotecnología, Universidad Andrés Bello (2015), Chile
Verónica Arenas, Ingeniería en Biotecnología, Universidad Andrés Bello (2015), Chile
Diego Peña, Ingeniería en Biotecnología, Universidad Andrés Bello (2016), Chile
Alvaro Barahona, Ingeniería en Biotecnología, Universidad Andrés Bello (2019), Chile
Bruno Romero, Ingeniería en Biotecnología, Universidad Andrés Bello (2020), Chile
Matías Salinas, Ingeniería en Biotecnología, Universidad Andrés Bello (en ejecución), Chile

SUPERVISIÓN MEMORIAS DE TÍTULO
Sebastián Chávez, Licenciatura en Biología, Universidad Andrés Bello, 2014
Roberto Bascuñán, Licenciatura en Biología, Universidad Andrés Bello, 2015
Evelyn Espinosa, Licenciatura en Biología, Universidad Andrés Bello, 2015
Sebastián Naour, Ingeniería en Biotecnología, Universidad Andrés Bello, 2016
Natalie Lebrun, Licenciatura en Biología, Universidad Andrés Bello, 2016
Paula Sandoval, Licenciatura en Biología, Universidad Andrés Bello, 2018

SOMETIDAS A REFERATO Y PUBLICADAS IN EXTENSO
- Infante, R. y Meneses, C. (2005) Use of genetic linkage maps in the stone fruit breeding. In: Second International Symposium of Fruit Genetic Breeding. November 12-13 2002, Santiago, Chile. 102p.
- Infante, R., Meneses, C. and Byrne, D. (2005) Present situation of peach breeding programs: Post harvest and fruit quality assessment. Acta Horticulturae (ISHS) 713: 121-124.
- Ihl, M., Bifani, V., Ramírez, C., Rubilar, M., Motomura, Y., Meneses, C., Infante, R. and Seguel, I. (2006) Preliminary study on edible film with a natural plant extract to improve quality of fresh fruits for supply chains. Acta Horticulturae (ISHS) 712:617-622.
- Infante, R., Kraemer, F., Luchsinger, L., Meneses, C. and Aros, D. (2006) Sensory postharvest quality evolution in apricot (Prunus armeniaca L.) cvs. ‘Palsteyn’ and ‘Grandir’. Acta Horticulturae (ISHS) 717: 21-30.
- Rothkegel, K., Cáceres-Miolina, J., Meneses, C., Almeida, A.M. (2019) Single-base resolution of the methylome in sweet cherry (prunus avium L.) during dormancy. Acta Horticulturae (ISHS) 1235: 401-406.
- Cáceres-Molina, J., Rothkegel, K., Sanchez, E., Carrasco-Valenzuela, T., Meneses, C., Prieto, H., Almeida, A.M. (2019) A draft genome of Prunus avium ´Karina´as a tool for genomic studies. Acta Horticulturae (ISHS) 1235: 85-91.

CONGRESOS INTERNACIONALES
-Meneses, C., Jung, S., Arus, P. and Howad, H. In Silico analysis and first applications of SNPs from the GDR database in peach. In: XII Fruit Section Symposium (EUCARPIA, ISHS). September 16-20, 2007. Zaragoza, Spain.
- Illa, E., Dirlewanger, E., Le Dantec, L., Cardinet, G., Meneses, C., Lambert, P., Audergon, J.M., Arus, P. and Howad, W. Bin mapping candidate genes and SNP discovery in Prunus. In: CRAG-LGDP Meeting. May 2-4, 2007. Banyuls, France.
- Howad, W., Illa., E., Meneses, C. and Arus, P. Bin mapping candidate genes and SNP discovery in Prunus. In: 4th Rosaceae Genomics Conference. Dec 2-4, 2008, Pucon, Chile.
- Meneses, C., Mir, G., Howad, W. and Arus, P. SNP Discovery and Bin Mapping Using High-Throughput 454 Technology in peach (Prunus persica (L.) Batsch). In: VII International Peach Symposium (ISHS). June 8-11, 2009. Lleida, Spain.
- Howad, W., Illa, E., Meneses, C., Tonda, R., Picañol, R., Blas, A., Eduardo, I., Aranzana, M.J. and Arus, P. Peach Genomics for Breeding. In: First Symposium on Omics-based Fruit Tree Molecular Biology and Biotechnology. October 18-21, 2010. Wuhan, China.
- Meneses, C.+, Howad, W. and Arus, P. SNP discovery and bin mapping using high-throughput 454 technology in Almond x Peach population. In: CRAG-LGDP Meeting. May 9-10, 2011. Tautavel, France. (+Oral presentation)
- Sanhueza, D., Covarrubias, M.P., Meneses, C., Paredes, R., Dupree, P., Orellana, A., Defilippi, B. and Campos-Vargas, R. Differences of mealiness incidence in early and late season varieties of Prunus persica and cell wall modifications by postharvest treatments. In: Sixth Rosaceae Genomics Conference. October 1-4, 2012. Trento, Italy.
- Meneses, C., Vera, G., Tonda, R., Howad, W. and Arus, P. Saturation of the ‘Texas’ x ‘Earlygold’ Prunus reference map using Genotyping by Sequencing. In: Sixth Rosaceae Genomics Conference. October 1-4, 2012. Trento, Italy.
- Sanhueza, D., Balic, I., Nilo, R., Urra, C., Silva, C., Olmedo, P., Meneses, C., Defilippi B.G, Orellana, A. and Campos-Vargas, R. Study of the effect of controlled atmosphere on pectin changes of nectarines stored under chilling injury inducing conditions. In: XI International Controlled and Modified Atmosphere Research Conference. June 3-7, 2013. Triani, Italy.
- Balic, I., Sanhueza, D., Meneses, C., Prieto, H., Defilippi, B.G., Orellana, A. and Campos-Vargas, R. Molecular and physiological study of crunchiness of table grape berry. In: Ninth International Symposium on Grapevine Physiology & Biotechnology. April 24-26, 2013. La Serena, Chile.
- Sanhueza, D., Balic, I., Vizoso, P., Silva, C., Olmedo, P., Meneses, C., Defilippi, B., Orellana, A. and Campos-Vargas, R. Transcriptional profiling of a late and early peach varieties under different postharvest conditions and their relationship with mealiness development. In: VIII International Peach Symposium, June 17-20, 2013. Matera, Italy.
- Sanhueza, D., Balic, I., Nilo, R., Urra, C., Silva, C., Olmedo, P., Meneses, C., Defilippi, B.G., Orellana, A.,Campos-Vargas, R. Study of cell wall changes associated to chilling injury (CI) disorder on peaches. IX Congreso de Biotecnología Vegetal. Centro de Bioplantas, 7-10 de mayo 2013. Ciego de Ávila, Cuba.
- Núñez, G., Cifuentes, A., Campos-Vargas, R., Troggio, M., Infante, R., Orellana, A. and Meneses, C. (2014) QTL Analysis for fruit quality traits in peach [Prunus persica (L.) Batsch]. Plant and Animal Genome. January 11-14, 2014. San Diego, USA.
- Carrasco-Valenzuela, T., Cifuentes-Esquivel, A., Ulloa-Zepeda, L., Campos-Vargas, R., Orellana, A. and Meneses, C.+ Identification of genes associated with the softening rate in Prunus persica (L.) Batsch using QTLs and expression QTL (eQTL). In: 7th Rosaceae -
Genomics Conference. June 24-26, 2014. Seattle, USA. (+Oral presentation)
- Cifuentes-Esquivel, A., Carrasco-Valenzuela, T., Ulloa-Zepeda, L., Cifuentes-Esquivel, N., Nuñez-Lillo, G., Infante, R., Orellana, A., Campos-Vargas, R. and Meneses, C. Identification of candiate genes for fruit softening in Prunus persica using an expression QTL analysis. Plant Genomes & Biotechnology: From Genes to Networks, December 2-5, 2015. Cold Spring Harbor, NY, USA.
- Balic, I., Meneses, C., Prieto, H., Defilippi, B. and Campos-Vargas, R. Comparative analysis of transcriptome during ripening of two table grape varieties contrasting in berry texture. III Southeast Asia Symposium on Quality Management in Postharvest Systems, August 13-15, 2015. Siem Reap, Cambodia.
- Nardocci, G., Carrasco-Jeldres, M., Acevedo, E., Meneses, C. and Montecino, M. Identification of lncRNAs during osteogenesis. Chromatin Structure & Function. Gordon Research Conference, May 22-27, 2016. Les Diablerets, Switzerland.
- Campos-Vargas, R., Balic, I., Vizoso, P. and Meneses, C. Transcriptome analysis during ripening of table grape berry cv. Thompson Seedless. VIII International Postharvest Symposium Cartagena, June 21-24, 2016. Murcia, Spain.
- Balic, I., Peredo, T., Olmedo, P., Delgado, J., Meneses, C., Miyasaka, A., Pedreschi, R., Defilippi, B., Prieto, H., Campos-Vargas, R. Effect of calcium in texture of table grape berries cv Thompson Seedless grown at in vitro system. X International Symposium on Grapevine Physiology and Biotechnology (10GPB), June 13-18, 2016. Verona, Italy.
- Balic, I., Vizoso, P., Olmedo, P., Sepulveda, P., Meneses, C., Defilippi, B. and Campos-Vargas, R. Transcriptome analysis of two contrasting table grape varieties in berry texture during ripening. X International Symposium on Grapevine Physiology and Biotechnology (10GPB), June-13-18, 2016. Verona, Italy.
- Aedo, J., Zuloaga, R., Valenzuela, C., Vizoso, P., Mendez, K., Meneses, C., Bastías-Molina, M., Eir Einarsdottir, I., Thrandur Björnsson, B., Valdés, J.A. and Molina, A. Transcriptional response to confinement stress in skeletal muscle of fine flounder (Paralichthys adpersus) determined by RNA-seq. In: 8° International Symposium on Fish Endocrinology, June 28 to July 02, 2016. Gothenburg, Sweden.
- Meneses, C.+, Carrasco-Valenzuela, T., Cifuentes-Esquivel, A., Vergara, C., Nuñez-Lillo, G., Infante, R., Orellana, A. and Campos-Vargas, R. Identification of candidate genes associated with fruit softening rate in nectarine (Prunus persica) using QTLs and expression QTL. The 8th International Rosaceae Genomics Conference, June 21-24, 2016. Angers, France. (+Oral presentation).
- Meneses, C., Sanhueza, D., Vizoso, P., Olmedo, P., Balic, I., Defilippi, B., Orellana, A. and Campos-Vargas, R. Transcriptomic analysis and comparison of early and late harvest peaches and nectarines during ripening. The 8th International Rosaceae Genomics Conference, June 21-24, 2016. Angers, France.
- Salazar, J., Jorquera, C., Zapata, P., Shinya, P., Cooper, T., Bastías-Molina, M., Vergara, C., Meneses, C. and Infante, R. Transcriptomic approach of postharvest behavior of kiwifruit Actinidia deliciosa after 1-MCP and Ethrel applications. IX International Symposium on Kiwifruit (ISHS). September 6-9, 2017. Porto, Portugal.
- Rothkegel, K., Cáceres, J., Meneses, C. and Miyasaka-Almeida, A. Single-base resolution methylome of a high chill and a low chill cultivar of sweet cherry (Prunus avium) during dormancy. VIII International Cherry Symposium (ISHS). June 5-9, 2017. Yamagata, Japan.
- Cáceres, J., Rothkegel, E., Carrasco, T., Meneses, C., Prieto, H. and Miyasaka-Almeida, A. Into the construction of a draft genome for the Prunus avium ‘Karina’ cultivar. VIII International Cherry Symposium (ISHS). June 5-9, 2017. Yamagata, Japan.
- Vergara-Pulgar, C., Salazar, J., Jorquera, C., Zapata, P., Bastías-Molina, M., Cooper, T., Infante, R. and Meneses, C. IX International Symposium on Kiwifruit (ISHS). September 6-9, 2017. Porto, Portugal.
- Pinto, C., Testolin, R., Cipriani, G., Mesa, K., Meneses, C. and Infante, R. Exploratory QTL analysis for fruit-related traits in kiwifruit (Actinidia chinensis Pl.). IX International Symposium on Kiwifruit (ISHS). September 6-9, 2017. Porto, Portugal.
- Gerardo Nunez-Lillo, Verónica Arenas, Christofer Jaque, Cristian Vergara, María Teresa Dettori, Ignazio Verde, Claudio Meneses, Reinaldo Campos-Vargas. QTL analysis and whole genome sequencing for soluble solids content, maturity date and mealiness in a segregating population of peach [Prunus persica (l.) Batsch]. XXII Reunion de Fisiologia Vegetal Española. June 26-29, 2017. Barcelona, España.
- Delgado-Rioseco, J., Peredo, T., Cabello-Vasquez, F., Olmedo, P., Ejsmentewicz, T., Balic, I., Meneses, C., Pedreschi, R., Defilippi, B., Campos-Vargas, R+. Effect of calcium and magnesium in texture of table grape berries cv Thomposon seedless grown at in vitro system. VI Postharvest Unlimited, October 17-20, 2017. Madrid, Spain.
- Rothkegel, K., Cáceres, J., Carrasco- Valenzuela, Tomás., Meneses, C., Miyasaka-Almeida. Single-base resolution methylome of floral bud in sweet cherry (Prunus avium L.) varieties during cold accumulation in the dormancy period. Plant and Animal Genome XXVI Conference, January 13-17, 2018. San Diego, CA, USA.
- Cáceres-Molina, J., Rothkegel, K., Carrasco- Valenzuela, T., Urra, C., Meneses, C., Prieto, H., Miyasaka-Almeida, A. Comparative genomics for three sweet cherry varieties. Plant and Animal Genome XXVI Conference, January 13-17, 2018. San Diego, CA, USA.
- Olmedo, P., Zepeda, B., Sepulveda, P., Ejsmentewicz, T., Delgado-Rioseco, J., Meneses, C., Defilippi, B. G., Pedreschi, R., Campos-Vargas, R. Biochemical and metabolomic characterization of cell wall from berries of Vitis vinifera cv Thompson seedless with different firmness. XXX International horticultural congress, August 12-16, 2018. Istambul, Turkey
- Ejsmentewicz, T., Jaque C., Zepeda, B., Delgado-Rioseco, J., Balladares, C., Olmedo, P., Sepulveda, P., Infante, R., Pedreschi, R., Blanco, F., Meneses, C., Campos-Vargas, R. Metabolomic analysis of contrasting peaches (Prunus persica L. Batsch) in soluble solids content and susceptibility to chilling injury during postharvest in a segregation population OxN. XXX International horticultural congress, August 12-16, 2018. Istambul, Turkey.
- Rothkegel, R., Sandoval P., Soto, E., Cáceres-Molina, J., Miyasaka-Almeida, A., Meneses C. Whole bisulfite genome sequencing of contrasting sweet cherry (Prunus avium L.) varieties during cold accumulation in the dormancy period. Plant and Animal Genome XXVII Conference, January 12-16, 2019. San Diego, CA, USA.
- Lillo, V., Espinoza, A., Pedreschi, R., Campos-Vargas, R., Meneses, C. Identification of metabolite and lipid profile associated with mealiness in peach. Plant and Animal Genome XXVII Conference, January 12-16, 2019. San Diego, CA, USA.
- Nuñez, G., Ulloa, L., Barahona, A., Campos-Vargas, R., Blanco, F., Meneses, C. Unraveling regulatory mechanisms of the slow-ripening phenotype in peach. Plant and Animal Genome XXVII Conference, January 12-16, 2019. San Diego, CA, USA.
- Urra, C., Pavez, C., Minio, A., Miossec, M., Arenas-Morales, V., Nuñez, G., Balladares, C., Castro, A., Cantu, D., Meneses C. Evaluation of genetic diversity in grapevine clones of Cabernet Sauvignon Blanc cultivars by Whole Genome Resequencing. Plant and Animal Genome XXVII Conference, January 12-16, 2019. San Diego, CA, USA
- Zavala, D., Fuenzalida, I., Herrera-Vasquez, A., Gangas, M.V., Meneses, C., Roux, F., Blanco-Herrera, F. Functional and genomic characterization of a Pseudomonas syringae strain isolated from natural populations of Arabidopsis plants. XVIII Congress IS- Molecular Plant-Microbe Interactions. July 14-18, 2019. Glasgow, Scotland.
- Zavala, D., Fuenzalida, I., Herrera-Vasquez, A., Gangas, M.V., Meneses, C., Roux, F., Blanco-Herrera, F. Molecular and genomic characterization of Psy RAYR-BL; a novel Pseudomonas syringae highly aggressive in natural accessions of Arabidopsis thaliana and Nicotiana benthamiana. XXIII Meeting of the Spanish Society of Plant Physiology/XVI Spanish Portuguese Congress of Plant Physiology. June 26-28, 2019. Pamplona, Spain.
- Espinoza, A., Rothkegel, K., Sanhueza, D., Pedreschi, R., Campos-Vargas, R., Meneses, C. Identification of differentially methylated regions in the Prunus persica genome associated with mealy flesh fruit due to long-term cold storage. Plant and Animal Genome XXVIII Conference, January 11-15, 2020. San Diego, CA, USA.
- Urra, C., Pavez-Reyes, C., Minio, A., Miossec, M., Balladares, C., Sanhueza, D., Castro, A., Cantu, D., +Meneses, C. Elucidating the clonal diversity of Vitis vinifera cv. Cabernet Sauvignon. Plant and Animal Genome XXVIII Conference, January 11-15, 2020. San Diego, CA, USA. (+Oral presentation)

CONGRESOS NACIONALES
- Salamanca, P., Meneses, C. e Infante, R. Mejoramiento Genético de Duraznero y Nectarín para la Obtención de Variedades Orientadas a Satisfacer las Necesidades Agronómicas y Comerciales de Chile. En: Seminario Investigación y Desarrollo en biotecnología Silvoagropecuaria: Situación Actual Chilena. Santiago, 18 y 19 de julio de 2002. Organización conjunta, Ministerio de Agricultura y CEPAL.
- Meneses, C.+ e Infante, R. Extracción de ADN desde distintos tejidos de cerezo (Prunus avium L.), y de portainjertos de Prunus, y determinación del potencial informativo de microsatélites (SSR). En: 53º Congreso Agronómico de Chile, diciembre 3-6 de 2002, Facultad de Cs. Agronómicas, Universidad de Chile, Santiago, Chile. (+Oral presentation)
- Donoso, J.M., Aros, D., Meneses, C., Infante, R. y Narváez, C. Identificación de alelos-s asociados a la autoincompatibilidad en damascos (Prunus armeniaca L.) por medio de marcadores moleculares. En: 57º Congreso Agronómico de Chile, 17-20 de octubre de 2006, Universidad Santo Tomás, Santiago, Chile.
- Sanhueza, D., Covarrubias, M.P., Meneses, C., Paredes, R., Defilippi, B., Orellana, A. and Campos-Vargas, R. Differences on mealiness incidence in early and late season varieties of Prunus persica and cell wall modifications induced by postharvest treatments. VII Plant Biology Meeting, December 3-6, 2012. Pucon, Chile.
- Cifuentes-Esquivel, A., Meneses, C. and Infante, R. Marker assisted selection for sex determination in a kiwifruit breeding program. VII Plant Biology Meeting, December 3-6, 2012. Pucon, Chile.
- Nuñez, G., Arraño, P., Campos-Vargas, R., Lemus, G., Infante, R., Orellana, O. and Meneses, C. Phenotyping and genotyping characterization of a segregating population peach fruit quality traits. VII Plant Biology Meeting, December 3-6, 2012. Pucon, Chile.
- Balic, I., Sanhueza, D., Meneses, C., Prieto, H., Defilippi, B.G., Orellana, A. and Campos-Vargas, R. Molecular and physiological study of crunchiness of table grape berry. Ninth International Symposium on Grapevine Physiology & Biotechnology, April 21-26, 2013. La Serena, Chile.
- Sanhueza, D., Meneses, C., Balic, I., Vizoso, P., Silva, C., Orellana, A. and Campos-Vargas, R. (2013) Study of ripening and chilling injury in early and late varieties of peaches and nectarines (Prunus persica) using RNA-seq. VIII Plant Biology Meeting, December 2-5, 2013. Pucon, Chile.
- Elizondo, D., Blanco, F., Meneses, C. and Orellana, A. Extraction and analysis of RNA of Cistanthe longiscapa for High Throughput Sequencing to identify genes involved in the process of seed germination. VIII Plant Biology Meeting, December 2-5, 2013. Pucon, Chile.
- Nuñez, G., Elizondo, D., Aros, D. and Meneses, C. Genomic organization of Myrcene Syntase in Scented lines of Alstroemeria. VIII Plant Biology Meeting, December 2-5, 2013. Pucon, Chile.
- Núñez, G., Meneses, C. y Aros, D. Organización Genómica De Mirceno Sintetasa En Líneas Aromáticas De Alstroemeria. III Congreso Flora Nativa. Septiembre 2013, Santiago, Chile.
- Núñez, G., Cifuentes, A., Campos-Vargas, R., Lemus, G., Infante, R., Orellana, A. and Meneses, C. QTL Analysis for fruit quality traits in peach [Prunus persica (L.) Batsch]. VIII Plant Biology Meeting, December 2-5, 2013. Pucon, Chile.
- Elizondo, D., Blanco, F., Meneses, C. and Orellana, A. Extraction and analysis of RNA of Cistanthe longiscapa for high throughput sequencing to identify genes involved in the seed germination process. VIII Plant Biology Meeting, December 2-5, 2013. Pucon, Chile.
- Arenas-Morales, V., Nuñez-Lillo, G., Montolla, M. A., León, P., Zurita-Silva, A. and Meneses, C. Genetic variation and population structure in quínoa (Chenopodium quinoa Willd.) using microsatellite markers. IX Reunión de Biología Vegetal. IX Plant Biology Meeting, December 1-4, 2014. La Serena, Chile.
- Carrasco-Valenzuela, T., Nuñez-Lillo, G., Cifuentes-Esquivel, A., Vizoso, P., Campos-Vargas, R., Orellana, A. and Meneses, C. Structural Genomic Comparison of Whole Genomes in Prunus persica: ‘Venus’ commercial variety against reference genome. IX Plant Biology Meeting, December 1-4, 2014. La Serena, Chile.
- Meneses, C.+ Identificación de regiones del genoma asociadas a caracteres de calidad del fruto en duraznero usando análisis de QTLs Encuentro de Genética Cuantitativa y de Poblaciones. Acortando la Brecha Genotipo-Fenotipo. Universidad de Santiago, viernes 4 de abril de 2014. Santiago Chile. (+Presentación oral).
- Elizondo, D., Vizoso, P., Bravo, S., Blanco, F., Meneses, C. and Orellana, O. Physiological and transcriptomic characterization of Cistathe longiscapa during seed germination. IX Plant Biology Meeting, December 1-4, 2014. La Serena, Chile.
- Ulloa-Zepeda, L., Vergara-Pulgar, C., Rubilar, M., Nuñez-Lillo, G., Cifuentes-Esquivel, A., Meneses, C. Marker Assisted Selection for Maturity Date in Prunus persica. IX Reunión de Biología Vegetal. December 1-4, 2014. La Serena, Chile.
- Vizoso, P., Meneses, C., Orellana, A. Whole Genome Sequencing and SNP Genotyping of Contrasting Siblings Associated to Mealy fruit in segregating population of Prunus. IX Plant Biology Meeting, December 1-4, 2014. La Serena, Chile.
- Nardocci, G, Acevedo, E, Nunez, G, Meneses, C, Montecino, M. Identification of new lncRNAs during osteoblast differentiation. XXXVII Annual Meeting Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile, 2014. Puerto Varas, Chile.
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- Arenas-Morales, V., Nuñez-Lillo, G., Montolla, M. A., León, P., Zurita-Silva, A., Meneses, C. Genetic variation and population structure in quínoa (Chenopodium quinoa Willd.) using microsatellite markers. X Plant Biology Meeting, December 1-4, 2015. Valdivia, Chile.
- Jiménez, G., Moraga, F., Galilea, B., Mitina, I., Henríquez-Valencia, C., Meneses, C., Blanco, F. The master coactivator NPR1 is involved in the salt tolerance response by its interaction with bZIP17 and the transcriptional regulation of salinity stress response genes in Arabidopsis thaliana. X Plant Biology Meeting, December 1-4, 2015. Valdivia, Chile.
Nunez-Lillo, G., Cifuentes-Esquivel, A., Ulloa, L2., Rubilar, M., Infante, R., Orellana, A., Blanco, MF2., Campos-Vargas, R2., Meneses, C.+ Identification of candidate genes involved with fruit quality in peach [Prunus persica (L.) Batsch] using QTL analysis and deep sequencing. X Plant Biology Meeting, December 1-4, 2015. Valdivia, Chile (+Oral presentation).
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- Urra, C., Pavez, C., Nuñez-Lillo, G., Zamora, P., Castro, A., Cantú, D., Orellana, A., Meneses, C. Clonal identification of Vitis vinifera cv Pinot noir using whole genome sequencing. XI Plant Biology Meeting, November 28 to December 01, 2016. Chillán, Chile.
- Arenas-Morales, V., Nuñez-Lillo, G., Montoya, A., Sandoval, A., León, P., Zurita-Silva, A., Meneses, C. Assessment of genetic diversity and population structure in quinoa (Chenopodium quinoa Willd.) germplasm collection using simple sequence repeat markers (SSR). XI Plant Biology Meeting, November 28 to December 01, 2016. Chillán, Chile.
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- Carrasco-Valenzuela, T., Cifuentes-Esquivel, A., Campos-Vargas, R. and Meneses, C. Expression QTL analyses reveal candidate genes associated with fruit softening rate in peach. XI Plant Biology Meeting, November 28 to December 01, 2016. Chillán, Chile.
- Ulloa-Zepeda, L., Cifuentes-Esquivel, A., Rubilar, M., Blanco, F. and Meneses, C. A codominant diagnostic marker for the slow ripening trait in peach. XI Plant Biology Meeting, November 28 to December 01, 2016. Chillán, Chile.
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- Rothkegel, K+., Caceres, J., Meneses, C., Almeida, A. Single base resolution of the methylome in the high chill requirement variety of sweet cherry (Prunus avium L.) ´Kordia´ during dormancy. XII Plant Biology Meeting, December 1-4, 2017. Villarrica, Chile
- Sepúlveda, P., Olmedo, P., Zepeda, B., Ejsmentewicz, T., Delgado-Rioseco, J., Jaque, C., Balic, I., Meneses, C., Pedreschi, R., Defilippi, B., Campos-Vargas, R. Estudio metabolómico de biomarcadores asociados a firmeza en uva de mesa (Vitis vinifera L.) cv Thompson seedles. XI Congreso Iberoamericano de tecnología postcosecha y agroexportaciones. November 29 - December 1, 2017. Santiago, Chile.
- Delgado-Rioseco, J., Olmedo, P., Ejsmentewicz, T., Sepulveda, p., Zepeda, B., Rojas-San Martin, B., Balladares, C., Jaque, C., Cabello-Vasquez, F., Balic, I., Meneses, C., Pedreschi, R., Defilippi, B., Campos-Vargas, R. Relación de la firmeza de fruots con cambios en la pared celular y contenido de calcio en bayas de uva de mesa y arándano. LXIX Congreso Agronómico de Chile. November 14-16, 2018. Punta Arenas, Chile.
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- Urra, C+., Pavez-Reyes, C., Arenas-Morales, V., Nuñez-Lillo, G., Balladares, C., Castro, A., Cantú, D., Meneses, C. Analysis of genetic diversity of Vitis vinifera ´Cabernet Sauvignon´and ´Sauvignon Blanc´ clones. XIII Plant Biology Meeting, December 3-6, 2018. Puerto Varas, Chile.
- Ossa, P., Orellana, D., Carrasco, T., Riveros, A., Moreno, A., Nilo-Poyanco, R., Meneses, C., Orellana, A. Day/night transcriptomic analysis of Cistanthe longiscapa reveals changes in key genes related to CAM photosynthesis and response to abiotic stress. XIII Plant Biology Meeting, December 3-6, 2018. Puerto Varas, Chile.
- Rothkegel, K., Sandoval, P., Soto, E., Caceres, J., Miyasaka-Almeida, A., Meneses, C. Whole bisulfite genome sequencing of contrasting sweet cherry (Prunus avium L.) varieties during cold accumulation in the dormancy period. XIII Plant Biology Meeting, December 3-6, 2018. Puerto Varas, Chile.
- Urra, C., Pavez-Reyes, C., Arenas-Morales, V., Nuñez-Lillo, G., Balladares, C., Castro, A., Cantú, D., Meneses, C. Analysis of genetic diverisy of Vitis vinifera ´Cabernet Sauvignon´and ´Sauvignon Blanc´ clones. XIII Plant Biology Meeting, December 3-6, 2018. Puerto Varas, Chile.
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- Vasquez, D., Carrasco, T., Meneses, C., Cuba-Diaz, M. Transcriptome validation of Colobanthus quitensis (Kunth) Bartl. Against different abiotic conditions. XIII Plant Biology Meeting, December 3-6, 2018. Puerto Varas, Chile.
- Ejsmentewicz, T., Salazar, A., Zepeda, B., Delgado-Rioseco, J., Jaque, C., Balladares, C., Rojas, B., Olmedo, P., Pedreschi, R., Infante, R., Blanco-Herrera, F., Meneses, C., Campos-Vargas, R. Metabolomic study of nitrogen compounds associated with physiological disorders in peaches (Prunus persica L. Batch) caused by cold storage in a segregating population OxN and four peach varieties. XIII Plant Biology Meeting, December 3-6, 2018. Puerto Varas, Chile.
- Olmedo, P., Sepulveda, P., Ejsmentewicz, T., Delgado-Rioseco, J., Zepeda, B., Meneses, C., Defilippi, B., Pedreschi, R., Campos-Vargas, R. Metabolomic characterization of berries of Vitis vinifera (L.) cv Thompson seedless with different fruit firmness during development. XIII Plant Biology Meeting, December 3-6, 2018. Puerto Varas, Chile.
- Delgado-Rioseco, J., Zepeda, B., Ejsmentewicz, T., Balladares, C., Salazar, A., Olmedo, P., Pedreschi, R., Infante, R., Blanco-Herrera, F., Meneses, C., Campos-Vargas, R. Metabolomic analysis of peaches (Prunus persica L. Batch) with contrasting phenotype of soluble solids content and maturity date. XIII Plant Biology Meeting, December 3-6, 2018. Puerto Varas, Chile.
- Arraño-Salinas, P., Herrera-Vasquez, A., Dominguez-Figueroa, J., Zavala, D., Medina, J., Vicente-Carbajosa, J., Meneses, C., Canessa, P., Moreno, A., Blanco-Herrera, F. WRKY7, -11 AND -17 transcription factors modulate the bZIP28 branch of the unfolded protein response during PAMP-triggered immunity in Arabidopsis thaliana. XIII Plant Biology Meeting, December 3-6, 2018. Puerto Varas, Chile.
- Lillo, V., Espinoza, A., Pedreschi, R., Campos-Vargas, R., Meneses, C. Identification of metabolite and lipid profile associated with mealiness in peach. XIII Plant Biology Meeting, December 3-6, 2018. Puerto Varas, Chile.
- Parra-Rojas, JP., Largo-Gosens, A., Carrasco, T., Celiz, J., Sepulveda, P., Temple, H., Sanhueza, D., Reyes, F., Meneses, C., Saez-Aguayo, S., Orellana, A. Exploiting developing seeds RNA-Seq to understand mucilage formation. XIII Plant Biology Meeting, December 3-6, 2018. Puerto Varas, Chile.
- Frez-Muñoz, L., Zuloaga, R., Dettleff, P., Altamirano, C., Aros, C., Fuentes, M., Bastías-Molina, M., Meneses, C., Valdés, J.A., Molina, A. Effect of cortisol on growth-related genes of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) myotubes challenged with Piscirickettsia salmonis. Chilean Society for Cell Biology - XXXIII Anual Meeting. November 12-16, 2019. Puerto Varas, Chile.
- Zurita-Silva, A., Alfaro, C., Castillo, D., Arancibia, V., Montoya, M., Arenas-Morales, V., Nuñez-Lillo, G., Meneses, C. Unlocking and assessing the performance of local genetic resources as strategy to mitigate climate changes. XLII Reunión de la Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile/ XIV Reunión de Biología Vegetal. October 8-11, 2019. Iquique Chile.
- Alarcón, J., Márquz, S., Meneses, C., Castro-Nallar, E. Genomic and metagenomic exploration of microbial endophytes and population structure of Araucaria araucana in Chile. XLII Reunión de la Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile/ XIV Reunión de Biología Vegetal. October 8-11, 2019. Iquique Chile.
- Urra, C., Pavez-Reyes, C., Minio, A., Miossec, M., Balladares, C., Castro, A., Cantu, D., Meneses C+. Elucidating the clonal diversity and genetic variation in Vitis vinifera cv Cabernet Sauvignon. XLII Reunión de la Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile/ XIV Reunión de Biología Vegetal. October 8-11, 2019. Iquique Chile. (+Oral presentation)
- Olmedo, P., Balladares, C., Sepúlveda, P., Delgado-Rioseco, J., Zepeda, B., Blanco-Herrera, F., Meneses, C., Defilippi, B., Pedreschi, R., Campos-Vargas, R. Cell wall metabolism in contrasting firmness table grapes during develpoment and ripening. XLII Reunión de la Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile/ XIV Reunión de Biología Vegetal. October 8-11, 2019. Iquique Chile.

DIFUSIÓN
- Meneses, C. 2012. Marcadores moleculares y mejoramiento genético. Convención PMA Fruittrade. Rueda Internacional de negocios de frutas y hortalizas de exportación chilena. Sesión de biotecnología, 8-9 de octubre de 2012. Espacio Riesco, Santiago, Chile. Invitado.
- Meneses, C. 2013. VII Congreso de Estudiantes de Biología. Marcadores moleculares y mejoramiento genético en Plantas. Santiago, 17 de octubre de 2013.
- Meneses, C. 2013. Estado actual y proyecciones de los marcadores moleculares como apoyo al mejoramiento genético en frutales. Convención PMA Fruittrade. Rueda Internacional de negocios de frutas y hortalizas de exportación chilena. Sesión de biotecnología, 12-13 de noviembre de 2013. Espacio Riesco, Santiago, Chile. Invitado.
Entrevista Revista Mundoagro. Mejoramiento genético y biotecnología vegetal. Año 7, Número 73. Diciembre 2015.
- Meneses, C. 2017. Mejorando las plantas: Desde la genética a la genómica. 4° Taller de Actualizaciones en Biología para profesores de Enseñanza Media. Concepción, 6 al 8 de enero, 2017.
- Meneses, C. 2020. Identification of candidate genes and molecular markers associated with fruit quality in peach (Prunus persica (L.) Batsch using omic strategies. Expositor. Universidad de Maryland, 23 noviembre 2020. Actividad online.