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JONATHAN ELIAS MALDONADO SOTO

Postdoc CONICYT

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

Líneas de Investigación


Genómica y transcriptómica comparada de organismos procariontes y eucariontes. Diseño e implementación de métodos bioinformáticos para obtener y comparar genomas bacterianos desde muestras metagenómicas.

Educación

  •  Licenciatura en Biotecnología Molecular, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2008
  •  Ingeniería en Biotecnología Molecular, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2010
  •  Doctorado en Ciencias, Biología Molecular, Celular y Neurociencias, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2017

Experiencia Académica

  •   Profesor curso Bioinformática (BIT120) Part Time

    UNIVERSIDAD ANDRES BELLO

    Ciencias Biológicas

    Santiago, Chile

    2010 - 2010

  •   Profesor asistente curso "Introducción a la Ciencia de la Computación" Part Time

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Ciencias Físicas y Matemáticas

    Santiago, Chile

    2001 - 2002

  •   Organizador y Profesor Workshop iBio Bioinformática Other

    PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE CHILE

    Facultad de Ciencias Biológicas

    Santiago, Chile

    2019 - 2019

Experiencia Profesional

  •   Asistente de investigación en el área de Bioinformática Part Time

    Proyecto de Investigación Genómica Funcional en Nectarines, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    2004 - 2005

  •   Instalación y configuración junto con Mariano Latorre de un cluster de 25 computadores destinados a análisis bioinformáticos Part Time

    Unidad de Bioinformática del Centro de Biotecnología Vegetal, Universidad Andrés Bello

    Santiago, Chile

    2005 - 2005

  •   Trabajo de consultoría en el diseño de la exhibición itinerante denominada “Genoma y Bioinformática” Part Time

    Museo Interactivo Mirador (MIM)

    Santiago, Chile

    2007 - 2007

  •   Diseño e implementación de un protocolo para la actualización automática de bases de datos Part Time

    Laboratorio de Bioinformática y Matemática del Genoma, Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    2007 - 2007

  •   Asistente de investigación en el área de Bioinformática Part Time

    Unidad de Bioinformática del Laboratorio de Genómica Funcional y Bioinformática Vegetal de la Universidad Andrés Bello

    Santiago, Chile

    2009 - 2010

  •   Jefe de área y asistente de investigación (Bioinformático) Full Time

    Laboratorio de Genómica Funcional y Bioinformática Vegetal de la Universidad San Sebastián

    Santiago, Chile

    2010 - 2011

  •   Jefe de área y asistente de investigación (Bioinformático) Full Time

    Laboratorio de Genómica Funcional y Bioinformática del Departamento de Producción Agrícola, Facultad de Ciencias Agronómicas de la Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    2011 - 2012

  •   Jefe de área y asistente de investigación (Bioinformático) Part Time

    Laboratorio de Genómica Funcional y Bioinformática del Departamento de Producción Agrícola, Facultad de Ciencias Agronómicas de la Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    2012 - At present

  •   Asistente de investigación en el área de Bioinformática Part Time

    Laboratorio de Bioinformática y Expresión Génica, INTA, Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    2012 - 2019

Premios y Distinciones

  •   Beca Presidente de la República

    MINISTERIO DE EDUCACION

    Chile, 1994

    Beca Presidente de la República por excelencia académica para costear gastos relacionados a etapa escolar. Años 1994 a 1999.

  •   Premio a la mejor promoción de Enseñanza Media

    ILUSTRE MUNICIPALIDAD DE SANTIAGO

    Chile, 1999

    Premio a la mejor promoción de Enseñanza Media otorgado por la Municipalidad de Santiago en el Liceo de Aplicación, Santiago de Chile

  •   Beca Presidente de la República

    MINISTERIO DE EDUCACION

    Chile, 2000

    Beca Presidente de la República a la excelencia académica para costear gastos y alimentación durante etapa universitaria otorgada desde año 2000 a año 2009.

  •   Beca Universidad de Chile

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Chile, 2000

    Beca Universidad de Chile para financiar el arancel de la carrera.

  •   Beca para asistir al “Global Biotechnology Forum”,

    Global Biotechnology Forum

    Chile, 2004

    Beca para asistir al “Global Biotechnology Forum”, Concepción, Chile.

  •   Beca para asistir al “Rosaceae Genomics IV Conference”

    RosBreed

    Chile, 2008

    Beca para asistir al “ Rosaceae Genomics IV Conference”, Pucón, Chile.

  •   Beca CONICYT Doctorado Nacional

    CONICYT

    Chile, 2012

    Beca CONICYT para cursar programa de Doctorado en Ciencias, Universidad de Chile.

  •   Beca CONICYT Postdoctorado

    CONICYT

    Chile, 2019

    Título: Contribución de la microbiota rizosférica a la tolerancia de Hoffmannseggia doelli ante cambios en la disponibilidad de nitrógeno. Beca #3190194


 

Article (37)

DNA sequencing in the classroom: complete genome sequence of two earwig (Dermaptera; Insecta) species
Evaluation of a Red Grape Marc Extract as a Natural Nitrification Inhibitor and its Effect on Soil Bacterial Community
Testing the stress gradient hypothesis in soil bacterial communities associated with vegetation belts in the Andean Atacama Desert
An Upgraded, Highly Saturated Linkage Map of Japanese Plum (<i>Prunus salicina</i> Lindl.), and Identification of a New Major Locus Controlling the Flavan-3-ol Composition in Fruits
Bioprospecting of Plant Growth-Promoting Traits of <i>Pseudomonas</i> sp. Strain C3 Isolated from the Atacama Desert: Molecular and Culture-Based Analysis
Descriptive Genomic Analysis and Sequence Genotyping of the Two Papaya Species (Vasconcellea pubescens and Vasconcellea chilensis) Using GBS Tools
First characterization of the gut microbiome associated with Mytilus chilensis collected at a mussel farm and from a natural environment in Chile
Partners to survive: <i>Hoffmannseggia doellii</i> root-associated microbiome at the Atacama Desert
RNA-seq analysis and transcriptome assembly of<i> Salicornia</i><i> neei</i> reveals a powerful system for ammonium detoxification
Nutrient Scarcity in a New Defined Medium Reveals Metabolic Resistance to Antibiotics in the Fish Pathogen <i>Piscirickettsia salmonis</i>
Plant ecological genomics at the limits of life in the Atacama Desert
RNAseq reveals different transcriptomic responses to GA(3) in early and midseason varieties before ripening initiation in sweet cherry fruits
Taxonomy and diversity of bacterial communities associated with marine sediments from Chilean salmonid farms
Tomato Cultivars With Variable Tolerances to Water Deficit Differentially Modulate the Composition and Interaction Patterns of Their Rhizosphere Microbial Communities
A de novo transcriptome analysis revealed that photomorphogenic genes are required for carotenoid synthesis in the dark-grown carrot taproot
Biochemical and Genomic Characterization of the Cypermethrin-Degrading and Biosurfactant-Producing Bacterial Strains Isolated from Marine Sediments of the Chilean Northern Patagonia
Fungal Diversity Analysis of Grape Musts from Central Valley-Chile and Characterization of Potential New Starter Cultures
Genome-scale metabolic models of Microbacterium species isolated from a high altitude desert environment
Bacterial communities associated to Chilean altiplanic native plants from the Andean grasslands soils
Comparative Transcriptome Profiling in a Segregating Peach Population with Contrasting Juiciness Phenotypes
RNA-seq Analysis of Salt-Stressed Versus Non Salt-Stressed Transcriptomes of Chenopodium quinoa Landrace R49
Soil Bacterial Communities From the Chilean Andean Highlands: Taxonomic Composition and Culturability
Transcriptome datasets from leaves and fruits of the sweet cherry cultivars ‘Bing’ ‘Lapins’ and ‘Rainier’
Construction of a highly saturated linkage map in Japanese plum (Prunus salicina L.) using GBS for SNP marker calling
Microbiome analysis and bacterial isolation from Lejia Lake soil in Atacama Desert
Structure and co-occurrence patterns in microbial communities under acute environmental stress reveal ecological factors fostering resilience
RNA-seq analysis of the head-kidney transcriptome response to handling-stress in the red tusk-eel (Genypterus chilensis)
Transcriptional Responses of Chilean Quinoa (Chenopodium quinoa Willd.) Under Water Deficit Conditions Uncovers ABA-Independent Expression Patterns
Transcriptomic analysis of the hepatic response to stress in the red cusk-eel (Genypterus chilensis): Insights into lipid metabolism, oxidative stress and liver steatosis
De novo transcriptome assembly of 'Angeleno' and 'Lamoon' Japanese plum cultivars (Prunus salicina)
Genetic structure based on EST–SSR: a putative tool for fruit color selection in Japanese plum (Prunus salicina L.) breeding programs
Genomic-Based Restriction Enzyme Selection for Specific Detection of Piscirickettsia salmonis by 16S rDNA PCR-RFLP
Complete genome sequence of Microbacterium sp CGR1, bacterium tolerant to wide abiotic conditions isolated from the Atacama Desert
mRNA-seq reveals skeletal muscle atrophy in response to handling stress in a marine teleost, the red cusk-eel (Genypterus chilensis)
Sequencing and de novo assembly of the red cusk-eel (Genypterus chilensis) transcriptome
The high-quality draft genome of peach (Prunus persica) identifies unique patterns of genetic diversity, domestication and genome evolution
Comparative EST transcript profiling of peach fruits under different post-harvest conditions reveals candidate genes associated with peach fruit quality

BookSection (1)

Functional Genomics: Transcriptomics

ConferencePoster (26)

Functional Genomics as a Tool to Unveil Bioactives Compounds in Commercial and Andean Natives Plants
Transcriptomic Analysis of ‘Garnem’ Rootstock By RNA-SEQ Reveals Genes and GENE Ontologies Involved in Drought Response
Bioinformatics and molecular analysis of factors involved in developmental and cracking tolerance in different varieties of sweet cherry
De novo transcriptome analysis of daucus carota modified root under dark or light grown conditions
Discrimination of taxa-specific genomes of soil bacteria through analysis of abundance changes between two contrasting environmental conditions
Functional Genomics as a Tool to Understand Cracking Tolerance in Sweet Cherry (Prunus avium)
Transcriptional, genetic and chemical approaches to understand tolerance to cracking in sweet cherry fruits
Transcriptome characterization of v. Pubescens and v. Chilensis: two phenotypically contrasting papaya species
Correlation Between Alkanes and Cracking in Different Sweet Cherries Varieties
Discrimination of taxa-specific genomes of soil bacteria through analysis of abundance changes between two natural environmental conditions
RNA seq as a tool to study the effect of handling stress in the expression of genes associated with the immune response of red cusk-eel (Genypterus chilensis)
A functional genomics approach to understand cracking in sweet cherries
Characterization of bacteria from the Atacama Desert tolerant to extreme pH and salinity conditions
Transcriptomic analysis of Musca domestica reveals 100My conservation of D. melanogaster decapentaplegic pathway
Approaches Enabling Molecular Breeding of Sweet Cherry
De novo assembly and characterization of red conger eel (Genypterus chilensis) transcriptome using next generation sequencing
A functional genomics approach to understand cracking susceptibility in sweet cherry (Prunus avium)
Genomes to Genes: Comparative genomic analysis in Prunoideae
RNA-seq Expression Analyses in Sweet Cherries with Differential Susceptibility to Cracking
Molecular and Bioinformatic analysis of factors involved in the cracking susceptibility in different varieties of cherry
Identification of the metabolic pathway for nonadienol, an interesting volatile compound in Fragaria chiloensis
Putative role of N-Alkane from sweet cherries epicuticular waxes in susceptibility to cracking
A carotenoid Cleavage Dioxygenase from White strawberry (Fragaria chiloensis): expression during fruit development in relation to a C13-norisoprenoid accumulation
Study of the aroma metabolic pathway in Fragaria chiloensis
Expression of aroma genes and accumulation of volatile compounds in cultivated strawberry (Fragaria x ananassa) and white strawberry (Fragaria chiloensis) during ripening
University of Chile's Integrated Plant Gene Expression Database

Proyecto (12)

Temporal Network Analysis of Sweet Cherry Fruit Ripening: using plant growth regulators to unravel the cross-talk between developmental and environmental cues
Fortalecimiento de la investigación y docencia del Doctorado en Biotecnología de la Facultad de Química y Biología de la Universidad de Santiago de Chile, con énfasis en el área Vegetal y en la colaboración científico-académica a través de ómicas
Participation of the auxin-gibberellin negative regulatory module during the fruit ripening initiation in the non-climacteric sweet cherry: Towards a seed-fruit interaction multiscale model
Contribución de la microbiota rizosférica a la tolerancia de Hoffmannseggia doelli ante cambios en la disponibilidad de nitrógeno.
Contribución del microbioma rizosférico a la tolerancia de Hoffmannseggia doelli ante cambios en la disponibilidad de nitrógeno
CHARACTERIZATION OF FRUIT DEVELOPMENT AND IDENTIFICATION OF POTENTIAL BIOACTIVES COMPOUNDS IN PLUMS, PEACH AND SWEET CHERRY THROUGH CONVENTIONAL BREEDING AND MOLECULAR TECHNIQUES
CHARACTERIZATION OF FRUIT DEVELOPMENT AND IDENTIFICATION OF POTENTIAL BIOACTIVES COMPOUNDS IN PLUMS, PEACH AND SWEET CHERRY THROUGH CONVENTIONAL BREEDING AND MOLECULAR TECHNIQUES
METAL METABOLISM IN SOIL BACTERIAL COMMUNITIES FROM AN EXTREME ENVIRONMENT=> A COMPARATIVE GENOMICS ANALYSIS.
METAL METABOLISM IN SOIL BACTERIAL COMMUNITIES FROM AN EXTREME ENVIRONMENT=> A COMPARATIVE GENOMICS ANALYSIS.
Centro de Regulación del Genoma
FUNCTIONAL GENOMICS APPROACH TO UNDERSTAND CRACKING SUSCEPTIBILITY IN SWEET CHERRY=> AN INTEGRATIVE VIEW FOR PRUNUS SPECIES
FUNCTIONAL GENOMICS APPROACH TO UNDERSTAND CRACKING SUSCEPTIBILITY IN SWEET CHERRY=> AN INTEGRATIVE VIEW FOR PRUNUS SPECIES

Review (1)

JUICE: a data management system that facilitates the analysis of large volumes of information in an EST project workflow
70
JONATHAN MALDONADO

Postdoc CONICYT

Dpto. Genética Molecular y Microbiología

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

18
Herman Silva

Professor

Departamento de Produccion Agricola

Universidad de Chile

Santiago, Chile

11
Veronica Cambiazo

Profesora titular

Unidad de Nutrición Básica

UNIVERSIDAD DE CHILE - INTA

Santiago, Chile

9
Mauricio Gonzalez

Profesor Titular

INTA

UNIVERSIDAD DE CHILE - INSTITUTO DE NUTRICION Y TECNOLOGIA DE ALIMENTOS

Santiago, Chile

8
DINKA MANDAKOVIC

Assistant Professor

GEMA Center

Universidad Mayor

Santiago, Chile

5
Basilio Carrasco

Scientific Director

Centro de Estudios en Alimentos Procesados (CEAP)

Talca, Chile

5
Alexis Gaete

Postdoctorado

Instituto de Nutrición y Tecnmología de los Alimentos (INTA)

Universidad de Chile

Santiago, Chile

5
Rodrigo Gutierrez

Full Professor

Molecular Genetics & Microbiology

PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATÓLICA DE CHILE

Santiago, Chile

4
Juan Valdés

Head lab

Ciencias Biologicas

UNIVERSIDAD ANDRÉS BELLO

Santiago, Chile

4
Alfredo Molina

UNIVERSIDAD ANDRES BELLO

SANTIAGO, Chile

4
Ariel Orellana

Profesor Titular

Centro de Biotecnologia Vegetal

UNIVERSIDAD ANDRES BELLO

Santiago, Chile

4
Lee Meisel

Associate Professor

Institute of Nutrition and Food Technology (INTA), University of Chile

Macul, Chile

4
Jorge Aedo

Profesor Auxiliar

Biología y Química

Universidad Católica del Maule

Talca, Chile

3
Rodrigo Pulgar

Profesor/Investigador asistente

INTA

UNIVERSIDAD DE CHILE - INSTITUTO DE NUTRICION Y TECNOLOGIA DE ALIMENTOS

Santiago, Chile

3
Mauricio Latorre

Profesor Asociado

INGENIERIA

UNIVERSIDAD DE O'HIGGINS

Rancagua, Chile

3
Cristian Gallardo

Profesor Asociado

Departamento de Oceanografía

Universidad de Concepción

Concepcion, Chile

2
Claudio Meneses

Profesor Asociado

Facultad de Agronomía e Ingeniería Forestal/ Facultad de Ciencias Biológicas

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

2
PAULA VIZOSO

Researcher

Universidad Mayor

SANTIAGO, Chile

2
Andrea Morales

Académico de planta, encargada de Investigación

Salud

Universidad Santo Tomas

La Serena, Chile

2
Juan Manuel Estrada

Director

Facultad de Ecología y Recursos Naturales

Universidad Andrés Bello

Quintay , Chile

1
Karina Ruiz

Profesora asociada

Carrera Quimica y Farmacia

Universidad Arturo Prat

Iquique, Chile

1
Benjamín Glasner

Investigador

Ciencias Biológicas

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

1
ERIKA SALAZAR

INVESTIGADORA

INSTITUTO DE INVESTIGACIONES AGROPECUARIAS INIA LA PLATINA

SANTIAGO, Chile

1
Alejandro Maass

Main Researcher

Center for Mathematical Modeling

Universidad de Chile

Santiago, Chile

1
Miguel Allende

Director

Biología

FACULTAD DE CIENCIAS, UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
Máximo González

Investigador

Biotecnología

Centro de Estudios Avanzados en Zonas Aridas

La Serena, Chile

1
Talia del Pozo

Académico Investigador

FAVA

Universidad de Las Américas

Santiago, Chile

1
Claudia Stange

Titular Professor

Department of Biology

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
Claudia Rojas

Associate professor

Instituto de Ciencias Agroalimentarias, Animales y Amientalesas y Veterinarias

Universidad de O'Higgins

San Fernando, Chile

1
Dante Travisany

Profesor Asociado

Facultad de Ingeniería y Negocios

Universidad de Las Américas

Santiago, Chile

1
Carlos Aranda

Académico

Ciencias Biológicas y Biodiversidad

Universidad de Los Lagos

Osorno, Chile

1
Patricio Hinrichsen

Investigador

INIA CENTRO REGIONAL LA PLATINA

Santiago, Chile

1
Leonardo Pavez

Profesor Asociado

Instituto de Ciencias Naturales

Universidad de Las Américas

Santiago, Chile

1
Marlene Gebauer

Profesor Asistente

Departamento de Ciencias Vegetales

PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE CHILE (PUC)

Santiago, Chile

1
Sergio Navarrete

Full Profesor

Ecología

Pontificia Universidad Católica de Chile

Las CRuces, Chile

1
Claudio Latorre

Full Professor

Ecology

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

1
PATRICIA AGUILA

Profesor Auxiliar categoria 3

Universidad Austral (UACH)

Puerto Montt, Chile

1
Alson TIME

Doctorate candidate

Nutrición Básica

Universidad de Chile

Santiago, Chile

1
Sebastian Boltana

Profesor Asociado

Occeanografia

Universidad de Concepcion

Concpecion, Chile

1
Claudio Ponce

Data Engineer

FRANKLES SPA

Santiago, Chile

1
Francisca Díaz

Investigadora postdoctoral

Genética molecular y Microbiología

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

1
Andrés Tittarelli

Profesor Asociado

Instituto Universitario de Investigación y Desarrollo Tecnológico (IDT)

Universidad Tecnológica Metropolitana

Santiago, Chile

1
Bárbara Arévalo

Investigador

Investigación

Centro de Estudios de Alimentos Procesados

Talca, Chile

1
Sebastian Mendoza

Jefe de operaciones

STICTA

santiago, Chile

1
Derie Fuentes

Director

Center For Systems Biotechnology

Universidad Andrés Bello

Santiago, Chile

1
Paula Irles

Associate Professor

Universidad de O'Higgins

Rancagua, Chile

1
Carol Moraga

Assistant professor

Instituto Ciencias de la Ingeniería

Universidad de O'Higgins

Rancagua, Chile

1
Yohaily Rodríguez

Asistente de Investigación

Departamento de Ciencias Vegetales

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

1
Felipe Maza

Analista ETESA

Departamento de Investigación del Cáner

Fundación Arturo López Pérez

Santiago, Chile

1
LOHENGRIN CAVIERES

Profesor titular

Departamento de Botánica

UNIVERSIDAD DE CONCEPCION, FAC. CS. NATURALES Y OCEANOGRAFICAS, DPTO. BOTANICA

Concepcon, Chile

1
Daniela Arias

Investigadora postdoctoral

Biología

Universidad de Chile

santiago, Chile

1
Natalia Jimenez

Profesora Asistente

Departamento de Ingeniería Biológica y Médica, Departamento de Ingeniería Química y Bioprocesos

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

1
Javiera Ortiz

Profesora asistente

Instituto de Nutrición y Tecnología de los Alimentos

Universidad de Chile

Santiago, Chile