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JONATHAN ELIAS MALDONADO SOTO

Profesor Asistente

Universidad de Santiago de Chile

Santiago, Chile

Genómica y transcriptómica comparada de organismos procariontes y eucariontes. Diseño e implementación de métodos bioinformáticos para obtener y comparar genomas bacterianos desde muestras metagenómicas.

Licenciatura en Biotecnología Molecular, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2008
Ingeniería en Biotecnología Molecular, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2010
Doctorado en Ciencias, Biología Molecular, Celular y Neurociencias, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2017

Profesor curso Bioinformática (BIT120) Part Time

UNIVERSIDAD ANDRES BELLO

Ciencias Biológicas

Santiago, Chile

2010 - 2010
Profesor asistente curso "Introducción a la Ciencia de la Computación" Part Time

UNIVERSIDAD DE CHILE

Ciencias Físicas y Matemáticas

Santiago, Chile

2001 - 2002
Organizador y Profesor Workshop iBio Bioinformática Other

PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE CHILE

Facultad de Ciencias Biológicas

Santiago, Chile

2019 - 2019
Profesor Asistente Full Time

UNIVERSIDAD DE SANTIAGO DE CHILE

Facultad de Química y Biología

Santiago, Chile

2022 - At present

Asistente de investigación en el área de Bioinformática Part Time

Proyecto de Investigación Genómica Funcional en Nectarines, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile

Santiago, Chile

2004 - 2005
Instalación y configuración junto con Mariano Latorre de un cluster de 25 computadores destinados a análisis bioinformáticos Part Time

Unidad de Bioinformática del Centro de Biotecnología Vegetal, Universidad Andrés Bello

Santiago, Chile

2005 - 2005
Trabajo de consultoría en el diseño de la exhibición itinerante denominada “Genoma y Bioinformática” Part Time

Museo Interactivo Mirador (MIM)

Santiago, Chile

2007 - 2007
Diseño e implementación de un protocolo para la actualización automática de bases de datos Part Time

Laboratorio de Bioinformática y Matemática del Genoma, Universidad de Chile

Santiago, Chile

2007 - 2007
Asistente de investigación en el área de Bioinformática Part Time

Unidad de Bioinformática del Laboratorio de Genómica Funcional y Bioinformática Vegetal de la Universidad Andrés Bello

Santiago, Chile

2009 - 2010
Jefe de área y asistente de investigación (Bioinformático) Full Time

Laboratorio de Genómica Funcional y Bioinformática Vegetal de la Universidad San Sebastián

Santiago, Chile

2010 - 2011
Jefe de área y asistente de investigación (Bioinformático) Full Time

Laboratorio de Genómica Funcional y Bioinformática del Departamento de Producción Agrícola, Facultad de Ciencias Agronómicas de la Universidad de Chile

Santiago, Chile

2011 - 2012
Jefe de área y asistente de investigación (Bioinformático) Part Time

Laboratorio de Genómica Funcional y Bioinformática del Departamento de Producción Agrícola, Facultad de Ciencias Agronómicas de la Universidad de Chile

Santiago, Chile

2012 - At present
Asistente de investigación en el área de Bioinformática Part Time

Laboratorio de Bioinformática y Expresión Génica, INTA, Universidad de Chile

Santiago, Chile

2012 - 2019

Beca Presidente de la República

MINISTERIO DE EDUCACION

Chile, 1994

Beca Presidente de la República por excelencia académica para costear gastos relacionados a etapa escolar. Años 1994 a 1999.
Premio a la mejor promoción de Enseñanza Media

ILUSTRE MUNICIPALIDAD DE SANTIAGO

Chile, 1999

Premio a la mejor promoción de Enseñanza Media otorgado por la Municipalidad de Santiago en el Liceo de Aplicación, Santiago de Chile
Beca Presidente de la República

MINISTERIO DE EDUCACION

Chile, 2000

Beca Presidente de la República a la excelencia académica para costear gastos y alimentación durante etapa universitaria otorgada desde año 2000 a año 2009.
Beca Universidad de Chile

UNIVERSIDAD DE CHILE

Chile, 2000

Beca Universidad de Chile para financiar el arancel de la carrera.
Beca para asistir al “Global Biotechnology Forum”,

Global Biotechnology Forum

Chile, 2004

Beca para asistir al “Global Biotechnology Forum”, Concepción, Chile.
Beca para asistir al “Rosaceae Genomics IV Conference”

RosBreed

Chile, 2008

Beca para asistir al “ Rosaceae Genomics IV Conference”, Pucón, Chile.
Beca CONICYT Doctorado Nacional

CONICYT

Chile, 2012

Beca CONICYT para cursar programa de Doctorado en Ciencias, Universidad de Chile.
Beca CONICYT Postdoctorado

CONICYT

Chile, 2019

Título: Contribución de la microbiota rizosférica a la tolerancia de Hoffmannseggia doelli ante cambios en la disponibilidad de nitrógeno. Beca #3190194


Ironing out the conflicts: iron supplementation reduces negatives bacterial interactions in the rhizosphere of an Atacama-endemic perennial grass Aguado-Norese, Constanza.; Maldonado, Jonathan E.; Hodar, Christian; Galvez, Gabriel; Palma, Daniel E.; Cambiazo, Verónica; Gonzalez, Mauricio Article ISI ENVIRONMENTAL MICROBIOME (2025)
Oligo-carrageenan kappa and oligo-ulvans stimulate growth in Arabidopsis thaliana by increasing the expression of proteins involved in primary metabolism, phytohormones synthesis and cell division Laporte, D; Campos, D; Guisti, I; Osorio, H; Maldonado, JE; González, A.; Moenne, A Article ISI PLANT MOLECULAR BIOLOGY (2025)
PavSPL Expression Dynamics in Fruits and Seeds and in Relation to Endocarp Lignification Status During the Transition from Development to Ripening in Sweet Cherry Zavala, M; Menares, M; Acevedo, O; Melo, M; Núñez, C; Arancibia, C; Pedreschi, R; Donoso, JM; Meisel, LA; Maldonado, JE; et al. Article ISI HORTICULTURAE (2025)
Seed-fruit multiomics integration of sweet cherry cultivars with different maturity time shows alternative molecular landscapes at the transition from development to ripening, unveiling a role of small RNAs, SPLs, lignin and inositol pathways Maldonado, Jonathan E.; Acevedo, Orlando; Melo, Mirna; Nunez, Carlos; Zavala, Matias; Menares, Marcela; Pedreschi, Romina; Ponce, Excequel; Donoso, Jose Manuel; Meisel, Lee Ann; et al. Article ISI SCIENTIA HORTICULTURAE (2025)
A Conservative Mutant Version of the Mrr1 Transcription Factor Correlates with Reduced Sensitivity to Fludioxonil in Botrytis cinerea Silva, Herman; Esterio, Marcela Article ISI PATHOGENS (2024)
Molecular and Phylogenomic Analysis of a Vancomycin Intermediate Resistance USA300LV Strain in Chile Nunez, Daniela; Jimenez, Pablo; Martin, Marcelo Cortez-San; Cortez-San-Martin, Marcelo; Cortes, Carolina; Cardenas, Matias; Michelson, Sofia; Garay, Tamara; Vecchiola, Maggie; Cespedes, Alejandra; et al. Article ISI SCOPUS MICROORGANISMS (2024)
DNA sequencing in the classroom: complete genome sequence of two earwig (Dermaptera; Insecta) species Maldonado, Jonathan; Araya, Ingrid; Fernandez, Edelmira; Hauyon, Khantati; Maldonado, Piedad; Maldonado, Rodrigo; Pochet, Isabel; Sandoval, Paula; Sepulveda-Gonzalez, Ailynne; Thornton, Carolina; et al. Article ISI SCIELO BIOLOGICAL RESEARCH (2023)
Evaluation of a Red Grape Marc Extract as a Natural Nitrification Inhibitor and its Effect on Soil Bacterial Community Ormeno, Maria Angelica; Maldonado, Jonathan Elias; Silva, Herman Article ISI JOURNAL OF SOIL SCIENCE AND PLANT NUTRITION (2023)
Testing the stress gradient hypothesis in soil bacterial communities associated with vegetation belts in the Andean Atacama Desert Mandakovic, Dinka; Garcia-Jimenez, Beatriz; Hodar, Christian; Wilkinson, Mark D. Article ISI ENVIRONMENTAL MICROBIOME (2023)
An Upgraded, Highly Saturated Linkage Map of Japanese Plum (<i>Prunus salicina</i> Lindl.), and Identification of a New Major Locus Controlling the Flavan-3-ol Composition in Fruits Battistoni, Benjamin; Salazar, Juan; Valderrama-Soto, Diego; Ahumada, Sebastian; Cho, Isaac; Gardana, Claudio Sebastiano; Morales, Héctor; Silva, Herman; Maldonado, Jonathan; Infante, Rodrigo; et al. Article ISI FRONTIERS IN PLANT SCIENCE (2022)
Associations between bacterial communities and microplastics from surface seawater of the Northern Patagonian area of Chile Miranda, Richard Article ISI ENVIRONMENTAL POLLUTION (2022)
Bioprospecting of Plant Growth-Promoting Traits of <i>Pseudomonas</i> sp. Strain C3 Isolated from the Atacama Desert: Molecular and Culture-Based Analysis Munoz-Torres, Patricio A. Article ISI DIVERSITY-BASEL (2022)
Descriptive Genomic Analysis and Sequence Genotyping of the Two Papaya Species (Vasconcellea pubescens and Vasconcellea chilensis) Using GBS Tools Rodriguez-Alvarez, Yohaily; Gebauer, Marlene; Maldonado, Jonathan E.; Chong-Perez, Borys; Pico-Mendoza, Jose; Ming, Ray; Silva, Herman Article ISI PLANTS-BASEL (2022)
First characterization of the gut microbiome associated with Mytilus chilensis collected at a mussel farm and from a natural environment in Chile Romalde, J. Article ISI AQUACULTURE (2022)
Partners to survive: <i>Hoffmannseggia doellii</i> root-associated microbiome at the Atacama Desert Mandakovic, Dinka Article ISI NEW PHYTOLOGIST (2022)
RNA-seq analysis and transcriptome assembly of<i> Salicornia</i><i> neei</i> reveals a powerful system for ammonium detoxification Diaz-Silva, Monica; Maldonado, Jonathan; Delgado, Nicol; Silva, Herman Article ISI ELECTRONIC JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY (2022)
Nutrient Scarcity in a New Defined Medium Reveals Metabolic Resistance to Antibiotics in the Fish Pathogen <i>Piscirickettsia salmonis</i> Stuardo, Camila J.; Palma, Ricardo; Cortes, Maria P.; Maldonado, Jonathan Article ISI FRONTIERS IN MICROBIOLOGY (2021)
Plant ecological genomics at the limits of life in the Atacama Desert Eshel, Gil; Undurraga, Soledad; Soto, Daniela C.; Moraga, Carol; Maldonado, Jonathan; Nelson, Chase W.; Kraiser, Tatiana; Zegar, Charles M.; Orellana, Ariel; Montecino, Martin; et al. Article ISI PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA (2021)
RNAseq reveals different transcriptomic responses to GA(3) in early and midseason varieties before ripening initiation in sweet cherry fruits Maldonado, Jonathan; Arellano, Macarena Article ISI SCIENTIFIC REPORTS (2021)
Taxonomy and diversity of bacterial communities associated with marine sediments from Chilean salmonid farms Miranda, Richard M.; Aranda, Carlos P.; Maldonado, Jonathan; Casado, Alin Article ISI AQUACULTURE RESEARCH (2021)
Tomato Cultivars With Variable Tolerances to Water Deficit Differentially Modulate the Composition and Interaction Patterns of Their Rhizosphere Microbial Communities Hodar, Christian; Maldonado, Jonathan; Pavez, Leonardo; Pastenes, Claudio; Mandakovic, Dinka Article ISI FRONTIERS IN PLANT SCIENCE (2021)
A de novo transcriptome analysis revealed that photomorphogenic genes are required for carotenoid synthesis in the dark-grown carrot taproot Maldonado, Jonathan; Silva, Herman Article ISI MOLECULAR GENETICS AND GENOMICS (2020)
Biochemical and Genomic Characterization of the Cypermethrin-Degrading and Biosurfactant-Producing Bacterial Strains Isolated from Marine Sediments of the Chilean Northern Patagonia Maldonado, Jonathan; Figueroa, Jaime; Miranda, Richard Article ISI, SCOPUS (2020)
Fungal Diversity Analysis of Grape Musts from Central Valley-Chile and Characterization of Potential New Starter Cultures Mandakovic, Dinka; Pulgar, Rodrigo; Maldonado, Jonathan; Cubillos, Francisco A. Article ISI, SCOPUS MICROORGANISMS (2020)
Genome-scale metabolic models of Microbacterium species isolated from a high altitude desert environment Mandakovic, Dinka; Maldonado, Jonathan; Aïte, Méziane; Saitua, Francisco; Allende, Miguel; Siegel, Anne; Latorre, Mauricio Article ISI SCOPUS SCIENTIFIC REPORTS (2020)
Bacterial communities associated to Chilean altiplanic native plants from the Andean grasslands soils Mandakovic, D Article ISI SCOPUS SCIENTIFIC REPORTS (2019)
Comparative Transcriptome Profiling in a Segregating Peach Population with Contrasting Juiciness Phenotypes Del Pozo, Talia; Latorre, Mauricio; Olivares, Felipe; Pavez, Leonardo; Gutierrez, Ricardo; Maldonado, Jonathan; Hinrichsen, Patricio; Orellana, Ariel Article ISI SCOPUS JOURNAL OF AGRICULTURAL AND FOOD CHEMISTRY (2019)
RNA-seq Analysis of Salt-Stressed Versus Non Salt-Stressed Transcriptomes of Chenopodium quinoa Landrace R49 Maldonado, Jonathan; Silva, Herman Article ISI SCOPUS GENES (2019)
Soil Bacterial Communities From the Chilean Andean Highlands: Taxonomic Composition and Culturability Maldonado, Jonathan; Vásquez-Dean, Javiera; Mandakovic, Dinka Article ISI SCOPUS FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY (2019)
Transcriptome datasets from leaves and fruits of the sweet cherry cultivars Bing Lapins and Rainier Dhingra A.; Meisel, L Article SCOPUS Data in Brief (2019)
Construction of a highly saturated linkage map in Japanese plum (Prunus salicina L.) using GBS for SNP marker calling Carrasco,Basilio; Gebauer, Marlene; Maldonado, Jonathan; Silva, Herman Article ISI SCOPUS PLOS ONE (2018)
Microbiome analysis and bacterial isolation from Lejia Lake soil in Atacama Desert Mandakovic, Dinka; Maldonado, Jonathan; Pulgar, Rodrigo; Cabrera, Pablo Article ISI SCOPUS EXTREMOPHILES (2018)
Structure and co-occurrence patterns in microbial communities under acute environmental stress reveal ecological factors fostering resilience Mandakovic, Dinka; Rojas, Claudia; Maldonado, Jonathan; Latorre, Mauricio; Cabrera, Pablo; Latorre Claudio; Cambiazo, Verónica; Navarrete, Sergio A.; Eveillard, Damien; Gonzalez, Mauricio Article ISI SCOPUS SCIENTIFIC REPORTS (2018)
RNA-seq analysis of the head-kidney transcriptome response to handling-stress in the red tusk-eel (Genypterus chilensis) Aedo, Jorge E.; Bastias-Molina, Macarena Article ISI SCOPUS COMPARATIVE BIOCHEMISTRY AND PHYSIOLOGY D-GENOMICS & PROTEOMICS (2017)
Transcriptional Responses of Chilean Quinoa (Chenopodium quinoa Willd.) Under Water Deficit Conditions Uncovers ABA-Independent Expression Patterns Article ISI SCOPUS FRONTIERS IN PLANT SCIENCE (2017)
Transcriptomic analysis of the hepatic response to stress in the red cusk-eel (Genypterus chilensis): Insights into lipid metabolism, oxidative stress and liver steatosis Espinoza, Brisa M.; Aedo, Jorge E.; Zuloaga, Rodrigo; Bastias-Molina, Macarena; Chen, Tzong-Yueh Article ISI SCOPUS PLOS ONE (2017)
De novo transcriptome assembly of 'Angeleno' and 'Lamoon' Japanese plum cultivars (Prunus salicina) Gonzalez, M.; Maldonado, J; Salazar, E; Silva H.; Carrasco B. Article SCOPUS Genomics Data (2016)
Genetic structure based on EST-SSR: a putative tool for fruit color selection in Japanese plum (Prunus salicina L.) breeding programs Article ISI SCOPUS MOLECULAR BREEDING (2016)
Genomic-Based Restriction Enzyme Selection for Specific Detection of Piscirickettsia salmonis by 16S rDNA PCR-RFLP Glasner, Benjamín; Aravena, Pamela Article ISI SCOPUS FRONTIERS IN MICROBIOLOGY (2016)
Complete genome sequence of Microbacterium sp CGR1, bacterium tolerant to wide abiotic conditions isolated from the Atacama Desert Mandakovic, D; Cabrera P.; Pulgar, R; Maldonado, J; Aravena P.; latorre, m; Cambiazo, V; Gonzalez, M. Article ISI SCOPUS Journal of Biotechnology (2015)
mRNA-seq reveals skeletal muscle atrophy in response to handling stress in a marine teleost, the red cusk-eel (Genypterus chilensis) Maldonado, J; Aballai V.; Estrada, JM; Bastias-Molina, M; Meneses, C; Gallardo-Escárate, C; Silva H.; Molina, A Article ISI SCOPUS BMC Genomics (2015)
Sequencing and de novo assembly of the red cusk-eel (Genypterus chilensis) transcriptome Aedo, JE; Maldonado, J; Fuentes E.N.; Silva H.; Gallardo-Escárate, C; Molina, A; Valdés, JA Article ISI SCOPUS MARINE GENOMICS (2014)
The high-quality draft genome of peach (Prunus persica) identifies unique patterns of genetic diversity, domestication and genome evolution Verde I.; Abbott AG; Scalabrin S; Jung S.; Shu, SQ; Marroni F; Zhebentyayeva T.; Dettori MT; Grimwood J; Cattonaro F.; et al. Article ISI SCOPUS Nature Genetics (2013)
Comparative EST transcript profiling of peach fruits under different post-harvest conditions reveals candidate genes associated with peach fruit quality Vizoso P.; Meisel, LA; Tittarelli, A; latorre, m; Saba J.; Caroca R.; Maldonado, J; Cambiazo, V; Campos-Vargas, R; Gonzalez, M.; et al. Article ISI SCOPUS BMC GENOMICS (2009)


Functional Genomics: Transcriptomics Chittaranjan, Kole BookSection (2012)


Functional Genomics as a Tool to Unveil Bioactives Compounds in Commercial and Andean Natives Plants Carrasco, Basilio ConferencePoster (2017)
Transcriptomic Analysis of ‘Garnem’ Rootstock By RNA-SEQ Reveals Genes and GENE Ontologies Involved in Drought Response Fernandez i Marti, A; Rubio-Cabetas, M ConferencePoster (2017)
Bioinformatics and molecular analysis of factors involved in developmental and cracking tolerance in different varieties of sweet cherry Poblete, Gisselle; Carrasco, Basilio ConferencePoster (2016)
De novo transcriptome analysis of daucus carota modified root under dark or light grown conditions ConferencePoster (2016)
Discrimination of taxa-specific genomes of soil bacteria through analysis of abundance changes between two contrasting environmental conditions ConferencePoster (2016)
Functional Genomics as a Tool to Understand Cracking Tolerance in Sweet Cherry (Prunus avium) Schreiber, Lukas; Zeisler, Viktoria; Carrasco, Basilio ConferencePoster (2016)
Transcriptional, genetic and chemical approaches to understand tolerance to cracking in sweet cherry fruits Poblete, Gisselle; Carrasco, Basilio ConferencePoster (2016)
Transcriptome characterization of v. Pubescens and v. Chilensis: two phenotypically contrasting papaya species Carrasco, Basilio ConferencePoster (2016)
Correlation Between Alkanes and Cracking in Different Sweet Cherries Varieties Poblete, Gisselle; Robledo, Francisco; Schreiber, Lukas; Zeisler, Viktoria; Carrasco, Basilio ConferencePoster (2015)
Discrimination of taxa-specific genomes of soil bacteria through analysis of abundance changes between two natural environmental conditions ConferencePoster (2015)
RNA seq as a tool to study the effect of handling stress in the expression of genes associated with the immune response of red cusk-eel (Genypterus chilensis) Aedo, Jorge ConferencePoster (2015)
A functional genomics approach to understand cracking in sweet cherries Poblete, Gisselle; Robledo, Francisco; Schreiber, Lukas; Zeisler, Viktoria; Carrasco, Basilio ConferencePoster (2014)
Characterization of bacteria from the Atacama Desert tolerant to extreme pH and salinity conditions Fuentes-Vásquez, Daniela ConferencePoster (2014)
Transcriptomic analysis of Musca domestica reveals 100My conservation of D. melanogaster decapentaplegic pathway ConferencePoster (2014)
Approaches Enabling Molecular Breeding of Sweet Cherry Schaeffer, Scott; Hendrickson, Christopher; Jiwan, Derick; Harper, Artemus ConferencePoster (2013)
De novo assembly and characterization of red conger eel (Genypterus chilensis) transcriptome using next generation sequencing Aedo, Jorge; Zuloaga, Rodrigo ConferencePoster (2013)
A functional genomics approach to understand cracking susceptibility in sweet cherry (Prunus avium) Duchens, Hector; Lang, Erika; Carrasco, Basilio ConferencePoster (2012)
Genomes to Genes: Comparative genomic analysis in Prunoideae Harper, Artemus; Oraguzie, Nnadozie; Sanchez, Raquel; Dicenta, Federico; Moller, Birger; Jørgensen, Kirsten; Henry, Robert; Edwards, Mark ConferencePoster (2012)
RNA-seq Expression Analyses in Sweet Cherries with Differential Susceptibility to Cracking ConferencePoster (2012)
Molecular and Bioinformatic analysis of factors involved in the cracking susceptibility in different varieties of cherry Lang, Erika ConferencePoster (2011)
Identification of the metabolic pathway for nonadienol, an interesting volatile compound in Fragaria chiloensis ConferencePoster (2010)
Putative role of N-Alkane from sweet cherries epicuticular waxes in susceptibility to cracking Lang, Erika ConferencePoster (2010)
A carotenoid Cleavage Dioxygenase from White strawberry (Fragaria chiloensis): expression during fruit development in relation to a C13-norisoprenoid accumulation ConferencePoster (2008)
Study of the aroma metabolic pathway in Fragaria chiloensis Marchant, Lorena ConferencePoster (2008)
Expression of aroma genes and accumulation of volatile compounds in cultivated strawberry (Fragaria x ananassa) and white strawberry (Fragaria chiloensis) during ripening Marchant, Lorena ConferencePoster (2007)
University of Chile's Integrated Plant Gene Expression Database Latorre, Mariano; Tittarelli, Andrés ConferencePoster (2004)


Temporal Network Analysis of Sweet Cherry Fruit Ripening: using plant growth regulators to unravel the cross-talk between developmental and environmental cues Maldonado, Jonathan Proyecto ANID-FONDECYT (2023)
Fortalecimiento de la investigación y docencia del Doctorado en Biotecnología de la Facultad de Química y Biología de la Universidad de Santiago de Chile, con énfasis en el área Vegetal y en la colaboración científico-académica a través de ómicas Maldonado, Jonathan Proyecto ANID Subvención a la Instalación en la Academia SIA-2022/ SA77210103 (2022)
Participation of the auxin-gibberellin negative regulatory module during the fruit ripening initiation in the non-climacteric sweet cherry: Towards a seed-fruit interaction multiscale model Proyecto ANID-FONDECYT de Iniciación (2022)
Contribución de la microbiota rizosférica a la tolerancia de Hoffmannseggia doelli ante cambios en la disponibilidad de nitrógeno. Maldonado, Jonathan Proyecto Hoffmannseggia doelli es una fabácea del Desierto de Atacama capaz de crecer en bajas concentraciones de Nitrógeno (N). Nuestro interés es investigar in vitro la respuesta de esta planta a loscambios en la disponibilidad de N y el papel que desempeña en este proceso la comunidad de microoganismos. (2019)
Contribución del microbioma rizosférico a la tolerancia de Hoffmannseggia doelli ante cambios en la disponibilidad de nitrógeno Maldonado, Jonathan Proyecto (2019)
CHARACTERIZATION OF FRUIT DEVELOPMENT AND IDENTIFICATION OF POTENTIAL BIOACTIVES COMPOUNDS IN PLUMS, PEACH AND SWEET CHERRY THROUGH CONVENTIONAL BREEDING AND MOLECULAR TECHNIQUES FONDECYT (1160600) Proyecto 2016-2020 Personal técnico y/o de apoyo
CHARACTERIZATION OF FRUIT DEVELOPMENT AND IDENTIFICATION OF POTENTIAL BIOACTIVES COMPOUNDS IN PLUMS, PEACH AND SWEET CHERRY THROUGH CONVENTIONAL BREEDING AND MOLECULAR TECHNIQUES FONDECYT (1160600) Proyecto 2016-2020 Personal técnico y/o de apoyo
METAL METABOLISM IN SOIL BACTERIAL COMMUNITIES FROM AN EXTREME ENVIRONMENT=> A COMPARATIVE GENOMICS ANALYSIS. FONDECYT (1151384) Proyecto 2015-2019 Personal técnico y/o de apoyo
METAL METABOLISM IN SOIL BACTERIAL COMMUNITIES FROM AN EXTREME ENVIRONMENT=> A COMPARATIVE GENOMICS ANALYSIS. FONDECYT (1151384) Proyecto 2015-2019 Personal técnico y/o de apoyo
Centro de Regulación del Genoma FONDAP (15090007) Proyecto 2013-2018 Personal técnico y/o de apoyo
FUNCTIONAL GENOMICS APPROACH TO UNDERSTAND CRACKING SUSCEPTIBILITY IN SWEET CHERRY=> AN INTEGRATIVE VIEW FOR PRUNUS SPECIES FONDECYT (1120261) Proyecto 2012-2016 Personal técnico y/o de apoyo
FUNCTIONAL GENOMICS APPROACH TO UNDERSTAND CRACKING SUSCEPTIBILITY IN SWEET CHERRY=> AN INTEGRATIVE VIEW FOR PRUNUS SPECIES FONDECYT (1120261) Proyecto 2012-2016 Personal técnico y/o de apoyo


JUICE: a data management system that facilitates the analysis of large volumes of information in an EST project workflow latorre, m; Silva H.; Saba J.; Guziolowski, C; Vizoso P.; Martínez, V; Maldonado, J; Morales, A; Caroca R.; Cambiazo, V; et al. Review ISI SCOPUS BMC BIOINFORMATICS (2006)

Cristian Gallardo

Profesor Titular

Departamento de Oceanografía

Universidad de Concepción

Concepcion, Chile

Rodrigo Gutierrez

Full Professor

Molecular Genetics & Microbiology

PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATÓLICA DE CHILE

Santiago, Chile

Marlene Gebauer

Profesor Asistente

Departamento de Ciencias Vegetales

PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE CHILE (PUC)

Santiago, Chile

Alfredo Molina

UNIVERSIDAD ANDRES BELLO

SANTIAGO, Chile

Claudio Latorre

Full Professor

Ecology

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

Claudia Stange

Titular Professor

Department of Biology

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

Alejandro Maass

Main Researcher

Center for Mathematical Modeling

Universidad de Chile

Santiago, Chile

LOHENGRIN CAVIERES

Profesor titular

Departamento de Botánica

UNIVERSIDAD DE CONCEPCION, FAC. CS. NATURALES Y OCEANOGRAFICAS, DPTO. BOTANICA

Concepcon, Chile

German Sepulveda

Académico

Recursos Ambientales

UNIVERSIDAD DE TARAPACÁ

Arica, Chile

Juan Valdés

Head lab

Ciencias Biológicas

UNIVERSIDAD ANDRÉS BELLO

Santiago, Chile

Carlos Aranda

Académico

Ciencias Biológicas y Biodiversidad

Universidad de Los Lagos

Osorno, Chile

Alejandra Moenne

Profesor Titular

Biologia

UNIVERSIDAD DE SANTIAGO DE CHILE

Santiago, Chile

Ariel Orellana

Profesor Titular

Centro de Biotecnologia Vegetal

UNIVERSIDAD ANDRES BELLO

Santiago, Chile

Patricio Hinrichsen

Investigador

INIA CENTRO REGIONAL LA PLATINA

Santiago, Chile

Sergio Navarrete

Full Profesor

Ecología

Pontificia Universidad Católica de Chile

Las CRuces, Chile

Christian Hodar

ASSISTANT PROFESSOR

BIOINFORMATICS & GENEXPRESSION LAB - INTA

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

Miguel Allende

Director

Biología

FACULTAD DE CIENCIAS, UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

Talia del Pozo

Académico Investigador

FAVA

Universidad de Las Américas

Santiago, Chile

Mauricio Gonzalez

Profesor Titular

INTA

UNIVERSIDAD DE CHILE - INSTITUTO DE NUTRICION Y TECNOLOGIA DE ALIMENTOS

Santiago, Chile

Martín Montecino

Director

Institute of Biomedical Sciences

UNIVERSIDAD ANDRES BELLO

Santiago, Chile

Leonardo Pavez

Profesor Asociado

Instituto de Ciencias Naturales

Universidad de Las Américas

Santiago, Chile

Veronica Cambiazo

Profesora titular

Unidad de Nutrición Básica

UNIVERSIDAD DE CHILE - INTA

Santiago, Chile

Rodrigo Pulgar

Profesor/Investigador asistente

INTA

UNIVERSIDAD DE CHILE - INSTITUTO DE NUTRICION Y TECNOLOGIA DE ALIMENTOS

Santiago, Chile

Claudio Meneses

Profesor Asociado

Facultad de Agronomía y Sistemas Naturales

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

Herman Silva

Professor

Departamento de Produccion Agricola

Universidad de Chile

Santiago, Chile

Lee Meisel

Associate Professor

Institute of Nutrition and Food Technology (INTA), University of Chile

Macul, Chile

Sebastian Boltana

Profesor Asociado

Occeanografia

Universidad de Concepcion

Concpecion, Chile

Basilio Carrasco

Scientific Director

Centro de Estudios en Alimentos Procesados (CEAP)

Talca, Chile

Mauricio Latorre

Profesor Titular

INGENIERIA

UNIVERSIDAD DE O'HIGGINS

Rancagua, Chile

Paula Irles

Associate Professor

Universidad de O'Higgins

Rancagua, Chile

DINKA MANDAKOVIC

Associate Professor

GEMA Center

Universidad Mayor

Santiago, Chile

PAULA VIZOSO

Researcher

Universidad Mayor

SANTIAGO, Chile

Andrés Tittarelli

Profesor Asociado

Instituto Universitario de Investigación y Desarrollo Tecnológico (IDT)

Universidad Tecnológica Metropolitana

Santiago, Chile

PATRICIA AGUILA

Profesor Auxiliar categoria 3

Universidad Austral (UACH)

Puerto Montt, Chile

José Pérez

Investigador Asociado

Centro de Estudios en Alimentos Procesados

Talca, Chile

Máximo González

Investigador

Biotecnología

Centro de Estudios Avanzados en Zonas Aridas

La Serena, Chile

Karina Ruiz

Profesora asociada

Carrera Quimica y Farmacia

Universidad Arturo Prat

Iquique, Chile

Andrea Morales

Académico de planta, encargada de Investigación

Salud

Universidad Santo Tomas

La Serena, Chile

Sebastian Mendoza

Investigador

Centro De Modelamiento Matemático

santiago, Chile

Alberto González

Académico

Biología

Universidad de Santiago de Chile

Estación Central, Chile

Claudia Rojas

Associate professor

Instituto de Ciencias Agroalimentarias, Animales y Amientalesas y Veterinarias

Universidad de O'Higgins

San Fernando, Chile

Natalia Jimenez

Profesora Asistente

Departamento de Ingeniería Biológica y Médica, Departamento de Ingeniería Química y Bioprocesos

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

Juan Manuel Estrada

Director

Facultad de Ecología y Recursos Naturales

Universidad Andrés Bello

Quintay , Chile

Romina Pedreschi

Full Professor

Faculty of Agronomic and Food Sciences

Pontificia Universidad Católica de Valparaiso

Quillota, Chile

Luis Rojas

Profesor Planta Oficial

Química

Universidad Católica del Norte

Antofagasta, Chile

JONATHAN MALDONADO

Profesor Asistente

Departamento de Biología

Universidad de Santiago de Chile

Santiago, Chile

Bárbara Arévalo

Investigador

Investigación

Centro de Estudios de Alimentos Procesados

Talca, Chile

Claudio Osorio

Investigador

Sanidad Vegetal

Universidad de Chile

Santiago, Chile

Carol Moraga

Assistant professor

Instituto Ciencias de la Ingeniería

Universidad de O'Higgins

Rancagua, Chile

Dante Travisany

Profesor Asociado

Facultad de Ingeniería y Negocios

Universidad de Las Américas

Santiago, Chile

Derie Fuentes

Director

Center For Systems Biotechnology

Universidad Andrés Bello

Santiago, Chile

Alson TIME

Doctorate candidate

Nutrición Básica

Universidad de Chile

Santiago, Chile

Orlando Acevedo

Investigador Postdoctoral

Instituto de Nutrición y Tecnologia de los Alimentos

Santiago, Chile

Tamara Garay

Profesor Asistente

Universidad de Santiago de Chile

Santiago, Chile

Patricio Muñoz

Profesor Asistente

Universidad de Tarapacá

Arica, Chile

ERIKA SALAZAR

INVESTIGADORA

INSTITUTO DE INVESTIGACIONES AGROPECUARIAS INIA LA PLATINA

SANTIAGO, Chile

Jorge Aedo

Profesor Auxiliar

Biología y Química

Universidad Católica del Maule

Talca, Chile

Benjamín Glasner

Investigador

Ciencias Biológicas

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

Javiera Ortiz

Profesora asistente

Instituto de Nutrición y Tecnología de los Alimentos

Universidad de Chile

Santiago, Chile

Maria Aguado

Investigadora

INTA

Laboratorio de Bioinformática y Expresión génica

Santiago, Chile

Francisca Díaz

Profesora Asociada

Instituto de Geografía

Pontificia Universidad Católica de Valparaíso

VALPARAISO, Chile

Claudio Ponce

Data Engineer

FRANKLES SPA

Santiago, Chile

Daniela Arias

Investigadora postdoctoral

Universidad Andrés Bello

santiago, Chile

Alexis Gaete

Postdoctorado

Instituto de Nutrición y Tecnmología de los Alimentos (INTA)

Universidad de Chile

Santiago, Chile

Ricardo Gutierrez

Yohaily Rodríguez

Asistente de Investigación

Departamento de Ciencias Vegetales

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

Felipe Maza

Analista ETESA

Departamento de Investigación del Cáner

Fundación Arturo López Pérez

Santiago, Chile

Denisse Zamorano

INVESTIGADORA POSTDOCTORAL

CIENCIAS QUIMICAS

Universidad de La Frontera

TEMUCO, Chile

Daniel Palma

Bioinformático

Instituto de Nutrición y Tecnología de los Alimentos

Universidad de Chile

Santiago, Chile

Rodrigo Zuloaga

Estudiante de doctorado

Universidad Andrés Bello

Santiago, Chile

Gabriel Galvez

Asistente de investigacion

Escuela de ingenieria

Universidad de O'Higgins

RAncagua, Chile

JONATHAN ELIAS MALDONADO SOTO

Líneas de Investigación

Educación

Licenciatura en Biotecnología Molecular, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2008

Ingeniería en Biotecnología Molecular, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2010

Doctorado en Ciencias, Biología Molecular, Celular y Neurociencias, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2017

Experiencia Académica

Profesor curso Bioinformática (BIT120) Part Time

Profesor asistente curso "Introducción a la Ciencia de la Computación" Part Time

Organizador y Profesor Workshop iBio Bioinformática Other

Profesor Asistente Full Time

Experiencia Profesional

Asistente de investigación en el área de Bioinformática Part Time

Instalación y configuración junto con Mariano Latorre de un cluster de 25 computadores destinados a análisis bioinformáticos Part Time

Trabajo de consultoría en el diseño de la exhibición itinerante denominada “Genoma y Bioinformática” Part Time

Diseño e implementación de un protocolo para la actualización automática de bases de datos Part Time

Asistente de investigación en el área de Bioinformática Part Time

Jefe de área y asistente de investigación (Bioinformático) Full Time

Jefe de área y asistente de investigación (Bioinformático) Full Time

Jefe de área y asistente de investigación (Bioinformático) Part Time

Asistente de investigación en el área de Bioinformática Part Time

Premios y Distinciones

Beca Presidente de la República

Premio a la mejor promoción de Enseñanza Media

Beca Presidente de la República

Beca Universidad de Chile

Beca para asistir al “Global Biotechnology Forum”,

Beca para asistir al “Rosaceae Genomics IV Conference”

Beca CONICYT Doctorado Nacional

Beca CONICYT Postdoctorado

Article (44)

BookSection (1)

ConferencePoster (26)

Proyecto (12)

CHARACTERIZATION OF FRUIT DEVELOPMENT AND IDENTIFICATION OF POTENTIAL BIOACTIVES COMPOUNDS IN PLUMS, PEACH AND SWEET CHERRY THROUGH CONVENTIONAL BREEDING AND MOLECULAR TECHNIQUES

CHARACTERIZATION OF FRUIT DEVELOPMENT AND IDENTIFICATION OF POTENTIAL BIOACTIVES COMPOUNDS IN PLUMS, PEACH AND SWEET CHERRY THROUGH CONVENTIONAL BREEDING AND MOLECULAR TECHNIQUES

METAL METABOLISM IN SOIL BACTERIAL COMMUNITIES FROM AN EXTREME ENVIRONMENT=> A COMPARATIVE GENOMICS ANALYSIS.

METAL METABOLISM IN SOIL BACTERIAL COMMUNITIES FROM AN EXTREME ENVIRONMENT=> A COMPARATIVE GENOMICS ANALYSIS.

Centro de Regulación del Genoma

FUNCTIONAL GENOMICS APPROACH TO UNDERSTAND CRACKING SUSCEPTIBILITY IN SWEET CHERRY=> AN INTEGRATIVE VIEW FOR PRUNUS SPECIES

FUNCTIONAL GENOMICS APPROACH TO UNDERSTAND CRACKING SUSCEPTIBILITY IN SWEET CHERRY=> AN INTEGRATIVE VIEW FOR PRUNUS SPECIES

Review (1)