Man

Juan Sebastián Contreras Riquelme

Investigador Bioinformático

Environ SPA

Santiago, Chile

Líneas de Investigación


Educación

  •  Biotecnología, UNIVERSIDAD ANDRES BELLO. Chile, 2021
  •  Bioinformática, UNIVERSIDAD DE TALCA. Chile, 2014

Experiencia Académica

  •   Profesor ayudante del curso Diseño Asistido por Computador de Moléculas Other

    UNIVERSIDAD DE TALCA

    Ingeniería

    Talca, Chile

    2013 - 2013

  •   Profesor ayudante del curso Bases de Datos I Other

    UNIVERSIDAD DE TALCA

    Ingeniería

    Talca, Chile

    2014 - 2014

  •   Profesor ayudante del curso Ingeniería de Software Other

    UNIVERSIDAD DE TALCA

    Ingeniería

    Talca, Chile

    2014 - 2014

  •   Profesor adjunto del curso de Biología de Sistemas Other

    UNIVERSIDAD MAYOR

    Santiago, Chile

    2020 - 2020

  •   Co-supervisor de tesis de pregrado Other

    UNIVERSIDAD ANDRES BELLO

    Santiago, Chile

    2023 - 2024

Experiencia Profesional

  •   Asistente de Investigación Full Time

    Fundación Ciencia y Vida / Laboratorio de Biología Computacional (DLab)

    Santiago, Chile

    2015 - 2018

  •   Asistente de Investigación Full Time

    Universidad Mayor / Centro de Genómica y Bioinformática / Laboratorio de Biología de Redes (NetBioLab)

    Santiago, Chile

    2018 - 2021

  •   Investigador Postdoctoral Full Time

    Universidad Mayor / Centro de Genómica y Bioinformática / Laboratorio de Biología de Redes (NetBioLab)

    Santiago, Chile

    2021 - 2022

  •   Investigador Postdoctoral Full Time

    Universidad Andrés Bello / Centro de Biotecnología Vegetal / Laboratorio de Regulación del Genoma Vegetal

    Santiago, Chile

    2022 - 2025

  •   Investigador Bioinformático Full Time

    Environ SpA

    Santiago, Chile

    2025 - A la fecha

Formación de Capital Humano


1. Supervisor de práctica profesional de Camila Díaz Figueroa, Ingeniería Civil en Biotecnología, Universidad Católica de Chile. Creación de referencia de datos de single-cell RNA-seq aplicada al estudio del cáncer de mama para deconvolución de muestras de tejido completo. (Diciembre 2025 - Marzo 2026)

2. Co-supervisor de tesis de Miguel Contreras Tamayo, Ingeniería en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. Título: “Estudio del fenómeno de Stress-ready en cambios de expresión genética de tomates S. pennellii, S. chilense y S. lycopersicum frente a sequía”. (Marzo 2023 - Febrero 2024)


Difusión y Transferencia


1. Evaluador externo de propuestas de proyectos del concurso FONDECYT de Iniciación en Investigación 2026. Julio 2025
2. Evaluador de trabajos en la IV Reunión Anual de la Sociedad Chilena de Bioinformática. Noviembre 2025
3. Evaluador de trabajos en la III Reunión Anual de la Sociedad Chilena de Bioinformática. Noviembre 2024
4. Charla “Más allá de ChatGPT: Historia del Aprendizaje de Máquinas y su Impacto en el Mundo Moderno”, Liceo Bicentenario Instituto Comercial de Linares. Agosto 2023
5. Charla “Desmitificando la Inteligencia Artificial”, Liceo Bicentenario Instituto Comercial de Linares. Noviembre 2022
6. Evaluador científico en el XV Congreso Regional Explora de Investigación e Innovación Región Metropolitana Sur Poniente. Septiembre - Noviembre 2021



 

Article (14)

Reactive Stroma as a Transversal Prognostic Biomarker for Metastasis in Breast Cancer: Integration of Digital Histopathology and Transcriptomic Profiling

Barrera, Daniela P.; Nunez, Muriel A.; Cerda I, Valentina; Contreras-Riquelme, J. Sebastian; Henriquez, Jenny; Carrasco, Guillermo; Pereira, Alejandra; Figueroa, Vania; Toledo, Veronica; Chahuan, Badir; et al.

Article ISI
INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES  (2026)

Connexin46 in the nucleus of cancer cells: a possible role as transcription modulator

Fernandez-Olivares, Ainoa; Orellana, Viviana P.; Llanquinao, Jesús; Nunez, Gonzalo; Perez-Moreno, Pablo; Contreras-Riquelme, Sebastian; Martin, Alberto J. M.; Mammano, Fabio; Alfaro, Ivan E.; Calderon, Juan F.; et al.

Article ISI SCOPUS
Cell Communication and Signaling  (2025)

Desert-adapted tomato Solanum pennellii exhibit unique regulatory elements and stress-ready transcriptome patterns to drought

Contreras-Riquelme, JS; Contreras M.; Moyano T.C.; Sjoberg, R; Jimenez-Gomez, J; Álvarez J.M.

Article ISI SCOPUS
PLOS ONE  (2025)

Kallfu and Wenutram: two Chilean flaxseed varieties with contrasting mucilage production, composition, and structure

Grant-Grant S.; Sanhueza D.; Sepulveda-Orellana P.; Zúñiga-Pozo, S; Contreras-Riquelme, JS; Álvarez J.M.; Largo-Gosens A.; Saez-Aguayo S.

Article ISI SCOPUS
FRONTIERS IN PLANT SCIENCE  (2025)

Organ-level gene-regulatory networks inferred from transcriptomic data reveal context-specific regulation and highlight novel regulators of ripening and ABA-mediated responses in tomato

Fernández, JD; Navarro-Payá, D; Santiago A.; Cerda A.; Canan J.; Contreras-Riquelme S.; Moyano T.C.; Landaeta-Sepúlveda, D; Melet L.; Canales J.; et al.

Article ISI SCOPUS
Plant Communications  (2025)

Identification of master regulator genes controlling pathogenic CD4+ T cell fate in inflammatory bowel disease through transcriptional network analysis

Prado, Carolina; Pacheco, Rodrigo

Article ISI SCOPUS
Scientific Reports  (2024)

Transcriptional and Histone Acetylation Changes Associated with CRE Elements Expose Key Factors Governing the Regulatory Circuit in the Early Stage of Huntington's Disease Models

Contreras-Riquelme, J. Sebastian

Article ISI SCOPUS
International Journal of Molecular Sciences  (2023)

Homology-based reconstruction of regulatory networks for bacterial and archaeal genomes



Article ISI SCOPUS
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY  (2022)

Automated generation of context-specific gene regulatory networks with a weighted approach in Drosophila melanogaster



Article ISI SCOPUS
Interface Focus  (2021)

RIP-MD: a tool to study residue interaction networks in protein molecular dynamics

Garate, Jose-Antonio

Article ISI SCOPUS
PeerJ  (2018)

Transcriptional profiling of embryos lacking the lipoprotein receptor SR-B1 reveals a regulatory circuit governing a neurodevelopmental or metabolic decision during neural tube closure

Lizama, Carlos; Godoy, Alejandro; Rigotti, Attilio

Article ISI SCOPUS
BMC GENOMICS  (2018)

LoTo: a graphlet based method for the comparison of local topology between gene regulatory networks



Article ISI SCOPUS
PEERJ  (2017)

Graphlet Based Metrics for the Comparison of Gene Regulatory Networks

Virolle, Marie-Joelle

Article ISI SCOPUS
PLOS ONE  (2016)

Similarities between the Binding Sites of SB-206553 at Serotonin Type 2 and Alpha7 Acetylcholine Nicotinic Receptors: Rationale for Its Polypharmacological Profile

Moller-Acuna, P; Contreras-Riquelme, JS; Rojas-Fuentes C.; Nunez-Vivanco, G; Alzate-Morales J.; ITURRIAGA-VÁSQUEZ P.; Arias, HR; Reyes-Parada M.

Article ISI SCOPUS
PLOS ONE  (2015)

Abstract (1)

Metastasis-resident bacteria in advanced hormone receptor-positive breast cancer are related to primary tumor microbiota and show distinct composition

Araya C.; Contreras-Riquelme S.; Mino, B; Pérez, FJ; Martin A.J.; Carvajal-Hausdorf D.E.

Abstract ISI
 (2022)

ConferencePoster (5)

Analysis of Gene Expression Models in Response to Drought: Comparison between Drought-Adapted and Commercial Tomato.

Contreras-Riquelme, J. Sebastian; Contreras, Miguel; Moyano, Tomas C.; Alvarez, Jose M.

ConferencePoster
 (2024)

Integrative genomics and machine learning approach to identify master transcription factors of drought adaptation in Arabidopsis thaliana.

Contreras-Riquelme, J. Sebastian; Alvarez, Jose M.

ConferencePoster
 (2024)

Integrating Histone Marks, DNA accessibility, and Motif data to predict regulatory maps in Arabidopsis thaliana

Contreras-Riquelme, J. Sebastian; Alvarez, Jose M.

ConferencePoster
 (2022)

Deciphering the relationship between epigenetic marks and Transcription Factor Binding

Contreras-Riquelme, J. Sebastian; Martinez-Hernandez, J. Eduardo; Murgas, Leandro; Martin, Alberto J. M.

ConferencePoster
 (2019)

Automated generation of condition specific Gene Regulatory Networks from epigenetic and genomic data integration

Murgas, Leandro; Contreras-Riquelme, J. Sebastian; Martin, Alberto J. M.

ConferencePoster
 (2018)

Proyecto (1)

DETERMINATION OF TRANSCRIPTIONAL NETWORK REWIRING IN ARABIDOPSIS THALIANA IN RESPONSES TO DROUGHT

Contreras-Riquelme, J. Sebastian; ALVAREZ-HERRERA, JOSE MIGUEL

Proyecto
 (2022)

1
David Holmes

Head, Laboratory of Bioinformatics and Genome Biology

Center for Bioinformatics and Genome Biology

FUNDACION CIENCIA & VIDA

Santiago, Chile

1
Miguel Reyes

Full Professor

Facultad de Ciencias Médicas

UNIVERSIDAD DE SANTIAGO DE CHILE, FACULTAD DE CIENCIAS MÉDICAS, ESCUELA DE MEDICINA

Santiago, Chile

1
René Vidal

Profesor Asociado

Universidad Mayor

Santiago, Chile

1
Rodrigo Pacheco

Associate Investigator; Head of the Laboratory of Neuroimmunology

Fundación Ciencia para la Vida

Santiago, Chile

1
Attilio Rigotti

Full Professor

Nutrition, Diabetes and Metabolism

PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATÓLICA DE CHILE - ESCUELA DE MEDICINA - DEPTO DE GASTROENTEROLOGÍA

Santiago, Chile

1
Ivan Alfaro

Associate Professor

Faculty of Medicine

Universidad del Desarrollo

Santiago, Chile

1
Alejandro Godoy

Associate Professor

Centro de Biología Celular y Biomedicina

Universidad San Sebastián

Santiago, Chile

1
Mauricio Retamal

Associate Professor

Programa de Comunicación Celular en Cancer

Universidad del Desarrollo

Santiago, Chile

10
Alberto Martin

Associate professor

Centro Ciencia & Vida

Universidad San Sebastián

Santiago, Chile

3
Tomas Perez-Acle

Full Professor

Computational Biology Lab

Fundación Ciencia para la Vida

Santiago, Chile

1
Dolores Busso

Associate Professor

Centro de Investigación e Innovación Biomédica

Universidad de Los Andes

Santiago, Chile

1
Mario Sanchez

Investigador de Postdoctoral

laboratorio de cromatina, epigenetica y neurociencia.

santiago, Chile

1
Susana Saez

Assistant Profesor

Centro de Biotecnología Vegetal

Universidad Andres Bello

Santiago, Chile

1
Francisca Salas

Asistant Professor

Instituto de Ciencias de la Salud

Universidad de O'Higgins

Rancagua, Chile

1
José Gárate

Profesor Asistente

Instituto de Neurociencia

Universidad de Valparaíso

Valaparaiso, Chile

1
Gabriel Nuñez

Jefe de Carrera, Ingeniería Civil Informática

Ciencias Naturales y Tecnología

Universidad de Aysén

Coyhaique, Chile

1
Cecilia Rojas

Asistente de investigación

Virologia Molecular y Celular

Universidad de Chile

Santiago, Chile

1
Pia Vidal

assistant professor

Universidad Católica de la Santisima Concepción

Concepcion, Chile

1
Nicolás Santander

Assistant Professor

Instituto de Ciencias de la Salud

Universidad de O'Higgins

Rancagua, Chile

1
PABLO PEREZ

Profesor investigador

Programa de Comunicación en Cáncer

Universidad del Desarrollo

Santiago, Chile

1
Katherine Rivera

PhD (c) student in Medical Science

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

2
Leandro Murgas

Bioinformático

Meristem Spa.

Huechuraba, Chile

1
Jesus Martinez

Investigador

Centro de Genómica Nutricional Agroacuícola

Temuco, Chile

1
Marisol Cisternas

PHD c

Universidad Mayor de Chile

Santiago, Chile

1
JESÚS LLANQUINAO

Postdoctorado

Centro de Investigación e innovación en Cáncer

Fundación Arturo López Pérez (FALP)

Santiago, Chile

21
Juan Contreras

Investigador Bioinformático

Environ SPA

Santiago, Chile