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Alexis Marcelo Salas Burgos

Assistant Professor

UNIVERSIDAD DE CONCEPCIÓN

Concepción, Chile

Líneas de Investigación


Biochemist, Molecular Biology, Cellular Biology. Bioinformatic, Computational Biology, Programmer, Software Engineering. Pharmacogenomics and therapeutics. Protein Transporter Drugs Design. Protein Antibody-like Design.

Educación

  •  Biochemical, UNIVERSIDAD DE CONCEPCION. Chile, 2003
  •  Biochemist, UNIVERSIDAD DE CONCEPCION. Chile, 2004
  •  Biological Sciences, UNIVERSIDAD DE CONCEPCION. Chile, 2011

Experiencia Académica

  •   Assistant Professor Full Time

    UNIVERSIDAD DE CONCEPCION

    Biological Sciences

    Concepción, Chile

    2013 - A la fecha

  •   Academic Collaborator Full Time

    UNIVERSIDAD DE CONCEPCION

    Biological Sciences

    Concepcion, Chile

    2012 - Sin Información

Experiencia Profesional

  •   Molecular Design Research Part Time

    Universidad de Concepción

    Concepción, Chile

    2011 - 2014

  •   Combinatory Drugs Design Research Part Time

    Universidad de Concepción

    Concepción, Chile

    2011 - 2014

  •   GLUTs inhibitors Research Part Time

    Universidad de Concepción

    Concepción, Chile

    2008 - 2012

  •   Genomics and NGS Consultor Part Time

    Genómica Forestal S.A.

    Concepción, Chile

    2010 - 2012

  •   Research Assistant Full Time

    Columbia University

    Concepción, Chile

    2003 - 2005

Formación de Capital Humano


2021
Fica-León, Víctor, and Alexis Salas-Burgos. 2021. “Desarrollo de Un Método Basado En Aprendizaje Automático Para La Predicción Del Cambio de Afinidad Por Mutaciones Puntuales En Complejos Antígeno-Anticuerpo.” Master in Biochemistry and Bioinformatics, Pharmacology Department: Universidad de Concepción.
Gática, Brian, and Alexis Salas-Burgos. 2021. “Sistema Automatizado de Anotación de Genes Asociados a Características Probióticas desde Secuenciación de Nueva Generación.” Master in Biochemistry and Bioinformatics, Pharmacology Department: Universidad de Concepción.
Oppliger Muñoz, Martina, and Alexis Salas-Burgos. 2021. “Identificación y Caracterización de Grupos Funcionales En La Familia de Transportadores de Azúcares.” Master in Biochemistry and Bioinformatics, Pharmacology Department: Universidad de Concepción.
2020
10. Lema, José Miguel, Felipe Zúñiga Arbalti, and Alexis Salas-Burgos. 2020. “Reconocimiento de inhibidores del co-transportador sodio:glucosa 2 humano mediante métodos de docking molecular y análisis quimiométrico.” Biochemist Degree Thesis, Pharmacology Department: Universidad de Concepción.
2019
Lincoñir Campos, Paulina, Apolinaria García Cancino, and Alexis Salas-Burgos. “Asociación de genes nudA y htrA de Helicobacter pylori con severidad de patologías gástricas. Estudio bioinformático de la proteína NudA.” Master in Sciences with Microbiology, Universidad de Concepción, 2019.
Rivas Váldes, Fernando, Soraya Gutierrez Gallegos, and Erik Quevedo. “Efecto de Nicotinamida sobre la diferenciación de células C2C12 a osteoblastos.” Master in Biochemistry and Bioinformatics, Universidad de Concepción, 2019.
Solís García, Myriam. “Factores de transcripción MYB-R2R3 en el transcriptoma en respuesta a baja temperatura de Eucalyptus nitens Maiden.” Master in Biochemistry and Bioinformatics, Universidad de Concepción, 2019.
Conejera Albornoz, Daniel, and Alexis Salas-Burgos. “Identificación de proteínas transportadoras expresadas diferencialmente en condiciones abióticas en ensamble de eucalyptus globulus.” Plant Biotechnology Engineer, Universidad de Concepción, 2019.
2018
Ulloa Jiménez, Ignacio, and Alexis Salas-Burgos. “Modelado Molecular del Transportador humano de Aminoácidos Catiónicos de Tipo 1 (hCAT-1) para la búsqueda del canal central y cavidades de la proteína.” Bioengineer, Universidad de Concepción, 2018.
Fica León, Víctor, and Alexis Salas-Burgos. “Application of automatic learning methods in the grouping and classification of variable fragments of human antibodies from structural properties.” Bioengineer, Universidad de Concepción, 2018.
2017
Gática Rocha, Brian, and Alexis Salas-Burgos. “Automatización de construcción y análisis de modelos tridimensionales de proteínas de membrana desde un ensamble genómico.” Engineer in marine and aquaculture biotechnology, Universidad de Concepción, 2017.
2016
Teneb Lobos, Jaime, Oliberto Sánchez Ramos, and Alexis Salas-Burgos. “Diseño de un Ligando Peptídico con Afinidad por la Hormona Folículo Estimulante Humana.” Bioengineer, Universidad de Concepción, 2016.
Fonseca Poza, Alexis, and Alexis Salas-Burgos. “Identificación de genes implicados en la biosíntesis de antibióticos en dos genomas bacterianos de sedimentos anóxicos.” Master in Biochemistry and Bioinformatics, Universidad de Concepción, 2016.
2013
Caceres Delpiano, Javier, and Alexis Salas-Burgos. “Identification of small molecules with therapeutic activity against Helicobacter pylori.” Master in Biochemistry and Bioinformatics, Universidad de Concepción, 2013.
Cañete Romero, Ernesto, and Alexis Salas-Burgos. “Database Mining for Automatic Identification of mutants and their effects on transport proteins.” Computer Engineer, Universidad de Concepción, 2013.
Gutierrez Medina, Felipe, and Alexis Salas-Burgos. “Development and Implementation Support Tools Molecular Docking Analysis.” Computer Engineer, Universidad de Concepción, 2013.
2012
Varas Concha, Ignacio, and Alexis Salas-Burgos. “Development of three-dimensional models for the hexose transporter of Plasmodium falciparum: Analysis allosteric sites and identification of new specific inhibitors.” Bioinformatics Engineer, Universidad de Concepción, 2012.


Difusión y Transferencia


2016-2018. Director. Supercomputer Center "The Southern GPU Cluster", Universidad de Concepción.
http://gpu.udec.cl

2017-2019. President. Node E-services Association: Corporation of Services Companies Associated to Computing.


Premios y Distinciones

  •   Scholarship for doctoral studies

    UNIVERSIDAD DE CONCEPCION

    Chile, 2006

    2006-2009. Scholarship for doctoral studies. National Commission for Scientific and Technological Research (CONICYT)

  •   Scholarship to Support Performing Doctoral Thesis

    COMITE ASESOR DE CONICYT

    Chile, 2008

    2008 Scholarship to Support Performing Doctoral Thesis. National Commission for Scientific and Technological Research (CONICYT).

  •   Doctoral Thesis Completion Grant

    COMITE ASESOR DE CONICYT

    Chile, 2009

    2009 Doctoral Thesis Completion Grant. National Commission for Scientific and Technological Research (CONICYT).

  •   FONDEF-Dupont Innovation

    FONDEF-DUPONT

    Chile

    Concurso de Valorizacio?n de la Investigacio?n en la Universidad. VIU-120008

  •   Scholarship Diploma in Innovation and Technology Management

    COMITE ASESOR DE CONICYT

    Chile, 2014

    Scholarship Diploma in Innovation and Technology Management

  •   Premio Innovación Municipalidad de Concepción

    ILUSTRE MUNICIPALIDAD DE CONCEPCION

    Chile, 2017

    Diffusion of Technologies Associated with High performance computing.


 

Article (18)

In silico design of a vaccine candidate based on autotransporters and HSP against the causal agent of shigellosis, Shigella flexneri
miRNA Signature in Small Extracellular Vesicles and their Association with Platinum Resistance and Cancer Recurrence in Ovarian Cancer
De Novo Transcriptome Assembly of Eucalyptus nitens and the Expression of R2R3-MYB Genes in Response to Cold Acclimation in Eucalyptus Spp.
Draft genome sequence of probiotic lactobacillus brevis TUCO-5E, isolated from porcine milk
Genomic Characterization of Lactobacillus delbrueckii TUA4408L and Evaluation of the Antiviral Activities of its Extracellular Polysaccharides in Porcine Intestinal Epithelial Cells
Lactobacillus fermentum UCO-979C strongly inhibited Helicobacter pylori SS1 in Meriones unguiculatus.
Two recombinant human monoclonal antibodies that protect against lethal Andes hantavirus infection in vivo
Genomic features of "Candidatus Venteria ishoeyi", a new sulfur-oxidizing macrobacterium from the Humboldt Sulfuretum off Chile
The use of equipment-based learning as an active methodology teaching for pharmacology to nursing students [Utilización de aprendizaje basado en equipos, como metodología activa de enseñanza de farmacología para estudiantes de Enfermería]
Post-translational modification of a chimeric EPO-Fc hormone is more important than its molecular size in defining its in vivo hematopoietic activity
Variations in periplasmic loop interactions determine the pH-dependent activity of the hexameric urea transporter UreI from Helicobacter pylori: a molecular dynamics study
Generation and analysis of expressed sequence tags (ESTs) from cambium tissue cDNA libraries of contrasting genotypes of Eucalyptus globulus Labill
Histidine Residues in the Na+-coupled Ascorbic Acid Transporter-2 (SVCT2) Are Central Regulators of SVCT2 Function, Modulating pH Sensitivity, Transporter Kinetics, Na+ Cooperativity, Conformational Stability, and Subcellular Localization
HDAC6 modulates cell motility by altering the acetylation level of cortactin
Bench meets bedside: A 10-year-old girl and amino acid residue glycine 75 of the facilitative glucose transporter GLUT1
Identification of a hydrophobic residue as a key determinant of fructose transport by the facilitative hexose transporter SLC2A7 (GLUT7)
Predicting the three-dimensional structure of the human facilitative glucose transporter Glut1 by a novel evolutionary homology strategy: Insights on the molecular mechanism of substrate migration, and binding sites for glucose and inhibitory molecules
Conformational changes induced by cloxacillin in class a beta-lactamase from Bacillus cereus

ConferencePaper (1)

Structural and functional determination of the Na+ binding domain in the ascorbic acid transporter SVCT1

ConferencePoster (4)

A robust algorithm for the automated coupling of bioinformatic tools for membrane proteins 3D design and its application to vitamin C transporters
Structure-function in the Na+ coupled ascorbic acid transporter-2
Sodium vitamin C transporter SVCT2 three-dimensional model: Sustrate translocation pathway across the protein
Using bioinformatics tools to identify amino acid involved in the interaction between flavonoids, methylxanthines and ATP with the transporter SVCT2

Patent (1)

A synthetic polynucleotide sequence that codes for a protein that specifically interferes with the acquisition of vitamin C or ascorbic acid in cells

Proyecto (18)

MOLECULAR PROFILING OF BREAST CANCER: Sequence variation in new hereditary breast cancer, driver and miRNAs genes as biomarkers of predisposition, therapeutics and its role in cell transformation
NeoPrecise: Servicio de perfil genómico habilitante para medicina de precisión.
Development of a UreI Channel Inhibitor Drug as a Complement to Conventional Helicobacter pylori Eradication Therapy
OncoPrecise=> Plataforma para asistencia en la toma de decisiones basada en análisis multi-ómico integrado a aprendizaje profundo a partir de biopsia líquida en pacientes con cáncer de mama
Algorithm based on deep learning of biomedical data relationships to identify abnormalities and complex correlation models
The southern GPU-cluster=> Plataforma basada en computación gráfica de alto desempeño para la asociatividad y aceleración de investigaciones en ciencias de la vida.
Asentamiento de semillas de mitilidos mediante inductores moleculares
Determinación de la dieta de salmónidos introducidos mediante secuenciación masiva de ADN=> un estudio base para evaluar el impacto sobre la fauna nativa de fiordos Patagónicos
Generación y desarrollo de una vacuna recombinante eficaz contra el circovirus porcino Tipo 2 potenciada con citoquinas inmuno-reguladoras=> una solución biotecnológica para la porcicultura nacional.
Identificación, desarrollo y validación de nuevas moléculas inhibidoras de los transportadores de glucosa para su aplicación en el control de la hiperglicemia característica de la diabetes mellitus, obesidad y síndrome metabólico
PharmScan Transporter=> Plataforma para la realización y análisis de docking molecular masivo aplicado a proteínas transportadoras
Péptido coayudante para el tratamiento de cancer
Innovar una plataforma biotecnológica de alto flujo para la generación de nuevas moléculas similares a anticuerpos, a partir de vectores fagémidos. producción de moléculas anti-vegf para su empleo como biofármacos de uso terapéutico
Inserción de Capital Avanzado en la Academia –Conicyt
Innovar en la tecnología de proceso para la producción de proteínas recombinantes complejas en la leche de mamíferos no transgénicos. producción de eritropoyetina humana recombinante para su uso como biofármaco
Acción de pequeñas moléculas en la salud y enfermedad, un viaje al interior de la célula en 80 milisegundos.
innovar en las estrategias terapéuticas para el tratamiento de la diabetes a través de un curso de acción complementario a la insulina. Desarrollo de moléculas activadores con especificidad para sitios reguladores de los transportadores de glucosa
Rational design of drugs and biopharmaceuticals: Development and consolidation of computational biology unit applied to the design of drugs and biopharmaceuticals based on new knowledge about the three dimensional structure of proteins

Review (1)

Vitamin C transporters
30
Alexis Salas

Assistant Professor

Pharmacology

UNIVERSIDAD DE CONCEPCIÓN

Concepción, Chile

8
Juan Vera

Full professor

Pathophysiology

University of Concepcion

Concepción, Chile

4
Alejandro Reyes

Profesor Titular

Instituto de Bioquímica y Microbiología

Universidad Austral de Chile

Valdivia, Chile

3
Felipe Zuñiga

Profesor Asistente

Bioquimica Clinica e Inmunologia

UNIVERSIDAD DE CONCEPCION

Concepcion, Chile

3
CORALIA RIVAS

Associated Professor

Pathophysiology

UNIVERSIDAD DE CONCEPCION

CONCEPCION, Chile

2
Marta Cecilia Bunster

DIRECTORA

Biochemistry and Molecular Biology

UNIVERSIDAD DE CONCEPCIÓN

Concepción, Chile

2
Oliberto Sanchez

Associate Professor

Pharmacology

University of Concepción

Concepción, Chile

2
Valeska Ormazabal

Profesor asistente

Farmacología

Universidad de Concepción

Concepción, Chile

1
Emilio Lamazares

Investigador

Fisiopatología

Universidad de Concepción

Concepción, Chile

1
mauricio gonzalez

phd

fisiopatologia

universidad de concepción

concepcion, Chile

1
Brian Gatica

investigador

Facultad Ciencias Biológicas

Universidad de Concepción

Concepción , Chile

1
Danilo Pérez

Investigador

Programa Institucional de Fomento a la Investigación, Desarrollo e Innovación

UNIVERSIDAD TECNOLÓGICA METROPOLITANA

Santiago, Chile

1
Jorge Toledo

Director de Departamento

Fisiopatología

Universidad de Concepción

Concepcion, Chile

1
Marta Fernandez

Profesor asistente

Silvicultura

Universidad de Conceoción

Concepción, Chile

1
Maria Escobar

Postdoctorado

Biología Molecular Vegetal

Universidad de Chile

Santiago , Chile

1
MARIO CALVO

Director de Instituto

Instituto de Medicina

UNIVERSIDAD AUSTRAL DE CHILE

VALDIVIA, Chile

1
Paulina Saavedra

Lab Manager / Asistente de Investigación

Fisiopatología

Universidad de Concepción

Concepción, Chile

1
Apolinaria García

Investigador

Microbiology

UNIVERSIDAD DE CONCEPCIÓN

Concepción, Chile

1
Lorena Mardones

ASSOCIATED PROFESSOR

BASIC SCIENCES AND MORPHOLOGY

UNIVERSIDAD CATOLICA DE LA SANTISIMA CONCEPCION

CONCEPCION, Chile

1
José Martínez

Associate professor

Bioquímica y Biología Molecular

UNIVERSIDAD DE CONCEPCION

Concepcion, Chile

1
Jose Garrido

Investigador asesor, part time

Universidad San Sebastián

Puerto Montt, Chile

1
Florence Hugues

Colaborador Académico

Ciencias Clínicas

Universidad de Concepción

Chillán, Chile

1
MARIA RIOSECO

Médico jefe

Hospital Puerto Montt

Puerto Montt, Chile

1
Raquel Montesino

Profesor Asociado

Fisiopatología

Universidad de Concepción

Concepción, Chile

1
Sandra Quilodrán

Profesor Asistente

Depto. Patología y Medicina Preventiva

Universidad de Concepcion

Chillán, Chile

1
Alejandro Godoy

Associate Professor

Centro de Biología Celular y Biomedicina

Universidad San Sebastián

Santiago, Chile

1
Rodrigo Mansilla

investigador

Farmacología

Universidad de Concepción

Concepción, Chile