Genetics of complex traits; Genetics of gene expression; Systems Genetics; Population Structure; Chilean ancestry

STUDENT TRAINING EXPERIENCE
Pablo Alarcón Arias (presente). Tesis para optar al grado de Magíster “Evaluación de frecuencias alélicas en variantes encontradas en pacientes chilenos mediante exomas y su relación con patogenicidad”. Programa de Magíster en Genética, Universidad de Chile. Directores de Tesis: Ricardo Verdugo y Rosa Andrea Pardo.

Lourdes López Portillo (presente). Tesis para optar al grado de Doctor “Estudio de interacción del consumo de bebidas azucaradas con riesgo genético de diabetes mellitus tipo 2 y ancestría sobre el riesgo de prediabetes en la cohorte MAUCO”. Programa de Doctorado en Nutrición, Universidad de Chile. Directores de Tesis: Ricardo Verdugo y Andrea Huidobro.

Rocío Mariana Retamales Ortega (presente). Tesis para optar al grado de Doctor “Estudio genómico de riesgo para cáncer gástrico y su asociación con ancestría en la población chilena”. Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas, Universidad de Chile. Directores de Tesis: Ricardo Verdugo y Patricio González Hormazábal.

Patricio Alejando Pezo Valderrama (presente). Tesis para optar al grado de Doctor “Estudio de Señales de Adaptación Biológica en Poblaciones Descendientes de grupos Cazadores Recolectores Marinos de la Patagonia”. Programa de Doctorado en Ciencias Biológicas, mención Ecología y Biología Evolutiva, Universidad de Chile. Directores de Tesis: Mauricio Moraga y Ricardo Verdugo.

Paulina Andrea García González (2018). Tesis para optar al grado de Doctor “Estudio de redes moleculares asociadas a tolerancia en células dendríticas de pacientes con artritis reumatoide, y su expresión en respuesta a moduladores inflamatorios”. Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas, Universidad de Chile. Directores de Tesis: Juan Carlos Aguillón y Ricardo Verdugo.

Pamela Andrea López Contreras (2018). Tesis para optar al grado de Doctor “Evaluation of the role of genes GAS6 and ZIP8 in mediating on a network gene co-expression the effects of smoking on macrophages”. Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas, Universidad de Chile. Director de Tesis: Ricardo Verdugo.

Mario Andrés Apata (2018). Tesis para optar al grado de Magíster en Ciencias Biológicas. “Señales de selección natural en poblaciones andinas expuestas históricamente al arsénico del Desierto de Atacama”. Programa de Magíster en Ciencias Biológicas, Facultada de Ciencias, Universidad de Chile. Directores de Tesis: Mauricio Moraga y Ricardo Verdugo.

Nolberto Zúñiga Contreras (2017). Tesis para optar al grado de Magíster “Efecto de la malnutrición prenatal en la variación natural de los patrones del sueño de Drosophila melanogaster”. Programa de Magíster en Genética, Universidad de Chile. Directores de Tesis: Patricio Olguín y Ricardo Verdugo.

Paloma Soledad Contreras Zúñiga (2015). Memoria de título “Investigación genómica de señales de selección positiva reciente en Aymaras, Pehuenches y Huilliches”. Carrera Antropología, Universidad de Chile. Director de Memoria: Ricardo Verdugo.
Bárbara Patricia Avello Vega (2014; en progreso). Memoria de título “Investigación de las Bases genéticas para el diagnóstico molecular de cáncer de mama a partir de secuenciación de última generación”. Carrera de Tenología Médica, Facultad de Medicina, Universidad de Chile.

Karen Oróstica Tapia (2014). Memoria de Título, “Implementación de métodos de visualización de datos genómicos y transcriptómicos en R”. Necessary to obtain the professional title of Engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.

Karen Oróstica Tapia (2013). Professional practice, “Desarrollo y Debugging del paquete en R ChromPlot”. 30-day training work at the laboratory, necessary to obtain the professional title of Engineer in Bioinformatics, Universidad de Talca.

Alejandro Esteban Blanco Muñoz (2013). Professional practice, “Optimización del diagnóstico molecular de cáncer de mama mediante secuenciación de última generación en pacientes chilenos”. 30-day training work at the laboratory, necessary for obtaining the professional title of Bioinformatician (U. de Talca).

TEACHING EXPERIENCE
Bioinformatics (2012-present). Coordinator of an advanced graduate course on Bioinformatics applied to biomedical sciences. School of Medicine, U. of Chile. Students must have first completed Bioinformatics I at the School of Engineering. He also lectures in other graduate level course in the Medical School in the topics of population genetics, genomics, and regulation of gene expression.

Introducción a la Genómica (30 de Agosto de 2013). Curso de Biología Molecular y Genética de la Especialidad Médica de Nefrología. Escuela de postgrado, Facultad de Medicina, Universidad de Chile. Profesor coordinador: Luis Michea.
Computational Biomedicine (2012). Coordinator of an advanced graduate course biomedical sciences. School of Medicine and Faculty of Engineering, U. of Chile. Part of the Magister in Medical Informatics of the U. of Chile and the University of Heidelberg.

Genetics, Lecturer. Undergraduate course for medical students at the School of Medicine in the University of Chile. Leads practice sessions and gives lectures. March-July 2012.

Taught a lecture titled “Designing microarray experiments in genetics of complex traits” at the International Course on “Genetics of Diseases and Human Populations”, University of Chile, Santiago, Chile, October 24 – 28, 2011. Also prepared a workshop “Tutorial for Testing Differential Expression in R”.

Taught a lecture titled “Designing microarray experiments in genetics of complex traits” and a workshop “Tutorial for Testing Differential Expression in R”, at Institute Pasteur, Paris, France. Received a 4.86 average evaluation from attendees (scale from 1=poor to 5=excellent).

Student Mentor: Summer Student Program, The Jackson Laboratory. June-August 2010. Guided and supervised two intern high-school students on a project titled “Prediction of complex disease phenotypes from genotype and microarray data in soybeans (Glycine max)”.

Taught a lecture titled “Genetical Genomics Workflows” at the Short Course on Systems Genetics, at the Jackson Laboratory, Bar Harbor, Maine. October 24th, 2009. Received a 4.8 grade for the instruction by the attendees (scale from 1=poor to 5=excellent).

Taught a lecture titled “Probe annotations and Genome Coverage in Microarrays” at the Short Course on Systems Genetics, at the Jackson Laboratory, Bar Harbor, Maine. September 26th, 2008.
Student Mentor: Summer Student Program, The Jackson Laboratory. June-August 2009. Guided and supervised an intern high-school student on a project titled “A systems biology approach to the genetic dissection of obesity in a C57BL/6J x C3H/HeJ F2 mouse cross”.

Teaching Assistant: Genetics and Animal Breeding, Department of Animal Science, University of California, Davis (October 2002 to 2007). Responsible for a simulation of dairy herds to be genetically improved by students. Contributed to the development of the program and web interfaces.
Teaching Assistant: Genes and Gene Expression, Department of Biological Sciences, University of California, Davis (2003). Led a discussion session, helping student to solve genetics problems.

Teaching Assistant: Introductory Animal Science, Department of Animal Science, University of California, Davis (2004). Led discussion group, demonstrated basic animal handling, anatomy and physiology practical sessions.

Teaching Assistant: Animal Growth and Development, Department of Animal Science (2006). Held office hours for students to answer questions.

Teaching Assistant: Animal Genetics, Universidad de Chile, Fac. Ciencias Veterinarias y Pecuarias (July 1998 to December 2000).
Responsible for a discussion section: developed problems and exercises in genetics and reinforced course theory and concepts.