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Alex Humberto Di Genova Bravo

Associate professor

Universidad de O'Higgins

Rancagua, Chile

Líneas de Investigación


computational biology, algorithms, and cancer genomics

Educación

  •  Bioinformatics, UNIVERSIDAD ADOLFO IBANEZ. Chile, 2017
  •  Engineer in Bioinformatics, UNIVERSIDAD DE TALCA. Chile, 2008

Experiencia Académica

  •   postdoctoral research Full Time

    INRIA

    Lyon, Francia

    2017 - 2019

  •   Assistant professor Full Time

    Universidad de O'Higgins

    Engineering sciences

    Rancagua, Chile

    2022 - 2022

  •   postdoctoral research Full Time

    IARC

    Lyon, Francia

    2020 - 2021

  •   Associate professor Full Time

    Universidad de O'Higgins

    Engineering sciences

    Rancagua, Chile

    2023 - A la fecha

Experiencia Profesional

  •   Research engineer Full Time

    Universidad de Chile

    SAntiago, Chile

    2008 - 2013


 

Article (41)

<i>TERT</i> Expression and Clinical Outcome in Pulmonary Carcinoids

Werr, Lisa; Bartenhagen, Christoph; Rosswog, Carolina; Cartolano, Maria; Voegele, Catherine; Sexton-Oates, Alexandra; Di Genova, Alex; Ernst, Angela; Kahlert, Yvonne; Hemstedt, Nadine; et al.

Article ISI
JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY  (2025)

The Silene latifolia genome and its giant Y chromosome

Carol Moraga; Branco, Catarina; Quentin Rougemont; Pavel Jedli?ka; Alex Di Genova; Mohammed-Amin Madoui; Roman Hobza; Gabriel A. B. Marais

Article
SCIENCE  (2025)

Exploring the molecular basis of diapause I induction in the annual killifish Garcialebias charrua: a transcriptomic approach

Papa, N. G.; Sotelo-Silveira, J.; Inchausti, L.; Valdivieso, C.; Pereiro, L.; Gajardo, F.; Di Genova, A; Glavic, A.; Chalar, C.; Berois, N.; et al.

Article ISI
ENVIRONMENTAL BIOLOGY OF FISHES  (2024)

Genomes of the Orestias pupfish from the Andean Altiplano shed light on their evolutionary history and phylogenetic relationships within Cyprinodontiformes

Orellana, Ariel; Montecino, Martin

Article ISI
BMC GENOMICS  (2024)

A molecular phenotypic map of malignant pleural mesothelioma

Di Genova, Alex; Mangiante, Lise; Sexton-Oates, Alexandra; Voegele, Catherine; Fernandez-Cuesta, Lynnette; Alcala, Nicolas; Foll, Matthieu

Article ISI
GIGASCIENCE  (2023)

Multiomic analysis of malignant pleural mesothelioma identifies molecular axes and specialized tumor profiles driving intertumor heterogeneity

Mangiante, Lise; Alcala, Nicolas; Sexton-Oates, Alexandra; Di Genova, Alex; Gonzalez-Perez, Abel; Khandekar, Azhar; Bergstrom, Erik N.; Kim, Jaehee; Liu, Xiran; Blazquez-Encinas, Ricardo; et al.

Article ISI
NATURE GENETICS  (2023)

Genome sequencing and transcriptomic analysis of the Andean killifish Orestias ascotanensis reveals adaptation to high-altitude aquatic life

Nardocci, Gino; Hodar, Christian; Marina, Raquel; Orellana, Ariel; Montecino, Martin A.

Article ISI
GENOMICS  (2022)

The Chilean socio-ethno-genomic cline

Barozet, E.; Valenzuela, C. Y.; Digman, D.; Symon, A.; Pezo-Valderrama, P.; Caba, F.; Portales, P.; Maas, A.

Article ISI
BIODEMOGRAPHY AND SOCIAL BIOLOGY  (2021)

The transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae

Nicolas Parisot; Alex Di Genova; , Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos, Gautier Richard, Jeb Rosen, Marie-France Sagot, Arian F. A. Smit, Jessica M. Storer, Carole Vincent-Monegat, Agnès Vallier, Aurélien Vigneron, Anna Zaidman-Rémy, Waël Zamoum, Cristina Vieira, Rita Rebollo,; Amparo Latorre, Abdelaziz Heddi

Article
BMC BIOLOGY  (2021)

Development of a small panel of SNPs to infer ancestry in Chileans that distinguishes Aymara and Mapuche components

Herrera, Luisa; Moraga, Mauricio; Llop, Elena; Valenzuela, Carlos Y.; Lopez, Pamela; Suazo, Jose; Barozet, Emmanuelle; Caba, Fresia; Alvarado, Sergio; Cáceres, Dante; et al.

Article ISI SCIELO
BIOLOGICAL RESEARCH  (2020)

Efficient hybrid de novo assembly of human genomes with WENGAN

Buena-Atienza, Elena

Article ISI
NATURE BIOTECHNOLOGY  (2020)

Identification of SNPs and InDels associated with berry size in table grapes integrating genetic and transcriptomic approaches

Munoz-Espinoza, Claudia; Sanchez, Alicia; Correa, Jose; Orellana, Ariel; Hinrichsen, Patricio

Article ISI
BMC Plant Biology  (2020)

Mycoplasma hyopneumoniae J elicits an antioxidant response and decreases the expression of ciliary genes in infected swine epithelial cells

Mucha, Scheila G.; Ferrarini, Mariana G.; Moraga, Carol; Guyon, Laurent; Tardy, Florence; Rome, Sophie; Zaha, Arnaldo

Article ISI
SCIENTIFIC REPORTS  (2020)

The relevance of enzyme specificity for coenzymes and the presence of 6-phosphogluconate dehydrogenase for polyhydroxyalkanoates production in the metabolism of Pseudomonas sp. LFM046

Cardinali-Rezende, Juliana; Nahat, Rafael A. T. P. S.; Costa, Rafael S.; Oliveira, Henrique C.; Taciro, Marilda K.; Silva, Luiziana F.; Gomez, Jose Gregorio C.

Article ISI
INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES  (2020)

Comparing genomic signatures of domestication in two Atlantic salmon (Salmo salar L.) populations with different geographical origins

Benestan, L

Article ISI SCOPUS
EVOLUTIONARY APPLICATIONS  (2019)

RNA-Seq analysis and transcriptome assembly of raspberry fruit (Rubus idaeus "Heritage") revealed several candidate genes involved in fruit development and ripening



Article ISI SCOPUS
SCIENTIA HORTICULTURAE  (2019)

Whole Genome Sequence, Variant Discovery and Annotation in Mapuche-Huilliche Native South Americans

Vidal, Elena A; Bustos, Bernabe, I; Perez-Palma, Eduardo; Moraga, Carol; Riveras, Eleodoro; Soto, Daniela C.; Vidal, Mabel; Di Genoval, Alex; Puschel, Klaus; Nurnberg, Peter; et al.

Article ISI SCOPUS
SCIENTIFIC REPORTS  (2019)

Fast-SG: an alignment-free algorithm for hybrid assembly

Di Genova, Alex

Article ISI
GIGASCIENCE  (2018)

Genomic variation underlying complex life-history traits revealed by genome sequencing in Chinook salmon

Di Genova, Alex; Micheletti, Steven J.

Article ISI SCOPUS
PROCEEDINGS OF THE ROYAL SOCIETY B-BIOLOGICAL SCIENCES  (2018)

The genome sequence of the soft-rot fungus Penicillium purpurogenum reveals a high gene dosage for lignocellulolytic enzymes

Mardones W.; Cortés M.P.

Article SCOPUS
Mycology  (2018)

Genome wide association study for resistance to Caligus rogercresseyi in Atlantic salmon (Salmo salar L.) using a 50K SNP genotyping array

Lhorente, Jean P.; Bassini, Liane; López, María E.; Davidson, William S.

Article ISI SCOPUS
AQUACULTURE  (2017)

Global gene expression analysis provides insight into local adaptation to geothermal streams in tadpoles of the Andean toad Rhinella spinulosa

Valdivieso, Camilo

Article ISI SCOPUS
SCIENTIFIC REPORTS  (2017)

Reconstruction of the microalga Nannochloropsis salina genome-scale metabolic model with applications to lipid production

Genova, Alex Di; Gajardo, Natalia

Article ISI SCOPUS
BMC SYSTEMS BIOLOGY  (2017)

Genomewide single nucleotide polymorphism discovery in Atlantic salmon (Salmo salar): validation in wild and farmed American and European populations

Yáñez, JM; Naswa S.; López M.E.; Bassini, L; Correa, K.; Gilbey, J; Bernatchez, L; Norris A.; Neira, R; Lhorente, J. P.; et al.

Article ISI SCOPUS
MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES  (2016)

The Atlantic salmon genome provides insights into rediploidization

Lien S.; Sandve S.R.; Miller J.R.; Kent M.P.; Nome T.; Leong J.S.; Minkley D.R.; Zimin A.; Grammes F.; Grove H.; et al.

Article ISI SCOPUS
NATURE  (2016)

The bioleaching potential of a bacterial consortium

latorre, m; Travisany, D; Di Genova, A; Budinich, M.; Reyes-Jara, A; Parada, P; Cambiazo, V; Maass, A

Article ISI SCOPUS
BIORESOURCE TECHNOLOGY  (2016)

Transcriptome profiling of grapevine seedless segregants during berry development reveals candidate genes associated with berry weight

Di Genova, A; Correa, J; Silva, R; Maass, A; Orellana, A; Hinrichsen, P

Article ISI SCOPUS
BMC Plant Biology  (2016)

Genome-wide association analysis reveals loci associated with resistance against Piscirickettsia salmonis in two Atlantic salmon (Salmo salar L.) chromosomes

Correa, K.; Lhorente, JP; Bassini, L; Naswa S.; Deeb N.; Di Genova, A; Maass, A; Davidson, WS

Article ISI SCOPUS
BMC Genomics  (2015)

The BioMart community portal: an innovative alternative to large, centralized data repositories

Smedley, D; Haider, S; Durinck, S; Pandini, L; Provero, P; Allen, J; Arnaiz, O.; Awedh, MH; Baldock, R; Barbiera, G; et al.

Article ISI SCOPUS
Nucleic Acids Research  (2015)

Transcriptome sequencing of Prunus sp rootstocks roots to identify candidate genes involved in the response to root hypoxia

Almada, R.; Pimentel, P; Bastías A.; Salvatierra, A.; Rojas, P; Hinrichsen, P; Pinto, M; Di Genova, A; Travisany, D; Maass, A; et al.

Article ISI SCOPUS
Tree Genetics and Genomes  (2015)

A new genome of Acidithiobacillus thiooxidans provides insights into adaptation to a bioleaching environment

Travisany, D; latorre, m; Di Genova, A; Budinich, M.; Bobadilla-Fazzini, RA; Parada, P; Gonzalez, M.; Maass, A

Article ISI SCOPUS
RESEARCH IN MICROBIOLOGY  (2014)

Whole genome comparison between table and wine grapes reveals a comprehensive catalog of structural variants

Di Genova, A; Almeida AM; Munoz-Espinoza, C; Vizoso P.; Travisany, D; Moraga, C; Pinto, M; Hinrichsen, P; Orellana, A; Maass, A

Article ISI
BMC Plant Biology  (2014)

Bioinformatic survey for new physiological substrates of Cyclin-dependent kinase 5

Olmos, C; Álvarez, S.; Di Genova, A; Maass, A; Gonzalez-Billault, C

Article ISI SCOPUS
Genomics  (2013)

Cdk5 regulates Rap1 activity

Utreras, E; Henriquez, D; Contreras-Vallejos, E; Olmos, C; Di Genova, A; Maass, A; Gonzalez-Billault, C

Article ISI SCOPUS
Neurochemistry International  (2013)

Construction of Reference Chromosome-Scale Pseudomolecules for Potato: Integrating the Potato Genome with Genetic and Physical Maps

Sharma S.K.; Bolser, D; de Boer, J; Sonderkaer, M; Amoros, W; Carboni, MF; D'Ambrosio, JM; de la Cruz, G; Di Genova, A; Eguiluz, M; et al.

Article ISI SCOPUS
G3-GENES GENOMES GENETICS  (2013)

Identification of two putative reference genes from grapevine suitable for gene expression analysis in berry and related tissues derived from RNA-Seq data

Gonzalez-Aguero, M; García-Rojas, M.; Di Genova, A; Correa, J; Maass, A; Orellana, A; Hinrichsen, P

Article ISI SCOPUS
BMC Genomics  (2013)

Draft Genome Sequence of the Sulfobacillus thermosulfidooxidans Cutipay Strain, an Indigenous Bacterium Isolated from a Naturally Extreme Mining Environment in Northern Chile

Travisany, D; Di Genova, A; Sepúlveda, A.; Bobadilla Fazzini R.A.; Parada, P; Maass, A

Article ISI SCOPUS
Journal of Bacteriology  (2012)

Genome wide identification of Acidithiobacillus ferrooxidans (ATCC 23270) transcription factors and comparative analysis of ArsR and MerR metal regulators

Hodar, C; Moreno, P; Genova A.D.; latorre, m; Angelica R.-J.; Maass, A; Gonzalez, M.; Cambiazo, V

Article ISI SCOPUS
BioMetals  (2012)

BioMart Central Portal: an open database network for the biological community

Guberman, JM; Ai, J.; Arnaiz, O.; Baran, J; Blake, A; Baldock, R; Chelala, C; Croft, D; Cros A.; Cutts, RJ; et al.

Article ISI SCOPUS
Database  (2011)

Genome sequence and analysis of the tuber crop potato

Xu, X; Pan, SK; Cheng, SF; Zhang, B; Mu, DS; Ni, PX; Zhang, GY; Yang, S; Li, RQ; Wang, J; et al.

Article ISI SCOPUS
Nature  (2011)

SalmonDB: a bioinformatics resource for Salmo salar and Oncorhynchus mykiss

Di Genova, A; Aravena, A; Zapata L.; Gonzalez, M.; Maass, A; Iturra, P

Article ISI SCOPUS
Database  (2011)

Proyecto (7)

Genómica de la población Chilena=> Obtención de perfiles genéticos necesarios en investigación clínica, salud publica y medicina forense.

FONDEF (D10I1007)

Proyecto
2012-2015
Investigador(a)

Centro de Regulación del Genoma

FONDAP (1509007)

Proyecto
2010-2020
Investigador(a)

The International Collaboration to Sequence the Atlantic Salmon Genome (ICSASG), Chile, Canada and Norway.

ICSASG

Proyecto
2010-2014
Investigador(a)

Potato Genome Sequencing Consortium (PGSC).

PGSC

Proyecto
2008-2011
Investigador(a)

Genómica de Salmónidos=> Identificación de genes asociados al uso de proteínas y aceites vegetales en la nutrición de Salmón del Atlántico y Trucha Arcoiris

CORFO-INNOVA (07CN13PBT-41)

Proyecto
2007-2011
Investigador(a)

Identificación de genes relacionados con el desarrollo y crecimiento de bayas apirenas de vid mediante genómica funcional.

FONDEF (G07I1002)

Proyecto
2007-2012
Investigador(a)

Laboratorio de información en biomineria=> Organización y procesamiento estadísticos de datos biomineros, anotación de genomas y desarrollo de plataformas.

Biosigma

Proyecto
2003-2010
Investigador(a)

1
Juan-Pablo Martinez

Investigador

INSTITUTO DE INVESTIGACIONES AGROPECUARIAS

Rengo, Chile

2
Rodrigo Gutierrez

Full Professor

Molecular Genetics & Microbiology

PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATÓLICA DE CHILE

Santiago, Chile

1
Patricia Iturra

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
Luisa Herrera

Profesor Asociado

Incstituto de Ciencias Biomédicas, Programa de Genética Humana

UNIVERSIDAD DE CHILE, FACULTAD DE MEDICINA-ICBM

Santiago, Chile

4
Boris Sagredo

INIA-RAYENTUÉ

Rengo, Chile

25
Alejandro Maass

Main Researcher

Center for Mathematical Modeling

Universidad de Chile

Santiago, Chile

2
lucia cifuentes

Profesor Titular

FACULTAD DE MEDICINA. U. DE CHILE

santiago, Chile

1
Mauricio Gonzalez

Researcher

INSTITUTO DE INVESTIGACIONES AGROPECUARIAS - CRI LA PLATINA

SANTIAGO, Chile

8
Ariel Orellana

Profesor Titular

Centro de Biotecnologia Vegetal

UNIVERSIDAD ANDRES BELLO

Santiago, Chile

1
Ruben Vidal

Profesor Asociado

Biologia

UNIVERSIDAD DE SANTIAGO DE CHILE

Santiago, Chile

2
Mauricio Moraga

Profesor Asociado

Programa de Genética Humana

FACULTAD DE MEDICINA, UNIVERSIDAD DE CHILE

SANTIAGO, Chile

2
DANTE CACERES

Académico

Programa de Salud Ambiental

ESCUELA DE SALUD PUBLICA, FACULTAD DE MEDICINA, UNIVERSIDAD DE CHILE

SANTIAGO, Chile

5
Patricio Hinrichsen

Investigador

INIA CENTRO REGIONAL LA PLATINA

Santiago, Chile

2
MARCELO VILLALON

Profesor Asociado

Escuela de Salud Pública

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

4
Christian Hodar

ASSISTANT PROFESSOR

BIOINFORMATICS & GENEXPRESSION LAB - INTA

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
Daniel Henriquez

Director Ciencia Transversal

Fundación Centro MERI

Santiago, Chile

5
Miguel Allende

Director

Biología

FACULTAD DE CIENCIAS, UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
Ruben Almada

PRINCIPAL INVESTIGATOR

GENOMICS

CENTRO DE ESTUDIOS AVANZADOS EN FRUTICULTURA

Rengo, Chile

1
Marco Mendez

Full Professor

DEPARTAMENTO CIENCIAS ECOLÓGICAS, FACULTAD DE CIENCIAS,

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
Susana Eyheramendy

Full Professor

Universidad Adolfo Ibánez

Santiago, Chile

1
Adriana Bastias

DOCENTE

FAC. CS. SALUD

UNIVERSIDAD AUTONOMA DE CHILE

Santiago, Chile

5
Mauricio Gonzalez

Profesor Titular

INTA

UNIVERSIDAD DE CHILE - INSTITUTO DE NUTRICION Y TECNOLOGIA DE ALIMENTOS

Santiago, Chile

1
Lida Fuentes

Researcher

Centro Regional de Estudios en Alimentos Saludables

Valparaiso, Chile

2
Ricardo Verdugo

Asistant Professor

Facultad de Medicina

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
Andrea Miyasaka

Profesor Asociado

Facultad de Ciencias

Universidad Mayor

Huechuraba, Chile

2
Nilo Mejia

Investigador

Producción Vegetal

INSTITUTO DE INVESTIGACIONES AGROPECUARIAS

Santiago, Chile

1
Emmanuelle Barozet

Profesora titular

Departamento de Sociología

Universidad de C

Santiago, Chile

2
Manuel Pinto

ACADÉMICO

INSTITUTO DE CIENCIAS AGRONOMICAS Y VETERINARIAS

Universidad de O'Higgins

San Fernando, Chile

1
Gino Nardocci

Investigador / Profesor Asistente

Universidad de Los Andes

Santiago, Chile

3
Martín Montecino

Director

Institute of Biomedical Sciences

UNIVERSIDAD ANDRES BELLO

Santiago, Chile

4
Veronica Cambiazo

Profesora titular

Unidad de Nutrición Básica

UNIVERSIDAD DE CHILE - INTA

Santiago, Chile

1
Elena Vidal

Academico Regular

Centro de Genomica y Bioinformatica

Universidad Mayor de Chile

Santiago, Chile

3
Angelica Reyes

Profesor Asociado

INTA UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
Klaus Puschel

Full Professor

Family Medicine

FACULTAD MEDICINA PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE CHILE

Santiago, Chile

2
José Suazo

Profesor Asociado

Instituto de Investigación en Ciencias Odontológicas

Universidad de Chile

Santiago, Chile

1
Claudio Meneses

Profesor Asociado

Facultad de Agronomía y Sistemas Naturales

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

1
Gonzalo Ruz

Full Professor

Engineering and Sciences

Universidad Adolfo Ibáñez

Santiago, Chile

2
Christian Gonzalez

Full Professor

Biologia

Universidad de Chile

Santiago, Chile

1
Luis Pastenes

Profesor Auxiliar

Departamento de Biología y Química

Universidad Católica del Maule

Talca, Chile

1
Luis Zapata

Postdoc

Bioinformatics and genomics

Center for genomic regulation

Barcelona, España

1
Eleodoro Riveras

Investigador postdoctoral

Instituto de Biologia Integrativa, Ibio

Santiago, Chile

1
Wladimir Mardones

Investigador Joven

Instituto Milenio de Biología Integrativa

Santiago, Chile

3
Jose Yañez

Profesor Asistente

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
PAULA VIZOSO

Researcher

Universidad Mayor

SANTIAGO, Chile

1
Maria López

Postdoc

Department of Animal Breeding and Genetics

Swedish University of Agricultural Sciences

Uppsala, Suecia

1
Rodrigo Maldonado

Académico Investigador

Universidad Finis Terrae

Santiago, Chile

1
Elias Utreras

Profesor Asistente

Biologia

Universidad de Chile

Santiago, Chile

1
Daniel Bórquez

Profesor asistente

Centro de Investigación Biomédica

Universidad Diego Portales

Santiago, Chile

2
Maria Bustamante

Profesora Asistente

Facultad de Medicina

Universidad de Chile

Santiago , Chile

1
Sebastian Mendoza

Investigador

Centro De Modelamiento Matemático

santiago, Chile

3
Claudia Muñoz

Investigadora

Biotecnología

Instituto de Investigaciones Agropecuarias INIA-La Platina

Santiago, Chile

3
Liane Ney

Profesor asistente

Producción animal

Universidad Andrés Bello

santiago, Chile

1
Paula Pimentel

Coordinator of Plant Stress Physiology laboratory

Centro de Estudios Avanzados en Fruticultura

Rengo, Chile

1
Ariel Salvatierra

Investigador Principal

Investigación Hortícola y Genómica

Centro de Estudios Avanzados en Fruticultura

Rengo, Chile

2
Maria Cortés

Ingeniero de proyectos

Universidad de Chile

Santiago, Chile

3
Katharina Correa

Asistente

Desarrollo Genético

Aquainnovo

Puerto Montt, Chile

3
Carol Moraga

Assistant professor

Instituto Ciencias de la Ingeniería

Universidad de O'Higgins

Rancagua, Chile

1
Pamela Rojas

Doctora en Ciencias, Coordinadora Científica

Vicerrectoría de Investigación y Doctorado

Universidad Autónoma de Chile

Santiago, Chile

9
Dante Travisany

Profesor Asociado

Facultad de Ingeniería y Negocios

Universidad de Las Américas

Santiago, Chile

3
Pilar Parada

Directora

Facultad de Ciencias de la Vida

Universidad Andrés Bello

Santiago, Chile

2
Nicolas Loira

CTO AlicantoLabs

Escuela de Negocios

Universidad Adolfo Ibáñez

Santiago, Chile

1
Mabel Vidal

Associate Professor

Computer Science

Universidad de Concepción

Concepcion, Chile

1
Sergio Alvarado

Académico

Bioestdística

Universidad de Chile

Santiago, Chile

1
Eduardo Pérez

Profesor Investigador Asociado

Centro de Genética y Genómica, Facultad de Medicina Clínica Alemana

Universidad del Desarrollo

Santiago, Chile

41
Alex Di Genova

Associate professor

Engineering sciences

Universidad de O'Higgins

Rancagua, Chile

1
MARIA ARISMENDI

3
José Correa