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JONATHAN ELIAS MALDONADO SOTO

Postdoc CONICYT

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

Líneas de Investigación


Genómica y transcriptómica comparada de organismos procariontes y eucariontes. Diseño e implementación de métodos bioinformáticos para obtener y comparar genomas bacterianos desde muestras metagenómicas.

Educación

  •  Licenciatura en Biotecnología Molecular, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2008
  •  Ingeniería en Biotecnología Molecular, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2010
  •  Doctorado en Ciencias, Biología Molecular, Celular y Neurociencias, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2017

Experiencia Académica

  •   Profesor curso Bioinformática (BIT120) Part Time

    UNIVERSIDAD ANDRES BELLO

    Ciencias Biológicas

    Santiago, Chile

    2010 - 2010

  •   Profesor asistente curso "Introducción a la Ciencia de la Computación" Part Time

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Ciencias Físicas y Matemáticas

    Santiago, Chile

    2001 - 2002

  •   Organizador y Profesor Workshop iBio Bioinformática Other

    PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE CHILE

    Facultad de Ciencias Biológicas

    Santiago, Chile

    2019 - 2019

Experiencia Profesional

  •   Asistente de investigación en el área de Bioinformática Part Time

    Proyecto de Investigación Genómica Funcional en Nectarines, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    2004 - 2005

  •   Instalación y configuración junto con Mariano Latorre de un cluster de 25 computadores destinados a análisis bioinformáticos Part Time

    Unidad de Bioinformática del Centro de Biotecnología Vegetal, Universidad Andrés Bello

    Santiago, Chile

    2005 - 2005

  •   Trabajo de consultoría en el diseño de la exhibición itinerante denominada “Genoma y Bioinformática” Part Time

    Museo Interactivo Mirador (MIM)

    Santiago, Chile

    2007 - 2007

  •   Diseño e implementación de un protocolo para la actualización automática de bases de datos Part Time

    Laboratorio de Bioinformática y Matemática del Genoma, Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    2007 - 2007

  •   Asistente de investigación en el área de Bioinformática Part Time

    Unidad de Bioinformática del Laboratorio de Genómica Funcional y Bioinformática Vegetal de la Universidad Andrés Bello

    Santiago, Chile

    2009 - 2010

  •   Jefe de área y asistente de investigación (Bioinformático) Full Time

    Laboratorio de Genómica Funcional y Bioinformática Vegetal de la Universidad San Sebastián

    Santiago, Chile

    2010 - 2011

  •   Jefe de área y asistente de investigación (Bioinformático) Full Time

    Laboratorio de Genómica Funcional y Bioinformática del Departamento de Producción Agrícola, Facultad de Ciencias Agronómicas de la Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    2011 - 2012

  •   Jefe de área y asistente de investigación (Bioinformático) Part Time

    Laboratorio de Genómica Funcional y Bioinformática del Departamento de Producción Agrícola, Facultad de Ciencias Agronómicas de la Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    2012 - A la fecha

  •   Asistente de investigación en el área de Bioinformática Part Time

    Laboratorio de Bioinformática y Expresión Génica, INTA, Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    2012 - 2019

Premios y Distinciones

  •   Beca Presidente de la República

    MINISTERIO DE EDUCACION

    Chile, 1994

    Beca Presidente de la República por excelencia académica para costear gastos relacionados a etapa escolar. Años 1994 a 1999.

  •   Premio a la mejor promoción de Enseñanza Media

    ILUSTRE MUNICIPALIDAD DE SANTIAGO

    Chile, 1999

    Premio a la mejor promoción de Enseñanza Media otorgado por la Municipalidad de Santiago en el Liceo de Aplicación, Santiago de Chile

  •   Beca Presidente de la República

    MINISTERIO DE EDUCACION

    Chile, 2000

    Beca Presidente de la República a la excelencia académica para costear gastos y alimentación durante etapa universitaria otorgada desde año 2000 a año 2009.

  •   Beca Universidad de Chile

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Chile, 2000

    Beca Universidad de Chile para financiar el arancel de la carrera.

  •   Beca para asistir al “Global Biotechnology Forum”,

    Global Biotechnology Forum

    Chile, 2004

    Beca para asistir al “Global Biotechnology Forum”, Concepción, Chile.

  •   Beca para asistir al “Rosaceae Genomics IV Conference”

    RosBreed

    Chile, 2008

    Beca para asistir al “ Rosaceae Genomics IV Conference”, Pucón, Chile.

  •   Beca CONICYT Doctorado Nacional

    CONICYT

    Chile, 2012

    Beca CONICYT para cursar programa de Doctorado en Ciencias, Universidad de Chile.

  •   Beca CONICYT Postdoctorado

    CONICYT

    Chile, 2019

    Título: Contribución de la microbiota rizosférica a la tolerancia de Hoffmannseggia doelli ante cambios en la disponibilidad de nitrógeno. Beca #3190194


 

Article (37)

DNA sequencing in the classroom: complete genome sequence of two earwig (Dermaptera; Insecta) species

Kobayashi, Sanae; Maldonado, Jonathan; Gaete, Alexis; Araya, Ingrid; Aguado-Norese, Constanza; Cumplido, Nicolas; Diaz, Sebastian; Espinoza, Alonso; Fernandez, Edelmira; Gajardo, Felipe; Gonzalez-Ordenes, Felipe; Hauyon, Khantati; Maldonado, Piedad; Maldonado, Rodrigo; Pochet, Isabel; Riveros, Anibal; Sandoval, Paula; Sepulveda-Gonzalez, Ailynne; Stuardo, Camila; Tapia-Reyes, Patricio; Thornton, Carolina; Undurraga, Soledad; Varas, Macarena A.; Valdivieso, Camilo; Gutierrez, Rodrigo A.; Orellana, Ariel; Montecino, Martin L.; Maass, Alejandro; Gonzalez, Mauricio; Allende, Miguel; Hodar, Christian; Irles, Paula; School Earwig Genome Consortium

Article ISI SCIELO
BIOLOGICAL RESEARCH  (2023)

Evaluation of a Red Grape Marc Extract as a Natural Nitrification Inhibitor and its Effect on Soil Bacterial Community

Ormeno, Maria Angelica; Maldonado, Jonathan Elias; Gonzalez, Mauricio; Silva, Herman; Covarrubias, Jose Ignacio

Article ISI
JOURNAL OF SOIL SCIENCE AND PLANT NUTRITION  (2023)

Testing the stress gradient hypothesis in soil bacterial communities associated with vegetation belts in the Andean Atacama Desert

Mandakovic, Dinka; Aguado-Norese, Constanza; Garcia-Jimenez, Beatriz; Hodar, Christian; Maldonado, Jonathan E.; Gaete, Alexis; Latorre, Mauricio; Wilkinson, Mark D.; Gutierrez, Rodrigo A.; Cavieres, Lohengrin A.; Medina, Joaquin; Cambiazo, Veronica; Gonzalez, Mauricio

Article ISI
ENVIRONMENTAL MICROBIOME  (2023)

An Upgraded, Highly Saturated Linkage Map of Japanese Plum (<i>Prunus salicina</i> Lindl.), and Identification of a New Major Locus Controlling the Flavan-3-ol Composition in Fruits

Battistoni, Benjamin; Salazar, Juan; Vega, Wladimir; Valderrama-Soto, Diego; Jimenez-Munoz, Pablo; Sepulveda-Gonzalez, Ailynne; Ahumada, Sebastian; Cho, Isaac; Gardana, Claudio Sebastiano; Morales, Hector; Pena-Neira, Alvaro; Silva, Herman; Maldonado, Jonathan; Gonzalez, Mauricio; Infante, Rodrigo; Pacheco, Igor

Article ISI
FRONTIERS IN PLANT SCIENCE  (2022)

Bioprospecting of Plant Growth-Promoting Traits of <i>Pseudomonas</i> sp. Strain C3 Isolated from the Atacama Desert: Molecular and Culture-Based Analysis

Gaete, Alexis; Andreani-Gerard, Constanza; Maldonado, Jonathan E.; Munoz-Torres, Patricio A.; Sepulveda-Chavera, German F.; Gonzalez, Mauricio

Article ISI
DIVERSITY-BASEL  (2022)

Descriptive Genomic Analysis and Sequence Genotyping of the Two Papaya Species (Vasconcellea pubescens and Vasconcellea chilensis) Using GBS Tools

Carrasco, Basilio; Arevalo, Barbara; Perez-Diaz, Ricardo; Rodriguez-Alvarez, Yohaily; Gebauer, Marlene; Maldonado, Jonathan E.; Garcia-Gonzales, Rolando; Chong-Perez, Borys; Pico-Mendoza, Jose; Meisel, Lee A.; Ming, Ray; Silva, Herman

Article ISI
PLANTS-BASEL  (2022)

First characterization of the gut microbiome associated with Mytilus chilensis collected at a mussel farm and from a natural environment in Chile

Santibanez, P.; Romalde, J.; Maldonado, J.; Fuentes, D.; Figueroa, J.

Article ISI
AQUACULTURE  (2022)

Partners to survive: <i>Hoffmannseggia doellii</i> root-associated microbiome at the Atacama Desert

Maldonado, Jonathan E.; Gaete, Alexis; Mandakovic, Dinka; Aguado-Norese, Constanza; Aguilar, Melissa; Gutierrez, Rodrigo A.; Gonzalez, Mauricio

Article ISI
NEW PHYTOLOGIST  (2022)

RNA-seq analysis and transcriptome assembly of<i> Salicornia</i><i> neei</i> reveals a powerful system for ammonium detoxification

Diaz-Silva, Monica; Maldonado, Jonathan; Veloso, Pamela; Delgado, Nicol; Silva, Herman; Gallardo, Jose A.

Article ISI
ELECTRONIC JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY  (2022)

Nutrient Scarcity in a New Defined Medium Reveals Metabolic Resistance to Antibiotics in the Fish Pathogen <i>Piscirickettsia salmonis</i>

Ortiz-Severin, Javiera; Stuardo, Camila J.; Jimenez, Natalia E.; Palma, Ricardo; Cortes, Maria P.; Maldonado, Jonathan; Maass, Alejandro; Cambiazo, Veronica

Article ISI
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY  (2021)

Plant ecological genomics at the limits of life in the Atacama Desert

Eshel, Gil; Araus, Viviana; Undurraga, Soledad; Soto, Daniela C.; Moraga, Carol; Montecinos, Alejandro; Moyano, Tomas; Maldonado, Jonathan; Diaz, Francisca P.; Varala, Kranthi; Nelson, Chase W.; Contreras-Lopez, Orlando; Pal-Gabor, Henrietta; Kraiser, Tatiana; Carrasco-Puga, Gabriela; Nilo-Poyanco, Ricardo; Zegar, Charles M.; Orellana, Ariel; Montecino, Martin; Maass, Alejandro; Allende, Miguel L.; DeSalle, Robert; Stevenson, Dennis W.; Gonzalez, Mauricio; Latorre, Claudio; Coruzzi, Gloria M.; Gutierrez, Rodrigo A.

Article ISI
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA  (2021)

RNAseq reveals different transcriptomic responses to GA(3) in early and midseason varieties before ripening initiation in sweet cherry fruits

Kuhn, Nathalie; Maldonado, Jonathan; Ponce, Claudio; Arellano, Macarena; Time, Alson; Multari, Salvatore; Martens, Stefan; Carrera, Esther; Manuel Donoso, Jose; Sagredo, Boris; Meisel, Lee A.

Article ISI
SCIENTIFIC REPORTS  (2021)

Taxonomy and diversity of bacterial communities associated with marine sediments from Chilean salmonid farms

Miranda, Richard M.; Aguila-Torres, Patricia; Aranda, Carlos P.; Maldonado, Jonathan; Casado, Alin

Article ISI
AQUACULTURE RESEARCH  (2021)

Tomato Cultivars With Variable Tolerances to Water Deficit Differentially Modulate the Composition and Interaction Patterns of Their Rhizosphere Microbial Communities

Gaete, Alexis; Pulgar, Rodrigo; Hodar, Christian; Maldonado, Jonathan; Pavez, Leonardo; Zamorano, Denisse; Pastenes, Claudio; Gonzalez, Mauricio; Franck, Nicolas; Mandakovic, Dinka

Article ISI
FRONTIERS IN PLANT SCIENCE  (2021)

A de novo transcriptome analysis revealed that photomorphogenic genes are required for carotenoid synthesis in the dark-grown carrot taproot

Arias, Daniela; Maldonado, Jonathan; Silva, Herman; Stange, Claudia

Article ISI
MOLECULAR GENETICS AND GENOMICS  (2020)

Biochemical and Genomic Characterization of the Cypermethrin-Degrading and Biosurfactant-Producing Bacterial Strains Isolated from Marine Sediments of the Chilean Northern Patagonia

Aguila-Torres, Patricia; Maldonado, Jonathan; Gaete, Alexis; Figueroa, Jaime; González, Alex; Miranda, Richard; González-Stegmaier, Roxana; Martin, Carolina; González, Mauricio

Article ISI, SCOPUS
 (2020)

Fungal Diversity Analysis of Grape Musts from Central Valley-Chile and Characterization of Potential New Starter Cultures

Mandakovic, Dinka; Pulgar, Rodrigo.; Maldonado, Jonathan; Mardones, Wladimir; González, Mauricio; Cubillos, Francisco A; Cambiazo, Verónica

Article ISI, SCOPUS
Microorganisms  (2020)

Genome-scale metabolic models of Microbacterium species isolated from a high altitude desert environment

Mandakovic, Dinka; Cintolesi, Ángela; Maldonado, Jonathan; Mendoza, Sebastián N.; Aïte, Méziane; Gaete, Alexis; Saitua, Francisco; Allende, Miguel; Cambiazo, Verónica; Siegel, Anne; Maass, Alejandro; González, Mauricio; "Latorre, Mauricio"

Article ISI SCOPUS
SCIENTIFIC REPORTS  (2020)

Bacterial communities associated to Chilean altiplanic native plants from the Andean grasslands soils

Fernandez-Gomez, B; Maldonado, J; Mandakovic, D; Gaete, A; gutierrez ra; Maass, A; Cambiazo, V; Gonzalez, M

Article ISI SCOPUS
SCIENTIFIC REPORTS  (2019)

Comparative Transcriptome Profiling in a Segregating Peach Population with Contrasting Juiciness Phenotypes

Del Pozo, Talia; Miranda, Simon; "Latorre, Mauricio"; Olivares, Felipe; Pavez, Leonardo; Gutierrez, Ricardo; Maldonado, Jonathan; Hinrichsen, Patricio; Defilippi, Bruno G.; Orellana, Ariel; Gonzalez, Mauricio

Article ISI SCOPUS
JOURNAL OF AGRICULTURAL AND FOOD CHEMISTRY  (2019)

RNA-seq Analysis of Salt-Stressed Versus Non Salt-Stressed Transcriptomes of Chenopodium quinoa Landrace R49

Ruiz, Karina B.; Maldonado, Jonathan; Biondi, Stefania; Silva, Herman

Article ISI SCOPUS
GENES  (2019)

Soil Bacterial Communities From the Chilean Andean Highlands: Taxonomic Composition and Culturability

Maza, Felipe; Maldonado, Jonathan; Vásquez-Dean, Javiera; Mandakovic, Dinka; Gaete, Alexis; Cambiazo, Verónica; González, Mauricio

Article ISI SCOPUS
FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY  (2019)

Transcriptome datasets from leaves and fruits of the sweet cherry cultivars ‘Bing’ ‘Lapins’ and ‘Rainier’

Maldonado J.; Dhingra A.; Carrasco B.; Meisel, L.; Silva H.

Article SCOPUS
Data in Brief  (2019)

Construction of a highly saturated linkage map in Japanese plum (Prunus salicina L.) using GBS for SNP marker calling

Carrasco,Basilio; Gonzalez, Maximo; Gebauer, Marlene; Garcia-Gonzalez, Rolando; Maldonado, Jonathan; Silva, Herman

Article ISI SCOPUS
PLOS ONE  (2018)

Microbiome analysis and bacterial isolation from Lejia Lake soil in Atacama Desert

Mandakovic, Dinka; Maldonado, Jonathan; Pulgar, Rodrigo.; Cabrera, Pablo; Gaete, Alexis; Urtuvia, Viviana; Seeger, Michael; Cambiazo, Veronica; Gonzalez, Mauricio

Article ISI SCOPUS
EXTREMOPHILES  (2018)

Structure and co-occurrence patterns in microbial communities under acute environmental stress reveal ecological factors fostering resilience

Mandakovic, Dinka; Rojas, Claudia; Maldonado, Jonathan; "Latorre, Mauricio"; Travisany, Dante; Delage, Erwan; Bihouee, Audrey; Jean, Geraldine; Diaz, Francisca P.; Fernandez-Gomez, Beatriz; Cabrera, Pablo; Gaete, Alexis; Latorre, Claudio; Gutierrez, Rodrigo A.; Maass, Alejandro; Cambiazo, Veronica; Navarrete, Sergio A; Eveillard, Damien; Gonzalez, Mauricio

Article ISI SCOPUS
SCIENTIFIC REPORTS  (2018)

RNA-seq analysis of the head-kidney transcriptome response to handling-stress in the red tusk-eel (Genypterus chilensis)

Aballai, Víctor; Aedo, Jorge E.; Maldonado, Jonathan; Bastias-Molina, Macarena; Silva, Herman; Meneses, Claudio; Boltaña, Sebastian; Reyes, Ariel; Molina, Alfredo; Valdés, Juan Antonio

Article ISI SCOPUS
COMPARATIVE BIOCHEMISTRY AND PHYSIOLOGY D-GENOMICS PROTEOMICS  (2017)

Transcriptional Responses of Chilean Quinoa (Chenopodium quinoa Willd.) Under Water Deficit Conditions Uncovers ABA-Independent Expression Patterns

Morales, Andrea; Zurita-Silva, Andres; Maldonado, Jonathan; Silva, Herman

Article ISI SCOPUS
FRONTIERS IN PLANT SCIENCE  (2017)

Transcriptomic analysis of the hepatic response to stress in the red cusk-eel (Genypterus chilensis): Insights into lipid metabolism, oxidative stress and liver steatosis

Naour, Sebastian; Espinoza, Brisa M.; Aedo, Jorge E.; Zuloaga, Rodrigo; Maldonado, Jonathan; Bastias-Molina, Macarena; Silva, Herman; Meneses, Claudio; Gallardo-Escárate, Cristian; Molina, Alfredo; Valdés, Juan Antonio; Chen, Tzong-Yueh

Article ISI SCOPUS
PLOS ONE  (2017)

De novo transcriptome assembly of 'Angeleno' and 'Lamoon' Japanese plum cultivars (Prunus salicina)

Gonzalez, M.; Maldonado J.; Salazar, E; Silva H.; Carrasco B.

Article SCOPUS
Genomics Data  (2016)

Genetic structure based on EST-SSR: a putative tool for fruit color selection in Japanese plum (Prunus salicina L.) breeding programs

González, M.; Salazar, E.; Castillo, J.; Morales, P.; Mura-Jornet, I.; Maldonado, J.; Silva, H.; Carrasco, B.

Article ISI SCOPUS
MOLECULAR BREEDING  (2016)

Genomic-Based Restriction Enzyme Selection for Specific Detection of Piscirickettsia salmonis by 16S rDNA PCR-RFLP

Mandakovic, Dinka; Glasner, Benjamín; Maldonado, Jonathan; Aravena, Pamela; González, Mauricio; Cambiazo, Verónica; Pulgar, Rodrigo

Article ISI SCOPUS
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY  (2016)

Complete genome sequence of Microbacterium sp CGR1, bacterium tolerant to wide abiotic conditions isolated from the Atacama Desert

Mandakovic, D; Cabrera P.; Pulgar, R; Maldonado J.; Aravena P.; Latorre, M; Cambiazo, V; Gonzalez, M.

Article ISI SCOPUS
Journal of Biotechnology  (2015)

mRNA-seq reveals skeletal muscle atrophy in response to handling stress in a marine teleost, the red cusk-eel (Genypterus chilensis)

Aedo, JE; Maldonado J.; Aballai V.; Estrada, JM; Bastias-Molina, M; Meneses, C.; Gallardo-Escarate, C; Silva H.; Molina A.; Valdes, JA

Article ISI
BMC GENOMICS  (2015)

Sequencing and de novo assembly of the red cusk-eel (Genypterus chilensis) transcriptome

Aedo J.E.; Maldonado J.; Estrada J.M.; Fuentes E.N.; Silva H.; Gallardo-Escarate, C; Molina A.; Valdes J.A.

Article ISI SCOPUS
MARINE GENOMICS  (2014)

The high-quality draft genome of peach (Prunus persica) identifies unique patterns of genetic diversity, domestication and genome evolution

Verde I.; Abbott AG; Scalabrin S; Jung S.; Shu, SQ; Marroni F; Zhebentyayeva T.; Dettori MT; Grimwood J; Cattonaro F.; Zuccolo A; Rossini, L.; Jenkins, J.; Vendramin, E; Meisel LA; Decroocq V.; Sosinski B; Prochnik S; Mitros T; Policriti, A.; Cipriani G.; Dondini, L; Ficklin S; Goodstein DM; Xuan, PF; Del Fabbro C; Aramini V.; Copetti D; Gonzalez S.; Horner DS; Falchi R; Lucas, S.; Mica E; Maldonado J.; Lazzari B; Bielenberg D; Pirona R; Miculan M; Barakat, A; Testolin R.; Stella A.; Tartarini S; Tonutti P; Arús P.; Orellana, A; Wells C; Main D; Vizzotto G; Silva H.; Salamini F; Schmutz J; Morgante M; Rokhsar DS.

Article ISI SCOPUS
Nature Genetics  (2013)

Comparative EST transcript profiling of peach fruits under different post-harvest conditions reveals candidate genes associated with peach fruit quality

Vizoso P.; Meisel LA; Tittarelli, A; Latorre, M; Saba J.; Caroca R.; Maldonado J.; Cambiazo, V; Campos-Vargas, R; Gonzalez, M.; Orellana, A; Silva H.

Article ISI SCOPUS
BMC GENOMICS  (2009)

BookSection (1)

Functional Genomics: Transcriptomics

Trainotti, Livio; Dhingra, Amit; Koepke, Tyson; Prat, Loreto; Maldonado, Jonathan; Silva, Herman; Chittaranjan, Kole; Albert G., Abbott

BookSection
 (2012)

ConferencePoster (26)

Functional Genomics as a Tool to Unveil Bioactives Compounds in Commercial and Andean Natives Plants

Silva, Herman; Maldonado, Jonathan; González, Evelyn; León, Rocío; Meisel, Lee; Carrasco, Basilio

ConferencePoster
 (2017)

Transcriptomic Analysis of ‘Garnem’ Rootstock By RNA-SEQ Reveals Genes and GENE Ontologies Involved in Drought Response

Bielsa, B; Hewitt, S; Maldonado, Jonathan; Reyes Chin-Wo, S; Fernandez i Marti, A; Silva, Herman; Dhingra, Amit; Rubio-Cabetas, M

ConferencePoster
 (2017)

Bioinformatics and molecular analysis of factors involved in developmental and cracking tolerance in different varieties of sweet cherry

Maldonado, Jonathan; Poblete, Gisselle; León, Rocío; Carrasco, Basilio; Silva, Herman

ConferencePoster
 (2016)

De novo transcriptome analysis of daucus carota modified root under dark or light grown conditions

Arias, Daniela; Maldonado, Jonathan; Silva, Herman; Stange, Claudia

ConferencePoster
 (2016)

Discrimination of taxa-specific genomes of soil bacteria through analysis of abundance changes between two contrasting environmental conditions

Maldonado, Jonathan; Mandakovic, Dinka; Latorre, Mauricio; Cabrera, Pablo; Cambiazo, Verónica; González, Mauricio

ConferencePoster
 (2016)

Functional Genomics as a Tool to Understand Cracking Tolerance in Sweet Cherry (Prunus avium)

Silva, Herman; Ríos, Juan Carlos; Maldonado, Jonathan; Schreiber, Lukas; Zeisler, Viktoria; Dhingra, Amit; Carrasco, Basilio

ConferencePoster
 (2016)

Transcriptional, genetic and chemical approaches to understand tolerance to cracking in sweet cherry fruits

Silva, Herman; Poblete, Gisselle; Maldonado, Jonathan; Carrasco, Basilio

ConferencePoster
 (2016)

Transcriptome characterization of v. Pubescens and v. Chilensis: two phenotypically contrasting papaya species

González, Evelyn; Maldonado, Jonathan; León, Rocío; Carrasco, Basilio; Silva, Herman

ConferencePoster
 (2016)

Correlation Between Alkanes and Cracking in Different Sweet Cherries Varieties

Silva, Herman; Poblete, Gisselle; Robledo, Francisco; Maldonado, Jonathan; Ríos, Juan Carlos; Schreiber, Lukas; Zeisler, Viktoria; Dhingra, Amit; Carrasco, Basilio

ConferencePoster
 (2015)

Discrimination of taxa-specific genomes of soil bacteria through analysis of abundance changes between two natural environmental conditions

Maldonado, Jonathan; Mandakovic, Dinka; Latorre, Mauricio; Cabrera, Pablo; Cambiazo, Verónica; González, Mauricio

ConferencePoster
 (2015)

RNA seq as a tool to study the effect of handling stress in the expression of genes associated with the immune response of red cusk-eel (Genypterus chilensis)

Aballai, Víctor; Aedo, Jorge; Maldonado, Jonathan; Silva, Herman; Reyes, Alejandro; Valdés, Juan Antonio

ConferencePoster
 (2015)

A functional genomics approach to understand cracking in sweet cherries

Poblete, Gisselle; Robledo, Francisco; Maldonado, Jonathan; Ríos, Juan Carlos; Schreiber, Lukas; Zeisler, Viktoria; Carrasco, Basilio; Dhingra, Amit; Quero-García, José; Silva, Herman

ConferencePoster
 (2014)

Characterization of bacteria from the Atacama Desert tolerant to extreme pH and salinity conditions

Mandakovic, Dinka; Fuentes-Vásquez, Daniela; Maldonado, Jonathan; Latorre, Mauricio; Cambiazo, Verónica; González, Mauricio

ConferencePoster
 (2014)

Transcriptomic analysis of Musca domestica reveals 100My conservation of D. melanogaster decapentaplegic pathway

Hodar, Christian; Maldonado, Jonathan; Travisany, Dante; Maass, Alejandro; Cambiazo, Verónica

ConferencePoster
 (2014)

Approaches Enabling Molecular Breeding of Sweet Cherry

Koepke, Tyson; Schaeffer, Scott; Hendrickson, Christopher; Jiwan, Derick; Harper, Artemus; Maldonado, Jonathan; Meisel, Lee; Silva, Herman

ConferencePoster
 (2013)

De novo assembly and characterization of red conger eel (Genypterus chilensis) transcriptome using next generation sequencing

Aedo, Jorge; Maldonado, Jonathan; Silva, Herman; Zuloaga, Rodrigo; Fuentes, Eduardo; Molina, Alfredo; Valdés, Juan Antonio

ConferencePoster
 (2013)

A functional genomics approach to understand cracking susceptibility in sweet cherry (Prunus avium)

Silva, Herman; Ríos, Juan Carlos; Maldonado, Jonathan; Duchens, Hector; Lang, Erika; Carrasco, Basilio

ConferencePoster
 (2012)

Genomes to Genes: Comparative genomic analysis in Prunoideae

Dhingra, Amit; Koepke, Tyson; Harper, Artemus; Oraguzie, Nnadozie; Whiting, Matthew; Silva, Herman; Maldonado, Jonathan; Meisel, Lee; Sanchez, Raquel; Dicenta, Federico; Moller, Birger; Jørgensen, Kirsten; Henry, Robert; Edwards, Mark

ConferencePoster
 (2012)

RNA-seq Expression Analyses in Sweet Cherries with Differential Susceptibility to Cracking

Silva, Herman; Maldonado, Jonathan; Ríos, Juan Carlos

ConferencePoster
 (2012)

Molecular and Bioinformatic analysis of factors involved in the cracking susceptibility in different varieties of cherry

Ríos, Juan Carlos; Maldonado, Jonathan; Lang, Erika; Silva, Herman

ConferencePoster
 (2011)

Identification of the metabolic pathway for nonadienol, an interesting volatile compound in Fragaria chiloensis

Prat, Loreto; Maldonado, Jonathan; Agosin, Eduardo; VALENZUELA, PABLO; Silva, Herman

ConferencePoster
 (2010)

Putative role of N-Alkane from sweet cherries epicuticular waxes in susceptibility to cracking

Ríos, Juan Carlos; Lang, Erika; Maldonado, Jonathan; Silva, Herman

ConferencePoster
 (2010)

A carotenoid Cleavage Dioxygenase from White strawberry (Fragaria chiloensis): expression during fruit development in relation to a C13-norisoprenoid accumulation

Prat, Loreto; Maldonado, Jonathan; Sanhueza, Dayan; Silva, Herman

ConferencePoster
 (2008)

Study of the aroma metabolic pathway in Fragaria chiloensis

Prat, Loreto; Sanhueza, Dayan; Marchant, Lorena; Maldonado, Jonathan; Silva, Herman

ConferencePoster
 (2008)

Expression of aroma genes and accumulation of volatile compounds in cultivated strawberry (Fragaria x ananassa) and white strawberry (Fragaria chiloensis) during ripening

Prat, Loreto; Marchant, Lorena; Maldonado, Jonathan; Sanhueza, Dayan; Agosin, Eduardo; Silva, Herman

ConferencePoster
 (2007)

University of Chile's Integrated Plant Gene Expression Database

Meisel, Lee; Baeza-Yates, Ricardo; Latorre, Mariano; Loira, Nicolás; Maldonado, Jonathan; Morales, Andrea; Tittarelli, Andrés; Vizoso, Paula; Silva, Herman

ConferencePoster
 (2004)

Proyecto (12)

Temporal Network Analysis of Sweet Cherry Fruit Ripening: using plant growth regulators to unravel the cross-talk between developmental and environmental cues

Meisel, Lee; Maldonado, Jonathan

Proyecto ANID-FONDECYT
 (2023)

Fortalecimiento de la investigación y docencia del Doctorado en Biotecnología de la Facultad de Química y Biología de la Universidad de Santiago de Chile, con énfasis en el área Vegetal y en la colaboración científico-académica a través de ómicas

Maldonado, Jonathan

Proyecto ANID Subvención a la Instalación en la Academia SIA-2022/ SA77210103
 (2022)

Participation of the auxin-gibberellin negative regulatory module during the fruit ripening initiation in the non-climacteric sweet cherry: Towards a seed-fruit interaction multiscale model

Kuhn, Nathalie

Proyecto ANID-FONDECYT de Iniciación
 (2022)

Contribución de la microbiota rizosférica a la tolerancia de Hoffmannseggia doelli ante cambios en la disponibilidad de nitrógeno.

Maldonado, Jonathan; Gutiérrez, Rodrigo A.

Proyecto Hoffmannseggia doelli es una fabácea del Desierto de Atacama capaz de crecer en bajas concentraciones de Nitrógeno (N). Nuestro interés es investigar in vitro la respuesta de esta planta a loscambios en la disponibilidad de N y el papel que desempeña en este proceso la comunidad de microoganismos.
 (2019)

Contribución del microbioma rizosférico a la tolerancia de Hoffmannseggia doelli ante cambios en la disponibilidad de nitrógeno

Maldonado, Jonathan

Proyecto
 (2019)

CHARACTERIZATION OF FRUIT DEVELOPMENT AND IDENTIFICATION OF POTENTIAL BIOACTIVES COMPOUNDS IN PLUMS, PEACH AND SWEET CHERRY THROUGH CONVENTIONAL BREEDING AND MOLECULAR TECHNIQUES

FONDECYT (1160600)

Proyecto
2016-2020
Personal técnico y/o de apoyo

CHARACTERIZATION OF FRUIT DEVELOPMENT AND IDENTIFICATION OF POTENTIAL BIOACTIVES COMPOUNDS IN PLUMS, PEACH AND SWEET CHERRY THROUGH CONVENTIONAL BREEDING AND MOLECULAR TECHNIQUES

FONDECYT (1160600)

Proyecto
2016-2020
Personal técnico y/o de apoyo

METAL METABOLISM IN SOIL BACTERIAL COMMUNITIES FROM AN EXTREME ENVIRONMENT=> A COMPARATIVE GENOMICS ANALYSIS.

FONDECYT (1151384)

Proyecto
2015-2019
Personal técnico y/o de apoyo

METAL METABOLISM IN SOIL BACTERIAL COMMUNITIES FROM AN EXTREME ENVIRONMENT=> A COMPARATIVE GENOMICS ANALYSIS.

FONDECYT (1151384)

Proyecto
2015-2019
Personal técnico y/o de apoyo

Centro de Regulación del Genoma

FONDAP (15090007)

Proyecto
2013-2018
Personal técnico y/o de apoyo

FUNCTIONAL GENOMICS APPROACH TO UNDERSTAND CRACKING SUSCEPTIBILITY IN SWEET CHERRY=> AN INTEGRATIVE VIEW FOR PRUNUS SPECIES

FONDECYT (1120261)

Proyecto
2012-2016
Personal técnico y/o de apoyo

FUNCTIONAL GENOMICS APPROACH TO UNDERSTAND CRACKING SUSCEPTIBILITY IN SWEET CHERRY=> AN INTEGRATIVE VIEW FOR PRUNUS SPECIES

FONDECYT (1120261)

Proyecto
2012-2016
Personal técnico y/o de apoyo

Review (1)

JUICE: a data management system that facilitates the analysis of large volumes of information in an EST project workflow

Latorre, M; Silva H.; Saba J.; Guziolowski, C; Vizoso P.; Martínez V; Maldonado J.; Morales A.; Caroca R.; Cambiazo, V; Campos-Vargas, R; Gonzalez, M.; Orellana, A; Retamales J.; Meisel LA

Review ISI SCOPUS
BMC BIOINFORMATICS  (2006)

70
JONATHAN MALDONADO

Postdoc CONICYT

Dpto. Genética Molecular y Microbiología

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

18
Herman Silva

Professor

Departamento de Produccion Agricola

Universidad de Chile

Santiago, Chile

11
Veronica Cambiazo

Profesora titular

Unidad de Nutrición Básica

UNIVERSIDAD DE CHILE - INTA

Santiago, Chile

9
Mauricio Gonzalez

Profesor Titular

INTA

UNIVERSIDAD DE CHILE - INSTITUTO DE NUTRICION Y TECNOLOGIA DE ALIMENTOS

Santiago, Chile

8
DINKA MANDAKOVIC

Assistant Professor

GEMA Center

Universidad Mayor

Santiago, Chile

5
Alexis Gaete

Postdoctorado

Instituto de Nutrición y Tecnmología de los Alimentos (INTA)

Universidad de Chile

Santiago, Chile

5
Rodrigo Gutierrez

Full Professor

Molecular Genetics & Microbiology

PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATÓLICA DE CHILE

Santiago, Chile

4
Basilio Carrasco

Scientific Director

Centro de Estudios en Alimentos Procesados (CEAP)

Talca, Chile

4
Juan Valdés

Head lab

Ciencias Biologicas

UNIVERSIDAD ANDRÉS BELLO

Santiago, Chile

4
Ariel Orellana

Profesor Titular

Centro de Biotecnologia Vegetal

UNIVERSIDAD ANDRES BELLO

Santiago, Chile

4
Rodrigo Pulgar

Profesor/Investigador asistente

INTA

UNIVERSIDAD DE CHILE - INSTITUTO DE NUTRICION Y TECNOLOGIA DE ALIMENTOS

Santiago, Chile

4
Alfredo Molina

UNIVERSIDAD ANDRES BELLO

SANTIAGO, Chile

4
Lee Meisel

Associate Professor

Institute of Nutrition and Food Technology (INTA), University of Chile

Macul, Chile

4
Jorge Aedo

Profesor Auxiliar

Biología y Química

Universidad Católica del Maule

Talca, Chile

3
Cristian Gallardo

Profesor Asociado

Departamento de Oceanografía

Universidad de Concepción

Concepcion, Chile

3
Mauricio Latorre

Profesor Asociado

INGENIERIA

UNIVERSIDAD DE O'HIGGINS

Rancagua, Chile

3
Christian Hodar

ASSISTANT PROFESSOR

BIOINFORMATICS & GENEXPRESSION LAB - INTA

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

2
Claudio Meneses

Profesor Asociado

Facultad de Agronomía e Ingeniería Forestal/ Facultad de Ciencias Biológicas

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

2
PAULA VIZOSO

Researcher

Universidad Mayor

SANTIAGO, Chile

2
Maria Aguado

Investigadora

INTA

Laboratorio de Bioinformática y Expresión génica

Santiago, Chile

2
Andrea Morales

Académico de planta, encargada de Investigación

Salud

Universidad Santo Tomas

La Serena, Chile

2
Alejandro Maass

Main Researcher

Center for Mathematical Modeling

Universidad de Chile

Santiago, Chile

2
Juan Manuel Estrada

Director

Facultad de Ecología y Recursos Naturales

Universidad Andrés Bello

Quintay , Chile

1
Miguel Allende

Director

Biología

FACULTAD DE CIENCIAS, UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
Benjamín Glasner

Investigador

Ciencias Biológicas

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

1
Talia del Pozo

Académico Investigador

FAVA

Universidad de Las Américas

Santiago, Chile

1
Carlos Aranda

Académico

Ciencias Biológicas y Biodiversidad

Universidad de Los Lagos

Osorno, Chile

1
ERIKA SALAZAR

INVESTIGADORA

INSTITUTO DE INVESTIGACIONES AGROPECUARIAS INIA LA PLATINA

SANTIAGO, Chile

1
PATRICIA AGUILA

Profesor Auxiliar categoria 3

Universidad Austral (UACH)

Puerto Montt, Chile

1
Claudia Stange

Titular Professor

Department of Biology

UNIVERSIDAD DE CHILE

Santiago, Chile

1
Máximo González

Investigador

Biotecnología

Centro de Estudios Avanzados en Zonas Aridas

La Serena, Chile

1
Karina Ruiz

Profesora asociada

Carrera Quimica y Farmacia

Universidad Arturo Prat

Iquique, Chile

1
Alson TIME

Doctorate candidate

Nutrición Básica

Universidad de Chile

Santiago, Chile

1
Claudia Rojas

Associate professor

Instituto de Ciencias Agroalimentarias, Animales y Amientalesas y Veterinarias

Universidad de O'Higgins

San Fernando, Chile

1
Dante Travisany

Profesor Asociado

Facultad de Ingeniería y Negocios

Universidad de Las Américas

Santiago, Chile

1
Claudio Ponce

Data Engineer

FRANKLES SPA

Santiago, Chile

1
Patricio Hinrichsen

Investigador

INIA CENTRO REGIONAL LA PLATINA

Santiago, Chile

1
Leonardo Pavez

Profesor Asociado

Instituto de Ciencias Naturales

Universidad de Las Américas

Santiago, Chile

1
Marlene Gebauer

Profesor Asistente

Departamento de Ciencias Vegetales

PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE CHILE (PUC)

Santiago, Chile

1
Sergio Navarrete

Full Profesor

Ecología

Pontificia Universidad Católica de Chile

Las CRuces, Chile

1
Claudio Latorre

Full Professor

Ecology

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

1
Francisca Díaz

Investigadora

Instituto de Geografía

Pontificia Universidad Católica de Valparaíso

VALPARAISO, Chile

1
Bárbara Arévalo

Investigador

Investigación

Centro de Estudios de Alimentos Procesados

Talca, Chile

1
Sebastian Boltana

Profesor Asociado

Occeanografia

Universidad de Concepcion

Concpecion, Chile

1
Sebastian Mendoza

Jefe de operaciones

STICTA

santiago, Chile

1
Ricardo Gutierrez

1
Andrés Tittarelli

Profesor Asociado

Instituto Universitario de Investigación y Desarrollo Tecnológico (IDT)

Universidad Tecnológica Metropolitana

Santiago, Chile

1
Derie Fuentes

Director

Center For Systems Biotechnology

Universidad Andrés Bello

Santiago, Chile

1
Paula Irles

Associate Professor

Universidad de O'Higgins

Rancagua, Chile

1
Carol Moraga

Assistant professor

Instituto Ciencias de la Ingeniería

Universidad de O'Higgins

Rancagua, Chile

1
Yohaily Rodríguez

Asistente de Investigación

Departamento de Ciencias Vegetales

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

1
Felipe Maza

Analista ETESA

Departamento de Investigación del Cáner

Fundación Arturo López Pérez

Santiago, Chile

1
LOHENGRIN CAVIERES

Profesor titular

Departamento de Botánica

UNIVERSIDAD DE CONCEPCION, FAC. CS. NATURALES Y OCEANOGRAFICAS, DPTO. BOTANICA

Concepcon, Chile

1
Daniela Arias

Investigadora postdoctoral

Biología

Universidad de Chile

santiago, Chile

1
Natalia Jimenez

Profesora Asistente

Departamento de Ingeniería Biológica y Médica, Departamento de Ingeniería Química y Bioprocesos

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

1
Javiera Ortiz

Profesora asistente

Instituto de Nutrición y Tecnología de los Alimentos

Universidad de Chile

Santiago, Chile

1
José Pérez

Investigador Asociado

Centro de Estudios en Alimentos Procesados

Talca, Chile

1
Denisse Zamorano

INVESTIGADORA POSTDOCTORAL

CIENCIAS QUIMICAS

Universidad de La Frontera

TEMUCO, Chile

1
Patricio Muñoz

Researcher in Bioproducts

Fundación UC Davis Chile Life Sciences Innovation Center

Santiago, Chile